과세관청이 면세 ・ 과세사업자 해당여부를 검토할 의무는 없음

사 건 2010구합4648 부가가치세부과처분취소 원 고 유□□ 피 고 OOO세무서장 변 론 종 결

2011. 3. 29. 판 결 선 고

2011. 4. 26.

1. 원고가 2009. 3. 13. 피고에게 제출한 58,636,364원의 부가가치세 확정신고경정청구에 대한 피고의 부작위가 위법함을 확인한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1항 및 피고가 2009. 6. 30. 원고에게 한 부가가치세 55,715,340원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 12. 7. 피고에게, 상호 “BBB” 사업장 주소 “CCC시 DD면 EE리 산53-16”, 업종 “건설”, 종목 “주택신축판매업”으로 하는 면세사업자용 사업자등록 신청을 하고, 피고로부터 사업자등록증을 교부받았다.
• 나. 원고는 이후 원고가 영위하는 주택신축판매업이 부가가치세법상 과세사업자에 해당함을 알게 되어 2009. 1. 22.경 피고에게 위 사업자등록에 관한 폐업신고서를 제출 하고, 같은 날 피고에게 위 사업에 관한 사업자등록을 다시 신청하여, 같은 달 23. 피 고로부터 개업 연월일이 “2007. 12. 7."로 소급 기재되고 나머지 항목은 위와 동일한 일반과세자용 사업자등록증을 교부받았다.
• 다. 원고는 2009. 2. 20. 피고에게 원고의 위 사업과 관련하여 2008년 2기분에 대한 매입세액 공제신청을 하고, 피고로부터 49,794,740원의 부가가치세를 환급받았다.
• 라. 원고는 2009. 3. 13. 피고에게, 원고의 위 사업과 관련하여 2007년 271분 6,158,182원, 2008년 1기분 52,478,182원 합계 58,636,364원의 환급을 구하는 부가가치세 확정신고 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.
• 마. 피고는 위와 같이 원고의 신청에 따라 매입공제하여 환급한 2008년 2기분 부가 가치세를 원고가 사업자등록을 하기 전의 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하기로 하고, 2009. 6. 30. 원고에게 2008년 2기분 부가가치세 55,715,340원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
• 바. 원고는 2010. 3. 10. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 제기하고, 같은 해 8. 17. 기각결정을 받아 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2, 8 내지 12호증, 을 1 내지 3, 5, 9호증, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 부작위 위법확인 피고는 원고가 2009. 3. 13. 원고에게 한 이 사건 경정청구에 대하여 아무런 결정을 하지 않았는데 피고의 위 부작위는 위법하다.

2. 이 사건 처분의 위법성

• 가) 원고는 당초 사업자등록 신청을 할 당시 원고의 사업이 면세사엽에 해당하는지 과세사업에 해당하는지 알지 못하였는데, 피고 담당공무원이 임의로 면세사업자로 등록하고 사업자등록증을 발급하여 주었다. 가사 원고가 면세사업자로 기재하여 신청하였다 하더라도 피고는 원고의 사업이 과세사업에 해당하는 경우 이를 정정하여 주어야 할 의무가 있음에도 이를 하지 않았다. 따라서 피고의 의무를 다하지 않고서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나) 피고가 원고에게 일반과세자용 사업자등록증을 교부하여 줄 때 개업 년월일을 최초 개업일인 2007. 12. 7.로 기재하여 교부하였으므로 원고는 원고의 사업자등록 이 2007. 12. 7.에 소급하여 등록된 것으로 신뢰하였음에도, 이 사건 처분을 한 것은 원고의 신뢰를 침해한 것으로 위법하다. 나.관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부작위 위법확인 청구에 관한 판단 국세기본법 제45조의2 제1항, 제3항은, 납세의무자는 납부할 세액에 변동이 있는 경우 관할 세무서장에게 세액의 경정을 청구할 수 있고, 경정청구를 받은 세무서장은 2개월 이내에 그 결과를 통지하도록 규정하고 있다. 원고가 2009. 3. 13. 피고에게 이 사건 경정청구를 한 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 관할 세무서장인 피고에게는 이에 대한 응답의무가 있다 할 것인데, 을 4호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 내부적으로 원고의 이 사건 경정처분에 대하여 각하결정을 한 사실을 인정할 수 있으나, 이를 원고에게 통지한 사실 을 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 피고가 원고의 이 사건 경정청구에 대한 결과를 통지하지 않은 부작위는 위법하다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부 가) 부가가치세법 제5조 제1항, 제17조, 위 법 시행령 제7조 제1항, 제8항은 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 사업자등록 정정 신청을 하는 경우에는 사업자등록정정신고서가 제출한 때 등록신청을 한 것으로 본다고 규정하고 있다. 원고가 2009. 1. 22. 피고에게 원고가 영위하는 사업에 관하여 사업자등록신청을 한 사실은 앞서 본 것과 같으므로 특별한 사정이 없는 한 원고의 2008년 2기분 매입세액을 사업자등록 이전의 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제하고, 원고에게 이미 환급한 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다. 원고는 원고로부터 사업자등록 신청을 받은 피고 담당공무원이 임의로 원고의 사업을 면세사업자로 기재하고 원고에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 또한, 원고는 피고에게는 사업자등록 신청 서류를 받게 되면 그 신청내용이 면세사업자에 해당하는지, 과세사업자에 해당하는지 검토하여 과세사업자에 해당하는 경우 이를 과세사업자로 등재할 의무가 있다고 주장하나, 사업자등록 신청을 받은 피고로서는 원고가 장차 진행할 사업의 내용이나 규모 등을 판단할 아무런 자료를 제출받지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 피고에게 원고 주장과 같은 의무가 인정된다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

• 나) 피고가 2009. 1. 23. 원고에게 개업 연월일이 2007. 12. 7.로 기재된 사업자 등록증을 교부한 사실은 앞서 본 것과 같으나, 이는 원고의 폐업 신고 및 새로운 사업자등록 신청을 사업자등록정정신청으로 보아 원고의 사업의 연속성을 확인하여 준다는 의미에서 교부된 것으로 보이고, 위와 같은 사정만으로 피고가 원고에게 원고의 일반 과세자용 사업자등록신청이 2007. 12. 7.에 이루어진 것이라는 신뢰를 부여하였다고 할 수는 없으며, 달리 원고의 위 주장사실을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 피고의 부작위위법확인을 구하는 부분을 이유 있어 이를 인용하고, 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.