실지조사방법으로 법인세를 부과하고 소득금액변동통지한 처분은 적법함

사 건 2009구합480 법인세부과처분취소 원 고 XX건설 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 4. 12. 판 결 선 고

2011. 8. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한 2007. 8. 2. 소외 박AA에 대한 2002 사업연도 귀속 상여처분액 9,533,436,836원, 2003 사업연도 귀속 상여처분액 14,4 7 4,959,601원의 각 소득금액변동통지처분 및 2007. 8. 28. 2002 사업연도 귀속 법인세 5,325,661,563원, 2003 사업연도 귀속 법인세 4,373,682,179원3)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 3. 17. 건축공사업, 주택건설업 등을 주된 업종으로 하여 설립된 법인이다.
• 나. 중부지방국세청장은 2007. 1. 23.부터 2007. 7. 27.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 2002, 2003 사업연도 중 XX빌 1차 오피스텔 등 오피스텔 3개 및 상 가 4개(이하 ’이 사건 부동산’이라 한다)를 신축·분양하면서 아래 내용과 같은 매출누락, 가공노무비 등을 발견하고, 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다. (아래 표 생략)
• 다. 피고는 위 과세자료를 근거로 원고에 대하여, 2007. 8. 2. 원고의 대표이사인 박AA에 대한 2002 사업연도 귀속 상여처분액 9,533,436,836원(매출누락 금액 7,108,756,836 원, 가공노무비 금액 2,424,680,000원), 2003 사업연도 귀속 상여처분액 14,474,959,601 원(가공노무비 2,835,890,000원, 공사원가 1,582,263,320원)의 각 소득금액변동통지 처 분(이하 총칭하여 ’이 사건 소득금액변동통지 처분'이라 한다)을 한 후, 2007. 8. 28. 2002 사업연도 귀속 법인세 5,889,784,664원, 2003 사업연도 귀속 법인세 4,983,803,386 원의 각 부과처분(이하 총칭하여 ’당초 법인세 부과처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 불복하여 2007. 10. 29. 국세심판원(현 조세심판원)에 심판청구를 제기하였으나 2008. 11. 29. 기각결정을 받았다.
• 마. 그 후 피고는 2011. 2. 10. 원고가 손금의 추가 산입을 주장하면서 제출한 노무 비 지출 관련 자료 중 주민등록번호 등 인적사항이 확인되는 일부 금액을 손금산입하여 2002 사업연도 귀속 법인세를 5,325,661,563원(564,123,101원 감액), 2003 사업연도 귀속 법인세를 4,373,682,179원(610,121,207원 감액)으로 감액경정(이하 당초 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ’이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2호증의 각 1 내지 13, 을 제3, 4호증의 각 1, 2, 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

• 가. 피고의 주장 원고의 청구 중 이 사건 소득금액변동통지 처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니하였으므로 각하되어야 한다.
• 나. 판단 국세기본법 제56조 제2항 이 조세처분에 대한 취소소송의 제기에 앞서 심사청구 등 행정심판절차를 필요적으로 거치도록 규정한 취지는 처분청으로 하여금 스스로 재고·시정할 기회를 갖게 함과 아울러 상급 행정청에게는 감독권에 기한 사정의 기회를 주 며, 또 대량적이고 반복적인 조세분쟁사건을 전심단계에서 걸러지게 하고 분쟁의 사안 내용을 마리 정리하게 하여 법원의 부담을 덜어주려는 데에 있는 것이므로, 납세자가 이러한 행정심판전치요건을 적법하게 거쳤는지의 여부는 위와 같은 전치제도설정의 취지를 충분히 고려하여 판단하여야 한다. 한편, 행정소송법 제18조 제3항 제2호 에서 ’서로 내용상 관련되는 처분 또는 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 처분 중 어느 하나가 이미 행정심판의 재결을 거친 때’에는 다른 처분에 관하여 행정심판을 거치지 아니하고도 취소소송을 제기할 수 있는 것으로 규정하고 있는 것은 비록 형식적으로는 그 각 처분이 별개의 처분이라고 하더라도 그 위법사유나 분쟁의 내용이 서로 공통되어 어느 한 처분에 대하여 행정심판을 경유하면 다른 처분과 관련하여서도 그 처분청에게 재고 또는 시정의 기회를 부여한 것으로 볼 수 있는 경우에는 그에 대하여 별도의 행정심판을 거치지 아니하고도 취소소송을 제기할 수 있도록 함으로써 무용한 절차의 반복을 피하고 행정구제제도의 실효를 거두게 하기 위한 것으로 풀이된다. 이 사건에 대하여 보건대, 이 사건 소득금액변동통지 처분 및 법인세 부과처분은 매출누락, 가공노무비, 공사원가를 법인의 익금에 산입하여 법인세로 부과하고, 이와 관련하여 대표자 상여로 소득금액변동통지를 한 것인바, 서로 내용상 관련되는 처분으로서, 법인세에 대한 부과처분이 취소되지 않는 한 소득금액변동통지처분은 취소되지 않을 것이므로 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 경우에 해당한다고 볼 수 있고, 가사 그러하지 아니하더라도 을 제4호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 조세심판원의 2008. 11. 29. 기각결정에 소득금액변동통지에 대한 명시적인 판단은 없었더라도 원고가 심판청구서 중 날짜란에 2007. 8. 2.로 기재하고, 불복이유란에 소득금액변동통지 내용을 기재한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 인정사실에 의하면, 조세심판원이 이 사건 소득금액변동통지 처분에 대한 취소가 불가하다는 취지의 묵시적 판단은 하였다고 보아야 할 것이다. 따라서 피고의 위 본안전 항변은 여러 모로 보나 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 원고는 사업 초기였던 2002, 2003 사업연도에 회계전문인력도 없었고, 그에 대한 증빙서류도 제대로 구비하지 못한 상태여서, 당시 공사원가에 관한 자료 대부분은 허위로 과소계상된 것이거나 아예 이에 대한 자료가 없는 상태였으므로, 이는 구 법인세 법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제1호 소정의 ’소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당한다. 따라서 피고는 같은 조 제2항 제1호의 기준경비율에 의한 방법으로 소득금액을 추계로 계산하여 결정하여야 하고, 나아가 이에 대응하는 노무비, 원가를 인정하여 이를 손금산입하였어야 함에도 불구하고 이와 달리 한 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 판단 추계과세는 과세표준과 세액결정의 근거가 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 사실에 부합하는 자료이고 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고 또한 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사를 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 참조). 또, 매출납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세 의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니 라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도비용은 없다고 할 수 있을 것이고, 이 경우 총손금의 결정방법과는 달 리 그 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산 출·공제할 수는 없다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결). 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제3, 4호증의 각 1 내지 4, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1내지 3, 갑 제7호증의 1 내지 7, 갑 제8호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5, 6호증, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8, 9호증, 을 제10호증의 1 내지 10, 을 제11 호증의 1 내지 70, 을 제12호증의 1 내지 25, 을 제13, 14호증의 각 1 내지 22, 을 제15호증의 1 내지 23, 을 저1116호증의 l 내지 35, 을 제17호증의 1 내지 3, 을 제18호증 의 l 내지 4, 을 제19호증의 1 내지 5, 을 제20호증의 1 내지 66, 을 제21호증의 1, 2, 을 제22호증의 1 내지 34, 을 제23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 중부지방국세청장은 2007. 1. 23.부터 2007. 7. 27.까지 원고에 대하여 2002, 2003 사업연도 세무조사를 실시하면서, 원고의 이중장부 중 실제 장부(수기로 작성된 것), 누락된 분양계약서, 원고 스스로 작성한 전산장부(컴퓨터 파일), 원고의 분양가 등에 관한 분양자들로부터 받은 회신문 등을 근거로 위 사업연도 중 이 사건 부동산을 신축·분양하면서 분양계약서를 이중으로 작성하는 방법으로 분양 수입금액 16,031,384,024원(2002년 6,710,030,233원, 2003년 9,321,353,791원)을 신고누락한 것으로 확인하여 이를 익금산입하는 한편, 원고의 직수가 2002년에 22명에 불과하여 자체적으로 공사를 수행할 수 없다고 보아 2002 사업연도 일용노무비 계상액 5,721,270,000원을 손금불산입(원고가 주장한 일용노무비 계상액은 6,218,870,000원인데, 당초 법인세 부과처분시에는 피고는 주민등록번호 등 인적사항이 확인되는 497,600,000원에 대하여만 손금산입하고 5,721,270,000원은 손금불산입 하였으나 그 후 2011. 2. 10.자 감액경정 처분시에는 추가로 주민등록번호 등 인적사항이 확인되는 712,461,000 원에 대하여도 손금산입 해주었음, 결국 최종 손금불산입한 액은 5,008,809,000원임) 하였으며, 2003 사업연도에 하청업체(□□건설산업 주식회사)로부터 1,582,263,320원의 가공매입세금계산서를 수취하였다 하여 동 금액을 손금불산입 하였던 점, 중부지방국세청장은 위 조사결과에 따라 2007. 8. 22. 원고와 관련인들에 대하여 법인세 포탈혐의 로 의정부지방검찰청 고양지청에 고발하였고, 의정부지방검찰청 고양지청은 2008. 1. 31. 원고와 관련인들을 기소(의정부지방법원 고양지원 2008고단147 조세범처별법위반) 하였던 점, 피고는 원고가 작성한 전산파일과 수가장부에 대한 조사를 통하여 이 사건 부동산의 실분양가액을 인지하고 피분양자들에 대한 확인절차를 통하여 수입금액 누락액을 산정하였으며 그에 대응하는 토지매입원가 등 실제 원가를 확인하고 일부는 원가를 추가로 인정하였던 점, 이에 반하여 원고는 피고가 산정 수입금액 및 매출원가가 잘못되었음에 대하여는 아무런 입증자료를 제시하지 아니한 채 단지 수입금액 및 소득 금액 허위기장율이 높다는 주장만 되풀이 하고 있는 점(원고는 업무를 시작한지 얼마 되지 않았다는 등의 추상적인 이유만을 들면서 실제 장부나 기타 과세를 위한 자료를 제출하지 않다가 과세관청이 세무조사를 한 이후에야 추가적인 부외경비 관련 자료를 제출하였을 뿐이다), 나아가 원고는 익금에 관한 컴퓨터 파일이나 이중장부 작성경위에 관하여 전혀 합리적인 설명을 하지 못하고 있고, 손금에 관하여는 어떻게 22명의 원고 직원이 한해 동안 원고가 주장하는 바와 같은 무려 57억 원 이상에 해당하는 만큼의 일용노무비를 지출할 수 있었는지에 대한 납득할 수 있는 해명도 하지 못하고 있으며, 원고 주장의 일용노무비 중 총 3,296,590,000원은 지출일이라고 주장하는 당일에 곧바로 비용으로 처리한 것이 아니라, 일단 미지급비용으로 계상하였다가 추후에 지출한 것으로 회계처리를 한 것으로, 일용노무비가 성질상 그때그때 바로 지급하는 것으로서 이를 미지급비용으로 처리할 성질의 것이 아닌바 회계처리 내역도 거래관행에 비추어 맞지 않는 점, 원고는 2003 사업연도에 □□건설산업 주식회사에 대한 공사대금 1,582,263,320원도 손금에 산입하여야 한다고 주장하나 □□건설산업 주식회사와 원고 가 골조공사에 관하여 공사도급계약을 체결한 것은 2003. 12. 22.임에도, □□건설산업 주식회사가 세금계산서를 교부한 것은 계약체결 이전이거나 직후인 2003. 11. 30. 및 2003. 12. 31.로서 원고의 주장은 계약체결일 전이나 직후에 기성고가 발생하였으며 공사대금을 지급하였다는 것이 되어 도저히 납득될 수 없는 주장일 뿐만 아니라 원고가 □□건설산업 주식회사에 지급한 금원이 다시 원고의 계좌로 입금된 것으로 밝혀졌는 바, 이는 원고가 제출한 □□건설산업 주식회사에 대한 매입세금계산서가 가공의 것이 라는 것을 보여주는 점 등에 비추어 보면, 과세표준과 세액을 추계조사가 아닌 실지조사방법에 의하여 앞서 본 매출누락, 가공노무비, 공사원가를 법인의 익금에 산입하여 법인세로 부과하고, 이와 관련하여 대표자 상여로 소득금액변동통지를 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없고, 실지조사에 의한 소득율이 원고의 당초 법인세 신고시 장부가장에 의한 소득율이나 동 종업종의 기준경비율 등에 따른 소득율보다 높다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.