종전농지의 보유기간이 3년 미만에 해당하므로 감면배제한 처분은 적법함

사 건 2011구단2413 양도소득세부과처분취소 원 고 민XX 피 고 의정부세무서장 변 론 종 결

2012. 7. 2. 판 결 선 고

2012. 8. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 000원 및 농어촌특별세 000원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 2. 15. 포천시 창수면 XX리 000 잡종지 3,577㎡(이하 ’이 사건 토지’라고 한다)을 취득하였는데, 위 토지가 한탄강 홍수조절 댐 건설사업(이하 ’이 사건 공익사업’이라고 한다)에 편입되어 2009. 6. 30.자 수용을 원인으로 2009. 7. 6. 국(관리청 국토해양부)에게 소유권이 이전되었다.
• 나. 원고는 2008. 11. 18. 포천시 창수면 XX리 000-1 전 2,049㎡(이하 ’이 사건 대토농지’라고 한다)를 취득하였다.
• 다. 원고는 2010. 5. 28. 이 사건 대토농지를 취득하여 자경하고 있다는 이유로 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항, 제3항, 같은 법 시행령(2010. 12. 7. 대통령령 제22516호로 개정되기 전의 것) 제67조의 규정에 따라 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 라. 피고는, 이 사건 토지의 보유기간 및 자경기간이 3년 미만에 해당한다는 이유로 원고의 양도소득세 감면신청을 받아들이지 아니하고, 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여, 2010. 12. 1. 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 000원 및 농어촌특별세 000원을 결정 ․ 고지(이하 ’이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 12. 27. 이의신청을 거쳐 2011. 3. 3. 심사청구를 하였으나 2011. 4. 18. 기각결정 되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 토지를 취득한 이래 계속하여 이 사건 토지에서 농작물을 재배하여 왔는데, 위 토지가 이 사건 공익사업 부지에 편입됨에 따라 원고의 의사에 반하여 국(관리청 국토해양부)에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 경료되었을 뿐이고, 현재까지 이 사건 토지를 점유하면서 경작하고 있고, 이 사건 토지의 보상금과 관련된 소송이 진행되었으므로, 위 소송의 사실심 변론종결시를 이 사건 토지의 양도시점으로 보아야 함에도, 이와 다른 전제하에 원고의 이 사건 토지에 관한 보유기간 및 자경기간이 3년 미만에 해당한다는 이유로 원고의 양도소득세 감면신청을 받아들이지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 농지의 대토에 의하여 양도소득세를 감면받기 위하여는 3년 이상 종전토지를 소유하면서 직접 경작하여야 하는바1), 피고는 원고의 이 사건 토지에 대한 보유기간이 3년 미만에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건의 쟁점은 원고의 이 사건 토지에 대한 보유기간이 3년 이상에 해당하는지 여부라고 할 것이다.

(2) 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제98조는 ”자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다"고 규정하고, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2010. 12. 7. 대통령령 제22516호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 ”법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다"고 하면서 각 호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니하는 경우를 별도로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이므로(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두165 판결 참조), 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000 두6282 판결). 그런데, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 는 대금청산일을 양도 시기로 보는 원칙에 대한 예외의 하나로 ’ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날’을 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 원고는 2007. 2. 15. 이 사건 토지를 취득하여 보유하다가 2009. 7. 6. 국(관리청 국토해양부)에게 소유권을 이전한 사실은 위에서 본 바와 같고, 이 사건 토지에 대한 수용 개시일이나 대금을 청산한 날에 대하여는 이에 대한 증거가 없어 확인되지 아니하나, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보고 있으므로, 원고가 이 사건 토지를 취득한 2007. 2. 15.부터 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기접수일인 2009. 7. 6.까지의 기간이 3년 미만에 해당하는 것이 계산상 명백한 이상, 농지 대토에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보고 한 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 토지의 양도시기를 달리 보아야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.