3년 이상 자경한 농지에 해당되어 농지대토 요건이 충족되었다는 주장의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 1. 2. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 94,107,087원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 3. 31. 고양시 ○○구 ○○동 ○○○ 답 1,410㎡(이하, ‘이 사건 제1토지’라고 한다)에 관하여 2006. 3. 30. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마치고, 1993년부터 소유해 오던 고양시 ○○구 ○○동 ○○○ 답 1,336㎡(이하, ‘이 사건 제2토지’라고 한다)를 2006. 5. 10. 유○옥에게 매도하였다.
• 나. 원고는 2006. 5. 26. 이 사건 제1토지는 농지의 대토로 취득한 것이므로 조세특례제한법 제70조 에 의하여 양도소득세 감면대상이라고 주장하면서 산출 양도소득세 94,107,087원을 전액 감면세액으로 공제하여 피고에게 과세표준을 신고하였다.
• 다. 피고는 세무조사를 실시한 결과 ‘원고가 이 사건 제1토지를 자경한 사실이 인정되지 않아, 농지대토로 인한 양도소득세 감면요건을 구비하지 못하였다’는 이유로 2007. 1. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 94,107,087원을 부과⋅고지하였다(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2007. 3. 27. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2007. 5. 30. 기각결정을 받았고, 2007. 8. 31. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나 2007. 12. 11. 기각결정을 받아 2008. 3. 7. 이 사건 소를 제기하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 을 4, 11, 12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 제2토지의 소재지에 거주하면서 3년 이상 위 토지에서 표고버섯을 직접 경작하였고, 유○옥에게 위 토지를 매도한 2006. 5. 30. 무렵에는 고추, 감자, 콩 등을 재배하고 있었으므로 농지대토로 인한 양도소득세 감면요건을 갖추었음에도 피고가 이 사건 처분을 내린 것은 위법하다.
• 나. 관계법령 조세특례제한법 제70조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면) 구 조세특례제한법 시행령 제67조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등)
• 다. 판단 1) 조세특례제한법 제70조 제1항, 같은 법 시행령 제67조 제3항 제2호에 의거한 농지대토로 인한 양도소득세 비과세는 ① 3년 이상 종전 농지 소재지에 거주하면서 직접 경작(거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것)하였을 것, ② 종전 토지는 농업소득세의 과세대상이 되는 토지이어야 하고, 새로 취득하는 토지도 농지일 것 ③ 새로운 농지의 취득 후 1년 내에 종전 농지를 양도할 것, ④ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도농지 면적의 2분의 1 이상이거나 그 가액이 양도농지 가액의 3분의 1 이상일 것, ⑤ 자경농민이 경작상 필요에 의하여 취득할 것, ⑥ 새로운 농지 취득 후 3년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작할 것을 그 요건으로 하고있다.

2. 원고가 1993년부터 1997넌 무렵까지 이 사건 제2토지에서 표고버섯을 직접 경작하였는지에 관하여 본다. 농지의 자경사실은 이를 주장하는 자가 입증할 책임이 있는 것인데(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 참조), 갑 8호증(농지원부)의 기재는 원고가 위 토지를 처분하기 직전(2006. 4. 26.) 최초 작성된 것에 불과하고, 갑 10(유○옥 확인서), 11(각 사실확인서), 12호증(이○인 확인서)의 각 기재는, 원고가 1982. 4. 16.부터 현재까지 고양시 ○○구 ○○동 ○○○에서 ‘○○상회라는 상호로 농약소매점을 운영해 오고 있는 점, 원고가 농기계 보유현황, 농자재 구매내역, 농산물의 출하내역 및 그 계통 등을 인정할 만한 객관적이고도 구체적인 증거를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 믿기어려우며, 그 밖에 갑 4, 5, 6호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 증거가 없다.

3. 설령 원고의 주장과 같이 1993년부터 1997년 무렵까지 이 사건 제2토지에서 표고버섯을 경작한 사실이 인정된다고 하더라도, 다음과 같은 이유에서 이 사건에서는 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정이 적용될 수 있는지에 관하여 본다. 농지의 대토로 인한 양도소득세를 비과세하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체의 허용⋅보장을 통한 농민의 보호 내지 농업의 발전⋅장려에 있는 것이어서, 농지를 취득하였다가 매각한 것이 자경농가로서 소유하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여야 할 것이므로(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누3695 판결 등), 당해 토지가 상당한 기간 동안 농지 이외의 용도로 사용되어 사실상 농지로서의 기능을 상실한 경우까지 농지대토로 인한 양도소득세 감면이라는 혜택을 부여할 수는 없을 것이다. 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 제2토지는 1997년 무렵부터 계속해서 중기(건설기계) 차고지, 고물 야적장 등의 용도로 사용되어 오다가 매도일 무렵인 2006. 3. 무렵 ○○중기와의 임대차 계약이 종료된 이후 위 토지 중 일부 면적을 고추, 들깨 경작용으로 이용하였다는 것인데, 경작을 시작한 2006. 3. 무렵에는 이미 대토로서의 성격을 갖는 이 사건 제1토지를 취득한 상태여서 원고로서는 당시 이 사건 제2토지의 처분을 염두해 두고 있었던 것으로 보인다. 그렇다면 가까운 장래에 처분이 예정된 토지에 새롭게 경작을 개시한다는 사정은 사회 통념상 납득하기 어려운 점을 감안하면, 원고가 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정을 적용받기 위해서 의식적으로 위 토지에서 경작을 개시한 것이 아닌가 하는 의심이 든다. 또한 앞에서 본 바와 같이 이 사건 제2토지는 1997년 이후로는 중기 차고지 등의 용도의 사용되어 온 이상 사실상 농지로서의 기능을 상실한 것으로 보이는 점을 감안하면 이 사건 제1토지의 취득과 이 사건 제2토지의 양도는 조세특례제한법 제70조 소정의 ‘경작상 필요에 의한 농지의 대토’에 해당되지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건에 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.