사업시행자가 사업시행인가를 받기 전에 양도한 경우에도 과세특례가 적용됨

1.피고가 2009.10.1.원고에게 한 양도소득세 16,022,270원의 부과처분을 취소한다. 2.소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2001.12.31.○○ ○○구 ○○동 122 대 46.3㎡, 같은 동 123 대 271.1㎡, 같은 동 126 대 214.9㎡ 및 위 같은 동 126 토지상의 지상건물(이하 위 각 토지 및 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대한 각 지분 1/18을 취득하고, 2007.7.2.이 사건 부동산에 대한 지분 전부를 □□이 주식회사(이하‘소외 회사’라 한다)에 양도하였다.
• 나. 소외 회사는 2009.5.22. 이 사건 부동산 등 일대에 대하여 ○○구역 제12-16지구 도시환경정비사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)시행인가를 받고 위 사업의 시행자로 지정․고시 되었다.
• 다. 이에 원고는 2009.6.18.피고에게, 원고가 소외 회사에 이 사건 부동산을 양도한 것은 정비구역의 사업시행자에게 양도한 것이므로 양도소득세의 감면을 해달라는 경정청구를 하였고, 피고는 2009.8.4.원고의 신청에 따라 원고의 2007년 귀속 양도소득세를 10%감면하는 경정처분을 하였다.
• 라. 한편, 피고는 2009.10.1.원고가 이 사건 부동산을 양도할 당시 양수인인 소외 회사가 사업시행자의 지위에 있지 아니하여 감면대상이 아니라고 판단하고, 위 경정처분을 재경정하여 원고에게 양도소득세 16,022,270원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6, 을 1호증, 변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 소외 회사는 도시환경정비사업을 시행하기 위하여 사업시행자의 지위에서 원고로부터 이 사건 각 부동산을 매수하였는데, 비록 위 회사가 당시 이 사건 사업시행자로서 인가를 받지 못하였다 하더라도 이 사건 토지의 양도는 감면대상인 조세특례제한법(이하‘조특법’이라 한다)제77조에서 규정하는 공익사업용토지에 대한 양도에 해당한다 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하고, 또한 사업시행인가를 기준으로 감면규정의 적용 여부를 결정하는 것은 조세평등의 원칙에도 위배된다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 조특법 제77조 제1항 제2호는 도시 및 주거환경정비법(이하‘도정법’이라 한다)에 의한 정비구역 안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는데, 원고가 소외 회사에게 이 사건 부동산을 양도할 당시 소외 회사가 이 사건 사업의 시행자로 인가되지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건의 쟁점은 도시환경정비구역 내에서 사업시행인가를 받지 않은 상태로 사업을 시행하는 자에게 부동산을 양도한 후 그 사업에 대한 인가가 이루어진 경우에, 이를 법 제77조 제1항 제2호에서 정한 사업시행자에게 양도한 경우에 해당한다고 보아, 위 과세특례규정을 적용할 수 있는지 여부에 있다. 살피건대, 조특법에서는 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세를 감면하는 규정을 두고 있을 뿐 사업시행자에 관하여 별도의 직접적인 정의규정을 두고 있지는 않은데, 조특법 및 도정법의 관계규정을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 점, 즉 ①도정법 제2조 제8호는 사업시행자라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하면서, 제28조에서는 사업시행자는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등 서류를 첨부하여 사업시행인가를 받도록 규정하고 있어 사업시행인가 이전에도 사업시행자로서의 지위를 인정하는 것처럼 규정하고 있는 점, ②또한, 도정법 제8조 제3항은 도시환경정비사업은 조합 또는 토지 등 소유자가 시행하거나 일정한 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행할 수 있도록 규정하고 있는 한편, 제4항은 시장․군수로 하여금 천재․지변 그 밖의 불가피한 사유가 있는 경우 직접 정비사업을 시행하거나 일정한 요건을 갖춘 자 등을 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있도록 규정하고 있어 행정청으로부터 사업자지정을 받지 않더라도 도시환경정비사업을 시행할 수 있는 사업시행자가 될 수 있는 것으로 보이는 점(이 경우에 있어서의 사업시행인가는 그 이전부터 정비사업을 수행해 오고 있던 사업시행자를 그대로 승인하고 확정하는 효과만을 가질 뿐 사업시행자가 아니었던 자를 비로소 사업시행자로 지정하는 효과가 있다고 할 수는 없다), ③정비사업의 시행에는 정비구역의 지정이 선행되어야 하고 그 후 사업 시행인가 이전 단계에서도 필요적으로 사업시행계획서의 작성이나 토지소유권의 취득 등이 요구될 뿐만 아니라 건축물에 대한 건축위원회의 심의 등을 거칠 것이 요구되고, 그에 따라 사업을 시행하고자 하는 자는 인가를 받기 이전에도 사업시행이나 인가와 관련한 일련의 절차를 진행할 수밖에 없는 것으로 보이는 점, ④조특법 제77조는 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세를 감면하는 규정인데, 이는 공익사업의 원활한 시행 및 납세자의 세부담 완화를 도모하기 위하여 제정된 것으로 보이는데, 실제 정비사업에 대한 인가를 받은 이상 사업시행인가 이전에 사업시행에 협조하여 토지를 양도한 자에게 위 특례규정의 적용을 배제함으로써 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비하여 불리한 지위에 있게 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는 점, ⑤조특법 제77조 제2항 제2호 전단은 ‘제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한 내에 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니한 경우’에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는데, 위 규정은 사업시행인가를 준비하는 단계에 있는 사업시행자 즉 사업시행인가 전의 사업시행자도 양도소득세의 감면대상이 된다는 전제에서 규정된 것으로 보이는 점, ⑥조특법 제77조가 사업시행인가 이후의 양도만을 감면대상으로 규정하는 취지라면 사업시행인가 후 수용으로 인하여 발생한 양도소득의 감면을 규정하고 있는 제1항 제3호의 규정만을 두면 될 것임에도 별도로 사업시행자에게 양도함으로 발생하는 소득에 대한 감면인 같은 항 제1,2호의 규정을 두고 있는 점 등을 종합하여 보면, 위 조특법 제77조 제1항 제2호의 과세특례규정은 정비구역 내에서 사업시행인가 전에 그 사업시행자에게 토지를 양도한 경우라 하더라도 그 후 사업시행자가 실제 사업시행인가를 받은 경우에도 적용된다고 해석함이 관련규정의 문언이나 입법취지 등에 부합하는 해석이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 부동산의 양도와 관련한 양도소득의 산정에 있어서도 위 과세특례 규정이 적용된다고 할 것이므로, 위 규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 부적법하다. 3.결 론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.