면세 사업자등록만 한 경우 등록전 매입세액에 해당함

사 건 2010구합3270 부가가치세부과처분취소 원 고 XX조합 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 3. 29. 판 결 선 고

2011. 7. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 1l. 26. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 235,291,795원 및 2008년 제1기 부가가치세 235,042,270원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 6. 11. 아파트 재건축사업을 위하여 설립된 재건축주택조합으로서 2004. 6. 19. 피고로부터 ’면세사업자용’ 사업자등록증(등록번호: 132-91-XXXXX)을 교부받았다가, 2008. 10. 7. 일반과세자용 사업자등록증(등록번호: 132-22-OOOOO)을 정정, 교부받았다.
• 나. 원고는 2007년에 수취한 공급가액 2,099,657,000원의 세금계산서(이하 ’이 사건 1 세금계산서’라 한다)에 대하여는 부가가치세신고를 하지 아니하였고, 2008년 제1기에 수취한 공급가액 2,481,835,000원의 세금계산서(이하 ’이 사건 2 세금계산서’라 한다) 및 2008년 제2기에 수취한 공급가액 3,390,055,000원(이하 ’이 사건 3 세금계산서’라 한다)의 세금계산서에 대하여는 2008. 10. 25. 및 2009. 1. 25. 각 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 1 세금계산서상 매입세액 중 165,496,000원, 이 사건 2 세금계산서상 매입세액 248,184,000원, 이 사건 3 세금계산서상 매입세액 중 198,280,000 원(이하 위 매입세액을 총칭하여 ’이 사건 매입세액’이라 한다)을 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되고, 2018. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제5호에 규정한 등록전 매입세액에 해당된다는 이유로 불공 제 처리하여 2009. 11. 26. 원고에 대하여 부가가치세 2007년 제2기 235,291,795원 및 2008년 제1기 235,042,270원을 경정, 고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한
• 다. (1) 원고는 사업계획상 실체가 과세사업자였으나 피고 측 담당공무원의 잘못된 지도로 인해 면세 사업자등록을 하게 되었음에도 불구하고, 피고는 원고가 일반 사업자 등록 정정신청을 하기 전까지 수취한 이 사건 세금계산서를 다른 무등록자와 마찬가지로 취급하여 등록전 매입세액으로 판단하였다. (2) 부가가치세 법 제17조 제2항 제5호 소정의 ’제5조 제1항의 규정에 의한 등록’에는 면세 사업자등록도 해당되므로, 원고가 사업을 개시하여 면세 사업자등록을 한 이래 발생한 이 사건 매입세액은 비록 원고가 일반과세 사업자등록 정정신청을 하기 전이라 하더라도 등록전 매입세액에 해당되지 아니한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여 살피건대, 이 사건에 있어서 원고가 제출한 증거만으로는 피고가 원고에게 원고의 주장과 같이 잘못된 내용의 사업자등록 지도를 하였다고 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다(오히려 당시 사업자등록 담당공무원인 증인 이AA은 이 법정에서 ”통상적으로 신청자가 사업자등록신청서의 면세사업자란에 체크하고, 증인은 신청서 내용대로 전산입력만 한다. 증인이 이 부분에 대하여 원고 조합장 이BB에게 별도의 설명을 한 적은 없다"는 취지로 증언하고 있을 뿐이다). 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여 부가가치세법 제5조 제1항 은 신규로 사업을 개시한 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 하고, 같은 법 제2조 제1항은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 하며, 같은 법 제20조 제3항, 같은 법 시행령 제8조, 같은 법 시행령 제67조 제1호에 의하면 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 면세사업자에 대하여는 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있도록 되어 있고, 소득세법 제168조 제1항 은 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다고 각 규정하고 있는바, 위와 같은 사업자등록에 관련된 각 규정의 취지를 종합하면 부가가치세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 같은 법 제17조 제2항 제5호 소정 의 ”제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이다. 따라서 부가가치세의 면세사업자가 사업자 등록신청을 하여 ”면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이거나 부가가치세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 부가가치세법 제5조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다고 함이 상당하다(대법원 1984. 7. 10. 선고 84누1263 판결, 1995. 11. 7. 선고 95누8492 판결 참조). 따라서 앞서 본 바와 같이 원고가 면세 사업자등록만 하고 사업을 계속하여 왔더라도 일반과세 사업자등록을 하기 전에 부가가치세 과세사업을 영위하여 이 사건 매입세액이 발생한 이상, 이는 부가가치세 산정시 공제대상에서 제외되는 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 등록전 매입세액에 해당한다 할 것이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.