세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용함

사 건 2012구합2073 법인세등부과처분취소 원 고 AAAA코리아주식회사 피 고 파주세무서장 변 론 종 결

2012. 11. 13. 판 결 선 고

2013. 1. 15.

1. 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 농어촌특별세 000원， 2006년 귀속 농어촌특별세 000원， 2008년 귀속 법인세 000원， 2008년 귀속 농어촌특별세 000원， 2009년 귀속 법인세 000원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1967. 3. 7. 전기기기제조판매 및 도매업 등을 목적으로 설립된 외국인투 자법인이다.
• 나. 원고는 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것， 이 하 같다) 제121조의2의 규정에 따라 다이오드， 트랜지스터 및 유사반도체 제조사업으로 인한 소득에 대한 법인세 중 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일부터 7년 동안은 그 전액을， 이후 3년 동안은 그 50%를 각 감변하는 외국인투자법인세감면(이하 ’외 국인투자세액감면’이라 한다) 결정을 받았고. 2005사업연도부터는 구 조세특례제한법 제26조 등에 따른 임시투자세액공제 등1)과 동시에 적용받게 되었다.
• 다. 원고는 피고에게 2005 내지 2009사업연도 법인세를 각 신고 • 납부하면서 구 법 인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것， 이하 같다)에 따라 아래 표와 같이 산출세액에서 먼저 외국인투자세액감면을 적용한 후 임시투자세액공제 등을 적용하였다. (표 생략)
• 라. 그런데 피고는 이와 달리 아래 표와 같이， 산출세액에서 최저한세가 적용되는 임 시투자세액공제를 먼저 적용한 다음 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자세액감면을 적용하여， 2010. 12. 1. 원고에 대하여 2005년 귀속 농어촌특별세 000원， 2006 년 귀속 농어촌특별세 000원， 2008년 귀속 법인세 000원， 2008년 귀 속 농어촌특별세 000원， 2009년 귀속 법인세 000원을 각 경정·고지(이 하 ’이 사건 각 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증의 1 내지 4， 갑 제2호증， 을 제1호증의 1 내지 10의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 법인세액 산출에 있어 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 구 법인세법 제59조 제1항 에 따라 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용한 다음 세액공제를 적용하여야 한다. 그리고 구 조세특례제한법 제132조 제1항 은 세액공제 • 감면의 적용 순위를 정한 규정이 아니라 최저한세 적용대상이 되는 공제·감면 금액의 한도를 계산 하는 방법을 정한 규정에 불과하므로 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제·감면 순 서의 예외규정인 ’별도의 규정’에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고가 이와 달리 구 조세특례제한법 제132조 제1항 을 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제·감면 순서 에 관한 ’별도의 규정’으로 보아 산출세액에서 세액공제를 먼저 적용한 다음 세액감면 을 적용하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제132조 제1항 의 최저한세 규정이 적용 되는 임시투자세액공제 등과 위 최저한세 규정이 적용되지 않는 외국인투자세액감면이 동시에 적용되는 경우 그 적용의 순서이다.

(2) 그러므로 이하에서는 위 공제·감면 규정의 적용 순서에 관하여 보건대，아래 의 각 사정들을 종합하면， 구 조세특례제한법 제132조 제1항 의 최저한세 규정에도 불 구하고 구 법인세법 제59조 제1항 에 따라 외국인투자세액감면을 임시투자세액공제 등 보다 먼저 적용하여야 한다고 봄이 상당하다. (가) 구 법인세법 제59조 제1항 에 의하면， 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공 제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하 고는 ’① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면，② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액 공제，③ 이월공제가 인정되는 세액공제’ 순서로 적용하여야 한다. 그런데 외국인투자 세액감면은 구 법인세법 제59조 제1항 제1호 소정의 ’① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면’에 해당하고， 임시투자세액공제 등은 구 법인세법 제59조 제1항 제3호 소정 의 ’③ 이월공제가 인정되는 세액공제’에 해당한다. 그러므로 법인세법 및 다른 법률에 서 그 적용순위에 관한 ’별도의 규정’이 없는 이상 외국인투자세액감면이 임시투자세액 공제 등보다 먼저 적용되어야 한다. (나) 구 조세특례제한법 제132조 제1항 ， 같은 법 시행령 제126조 제2항은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 하지 아니하고 산출한 세액에서 ’최저한세가 적용되는 감면 등’을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 구 조 세특례제한법 제132조 에서 정한 최저한세가 구 법인세법 제59조 제1항 이 정한 공제감 면 순서의 예외를 정한 ’별도의 규정’이라고 보기 어렵다.

1. 앞서 본 구 조세특례제한법령은 그 문언상 ’최저한세가 적용되는 감면 등의 한도’를 정하는 방법을 규정하고 있을 뿐， 최저한세가 적용되지 않는 감면과의 적용순서를 직접적으로 표현하고 있지 않다.

2. 구 조세특례제한법 제132조 제1항 은 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는，’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에서 다시 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하는 것은 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 이중으로 하는 셈이 되므로 ’최저한세 적용대상인 감면 등’은 하지 아나하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서， 그 취지를 별도로 규정하지 않고 ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 할 것인지 여부만을 규정한 것으로 보인다.

3. 이 사건과 같이 감면 등의 적용순서의 차이에 따라 이윌공제액에서 차이가 발생하는 경우에도， 구 조세특례제한법 제132조 제1항 에 따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로 위 규정에 최저한세의 산출과 연관된 ’감면의 적용순서’가 내포되어 있다고 보기 어렵다.

4. 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제4항 은 납세의무자가 신고한 법인세액 이 최저한세에 미달하여 법인세를 경정하는 경우에 ’최저한세 적용대상인 감면 등’의 범위 내에서 그 배제순서를 정하고 있다. (다) 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제497호로 개정되기 전의 것) 제82조 제l항 제3호 별지 제3호 서식 ’법인세과세표준 및 세액조정계산서’， 같은 항 제4호 별지 제4호 서식 ’최저한세조정계산서’ 등은 구 법인세법 및 같은 법 시행령 에서 법인세의 신고 • 납부에 필요한 행정절차를 규정한 것에 불과하므로， 상위법령인 구 법인세법 제59조 제1항 이 정한 공제·감면의 적용순서의 예외를 정한 ’별도의 규정’ 으로 볼 수 없다. (라) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 현행 조세특례제한법 제132조 제3항 은 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정함으로써 구 법인세법 제59조 제1항 에서 정한 적 용순서와 달리 감면순서를 정하고 있다. 그러나 조세법률주의의 원칙에 비추어 위 조 항은 구 법인세법 제59조 제1항 ， 구 조세특례제한법 제132조 제1항 의 해석상 당연한 감면순서를 확인하는 조항이 아니라 구 법인세법 제59조 제1호 에서 정한 감면순서의 예외를 새로이 창설한 조항으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 법인세의 사업연도 및 이 사건 각 처분 후에 신설된 위 규정은 이 사건 각 처분에 적용할 수 없다.

(3) 따라서 외국인투자세액감면보다 임시투자세액공제 등을 먼저 적용하여 해당 법인세액 등을 증액 경정한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.