세금계산서가 가공거래에 해당하거나 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 이유로 한 과세처분은 적법

사 건 2011구합1240 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 XX 피 고 파주세무서장 변 론 종 결

2011. 8. 16. 판 결 선 고

2011. 10. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 12. 9. 원고에게 한 481,472,970원의 부가가치세 및 936,471,710원의 법인세 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 8. 10.부터 2009. 9. 30.까지 파주시 XX동 000-0에서 철골구조물 제조 및 건축자재 도·소매업을 영위하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 하여, 원고가 2006. 및 2007. 사업 연도에 121,060,000원 및 1,445,066,816원을 각 가공매출하고, 433,556,363원 및 3117,175,223원을 각 가공매입 하였으며, 495,884,727원의 매출과 21,270,000원의 매입을 각 누락하였으며, 80,000,000원을 위장매입한 것으로 판단하여 원고를 자료상으로 고발하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 다. 이에 피고는 2008. 12. 9. 원고에게 2006년 제271 부가가치세 46,264,430원, 2007년 제1기 부가가치세 416,556,780원 합계 462,821,210원을, 2006년 귀속 법인세 98,957,870원, 2007년 귀 속 법 인 세 743,288,530원 합계 842,246,400원을 경정 고지하였고, 기업자금유출액을 포함한 상여처분금액에 대하여 원고에게 소득금액변동통지(2006 년 귀속 764,102,999원, 2007년 귀속 5,598,322,197원)를 하였다.
• 라. 원고가 2009. 1. 19. 중부지방국세청에 이의신청을 하자, 중부지방국세청은 2009 4. 10. 원고의 이의신청에 따라 재조사결정을 하였고, 피고는 위 재조사결과 원고에게 2006년 제2기 부가가치세 58,019,430원, 2007년 제1기 부가가치세 410,791,630원 합계 481,472,970원을, 2006년 귀속 법인세 145,138,760원, 2007년 귀속 법인세 791,332,950원 합계 936,471,710원을 경정고지하고, 원고에게 변경된 소득금액변동통지를 하였다 (이하 위와 같이 변경된 2008. 12. 9.자 부가가치세 및 법인세 부과처분을 ’이 사건 부가가치세 부과처분’ 및 ’이 사건 법인세 부과처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 을 1 내지 5호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 원고 및 원고의 대표이사는 중부지방국세청의 고발에 의하여 조세범처벌법위반으로 고발되었으나 주식회사 OO산업과 관련된 부분 이외에는 모두 혐의없음을 이유로 불기소 처분을 받았으므로, 결국 이 사건 각 처분은 위법하다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여 피고가 부가가치세를 부과하기 위해서는 부가가치세 상당액 등이 수수된 사실이 확인되거나 실물이 존재하지 않음을 입증하여야 한다. 그러나 피고는 이러한 입증 없이 단순히 대금수수가 지연되거나 거래상대방의 폐업으로 인해 대금을 회수하지 못한 것을 가공거래로 간주하였고, 원고가 원고 대표이사 명의로 거래처 또는 거래처가 지정한 자에게 매입대금을 지급하는 경우를 가공매입으로 보았으며, 착오로 인한 세금계산서 발행을 매출누락으로 보아 과세하였다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3. 이 사건 법인세 부과처분에 관하여 통상적으로 원고와 같이 거래형태를 취하는 업체의 매출이익률은 2~3% 정도인데, 이 사건 법인세 부과처분에 의하면 원고의 순이익률이 12% 또는 14%를 넘는 결과가 될 뿐만 아니라, 위 처분은 원고의 자금흐름이나 회계처리를 정확히 파악하지 못하고 행하여진 것으로 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 갑 3호증의 기재에 의하면, 원고 및 원고의 대표이사 변CC이 조세범처벌법 위반의 점으로 수사를 받았으나 혐의없음을 이유로 불기소처분을 받은 사실을 인정할 수 있으나, 위 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고 및 변CC이 사기 기타 부정한 행위로 인하여 조세를 포탈한 것이라고는 보기는 어렵고 단순한 무신고나 허위 과소신고로 판단된다는 취지에서 불기소처분을 받은 사실을 인정할 수 있으므로, 원고 및 변CC이 불기소처분을 받았다는 사정만으로 이 사건 각 처분이 위법하다고 할 수 는 없다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여 을 3, 6, 7, 8호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 주식회사 부광 및 주식회사 백현으로부터 약 26억 원 상당의 물품을 외상으로 구매하였다면서 발행한 세금계산서는 그에 대한 결제 내역이 존재하지 않고, 원고가 그와 관련한 실거래내역을 인정할 자료도 제출하지 않은 사실, 원고가 △△산업 주식회사로부터 부가가치세에 해당하는 금액만을 지급받고 세금계산서를 발행한 사실, 원고는 ▽▽가설 주식회사 사이의 매출누락분에 관하여 금전소비대차 및 투자와 관련된 금액이라고 주장하나 이와 관련한 자료를 제출하고 있지 않은 사실, 원고는 타회사로부터 지급받지 못한 금액을 외상매출금으로 계상한 후 전액 회수 하였다고 하나 그와 관련한 기재 내역이 없거나 입금된 사실이 없으며, 입금된 금액도 그 즉시 현금 출금되거나 다른 회사로 송금된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 제반사정을 종합하여 보면, 이 사건 부가가치세 부과처분의 대상이 된 세금계산서가 가공거래에 해당하거나 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 이유로 한 위 처분은 적법하다고 봄이 상당하다(한편, 원고가 정상거래라고 주장하는 AA기계크레인, BB가설산업 주식회사, CC철강, DD렌탈 주식회사, 주식회사 EE코리아, Ff상사에 대한 부분은 원고의 이의신청에 의한 재조사결정을 통해서 원고의 주장이 인정되었다).

3. 이 사건 법인세 부과처분에 관하여 을 3, 6, 7, 8호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 타회사로부터의 외상매입금 등을 회계장부 등에 기재 하지 않는 등 회계장부에 자금의 형성과정과 흐름에 관한 내용을 일부 기재하지 않고 부실하게 기재하여 이를 비치하여 둔 사실, 원고의 자금 약 22억 원을 원고 대표이사 변CC의 개인명의 계좌로 유출하여 다른 용도로 사용한 사실을 인정할 수 있고, 원고가 위와 같이 변CC의 계좌로 유출하여 사용한 자금이나 가공매입, 매출 등에 관하여 구체적인 설명이나 증빙 자료를 제출하지 못한 점 등에 비추어 보면, 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 적법하고, 위 처분의 내용에 의할 때 원고의 매출이익률이 동종 업종의 평균 이익률 보다 높게 산정된다는 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 는 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.