연말정산에 의하여 소득세를 납부하였므로 무신고로 볼 수 없어 5년의 제척기간을 적용하여야 함

사 건 2011구합2472 종합소득세부과처분취소 원 고 최XX 피 고 남양주세무서장 변 론 종 결

2011. 12. 13. 판 결 선 고

2012. 1. 17.

1. 피고가 2010. 7. 6. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 19,871,360원, 2004년 귀속 종합소득세 45,356,690원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 XX 유한회사(이하 ’XX’라고만 한다)에서 근무하면서 2003 년부터 2007년까지의 기간 사이에 원고에게 발생한 갑종근로소득과 을종근로소득에 관하여 연말정산에 의한 소득세를 납부하였다.
• 나. 한편 원고는 위 기간 사이에 XX 유한회사의 모회사인 OO로부터 받은 주식매수선택권을 행사하였는데, 위 주식매수선택권 행사에 따른 소득에 관하여는 이를 을종근로소득의 연말정산에 포함하지 않았고, 이에 관하여 별도로 과세표준확정신고를 하지도 않았다.
• 다. 피고는 2010. 7. 6. 원고에게, 원고가 위와 같이 주식매수선택권 행사이익(을종근로소득)을 신고하지 않았다는 이유로 2003년부터 2007년까지 사이에 발생한 각 주식 매수선택권 행사이익에 관하여 각 해당 연도 귀속 종합소득세 합계 159,086,190원을 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 위 처분에 불복하여 2010. 9. 30. 국세청에 심사청구를 제기하였고, 2011. 4. 22. 기각결정을 받아 이 사건 소를 제기하였다(위 처분 중 주문 제1항 기재의 2003년 귀속 및 2004년 귀속 종합소득세부과처분을 ’이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 3, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 근로소득만 있는 자로 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하므로, 원고에게는 과세표준확정신고를 할 의무가 없다. 따라서 원고가 위 주식매수선택권 행사이익에 관한 소득 신고를 누락하였다 하더라도 이는 소득의 과소신고에 불과하고 따라서 위 행사이익에 관한 소득세의 부과에는 5년의 제척기간이 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 과세처분으로 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 국세기본법 제26조의2 는 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 7년간으로, 그렇지 않은 경우에는 부과제척기간을 5년간으로 정하고 있고, 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항, 제2항은 근로소득이 있는 자 또는 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자는 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우에 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

2. 원고가 2003년과 2004년의 을종근로소득2)에 관한 연말정산을 하면서 위와 같이 모회사인 OO로부터 받은 주식매수선택권의 행사이익을 누락한 사실은 앞서 본 것과 같다. 그러나 갑 제1호증, 제2호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2003년과 2004년의 연말정산을 하면서 위 기간 사이에 발생한 을종근로소득 (위 주식매수선택권의 행사이익을 제외하고 2003년 발생한 약 19,126,000원, 2004년 발생한 5,134,000원)에 관한 소득세를 글로벌을근납세조합을 통하여 원천징수납부한 후 이를 연말정산의 내용에 포함하여 정산·납부한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 소득세법 제73조 제2항 이 정한 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자로 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당한다 할 것이므로(원고가 을종근로소득에 관하여 연말정산을 통한 소득세를 납부함에 있어 주식 매수선택권 행사이익을 누락하였으나, 그러한 사정만으로 원고가 근로소득이 있는 자로서 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하지 않는다고 할 수는 없다), 원고에게 과세표준확정신고를 할 의무가 있다고 할 수는 없고, 따라서 원고의 위 주식매수 선택권 행사이익에 따른 소득에 관한 소득세부과의 제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년이 된다고 보아야 한다. 그렇다면 2010. 7. 6. 부과된 원고의 2003년 내지 2004년 귀속 소득에 관한 소득세 부과처분은 그 제척기간이 도과되었다 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

3. 피고는 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제137조 제2항은 소득세법 제73조 제2항 에서 규정하는 ’연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자’를 연말정산에 의하여 소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액이 없는 자를 말한다고 규정하고 있으므로, 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자라 하더라도 원고와 같이 소득에 관하여 납부할 세액이 있는 경우에는 과세표준확정신고를 하여야 한다고 주장한다. 그러나 위 시행령 규정은 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자라 하더라도 그 정산에 포함되지 않은 별개의 항목으로 확정신고자진납부를 하여야 할 세액이 있는 자에게 과세표준확정신고를 할 의무를 부과한 것이라고 해석하여 야 할 것인데, 원고가 을종근로소득에 관하여 연말정산을 통해 소득세를 납부한 사실 (일부 세액을 누락하였다 하더라도)은 앞서 본 것과 같으므로, 원고에게 위 시행령 규정은 적용될 수 없다 할 것이고 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다(피고의 주장과 같이 해석하게 되면 연말정산에 의한 소득세를 납부하였으나 소득의 일부가 누락된 경우에는 언제나 과세표준확정신고를 하여야 할 의무가 있고 그 누락된 소득에 관하여는 7년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이는 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여 소득세 납부의 간이화와 과세의 편의 및 행정력 절감을 위하여 과세표준 확정신고 의무를 면제하고 있는 소득세법 제73조 의 취지에 반하는 결과가 되어 부당하다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.