자료상으로부터 수취한 매입세금계산서상의 금액을 손금부인한 처분의 당부

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구 취지 피고가 원고에 대하여 한 2004.4.16.자 1999년 귀속 법인세 6,586,270원의 부과처분 및 2004.6.3.자 갑종근로소득세 3,965,450원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 ○○시 ○○면 ○○리 00에서 냉동운송사업, 알선업 및 보관업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 원고는 1999년 1기분 부가가치세 및 법인세를 신고할 당시, 그가 1999년 1월부터 3월 사이에 주식회사 ○○○(위 회사는 1999.6.2. 상호를 주식회사 ○○○으로 변경하였다. 다음부터 󰡐소외 회사󰡑라고만 한다.)로부터 대금 21,268,000원에 타이어 70개를 매입하고 세금계산서 3장(다음부터 󰡐이 사건 세금계산서󰡑라 한다.)을 받았다고 하면서 그 매입금액을 손금에 산입하여 1999년도 과세기간의 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 다. ○○세무서장은 소회 회사에 대한 세무조사를 실시한 결과, 1998.5.4. 설립된 소외 회사가 1999년 1기분부터 실물거래 없이 가공매입세금계산서를 수취한 후 가공매출세금계산서를 발행하여 거래 상대방으로 하여금 부가가치세 등을 부당하게 공제 받을 수 있도록 하였다는 이유로 2000.11.29. 소외 회사의 대표이사 홍○○을 수사기관에 고발하는 한편 피고에게도 위 사실을 통지하였다.
• 라. 피고는 ○○세무서장으로부터 소외 회사의 거래 상대방에 대한 가공거래사실여부에 관한 조사를 의뢰받고 2004.3.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 1999.1.기에 소외 회사로부터 교부받았다고 하는 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 발행된 것으로 보고, 그 금액에 대하여 각 손금불산입, 매입세액 불공제하여 2004.4.16. 1999년 귀속 법인세 6,586,270원, 1999년 1기분 부가가치세 4,593,880원을 각 부과하는 처분을 하였고, 대표자 인정상여처분에 의하여 2004.6.3. 갑종근로소득세 3,956,450원을 부과하는 처분을 하였다(다음부터 위 법인세 및 갑종근로소득세 부과처분을 󰡐이 사건 처분󰡑이라 한다.).
• 마. 원고는 2004.6.30. 이 사건 처분 및 1999년 1기분 부가가치세 부과처분에 불복하여 이의신청을 하였다가 2004.7.30. 기각결정을 받고, 그 후인 2004.9.13. 이 사건 세금계산서의 공급자 명의가 실제 타이어를 공급한 자와 다르게 기재되어 있으므로 그 금액을 매입세액에서 공제하지 않은 부가가치세 부과처분에 대해서는 인정하나, 실제로 이○○과 사이에 타이어의 거래 자체는 있었으므로 법인세의 손금불산입 및 대표자 인정상여처분에 기한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하면서 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2005.5.20. 국세심판원으로부터 심판청구 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 3호증, 을1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 원고는 1999.1.경 한○○의 소개로 이○○을 알게 되었고, 이○○로부터 이 사건 세금계산서의 공급가액에 상응하는 타이어 70개를 매입하면서 소외 회사 명의로 된 세금계산서를 교부받았는바, 실제로 이○○과 사이에 타이어에 관한 거래를 한 후 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로 그 거래금액을 손금에 산입하여야 함에도, 피고가 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 교부된 가공의 세금계산서로 보고 원고에게 법인세 및 갑종근로소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
• 나. 관계법령 법인세법 제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 납세의무자가 신고한 매입세액 또는 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 세금계산서의 내역과 같은 실물거래가 있었고, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 2005.6.10. 선고 2004두14168 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑5, 6호증의 각 1 내지 3, 갑8호증의 각 일부기재, 을1 내지 3호증의 각 기재, 증인 한○○의 일부증언, 이 법원의 ○○세무서장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ○○세무서장은 2000.11.29. 소외 회사에 대한 세무조사결과를 바탕으로 소외 회사가 실지 거래 없이 가공의 세금계산서를 수취하고, 교부하는 등 이른바 자료상에 해당한다는 이유로 소외 회사의 대표이사 홍○○을 검찰에 고발한 사실, ② 홍○○에 대한 위 고발사건은 현재 홍○○의 소재가 밝혀지지 않아 기소중지되어 있는 사실, ③ 원고는 이○○과 실물거래 후 소외 회사 명의로 된 이 사건 세금계산서를 교부받았다고 주장하나, 이○○과 ○○산업(이 법원의 ○○세무서장에 대한 사실조회결과) 또는 ○○타이어 ○○판매센터(갑8호증)와 관계가 있는 것으로 보일 뿐 소외 회사와는 그 관련성을 인정할 수 있는 자료가 전혀 없는 사실, ④ 확인서(갑7호증)를 작성한 한○○도 이 법정에서 이○○을 원고의 대표이사에게 소개시켜 주었고, 이후 원고와 이○○ 사이의 거래는 원고의 대표이사로부터 들어서 알게 되었다는 취지로 증언한 사실을 각 인정할 수 있다.

(3) 위 인정사실에다가 ① 원고는 국세심판원에 대한 심판청구 이래 이 사건 소제기에 이르기까지 이 사건 세금계산서의 공급자가 소외 회사로 기재되어 있어 실제 공급자인 이○○과 다르게 기재된 사실을 인정하여 이 사건 세금계산서 상당의 금액을 매입세액에서 공제하지 않은 부가가치세 부과처분에 대해서는 별도로 다투지 않는 점, ② 나아가 원고는 한○○에 대한 증인신문 과정에서 이○○이 소외 회사를 경영하였고, 소외 회사가 이 사건 세금계산서를 교부하였으므로 실물거래가 인정된다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이○○이 소외 회사를 경영하였다거나 그 밖에 이○○과 소외 회사와 사이에 어떤 관련이 있음을 인정할 자료는 전혀 없는 점 등을 종합하면, 적어도 원고가 1999.1월부터 3월까지 사이에 자료상으로 고발된 소외 회사와 사이에 이 사건 타이어에 관한 거래를 한 것으로 보이지는 않으므로, 이 사건 세금계산서의 공급자 명의 부분은 허위로 기재되었음이 상당한 정도로 입증되었다고 할 것이다. 그렇다면 이 사건 세금계산서의 내역과 같은 실물거래가 있었고, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 원고가 이를 입증하여야 할 것인데, 이에 부합하는 듯한 갑5 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 일부기재(앞에서 믿은 부분 제외), 증인 한○○의 일부 증언만으로는 원고와 이○○ 사이에 이 사건 세금계산서 상당의 실제 거래가 있었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 세금계산서 상당의 실제거래가 있었다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.