부외자금 중 유상증자대금은 원고의 이익을 위하여 사용되었다고 볼 수 없어 사외에 유출된 것이 분명하고, 채권매입대금은 원고의 재산으로 남아 있다고 할 것이어서 사외에 유출되었다고 할 수 없으므로 채권매입부분에 있어서는 상여처분할 수 없음
부외자금 중 유상증자대금은 원고의 이익을 위하여 사용되었다고 볼 수 없어 사외에 유출된 것이 분명하고, 채권매입대금은 원고의 재산으로 남아 있다고 할 것이어서 사외에 유출되었다고 할 수 없으므로 채권매입부분에 있어서는 상여처분할 수 없음
1. 피고가 원고에 대하여 한 2004. 7. 14.자 별지 처분내역표 소득금액변동통지금액란 기재의 각 소득금액변동통지처분 중
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10분하여 그 7은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한 2004. 7. 9.자 별지 처분내역표 ‘법인세 부과액’란 기재의 각 법인세부과처분 및 2004. 7. 14.자 별지 처분내역표 ‘소득금액변동통지금액’란 기재의 각 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
(1) 공사대금의 귀속 주체 및 과다계상 관련 (가) ○○○은 자신의 지위를 이용하여 자신이 설립한 ○○○○주식회사 등 11개의 협력업체(이하 ‘이 사건 협력업체들’이라 한다)에게 하도급물량을 밀어주었을 뿐이고, 이 사건 협력업체들은 독립적인 실체를 갖춘 전문건설업체였으므로, 이 사건 협력업체들에게 지급된 공사대금은 이 사건 협력업체들에게 귀속된 것이고, 또한 위 공사대금은 이 사건 협력업체들의 공사원가에 적정이유, 법정 어음할인료 및 안전관리비 등이 가산된 정당한 금액으로 과다계상된 것이 아니어서, 결국 위 공사대금의 일부인 이 사건 부외자금 역시 이 사건 협력업체들의 소유로서 원고의 법인세 과세소득 재산과는 무관하다. (나) 설사 하도급계약의 유효성과 이익금에 대한 사법적 권리주체에 대한 고려를 모두 무시하고 하도급계약의 실제 주도자 및 실질적인 공사대금 부담자를 중시하여 이익금의 귀속주체를 정할 수 있다 하더라도, 실제 소요되는 공사비의 협상, 8%의 이익금이 가산된 골조공사대금을 받아 이들 협력업체에 그대로 전달한 것에 불과하므로, 이 사건 부외자금의 귀속주체는 ○○이라고 보아야 하고 원고라고 할 수는 없다.
(2) 이중과세 관련 이 사건 협력업체들이 실체가 없는 위장계열사라면 독립된 법인격을 가진 것으로 볼 수 없는바, 이 사건 협력업체들은 원고로부터 지급받은 공사대금 전액을 수입금액으로 하여 법인세를 신고 ․ 납부하였음에도 위 공사대금의 일부인 이 사건 부외자금을 또다시 원고의 수입금액으로 계상하게 되면 결국 이 사건 부외자금에 대하여 법인세를 이중과세하는 셈이 된다.
(3) 법인세액 산정의 오류 관련 (가) 피고는 원고의 장부 기타 증빙서류를 전혀 검토하지 않은 채 오로지 수사기관의 강요로 ○○○가 제출한 ‘○○○○ 과다계상 기성금 지급내역(이하 ’이 사건 과다지급내역‘이라 한다)만을 근거로 무조건 28%의 세율을 곱하여 법인세액을 산출한 것이므로 그 산정방식이 근본적으로 위법하다. (나) 관련 형사사건에서 이 사건 부외자금 조성 당시 ○○의 경리업무를 담당하던 ○○○가 ○○에서 보관되어 있던 하도급공사계약서 및 기성금 지급 전표를 토대로 작성하였다고 하면서 제출한 이 사건 과다지급내역과 역시 ○○○가 위 하도급계약서 및 전표를 근거로 계산하였다고 하면서 제출한 월별 어음할인료내역을 비교하면, 위 양 내역에서 이 사건 협력업체에게 지급한 기성금 지급내역이 불일치하는 부분이 존재하는 점, 이 사건 과다지급내역은 기성금을 어음으로 지급하면서 그 어음액면금을 그대로 적은 것이므로 위 금액을 기초로 산출된 이 사건 부외자금은 실제 조성된 부외자금과 차이가 날 수 밖에 없는 점을 감안하면, 이 사건 부외자금이 곧바로 원고의 수입금액이라고 볼 수는 없다. (다) 건설노무비는 자신이 건설하는 방법에 의하여 취득하는 자산의 취득가액에 포함되는 것이므로 건설노무비가 과다계상되더라도 이는 건설 중인 자산의 취득가액을 과다계상하는 것에 해당하여, 동 자산이 수익(익금) 실현에 맞추어 그에 대응한 비용(손금)으로 인식되기 전까지는 법인의 당기 손익에 아무런 영향을 미치지 아니하므로, 실제 소요된 공사비보다 과다계상 되있다 하여 이를 곧바로 당기의 손금이 과다계상된 것으로 볼 수는 없다. (라) ○○이 공사대금의 설정 및 자금부담의 실질적인 주체였고, 원고의 역할은 ○○이 마련한 계약서를 형식적으로 완성하는 것에 그쳤으므로, 추가이익금이 하도급 공사대금에 추가되었다고 하여도 원고로서는 그 만큼 증액된 공사대금을 ○○으로부터 받아 이 사건 협력업체에 그대로 지급한 것에 불과하여, 하도급공사대금이 ○○에 의하여 의도적으로 과다계상되었다고 하더라도 과다계상된 공사대금을 ○○ 으로부터 받은 이상 원고에게 추가이익금 상당액의 수익이 현실로 발생한 것이 아니다. (마) 피고가 가공원가로 보아 손금불산입한 이 사건 부외자금에는 이 사건 협력업체의 정당한 이윤, 법정 어음할인료 및 안전관리비가 포함되어 있으므로 이에 해당하는 부분은 원고의 손금에 산입하여야 한다.
(1) 공사대금의 귀속 주체 및 과다계상 여부 (가) 첫 번째 주장에 대한 판단 앞서 든 증거들 및 갑3, 6호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 대표이사이던 ○○○은 원고의 공사현장에서 부외자금을 조상할 목적으로 다수의 현장공사업자(일명 오야지)로부터 명의를 빌려 이 사건 협력업체들을 설립한 다음, 사실은 원고가 시공하는 아파트건설공사는 직영공사임에도 그 중 일부 공사를 이 사건 협력업체들에게 하도급주는 것처럼 가장하여 하도급계약을 체결한 사실, ○○○은 이와 같이 하도급계약을 체결할 때 실제 계약금액보다 공사금액을 8% 내지 15% 높인 허위의 하도급계약서를 작성하였고, 그 후 현장공사업자에게 공사기성금을 지급할 때는 실제 계약금액만을 현장에 내려주고 과다계상된 금액은 ○○○로 하여금 차명계좌에 분산 ․ 입금하여 별도로 관리하게 한 사실, ○○○는 ○○○의 지시를 받아 1997년경부터 이 사건 협력업체들의 법인인감 및 법인통장을 소지하게 하면서 위 업체들을 관리한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에다가 관련 형사사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 행정사건의 재판에서도 유력한 자료가 된다는 점을 종합하여 보면, 이 사건 협력업체들은 독립적인 실체를 갖추지 못한 위장협력업체이고, 이 사건 협력업체들에게 지급된 것으로 처리된 공사대금은 과다계상된 것임을 알 수 있으며, 이와 달리 이 사건 협력업체들이 독립적인 실체를 갖춘 전문건설업체이라거나 이 사건 협력업체들에게 지급된 것으로 처리된 공사대금이 과다계상된 것이 아니라는 점에 부합하는 듯한 증인 ○○○의 일부 증언은 믿지 아니하고, 갑5, 7, 8, 10호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 두 번째 주장에 대한 판단 앞서 든 증거물에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○○은 이 사건 부외자금 조성 당시 ○○의 계열사인 원고의 대표이사이면서 동시에 ○○의 건설본부 담당 사장으로 근무한 사실, ○○○은 직접 공사현장 별로 과다계상할 비율을 정한 후 그 내용을 ○○의 건설본부 공무팀장이던 ○○○에게 지시하여 과다계상한 비율을 적용한 공사금액을 정하도록 한 사실, ○○○은 원고 회사에서 직접 현금 등을 인출하여 이 사건 부외자금을 조성하였는데, 그 구체적인 방법은 각 공사현장에서 위 건설본부 공무팀으로 매월 초순경 전월의 기성에 대한 기성금을 신청하면, ○○의 건설본부 건설관리팀에서 기성고를 현장확인하여 공무팀에 공정율 및 투입인력 등을 통보하고, 공무팀은 현장별로 기성금을 지급하라는 확인서를 ○○의 경리부 지급팀으로 보내고, 위 자금팀에서는 확인서의 지시에 따라 ○○○○의 ○○○ 과장에게 기성금을 내려보내면, ○○○는 위장협력업체의 법인 통장으로 기성금을 송금하면서 ○○○에게 공무팀으로부터 전해들은 과다계상비율을 알려주어, ○○○가 위 금액 전액을 인출한 후 실제 공사대금은 현장에 내려주고, 과다계상된 추가금액은 차명계좌에 입금한 사실, ○○의 건설본부는 업무의 편리성과 효율성을 위하여 ○○ 뿐만 아니라 그 계열사인 원고와 ○○○○○○ 주식회사의 업무도 분담하여 처리하고 있는 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에다가 관련 형사사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 행정사건의 재판에서도 유력한 자료가 된다는 점을 종합하여 보면, 이 사건 부외자금은 일단 원고에게 귀속되었다고 몸이 상당하며, 이와 달리 이 사건 부외자금의 귀속주체가 ○○이라는 점에 부합하는 듯한 증인 ○○○의 일부 증언은 믿지 아니하고, 갑12 내지 15호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(2) 이중과세 여부 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 공사현장에 과다계상된 금원을 지급하지 않았고, 공사현장에서는 ○○○가 관리하는 이 사건 협력업체들에게 노무비 지급명세서를 올려주지 아니하였으며, 위장협력업체를 관리하는 사무실에서 공사현장 노무자들의 도장을 새겨서 원고로부터 지급받은 과다계상된 공사대금에 맞추어 그들이 과다계상된 금원을 지급받은 것처럼 가공의 노무비지급명세서를 임의로 작성한 사실을 인정할 수 있는 바, 비록 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 협력업체들이 이 사건 부외자금이 포함된 공사대금전액을 수입금액으로 하여 법인세를 신고 ․ 납부하였다 하더라도, 위 협력업체들이 과다계상된 공사대금에 맞추어 이 사건 부외자금 만큼 가공노무비도 과다계상한 이상 이 사건 부외자금 상당액이 위 협력업체들의 소득금액에 산입되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 부외자금 상당액이 위 협력업체들의 소득금액에 산입되어 그에 상당하는 법인세가 납부되었음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(3) 법인세액 산정의 오류 여부 (가) 첫 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 수사 과정에서 작성된 자료들은 과세의 근거가 될 수 있는 사유가 기재되어 있다고 하여 바로 과세자료로 삼을 수는 없는 것이나, 그 작성의 경위와 그 내용을 검토하여 당사자나 관계인의 자유로운 의사에 반하여 작성된 것이 아니고 그 내용 또한 과세자료로서 합리적이어서 진실성이 있다고 인정되는 경우라면 이를 과세자료로 삼을 수 있다고 할 것인바(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결 등 참조). ○○○는 이 법원의 증인으로 출석하여 수사기관에서 진술한 내용 중 수사관의 강압 또는 기망에 의하여 증인의 의사와 다르게 진술한 바 없고, 이 사건 과다지급내역 중 과다계상금액은 증인이 직접 계산한 것으로 실제보다 과다하게 계산된 금액은 없다고 증언한 점 등에 비추어 수사기관에 제출된 이 사건 과다지급내역이 ○○○의 자유로운 의사에 의한 것이라고 인정할 수 있고, 또한 이 사건 과다지급내역의 작성 및 제출경위, 내용의 구체성 등에 비추어 볼 때 그 합리성과 신빙성도 인정된다고 봄이 상당하며, 갑11호증(가지번호 포함)의 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 이 사건 과세처분이 신빙성 없는 과세자료에 의한 것이어서 위법하다는 취지의 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 두 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 기본적으로 과세표준의 입증책임이 과세관청인 피고에게 있음을 고려하면, 원고가 가공의 비용을 장부에 계상하였음을 이유로 법인세 부과처분을 하는 경우에 있어서 그와 같이 가공계상된 비용의 존재 및 그 액수에 대해서는 피고가 입증을 하여야 할 것이지만, 과세관청이 장부상 비용으로 가공계상된 금액의 존재를 입증한 경우에는 입증의 난이와 당사자 사이의 형평을 고려할 때, 그 가공계상된 비용의 전액이 실제 원고의 수입금액으로 귀속되지 않았다는 점을 납세의무자가 입증하지 못하는 이상 일응 그 비용을 원고의 수입금액에 해당하는 것으로 추정하여 이를 익금에 산입한 것은 원칙적으로 타당하다고 할 것이다. 따라서 앞서 본 바와 같이 원고의 대표이사이던 ○○○은 실제 계약금액보다 공사금액을 높인 허위의 하도급계약서를 작성하고 공사현장의 노임단가를 과다 계상하는 방법으로 비자금을 조성하는 과정에서 이 사건 부외자금을 가공원가로 계상한 이 사건에서는, 가공원가로 계상된 이 사건 부외자금의 전액이 실제 원고의 수입금액으로 귀속되지 않는다는 사정은 원고가 이를 입증하여야 할 것인데, 갑8,9,10호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로(원고는 이 사건 변론종결에 이르기까지 이 사건 과다지급내역과 월별 어음할인료내역에서 서로 불일치하는 기성금 지급내역 중 어느 것이 진실한 것인지, 또는 기성금을 어음으로 지급함으로써 발생한 차액의 구체적인 액수를 주장하지 아니하고 있다), 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 세 번째 주장에 대한 판단 피고는 원고가 1996-2001년 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 공사원가로 손금처리한 이 사건 부외자금을 가공원가로 보아 해당사업연도의 손금으로 불산입한 사실은 앞서 본 바이고, 이에 반하는 증인 ○○○의 일부 증언은 믿지 아니하므로, 이 사건 부외자금이 손금불산입된 해당 사업연도에 공사원가로서 손금으로 인식되지 않았음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (라) 네 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 위 2, 나, (1) (나)항에서 본 사실 관계에 비추어 보면, 과다계상된 공사대금의 결정 및 자금부담의 실질적인 주체는 원고라고 봄이 상당하므로, 이와 달리 위 공사대금의 결정 및 자금부담의 실질적인 주체가 ○○임을 전제로 한 이 부분 주장도 이유 없다. (마) 다섯 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 위 2,나,(1) (가)항에서 본 바와 같이 이 사건 부외자금에 이 사건 협력업체의 정당한 이윤, 법정 어음할인료 및 안전관리비가 포함되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부
(1) 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제106조 제1항 제1호 단서의 무효 관련 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제67호는 대통령령에 위임범위를 그 귀속자에 따라 처분을 달리 할 것을 전제로 ‘익금에 산입한 금액이 현실적으로 누구에게 귀속되었는지가 밝혀진 경우’로 한정하고 있는데, 그 위임을 받아 제정된 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다‘고 규정함으로써 모법의 위임을 벗어나 귀속이 불분명한 경우의 귀속자를 의제하는 규정을 두고 있으므로, 위 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효이고, 이와 같이 무효인 법규정을 근거로 한 이 사건 소득금액변동통지는 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.
(2) 익금산입사유의 부존재 관련 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 협력업체들과의 하도급계약에 따라 약정된 기성금을 지급하였을 뿐이므로, 이 사건 부외자금은 원고의 소득이 될 수 없어 익금산입사유가 존재하지 않는다.
(3) 사외유출의 부존재 관련 이 사건 부외자금을 원고 관리의 차명계좌에 입금한 것만으로는 사외유출이 될 수 없고, 더욱이 이 사건 부외자금 중 15,010,676,659원(이하 ‘이 사건 채권매입대금’이라 한다)은 원고의 자산으로 보관된 국민주택채권의 매입자금으로 사용되었고, 12,011,600,000원(이하 ‘이 사건 유상증자대금’이라 한다)은 ○○의 재무구조 개선이 절박하여 ○○○의 명의로 ○○의 유상증자 대금으로 지출되었다가 2004. 6. 1. ○○○ 명의의 주식이 원고 앞으로 명의개서되었으므로, 결국 이 사건 부외자금은 사외유출되었다고 볼 수 없다.
(4) 거래징수 및 납부된 부가가치세 포함의 오류 관련 원고와 이 사건 협력업체 사이에 체결된 하도급계약상 계약금액(기성금)에는 부가가치세 과세대상 물품 내지 용역의 제공에 따른 부가가치세가 포함되어 있었고, 이 사건 협력업체는 위 기성금을 그대로 매출액으로 법인세 신고함과 아울러 부가가치세를 거래징수하여 국가에 납부하였으므로, 기성금 내역에 가산율을 적용하여 역산된 이 사건 과다지급내역에도 그에 비례하는 부가가치세액이 포함되어 있음에도, 피고는 이 사건 소득금액변동통지를 함에 있어서 위와 같이 거래징수된 부가가치세액을 포함한 이 사건 부외자금 전액에 대하여 상여처분을 하였는바, 원고가 이 사건 협력업체에 지급하여 이 사건 협력업체가 국가에 납부한 부가가치세액은 협력업체를 통하여 국가에 귀속된 것이므로 기타사외유출로 취급되어야 하고, 그 귀속자가 ○○○이 아님은 명백하다.
2. 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제57조 [소득처분] 제66조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. ■ 구 법인세법 시행령 제106조[소득처분]
1. 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당. 이익처분에 의한 상여. 기타소득. 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호만 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 무효 여부 헌법 제75조는 “대통령은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항과 법률을 집행하기 위하여 필요한 사항에 관하여 대통령령을 발할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이는 현실적으로 조세의 부과 및 징수는 행정기관에 의해 이루어질 뿐만 아니라 국회에서 이에 관한 세세한 사항을 탄력적으로 규정한다는 것은 현실적으로 어렵기 때문에, 시행령이나 시행규칙을 통해 구체적인 사항을 정하도록 한 것이다. 따라서 법률이 과세의 구체적 결정기준이나 한계를 직접 명시하지는 않았다 할지라도 입법의 목적이나 위임의 배경을 통해 그 취지가 확인될 수 있는 경우(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정), 관련 법조항 전체를 유기적 ․ 체계적으로 종합판단하여 그에 대한 기준이 도출될 수 있는 경우(헌법재판소 1996. 3. 28. 선고 94헌바42 결정), 또는 입법 목적과 법의 다른 조항들의 전체적 관련을 통해 그 의미내용이 예측될 수 있는 경우(헌법재판소 1999. 7.22. 선고 97헌바16 결정), 사안의 전문성 ․ 기술성 등 제반 사정에 비추어 볼 때 국민으로서도 위임에 의해 대통령령으로 정하게 될 과세요건의 기준과 범위의 대강을 어느 정도 예측할 수 있는 경우(헌법재판소 2000. 2. 24. 선고 98헌바94결정)에는 조세법률주의ㅡ 및 포괄적 위임입법의 금지에 반하지 않는다. 구 법인세법 제67조 의 “익금에 산입한 금액”이라 함은 소위 세무회계와 기업회계의 차이에 상당하는 세무조정액을 지칭하는 것이고, 그 중 현실적으로 사외유출되었음에도 그 귀속자가 불분명한 경우가 상당수 있으며, 누락임금 ․ 가공손금 ․ 부당행위계산부인에 따른 익금 등에 관한 자료는 납세자가 소지하고 있으므로 납세자로 하여금 이를 입증하도록 하기 위해 징벌적으로 대표자에게 귀속된 것으로 볼 필요가 있다 할 것인바, 구 법인세법이 익금에 산입한 금액, 귀속자, 소득처분의 종류에 관한 규정만 두었다고 하더라도 위와 같은 소득처분의 특성, 입법목적 등을 고려할 때 귀속자 불명의 경우에 대한 소득처분에 관한 방법도 당연히 위임되었다고 보아야 한다. 또한, 헌법재판소는 1995. 11. 30. 선고 93헌바32 결정에서 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항(․․․익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다)이 아무런 기준을 제시함이 없이 하위규범인 대통령령에 전적으로 위임함으로써 헌법에 위반된다고 선언하면서, 구 법인세법 시행령(1985. 12. 31. 대통령령 제11813호로 개정되기 전의 것)제94조의 2 가정의 내용 자체는 조세공평과 실질과세의 이념에 비추어 타당한 것이라고 판시하였다. 그 후 법인세법 제32조 제5항 은 1994. 12. 22. 법률 제4804호로써 개정되면서 위임의 근거(․․․익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다)를 마련하였고, 소득처분에 관한 위 시행령 제94조의2는 종전과 같은 내용으로 존치되고 있었는바, 이러한 입법연혁과 종전 법인세 규정에 비추어 귀속자 불명의 경우에 대한 소득처분에 관한 방법이 포함되어 있다고 보아야 한다. 따라서 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서가 익금에 산입된 금액중 사외유출된 것이 분명하지만 그 귀속자가 불분명한 경우 이를 대표자에 대한 상여로 처분하도록 규정하고 있는 것은 구 법인세법 제67조 의 위임 근거에 따른 것으로서 위임의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 익금산입 부존재 여부 살피건대, 원고가 1996-2001년 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 공사원가로 처리한 이 사건 부외자금은 위2항에서 본 바와 같이 가공원가로서 손금에 산입될 것이 아니어서 손금불산입에 따른 익금산입사유가 존재한다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(3) 사외유출의 부존재 여부 살피건대, 법인이 매출액을 장부에 기재되지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에는 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인 수익은 사외에 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 등이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 측에서 입증할 필요가 있고(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조), 법인의 대표이사 또는 실질적 경영자 등의 횡령 등 법인의 자금을 유용하는 행위는 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324판결 등 참조)할 것이다. 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○○은 1996. 7.경부터 2001. 12.경까지 이 사건 협력업체들에게 지급할 공사대금을 과다계상하는 방법으로 이 사건 부외자금을 조성한 후 이를 150여개의 차명계좌에 분산 ․ 입금하여 별도로 관리하는 한편, 이 사건 부외자금을 원고의 장부상 매입금액으로 계상한 사실, ○○○은 이 사건 부외자금 중 이 사건 유상증자대금을 ○○○의 구두지시 등에 의하여 자의적으로 인출한 다음, ○○의 유상증자를 실시하면서 1997. 12.경부터 1999. 12.경까지 사이에 위와 같이 인출한 이 사건 유상증자대금으로 자신 및 ○○○ 또는 그들이 차용한 타인의 명의로 인수하는 주식의 대금을 납부하여 그 주식을 취득한 사실, ○○○은 ○○○과 함께 2003. 10. 중순경 비자금이 분산 ․ 입금되어 있는 위 차명계좌를 정리하기로 하면서 그 비자금으로 국민주택채권을 매입하여 두기로 하고, ○○○에게 비자금을 교부받아 국민주택채권을 매입, 관리하라고 지시한 사실, ○○○는 ○○○ 또는 ○○○으로부터 이 사건 채권매입대금 상당의 비자금을 교부받아 액면금 합계 164억 3,000만원 상당의 국민주택채권을 매입한 다음 부하직원인 ○○○로 하여금 위 채권을 보관하게 한 사실을 인정할 수 있고, ○○○ 등이 이 사건 부외자금 중 이 사건 유상증자대금 부분에 대하여는 횡령행위로 유죄의 확정판결을 받은 반면, 이 사건 채권매입대금 부분에 대하여는 무죄의 확정판결을 선고받은 사실은 앞서 본 바이니, 위 인정사실에 의하면 이 사건 부외자금 중 이 사건 유상증자대금 부분은 원고의 이익을 위하여 사용되었다고 볼 수 없어 사외에 유출된 것이 분명하지만, 이 사건 채권매입대금 부분은 아직 원고의 재산으로 남아 있다고 할 것이어서 사외에 유촐되었다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이 사건 유상증자대금 부분에 있어서는 이유 없고, 이 사건 채권매입대금 부분에 있어서는 이유 있다고 할 것이다(이에 대하여 원고는, 가사 이 사건 유상증자대금 부분이 사외유출되었다고 보더라도, ○○○ 명의의 주식이 2004. 6. 1.자로 원고에게 명의개서됨에 따라 익금산입금액이 모두 사내유보 상태에 있게 되었으므로 그 후 2004. 7.14.에야 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 대표자 상여처분의 요건을 결하여 위법하다고 주장하나,원고 주장의 위 명의개서 사실만으로는 사외유출된 이 사건 유상증자대금 상당액이 회수되었다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다).
(4) 거래징수 및 납부된 부가가치세 포함 여부 앞서 든 증거들에 의하면 ○○○ 등은 1997. 12.경부터 1999. 12.경까지 사이에 이 사건 유상증자대금 전액을 인출하여 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고 주장의 거래징수 및 납부된 부가가치세액이 이 사건 유상증자대금 중에서 지출된 것이라는 점에 대한 입증이 없는 이상, ○○○ 등이 인출 ․ 사용한 금액 전부가 원고로부터 사외유출되어 ○○○ 등에게 귀속된 것으로 보아야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.