전심절차를 경료하였는지 여부

1. 이사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구 취지 피고가 2004. 6. 7. 원고에 대하여 한 2001 사업연도분 법인세 230,732,170원과 2002 사업연도분 법인세 68,057,480원의 각 부과처분 및 2001년 귀속 상여 572,572,000원과 2002년 귀속상여 210,925,000원의 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.

• 가. 원고는 공사현장의 터파기 토공사와 상하수도준설공사 등 기초공사를 주업으로 하는 법인으로서, 2001년 중에 주식회사 ○○중기 등 5개 회사로부터 공급가액 합계 520,520,000원의, 2002년 중에 주식회사 ○○중기 및 ○○중기로부터 공급가액 합계 191,750,000원의 각 세금계산서를 교부받은 후 위 각 합계액을 위 각 사업연도의 손금에 산입하여 2002.3.31. 2001 사업연도분 법인세로 24,679,004원을, 2003.3.31. 2002 사업연도분 법인세로 89,481,327원 각 신고․납부하였다.
• 나. 피고는 2004.3.8.부터 2004.3.26.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 위 각 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 가공의 매입세금계산서임을 밝혀낸 후 위 각 세금계산서상의 공급가액을 손금부인하고 익금에 산입하여 2004.6.7. 원고에게 2001 사업연도분 법인세 230,732,170원과 2002 사업연도분 법인세 68,057,480원을 부과 ․ 고지하고, 위와 같이 익금에 산입된 각 금액이 사외에 유출되었고 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 당시 원고의 대표이사이던 박○○이게 2001년도분 572,572,000원(부가가치세 포함)과 배○○에게 2002연도분 210,925,000(부가가치세 포함)을 각 상여처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2004.9.2. 피고에게 “원고가 자료상으로부터 수취한 세금계산서 중 장부상 원가로 계상한 금액은 2001년도 510,120,000원 2002년도 145,000,000원인데 이중 실제로 지출한 덤프사용료는 2001년도 431,455,000원과 2002년도 148,095,000원 등 합계 579,550,000원이므로 이를 원가로 인정하여야 하며, 건설현장의 기초공사시 잔토처리에 따른 사토비 또한 원가로 인정하여야 한다”고 주장하면서 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였다.
• 라. 이에 피고는 2004.12.3. 원고의 주장을 일부 받아들여 “원고가 차량책임자에게 장비사용료로 지급하였다고 하는 원고 법인의 통장에서 지급된 265,150,000원과 원고 직원 송○○의 통장에서 지급된 105,825,000원에 대하여는 실제 중기사용료로 지급하였으나 부득이 자료상들로부터 교부받은 세금계산서와 관련된 지급금액인지, 아니면 정상적인 세금계산서를 교부받고 지급한 금액인지를 재조사하여 결정한다”는 결정)(이하 ‘이 사건 이의신청결정’이라 한다)을 하였으며, 원고는 2004.12.8.경 ‘이결정서에 대하여 이의가 있을 때에는 이 결정서를 받은 날부터 90일 이내에 국세청장에게 심사청구하거나, 국세심판원장에게 심판청구를 할 수 있습니다’라는 내용이 부기된 이 사건 이의신청결정을 송달받았다.
• 마. 피고는 2005.2.25.경 재조사 결과 “원고법인 및 송○○의 통장에서 지급된 위 각 금액이 위 각 가공매입세금계산서의 실제 토사운반 용역과 관련되어 지출된 금액이라고 볼 만한 근거가 없다”는 이유로 당초 처분이 정당하다는 취지의 통지를 하였다.
• 바. 원고는 2005.3.7. 위 통지를 받은 후 2005.4.1. 이 사건 처분에 대한 국세심판청구를 하였으나 2006.6.14. 국세심판원으로부터 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4,6,7,9호증, 을1,2,3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 본안전 항변 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하여 각하되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 감액경정결정으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 부과처분을 기준으로 판단되어야 한다(대법원 1998.5.26.선고 98두3211 판결 등 참조) 이러한 법리는 세무서장이 이의신청을 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 당해 행정청이 재조사한 결과 이루어진 당초의 부과처분이 정당하다는 결정이나 감액경정 결정의 경우에 있어서도, 당해 행정청이 위 각 결정을 함에 있어 이의신청에 대한 결정의 취지에 어긋나게 결정하거나 혹은 그 결정 자체에 위법사유가 존재하여 그에 대하여 별도의쟁송 수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다고 할 것이다.(대법원 1996.7.30. 선고 95누6328 판결 참조) 그러므로, 앞서 인정한 바와 같이 피고가 재조사를 하여 당초의 부과처분이 정당하다는 결정을 한 것은 독립한 과세처분으로 볼 수 없고, 한편 피고의 이 사건 이의신청결정의 취지는 원고가 실제로 덤프사용료 및 사토비로 지출하였으나 덤프트럭의 차주들이 세금계산서 교부를 기피하여 부득이 가공세금계산서를 교부받아 덤프사용료로 계상하였다고 주장하는 금액 중 일부 금액에 대하여 증빙자료에 의거 재조사하여 경정하라는 것일 뿐 당초의 부과처분을 취소하라는 취지가 아니므로 원고로서는 피고의 위 재조사후 경정을 명하는 이 사건 이의신청결정만으로는 그 쟁송목적을 전부 달성한 것이라고 할 수 없어, 원고는 피고의 이사건 이의신청 결정에 대하여 피고의 위 재조사결과의 통지를 받은 날이 아니라 이 사건 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 국세청장에 대한 심사청구 또는 국세심판원장에 대한 심판청구를 거쳐 그 각 결정서 정본 송달일로부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여 당초 부과처분에 대한 취소를 구하여야 할 것이다. 그런데, 위 인정사실에 의하면, 원고는 2004.12.8. 이 사건 이의신청결정을 송달받고서도 그로부터 90일 이내에 국세청장에 대한 심사청구 또는 국세심판원장에 대한 심판청구를 하지 않았다가 그 기간이 도과하였음이 역수상 명백한 2005.4.1.에야 비로소 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였음을 인정할 수 있는 바, 결국 원고는 적법한 전심절차를 경료하지 않은 채 이사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다고 할 것이어서 이 사건 소는 부적법하므로, 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

그렇다면 원고의 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 주문과 같이 판결한다.