자료상으로 판정되었다는 사실만으로 실물거래가 없었다고 할 수 없음

1. 피고가 2008. 7. 9. 원고에게 한 2006년 소득세 205,016,120원 부과처분을 취소한다. 2.소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 재생재료수입판매업 등을 목적으로 2005. 5. 2. 설립된 ★★금속 주식회사(이하, ‘★★금속’이라고 한다)는 2006년 2기 부가가치세 과세기간 중 ☆☆고물상으로부터 아래와 같이 3회에 걸쳐 공급가액 합계 481,487,900원의 매입세금계산서(이하, ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 수취하였다.
• 나. ○○세무서장은 ☆☆고물상에 대한 세무조사 결과 이 사건 세금계산서는 실물거래없이 발행ㆍ교부되었음을 확인한 후 2007. 6. 대표자 박●●을 검찰에 고발하고, ★★금속 관할 세무서인 남양주세무서에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 피고는 위 자료에 근거하여 2008. 1. 2. ★★금속에게 2006 사업연도 법인세 (166,194,751원) 및 2006년 2기 부가가치세를 경정ㆍ고지하였고, 2008. 1. 8. ★★금속 의 대표이사인 원고에게 대표자 상여처분(529,635,700원)을 하였으며, 2008. 7. 1. 위 상여처분된 금액에 기초하여 원고에게 종합소득세 205,016,124원을 경정ㆍ고지(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2008. 10. 7. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나 2009. 1. 19. 기각결정을 받고, 2009. 4. 16. 이 사건 소를 제기하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1호증, 을 1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각, 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 개량표 및 입고전표 등에 의해 고철 매입사실이 확인되고, 통장거래내역에 의해 대금지급사실이 확인되는 점을 감안하면 이 사건 세금계산서는 실질 거래에 근거한 것임 을 알 수 있는바, 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단

1. 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2. 이 사건에 관하여 보건대, 을 2호증의 2의 기재에 의하면, ○○세무서장은 ☆☆고물상에 대하여 2006년 271 과세기간 동안의 자료상혐의조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서를 포함하여 ☆☆고물상이 원고 등 매출처에 교부한 세금계산서 전부가 실물거래 없이 수수된 허위의 세금계산서인 것으로 보아 ☆☆고물상을 자료상으로 판정 하여 그 대표자인 박●●을 조세범처벌법 위반 혐의로 고발한 사실은 인정되나, 한편 갑 3, 4, 5, 6, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ☆☆고물상이 ○○세무서장으로부터 자료상으로 조사받을 당시 ☆☆고물상이 원고에게 실물거래 없이 허위로 이 사건 세금계산서를 발행하였는지 여부가 직접 조사되어 확인된 것은 아닌 사실, ☆☆고물상의 대표자 박●●에 대한 결과 혐의없음 처분이 내려진 사실, 원고는 이 사건 세금계산서의 기재 내용대로 그 거래일자에 고철의 매입대금 상당액을 원고 명의의 예금계좌에서 ☆☆고물상 명의의 예금계좌로 송금한 사실, 원고가 ☆☆고물상으로부터 이 사건 세금계산서 기재일자에 고물을 공급받았다는 내용의 입고 전표, 계량표가 작성되어 있는 사실, 이에 대하여 피고는 ☆☆고물상이 위 금원을 곧바로 자신의 매입처에 송금하였음을 이유로 허위의 세금계산서 수수를 은폐하기 위한 금융거래조작에 불과하다고 판단하면서도 위와 같이 송금된 금원이 다시 원고에게 반환 되었는지 여부를 조사하지 않았거나 밝히지 못한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면, 이 사건 세금계산서를 발행한 ☆☆고물상이 자료상으로 판정되어 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된, 사실과 다른 세금계산서임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.