위법사유가 공통되고 당초처분에 적법한 전심절차를 거쳤다면 과세관청의 경정처분에 대해 바로 소송이 가능함

1. 이 사건 소 중 피고의 2007.2.1. 자 2002년 귀속 종합소득세 188,467,864,원 부과처분 2007.10.1.자 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원 부과처분, 2007.10.1.자 2003년 귀속 종합소득세 29,808,113원 부과처분 부분을 각 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에게 한 별지 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 백화점 등에서 ○○카사라는 상호로 아래와 같이 귀금속 판매점으 ㄹ운영해 오면서, 서울 ○구 ○○로 3가 65-○○ 소재 주식회사 ○○○쥬얼리(이히 ○○○쥬얼리라고 한다)로부터 이 사건 ① 사업장에게 공급가액 240,287,020원(2002년 2기 187,260,261원, 2003년 1기 53,026,419원)의 매입세금계산서를, 이 사건 ② 사업장에서 공급가액 397,496,711원(2002년 2기 272,967,261원, 2003년 1기 124,529,450원)의 매입세금계산서(위 각 매입세금계산서를 이하, 이 사건 세금계산서라고 한다)를 수취하여 위 각 금액에 대하여 매입세액 공제 및 필요경비 산입하여 피고에게 2002년 2기, 2003년 1기 부가가치세 및 2002년 및 2003년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 세액을 신고･납부하였다.
• 나. 남대문세무서장은 2005.11.세무조사결과 ○○○쥬얼리를 자료상으로 보고 수사기관에 고발하였고, 원고가 ○○○쥬얼리로부터 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였으며, 피고는 위 과세자료에 근거하여 2007.2.1. 원고에게 부가가치세 116,305,320원(2002년 2기 88,317,530원, 2003년 1기 27,987,790원), 종합소득세 344,279,490원(2002년 귀속 261,442,960원, 2003년 귀속 82,836,530원)을 경정･고지하였다(이하 위 부가가치세 부과첩누을 이 사건 처분이라 한다)
• 다. 원고는 2007.4.23. 이의신청을 거쳐서 2007.6.28. 국세청장에게 심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 2007.12.13. 피고가 2007.2.1. 원고에게 결정고지한 부가가치세 116,305,320원, 종합소득세 344,279,490원 부과처분은, 2002년 지급한 급여 144,996,000원, 2003년 지급한 급여 177,555,000원을 추가로 필요경비에 산입하여 종합소득세 과세표준과 세액을 각각 경정하고, 나머지 청구를 기각한다는 결정을 내렸다.
• 라. 한편 피고는 2007.10.1. 이 사건 ③, ④ 사업장에 관하여 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원, 2003년 귀속종합소득세 29,808,113원을 경정･고지하였다.
• 마. 피고는 이에 불복하여 2008.3.5. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑1, 2호증, 을 1, 2호증의 각 기재 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

① ○○○쥬얼리와 사이에 실제 금을 거래하고 이 사건 세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다는 이유로 내린 이 사건 처분은 위법하다.

② 대차대조표에는 반영되었으나 비용으로 계상하지 못한 지급이자 31,531,603원, 식대 및 차량유지비 명목으로 지출한 56,302,990원을 필요경비에 포함시켜서 종합소득세를 산출하여야 한다.

• 나. 피고의 주장 이 사건 소 중 피고의 2007.10.1. 자 원고에 대한 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원 부과처분 및 2003년 귀속 종합소득세 29,808,113원 부과처분의 취소청구 부분은 국세기본법 제56조 에서 정한 진심절차를 거치지 않고 소송이 제기되었으므로 부적법하고, 이 사건 세금계산서는 허위의 거래에 근거하여 작성된 것이므로 부가가치세 부과처분 부분은 정당하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 부가가치세법 제21조 (결정 및 경정)
• 다. 판단

1. 직원으로 이 사건 소 중 2007.2.1.자 2002년 귀속 종합소득세 188,467,864원 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다. 원고는 피고의 2007.2.1.자 2002년 귀속 종합소득세 261,442,960원 부과처분에서 72,975,096원이 감액되고 남은 188,467,864원 부분의 취소를 구하는 것으로 보이나, 2007.10.1.자 증액처분으로 말미암아 2007.2.1.자 당초처분의 효력은 위 증액처분에 흡수되어 소멸한 것으로 봄이 상당하므로(흡수설), 원고의 이 부분 청구는 존재하지 않는 처분을 대상으로 삼은 것으로서 부적법하다.

2. 이 사건 소 중 2007.10.1.자 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원 부과처분, 2003년 귀속 종합소득세 29,808,113원 부과처분의 취소청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다. 원고의 주장대로, 당초처분(2007.2.1.자 처분)과 증액경정처분(2007.10.1.자 처분) 사이에 위법사유가 공통되고 당초처분에 대하여 적법한 전심절차를 거쳤다면, 과세관청이 이미 자기시정의 기회를 가진 경정처분에 대하여 다시 진심절차를 요구하는 것은 납세자에게 가혹하고 행정경제 및 소송경제에도 반하는 것이므로 다시 전심절차를 거치지 않고 바로 소송을 제기할 수 있다고 해석한다고 하더라도, 증액경정처분에 대한 소송의 제기는 적어도 증액경정처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기되어야 적법하다고 할 것인데, 원고는 2007.10.1. 무렵 위 증액경정처분의 고지서를 송달받고도 그로부터 90일 이상이 경과한 2008.3.8.에야 이 사건 소를 제기하였으므로, 2007.10.1.자 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원 부과처분, 2003년 귀속 종합소득세 29,808,113원 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하다. 따라서 이 점을 지적하는 피고의 위 주장은 이유 있다.

3. 부가가치세 부과처분에 관한 판단

• 가) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 피고에게 있는 것이므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조)
• 나) 갑 4호증 을 3, 4, 6, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 남대문세무서의 세무조사 결과 ○○○쥬얼 리가 2002년 2기부터 2003년 1기 사이에 거래한 지금매입처들은 대부분 자료상이거나 매입을 다른 자료상으로부터 한 것으로 밝혀진 업체인 사실, ○○○쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기 사이에 주식회사 ○○○○골드 등에게 지금을 매출하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였으나, 위 매출처들에 대해서도 가공의 거래임을 이유로 관련 세액을 경정한 사실, 원고가 ○○○쥬얼리의 계좌에 입금한 돈은 곧바로 자료상으로 밝혀진 ○○골드시스템 주식회사, ○○금은유통 주식회사, 주식회사 ○○퀸 등의 계좌로 재차 입금된 사실, ○○○쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기까지 사이에 실물의 지금거래가 없는 100% 자료상으로 밝혀져 대표이사인 조○호가 수사기관에 고발되었으나, 그 고발사건은 현재 주소불명으로 기소중지 상태인 사실, 원고가 자신의 사업장과는 무관한 ○○은행 을지로점, ○○은행 종로3가 지점, ○○은행 종로3가 지점 (오히려 ○○○쥬얼리의 사업장과 가깝다) 등에서 ○○○쥬얼리에게 지금대금을 입금한 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 각 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없이 발행된 것으로 봄이 상당하고, 원고가 실물거래임을 증빙하기 위한 자료로 제출한 갑 3, 4, 5호증의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래에 근거한 것이라고 인정하기 어려우며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 이 사건 소 중 피고의 2007.2.1. 자 2002년 귀속 종합소득세 188,467,864원 부과처분, 2007.10.1.자 2002년 귀속 종합소득세 33,762,557원 부과처분, 2007.10.1.자 2003년 귀속 종합소득세 29,808,113원 부과처분 취소청구 부분을 각 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.