각 출연금에 의한 원고의 연구용역 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 위 각 출연금은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로，그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매업세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없음
각 출연금에 의한 원고의 연구용역 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 위 각 출연금은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로，그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매업세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없음
사 건 2011구합4010 부가가치세부과처분취소 원 고 AAA기술연구원 피 고 고양세무서장 변 론 종 결
2012. 5. 22. 판 결 선 고
2013. 6. 26.
1. 피고가 원고에 대하여 한 2009. 12. 4.자 부가가치세 000원의 부과처분， 2010. 6. 1.자 부가가치세 000원의 부과처분， 2010. 7. 1.자 부가가치세 000원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.
(2) 피고는 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하여 운영출연금이 부가가치세법 시행령 제61조 소정의 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다고 보고， 이에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 다시 산정하여 2009. 12. 4. 원고에게 2004년 제2기 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
(2) 중부지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 같은 해 5. 14.까지 원고에 대한 법인세 정기 세무조사를 실시하여 운영출연금 및 연구출연금이 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 이에 피고는 부가가치세법 시행 령 제61조 소정의 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 운영출연금 및 연구출 연금이 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다고 보았고， 2010. 6. 1. 원고에게 2005 년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
(3) 원고가 이에 불복하여 심판청구를 제기한 결과 원고의 주장이 일부 받아들여져 2005년 제1기 부가가치세가 000원으로 감액되었다.
(2) 중부지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 같은 해 5. 14.까지 원고에 대한 법인세 정기 세무조사를 실시하여 운영출연금 및 연구출연금이 부가가치세법 시행령 제61조 소정의 면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하 였다. 이에 피고는 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 다시 산정하여 2010. 7. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2005년 제2기， 2006년 제1기. 2007년 제1기-2009년 제2기 부가가치세 합계 000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 위 2004년 제2기~2006년 제1기，2007년 제1기~2009년 제2기 각 부가가치세 부과 처분을 통틀어 ’이 사건 처분’이라 한다. 단， 2005년 제1기 부가가치세 부과처분은 다. (3)항과 같이 감액되고 남은 나머지 부분을 가리킨다). [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제4， 5， 7， 8호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지
(1) 운영출연금， 연구출연금 및 특정사업출연금(이하 ’이 사건 각 출연금’이라 한다)은 용역제공의 대가로 수령한 금원이 아니므로， 부가가치세법상 공통매입세액의 안 분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비용에 따라 공통매입세액을 안분계 산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추적용할 수 없다.
(2) 설령 이 사건 처분과 같은 방식으로 공통매입세액의 안분계산을 한다 하더라도， 부가가치세법상 공통매입세액 안분시 출연금의 처리에 관하여 명문 규정이 없으므로， 원고가 공통매입세액 안분시 이 사건 각 출연금을 면세공급가액에 포함하지 아니 하고 신고한 것은 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 취소되어야 한다.
(1) 이 사건 각 출연금이 용역제공의 대가로 수령한 금원에 해당하는지 여부 (가) 운영출연금 부분 살피건대，갑 제1，10호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정，즉 ① 원고가 ’과학기술분야 정부출연연구기관 등 의 설립·운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 설립된 연구기관으로서 그 운영재원은 정부의 출연금과 그 밖의 수익금으로 마련하도록 되어 있는 점(같은 법 제5조)， ② 원 고가 위 법 및 원고의 정관에 따라 산업기술연구회에 매년 예산편성을 보고하여 운영 출연금을 승인받은 후 이를 지급받고 있는 점，③운영출연금이 기관운영비(인건비，경상운영비，기관고유사업비)， 일반사업비， 시설비 등으로 구성되어 있는 점 등을 종합하여 보면， 운영출연금은 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급되는 것으로 볼수 없다. (나) 연구출연금 부분 살피건대， 갑 제11 내지 13호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① 과학기술기본법 제11조 는 관계 중앙행정기관의 장으로 하여금 과학기술기본계획에 따라 맡은 분야의 국가연구개발사업과 그 지원시책을 세워 추진하도록 규정하고 있고， 위 법을 모법으로 하는 국가연구개발사업 의 관리 등에 관한 균정은 ”출연금이란 국가연구개발사업의 목적을 달성하기 위하여 국가 등이 반대급부 없이 예산이나 기금 등에서 연구수행기관에 지급하는 연구경비를 말한다”라고 정의하고 았는 점(위 규정 제2조 제10호)， ② 원고가 위 법 및 규정에 따라 환경부장관 등파 협약을 체결하고 국가연구개발사업을 수행한 점. ③ 환경기술개발 사업운영규정(환경부 훈령 제944호) 등에 의하더라도 출연금은 반대급부 없이 지급하는 것으로 규정되어 있는 점 등을 종합하여 보면，연구출연금 역시 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급되는 것으로 볼 수 없다. (다) 특정사업출연금 부분 살피건대，갑 제14，15호증(가지변호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 원고가 국토해양부 등과 정부출연연구사업에 관한 계약을 체결하고 특정사업출연금을 지급받은 사실은 인정되나， 위 출연금이 앞서 본 운영출연금 및 연구출연금과 달라 원고가 제공하는 연구용역에 대한 대가로서 지급된 것이라는 점을 인정할 만한 증거가 없다(피고는 특정사업출연금 지급의 근거가 된 개별 계약의 범위 및 내용 등에 관해서도 제대로 파악하지 못한 채 이 사건 처분을 한 것으로 보인다). 따라서 특정사업출연금이 연구용역에 대한 대가로서 지급된 것임을 전체로 하는 피고의 주장은 이유 없다. (라) 소결론 따라서 원고가 제공하는 연구용역 중 이 사건 각 출연금에 의하여 이루어지는 부분은 무상용역의 공급에 해당하므로 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3항의 부가가치세 비과세대상에 해당한다고 보아야 한다.
(2) 공통매입세액의 안분계산방법 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 ，제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어，매입세액의 안분계산에 관한 위 각 규정은 원고와 같이 면세사업과 과세사업，비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용 된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추 적용하여 이 사건 공통매입세액을 안분계산하였으나，이 사건 각 출연금에 의한 원고의 연구용역 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 위 각 출연금은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로，그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매업세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 피고는 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 부가가치세를 부과하였어야 한다. 그런데 변론종결시까지 제출되는 주장과 자료에 의하더라도 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소 할 수밖에 없고，이 사건의 경우 기록상 정당한 세액을 산출할 수 있는 자료가 나타나 있지 아니하므로，이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다.
그렇다면，원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.