일정 과세기간별로 과세하는 세목은 각 전심절차를 거쳐야 하며, 직무발명보상금은 일시재산소득임

사 건 의정부지방법원2012구합4079 법인세등부과처분취소 원 고 AAA연구원 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2014. 8. 12. 판 결 선 고

2014. 9. 16.

1. 이 사건 소 중 피고가 2013. 1. 11. 원고에 대하여 한, 2007년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원, 2008년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원，2009년 귀속 근로소득세 000,000,000원 및 법인세 00,000,000원, 2010년 귀속 근로소득세 000,000,000원 및 법인세 00,000,000원의 각 부과처분 취소청구 부분을 모두 각하한다.

2. 피고가 2012. 2. 9. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 주문 제2항 및 주문 제1항 기재 각 근로소득세 및 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립•운영 및 육성 에 관한 법률에 의하여 건설 및 국토 관리 분야의 원천기술 개발과 성과 확산 등을 목적으로 설립된 정부출연연구기관으로, 정관이 정한 기본사업 또는 구 과학기술기본법(2010. 2. 4. 법 률 제9992호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의 규정에 따른 국가연구개발사업 (중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또 는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업) 등을 수행해왔다.
• 나. 원고는 2006년부터 2010년까지 소속 연구원이 위 각 사업에 따른 직무를 수행하 는 과정에서 특허，실용신안，프로그램，노하우 등을 발명한 경우 내부규정인 직무발명 관리요령에 따라 그 발명에 관한 권리를 승계하되，이에 관하여 제3자와 실시계약을 체결하는 경우 지급받은 기술료 중 60% 상당을 그 발명에 기여한 소속 연구에게 실시보상금 명목으로 지급해왔는데, 위 보상금이 근로소득이 아니라고 보아 소득세를 원천 징수하지 않았다.
• 다. 그런데 감사원은 2011년 8월경 국세청장에게，원고와 같은 비영리기관이 연구개발 결과물을 기업체 등에게 실시하는 대가로 기술료를 징수하여 참여연구원 등에게 지급한 이 사건 보상금은 근로소득에 해당한다는 사유로 국세청장에게 이 사건 보상금에 대한 소득세 등을 징수하도록 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2012. 2. 9. 원고에 대하여，우선 2006년도에 지급된 보상금(이하 '이 사건 보상금1'이라 한다)에 관하여 그 보상금이 근로소득에 해당함에도 소득세를 원천징수하지 않았다는 사유로 2006년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원을 부과하였다(이하 '이 사건 2006년분 처분'이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 2006년분 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 8. 16. "비영리기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것인 점, 이 사건 보상금은 매년 계속적, 반복적으로 지급되고 있어 기타소득이라기보다는 근로소득으로 보이는 점 등을 종합하면，이 사건 보상금은 그 실질이 성과급으로서 근로소득에 해당 한다,”라는 이유로 위 심판청구를 기각하였다. 바, 이에 원고는 2012. 11. 8. 이 사건 2006년분 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였는데，피고는 위 소가 계속 중이던 2013. 1. 11. 원고에 대하여 2007년 내지 2010년도에 지급된 보상금 역시 근로소득에 해당함에도 소득세가 원천징수되지 않았다는 사유로 2007년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원, 2008년 귀속 근로소득세 00,000,000원 및 법인세 0,000,000원，2009년 귀속 근로소득세 000,000,000원 및 법인세 00,000,000원，2010년 귀속 근로소득세 000,000,000원 및 법인세 00,000,000원을 각 부과하였다(이하, ’이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분'이 라 한다).
• 아. 그런데 원고는 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분에 대하여 국세기본법에 의한 전심절차인 심사청구 또는 심판청구를 제기하지 않았고, 그 각 제소기간이 이미 경과한 후인 2013. 6. 14. 이 사건 소에 위 각 처분의 취소청구 부분을 추가해 달라는 청구취지 및 청구원인 변경신청(확장)서를 제출하였다.
• 자. 한편, 이 사건 보상금 지급과 관련한 원고의 내부 규정은 직무발령관리규정，기술료사용요령 등이고，해당 규정의 구체적인 내용은 [별지 1] 기재와 같다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 152호증(가지번호 있는 증거는 가지번호 포함), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재，변론 전체의 취지]

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

• 가. 본안전 항변 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분은 이 사건 2006년분 처분과 과세표준의 발생원인，발생연도, 세목 등이 달라 추상적으로 볼 때 서로 다툼의 내용이 다를 가능성 이 있으므로 원고로서는 위 각 처분에 대하여 별도로 전심절차를 거친 후 제소기간 내 에 취소소송을 제기하여야 하는바, 이 사건 소 중 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차 없이 제기되거나 제소기간 경과 후 제 기된 것으로서 부적법하다.
• 나. 판단 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적 • 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세 처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본 적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당 한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 2006, 4. 14. 선고 2005두10170 판결， 대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두13436 판결 참조). 그러나 소득세나 부가가치세 등과 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 과세처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서, 그 과세표준의 발생원인 및 발생연도가 달라 추상적으로 볼 때 처분에 대한 내용도 서로 다를 가능성이 있으므로(대법원 1990. 4. 13. 선고 89누1414 판결，1996. 2. 23. 선고 95누 12057 판결, 대법원 2001, 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조), 이 사건에서 전심절차를 거치지 아니한 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분이 이 사건 2006년분 처분 과 사실상 동일한 쟁점(이 사건에서 문제되는 보상금이 근로소득인지 여부)을 가지고 있다고 하더라도，위 각 처분은 어디까지나 각기 독립한 별개의 처분일 뿐만 아니라 2006년도에 지급된 이 사건 보상금에 적용되는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제20조의2에서 산업재산권，산업정보 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 일시재산소득으로 구분하고 있는 반면, 2007년 내지 2010년도에 지급된 보상금에 적용되는 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제7호에서는 산업재산권，산업정보 등을 양도한 대가로 받는 금품을 기타소득으로 구분하고 있는 등 과세기간에 따라 소득의 구분이 달라져 내용도 서로 다를 가능성이 있으므로, 이 사건 2006년분 처분에 대한 전심절차의 효력이 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분에까지 당연히 미칠 수 없다. 더욱이 설령 원고의 주장과 같이 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에 해당한다고 하더라도 국세기본법에는 그 경우에 관한 제소기간 규정이 없으므로 원고로서는 행정 소송법 제20조 에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분에 대한 취소를 구하는 소송을 제기하여야 하나, 2013. 1. 11. 부과된 위 각 처분의 취소청구 부분을 추가해 달라는 소 변경 신청서가 그 제소기간이 이미 도과한 2013. 6. 14. 제출되었음이 역수상 명백하다. 결국 이 사건 소 중 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분의 취소를 구하는 부분 은 전심절차를 거치지 아니하였거나 제소기간 도과 후 제소된 것으로서 부적법하다.

3. 본안에 대한 판단(이 사건 2006년분 처분의 적법 여부)

• 가. 주장 요지

1. 원고 이 사건 보상금은 원고 소속 연구원이 취득한 직무발명에 대한 특허권 등을 원고 의 내부규정 에 따라 사용자인 원고에게 양도하고 그에 대한 대가로서 받은 소득이므로 근로소득이 아니라 구 소득세법 제20조의2 제1항 의 일시재산소득에 해당한다.

2. 피고 원고와 같이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 비영리연구기관의 국가연구개발결과물에 대한 소유권은 ’구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정'(2010, 8. 11. 대통령령 제22328호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 관리규정’이라 한다) 제15조 제2항에 따라 국가 또는 연구기관에 귀속됨이 원칙인 점, 계속적인 장기소득은 기타소득 으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면，원고가 소속 연구원에게 지급한 이 사건 보상 금은 국가연구개발결과물 양도의 대가가 아니라 원고의 매출(수입)에 기여한 데에 대 한 인센티브 성격의 금원으로서 구 소득세법 제20조 제1항 제1호 가목의 근로소득(근 로의 제공으로 인하여 받는 봉급，급료•보수•세비•임금•상여•수당과 이와 유사한 성질의 급여)에 해당한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세권자에 있으므로, 어느 소득이 소득세법상 어느 종류의 소득으로 분류되는가 하는 것 역시 과세관청이 이를 입증할 책임이 있다고 할 것이다.

2. 이 사건 보상금이 구 소득세법 제20조 제1항 제1호 가목이 정하는 근로소득인 ’근로의 제공으로 인하여 받는 봉급•급료•보수•세비•임금•상여•수당과 이와 유사한 성질 의 급여’에 해당하는지에 관하여 살피건대，구 관리규정 제15조 제2항에서 "국가연구개발사업의 수행결과로 얻어지는 지식재산권 등 무형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 한다."고 규정하고 있고，앞서 본 바와 같이 이 사건 보상금은 일회적 일시금으로 지급된 것이 아니라 제3자와 실시계약이 체결되어 재원이 발생하는 경우 그 재원의 일부로 지급되는 것이므로 경우에 따라서는 수회 지급된 것이기는 하다. 그러나 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면 이 사건 보상금이 근로소득에 해당한다고 보7] 어렵고, 오히려 산업재산권，산업정보 등을 양도한 대가로 받은 소득으로서 구 소득세법 제20조의2 의 일시재산소득에 해당될 여지가 많은 것으로 보일 뿐인데，구 소득세법은 일시재산소득 의 경우 소득세를 원천징수의 대상으로 규정하고 있지 않은 반면， 근로소득의 경우에 는 근로소득 간이세액표에 따른 소득세를 원천징수하도록 규정(제134조)하고 있는 등 소득의 구분에 따라 원천징수의 대상이나 세율，범위 등에 관해 달리 규정하고 있으므로, 이 사건 보상금이 근로소득에 해당함에도 그 소득세를 원천징수하지 않았다는 이 유로 근로소득세 및 법인세를 부과한 이 사건 2006년분 처분은 유지될 수 없으므로 위법하여 취소되어야 한다.

① 발명진흥법 제2조 제1호 및 제2호, 제10조 제1항 등의 규정에 의하면, 직무발 명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리는 특허법•실용신안법•디자인보호법상의 특허• 실용신안등록•디자인등록을 받을 수 있는 권리로 구성되는데, 특허법 제33조 제1항, 실용신안법 제11조, 디자인보호법 제3조 및 발명진흥법 제10조, 제15조 등의 관련 규정을 종합하면，종업원이나 법인의 임원 또는 공무원(이하 '종업원등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명•고안•디자인 등의 창작 활동을 함으로써 사용자나 법인 또는 국가나 지방자 치단체(이하 '사용자등'이라 한다)의 업무 범위에 속하는 직무발명을 한 경우에 그에 대 하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리는 이를 종업원등이 취득하는 것으로 정하면서 사용자등이 종업원등으로부터 그 직무발명에 대한 권리나 관련 특허권 등 을 이전받거나 전용실시권을 설정받는 방법으로 종업원등이 취득한 직무발명에 대한 권리 등을 승계취득한 때에는 정당한 보상을 하도록 규정하고 있다.

② 구 컴퓨터프로그램 보호법(2009. 4. 22. 법률 제9625호로 폐지된 것)은 프로 그램저작물 창작자를 저작자로 하는 제2조 제2호의 예외로서 제5조에서 ”국가•법인•단체 그 밖의 사용자(이하 정인 등’이라고 한다)의 기획하에 법인 등의 업무에 종사하는 자가 업무상 창작한 프로그램은 계약이나 근무규칙 등에 달리 정함이 없는 한 그 법인 등을 당해 프로그램의 저작자로 한다."고 정하고 있는데(대법원 2013.5.9, 선고 2011다 69725 판결), 원고의 내부규정인 직무발명관리요령 제2, 3조 등에서 발명이라 함은 특허，실용신안, 의장 및 컴퓨터 프로그램 등의 고안으로 포함하고，발명자라 함은 직무 발명을 한 직원 등을 의미한다고 규정하면서 원고가 직무발명을 한 직원 등의 특허를 받을 수 있는 권리 또는 특허권을 승계하도록 하고 있다.

③ 한편 구 관리규정은 구 과학기술기본법 제조에 따른 국가연구개발사업의 기획‘관리，평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하기 위한 목적에서 구 과학기술기본 법의 위임에 따라 제정된 대통령령으로서(제1조), 위 관리규정의 모법인 구 과학기술기 본법의 관련 규정에서 종업원의 직무발명에 대한 권리의 귀속에 관하여 발명진흥법이 나 특허법 등과 별도로 규율할 수 있도록 허용하는 근거규정을 찾아볼 수 없는바, 구 관리규정 제15조 제2항은 위임^의 범위나 규정 내용 등에 비추어 연구기관과 그 소속 종업원 간의 법률관계를 규율하기 위한 것이라기보다는，오히려 연구개발비를 출연하 는 중앙행정기관이나 참여기업, 주관연구기관，협동연구 기관, 공동연구기관, 위탁연구기 관 등 다수의 참여주체가 관여하는 국가연구개발사업에 있어 그 사업의 수행 결과물을 어느 참여주체가 소유할 것인지를 정하기 위한 국가나 참여기업 기타 다수의 연구기관 들 상호간의 법률관계를 규율하기 위한 것이라고 보인다.

④ 원고는 소속 연구원에게 매년 정기적, 반복적으로 이 사건 보상금을 지급해 온 것이 아니라, 제3자와 실시계약을 체결함으로써 재원이 발생하는 경우 그 재원 중 일부를 원고의 내부규정에 따라 지급한 것이다.

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 2007년 내지 2010년분 각 처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고，이 사건 2006년분 처분의 취소를 구하는 원 고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여，주문과 같이 판결한다.