특허권이 당시 대표이사의 개인 명의로 되어 있기는 하지만, 실제로는 법인이 개발하였거나 공동으로 개발한 것으로 법인의 지분비율이 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된다고 할 것이며, 과세관청이 원고가 특수관계법인에게 용역을 고가로 제공하였음을 입증하지 못하는 이상 용역의 시가 산정은 위법함
특허권이 당시 대표이사의 개인 명의로 되어 있기는 하지만, 실제로는 법인이 개발하였거나 공동으로 개발한 것으로 법인의 지분비율이 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된다고 할 것이며, 과세관청이 원고가 특수관계법인에게 용역을 고가로 제공하였음을 입증하지 못하는 이상 용역의 시가 산정은 위법함
사 건 2011구합3864 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 파주세무서장 외1명 변 론 종 결
2012. 6. 12. 판 결 선 고
2012. 7. 10.
1. 피고 파주세무서장이 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 2，000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 피고 파주세무서장에 대한 나머지 청구와 피고 중부지방국세청장에 대한 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 원고와 피고 파주세무서장 사이에 생긴 부분의 15%는 원고가， 나머지 는 피고 파주세무서장이 각 부담하고， 원고와 피고 중부지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담한다. 청구취지 피고 파주세무서장이 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2007사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2008사업연도 법인세 00원의 부과처분 및 피고 중부지방국세청장이 2009. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004사업연도 귀속 000원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.
(1) 특허권 취득가액 부인 건에 관하여 첫째， 조JJJ은 이 사건 특허를 단독으로 발명하였고， GGGG은 이 사건 특허 출원 이전에 연구개발에 관한 인적·물적 시설을 갖추지 못하였으며， 연구개발비를 지출 한 적도 없으므로， 이 사건 특허가 공동발명에 해당한다는 전제에 선 피고들의 이 사 건 처분은 이유 없다. 둘째， 이 사건 특허가 직무발명에 해당한다 하더라도， GGGG이 조JJJ에게 지급 한 40억 원은 직무발명 보상액으로 과다한 금액이 아니다.
(2) 특수관계법인 이익분여 건에 관하여 첫째， GGGG은 원고와 이 사건 하도급계약을 체결함으로써 철구조물 생산 시스템 구축， 양질의 서비스 제공 및 충분한 경제적 이익 등을 얻었는바， 위 하도급계약은 충분히 경제적 합리성 있는 거래에 해당한다. 둘째， 피고 파주세무서장은 이 사건 잔여공사 용역의 시가를 계산함에 있어 원고와 소외 주식회사 OO코리아， 주식회사 MM(이하 ’소외 회사’라 한다) 사이에 있었던 2006년도 하도급계약을 기준으로 수익률을 산정하였는데， 이는 ’당해 사업연도’ 의 ’유사한 용역’ 제공거래의 수익률을 기준으로 시가를 산정토록 한 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 의 규정에 반한다.
(1) 특허권 취득가액 부인 건에 관하여 (가) 일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나， 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면， 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격 이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한，당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못 한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002 두6392 판결， 대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결 등 참조). (나) 이 사건에서 보건대， 갑 제5호증， 을 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 종합하면 ① 조JJJ이 이 사건 특허가 출원된 1995. 10. 23.부터 2006. 3. 6.까지 GGGG의 대표이사로 근무하였던 사실，② GGGG이 1998. 10. 15. 중소기업 청으로부터 연구개발투자기업으로 지정받는 등 이 사건 특허출원 전부터 연구개발에 상당한 투자를 해온 사실，③ 이 사건 특허권은 알루미늄판낼에 랩퍼를 부착함에 있어 일반적으로 사용되던 피스고정 방식을 크립고정 방식으로 대체하는 것을 주 내용으로 하는 것으로서， GGGG이 설계·제조·시공하는 크린룸에 적용되는 기술인 사실，③ QQQ은 1999. 12. 17. 위 기술을 OO마크 신기술로 인정받을 당시， GGGG이 1999. 6.부 터 1999. 8.까지 6，000만 원의 기술개발비와 3명의 기술개발인력을 들여 위 기술을 개 발하였다고 주장한 사실이 인정된다. 나아가 위 인정사실 및 일반적인 경험칙상 이 사건 특허권은 크린룸을 설계·제조·시공하는 GGGG이 그 설계·제조·시공 과정에서 크린룸의 기능향상 및 생산비 절감에 관하여 얻은 아이디어 등을 토대로 한 것이거나， 동종 업체와 신제품·신기술 개발을 위해 경쟁하는 과정에서 획득된 것일 가능성이 크고， 그 기술의 내용에 비추어 단순한 구상만으로는 개발이 불가능하며， 기술의 실현가능성， 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고，거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요 될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 고안해 내는 것은 매우 어려운 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면， 이 사건 특허권이 조JJJ 명의로 되어 있기는 하지만， 실제로는 GGGG이 개발하였거나 조JJJ과 공동으로 개발한 것으로서 GGGG과 조JJJ 의 공동소유이고 GGGG의 지분비율이 최소 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된 다고 할 것이다. 따라서 앞서 본 법리에 따라， 이 사건 처분이 위법하다고 주장하는 원고에게 이 사건 특허권이 GGGG과 조JJJ의 공유가 아니라 조JJJ의 단독소유라는 사정(조OO의 단독발명이었다는 사정) 또는 조JJJ의 지분비율이 GGGG의 지분비율보다 더 높다는 사실을 입증하여야 할 부담이 돌아간다고 할 것인데， 갑 제5， 6호증(가지번호 포 함)의 각 기재만으로는 이 사건 특허권을 조JJJ 단독으로 발명하거나 고안하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. (다) 한편， 원고는 이 사건 특허에 대한 조JJJ의 기여율이 50%에 그친다 하더라도 GGGG이 조JJJ에게 지급한 000원은 위 특허에 대한 정당한 대가로 보기에 충분한 액수라고 주장하나， 원고가 제출한 자료들 만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부 족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며， 오히려 갑 제4호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， GGGG이 조JJJ으로부터 이 사건 특허를 양수 하면서 QQ회계법인 및 OOOOO법률사무소에 기술가치 평가를 의뢰하여 그 취득가 액을 40억 원으로 정한 사실이 인정될 뿐이다. (라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 특수관계법인 이익분여 건에 관하여 (가) 구 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것， 이하 ’법’이 라 한다) 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래 에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 (2007.2.28.대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것， 이하 ’시행령’이라 한다) 제88 조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하 게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방 법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서， 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고， 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되， 비특수관계자 간의 거래가격， 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 여기서 경제적 합리성을 판단하는 구체적 기준으로 우선 고려되어야 할 것은 법 제52조 제2항，시행령 제89조 제1항 등에서 말하는 ’시가’로 보아야 할 것이다. 즉，당해 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 과세관청이 입증하지 못하면(부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ’시가’에 대한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세 관청에게 있다. 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조) 다른 요소를 고려할 필요 없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아야 할 것이다. 반면 시가와 상당히 차이가 나는 가액으로 거래가 이루어졌음이 입증된 경우에는 당해 거래가 이루어진 경위 등 다른 사정을 종합하여 경제적 합리성 유무를 판단하여야 한다. 따라서 이 사건에서 피고 파주세무서장이 산정한 시가가 적정한 것인지 여부를 먼저 살펴보기로 한다. (나) 이 사건에서 피고 파주세무서장은 이 사건 하도급계약을 경제적 합리성 없는 행위로 보고， 원고의 이 사건 잔여공사 원가 000원을 그대로 시가로 인정하되，과세쟁점자문위원회의 의결결과를 수용하여 원고가 소외 회사에 교부한 견적서를 토대로 원고의 공사이익 기여분을 14억 원(= 공과잡비 000원 + 판매비 및 일반관리비 000억 원 + 이윤 및 공구손료 000원)으로 평가한 후，위 각 금원의 합계액 96억 원과 이 사건 하도급대금 174억 원의 차액인 92억 원을 익금 산입하는 방식을 취하였다(결국 위 피 고는 96억 원을 시가로 인정한 결과가 된다). 피고 파주세무서장의 위와 같은 계산방식은 시행령 제89조 제4항 제2호의 평 가방법과 그나마 유사하다고 보이는데，3) 을 제9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① GGGG이 원고에게 하도급 한 LCD크린룸 공사는 먼지 차단， 환풍， 온도·습도 유지， 지진 대비 및 공사기간 단축 등에 있어 최첨단기술을 요하는 공사로서 그 수익률 역시 일반 공사에 비해 윌등히 높 을 수밖에 없는 점，② 더욱이 원고와 소외 회사 사이의 위 견적서 상의 공사는 그 대금 및 규모 등에 있어 위 LCD크린룸공사와 차이가 큰 점 등에 비추어 보면， 위 피고가 시행령 제89조 제4항 제2호에 따른 ’유사한 용역제공거래’로 볼 수 없는 위 견적서 상의 이윤 등 계산법을 그대로 적용하여 이 사건 잔여공사용역의 시가를 산정한 것은 적법하다고 볼 수 없다. (다) 따라서 피고 파주세무서장이 이 사건 잔여공사 용역의 시가를 적정하게 산정하였음을 입증하지 못하여 GGGG이 원고로부터 고가로 용역을 제공받았음이 인정되지 아니하는 이상， 원고가 주장하는 경제적 합리성과 관련된 나머지 쟁점들에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 처분 중 특수관계법인 이익분여와 관련된 부분，즉 위 피고가 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 000원의 부과처 분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 70000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하다.
그렇다면， 원고의 피고 파주세무서장에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하고， 원고의 피고 중부지방국세청장에 대한 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.