환산취득가액을 취득가액으로 볼 수 있는지 여부

사 건 2024구합7001 양도세부과처분취소 청구의 소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 10. 판 결 선 고

2025. 8. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 7. 11. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 673,338,037원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1974. 2. 11. EE FF구 GG동 000-00 대 112.4㎡를 매매를 원인으로, 1996. 10. 17. EE FF구 GG동 0000-00 대 350.1㎡를 유증을 원인으로 각 취득한 후 (위 두 필지 토지가 2005. 4. 22. 합병되어 EE FF구 GG동 1266-16 대 462.5㎡로 되었다. 이하 ‘이 사건 토지’라고 한다), 위 토지 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 상가건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 1998. 6. 24. 사용승인과 1998. 8. 3. 원고 명의로 소유권보존등기를 마치고 위 건물에서 ‘BB개발’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하였다.
• 나. 원고는 2021. 6. 4. 주식회사 CC개발에 이 사건 토지 및 건물을 매매대금 9,157,500,000원에 매도하고 2021. 6. 22. 주식회사 CC개발 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2021. 7. 31. 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 양도가액을 8,702,999,889원(매매대금 중 부가가치세법령에 따라 토지와 건물의 가액을 안분한 금액에서 건물분에 해당하는 부가가치세 454,500,111원을 차감한 금액)으로, 취득가액을 3,775,173,802원 이 사건 토지 취득가액 662,855,510원＋이 사건 건물 취득가액 3,112,318,292원(환산취득가액 3,328,201,268원－감가상각 누계액 215,882,976원) 으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 1,477,534,180원을 신고·납부하였다.
• 라. DD지방국세청장은 이 사건 건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하지 않는다고 보아 원고가 신고한 이 사건 건물의 환산취득가액을 부인하고 위 건물의 장부가액 958,829,782원(이하 ‘이 사건 장부가액’이라 한다)을 실지거래가액으로 적용하여 위 장부가액에서 감가상각 누계액 215,882,976원을 차감한 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과하도록 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2023. 7. 11. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 937,022,960원(가산세 포함)을 증액하여 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 12. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 5. 29. 원고의 심판청구를 일부 받아들여 ‘원고가 이 사건 건물을 신축하며 지출한 소액공사비 147건 합계 668,285,964원을 건물 취득가액에 포함하여 과세표준 및 세액을 경정한다’는 취지의 결정을 하였다.
• 바. 피고는 2024. 6. 14. 조세심판원 위 결정에 따라 원고에게 아래 표와 같이 2021년 귀속 양도소득세를 당초 937,022,961원에서 673,338,037원으로 감액하여 재경정·고지하였다(이하 2023. 7. 11. 자 양도소득세 937,022,960원 증액경정처분 중 재경정처분으로 감액되고 남은 673,338,037원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 6, 7호증의 각 기재, 변론전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 장부가액은 관련 증빙이 국세청 통합전산에서 확인한 세금계산서 수취내용뿐으로 그 금액은 이 사건 건물의 총공사비 중 극히 미미한 금액이고, 원고가 직접 도급을 하여 시공한 비계공사, 조적공사, 미장공사, 창호공사, 바닥공사, 방수공사, 타일 공사, 석공사, 조경공사, 설비공사, 인테리어공사, 인건비 등의 주요 공사비용이 누락되어 있어 이 사건 장부가액을 이 사건 건물의 실지거래가액으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 건물은 그 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 당초 원고가 신고한 대로 환산취득가액을 적용하여 양도소득을 산정하여야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 소득세법 제96조, 제97조 및 제114조에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지거래가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있고, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 은 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 정하고 있다. 실지거래가액이란 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조), 양도소득세의 과세표준과 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 하며, 이때 실지거래가액을 밝히는 방법은 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없고, 근거 세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지거래가액에 해당한다고 볼 수 있다. 한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 사실관계 및 갑 제2, 4호증, 을 제1 내지 5, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정하거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 장부가액을 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액으로 보아 취득가액 산정의 기준으로 삼은 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 취득세의 과세표준은 취득 당시 가액을 기준으로 하는바, 원고는 이 사건 건물을 신축한 후 EE광역시 FF청장에게 취득세 및 등록세를 신고할 때 위 건물의 과세표준을 686,000,000원으로 신고하였다.

② 원고가 이 사건 건물을 신축한 후 작성한 종합소득세 신고서의 표준대차대조표에 기재된 위 건물의 자산 가액은 1998년에 955,029,782원, 1999년에 958,829,782원으로 확인된다.

③ 원고는 1998년경부터 2021. 10. 8.경 폐업할 때까지 이 사건 건물에서 ‘BB개발’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 동안 위 건물의 취득가액 상당액을 장부에 반영하여 그 장부가액을 바탕으로 감가상각비를 산정한 후 비용으로 계상하여 왔고, 2020. 12. 31. 기준 ‘BB개발’의 재무상태표에도 이 사건 건물의 자산 가액은 958,829,782원(감가상각 누계액은 215,882,976원)으로 기재되어 있다.

④ 원고와 같이 부동산을 임대하고 보증금 등을 받은 경우에는 소득세법 제25조 및 소득세법 시행령 제53조 제3항 에 따라 간주임대료를 계산하여 사업소득 금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하여야 하는바, 원고가 간주임대료를 계상한 2020년 귀속 종합소득신고서의 ‘부동산 임대보증금 등의 총수입금액 조정명세서’에도 이 사건 건물의 실제 취득금액이 확인되는 경우로서 건설비 총액을 958,829,782원으로 하여 건설비 상당액을 계산한 것으로 나타난다.

⑤ 피고는 이 사건 장부가액인 958,829,782원뿐만 아니라 조세심판원의 심판 절차에서 원고가 주장한 필요경비 중 일부 소규모 공사비 668,285,964원도 합산하여 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액으로 인정하였는바, 이는 당초 이 사건 건물의 신축공사를 맡았던 원종합건설 주식회사 대표이사 전권식이 원고에게 작성하여 준 공사 포기각서에 기재된 공사금액 1,144,000,000원을 상회하는 금액이다.

⑥ 납세의무자가 종합소득세 등을 신고할 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 그 외의 조세에서 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간이 흔들리게 되고, 결국 양도소득세 산정과 관련한 취득가액의 결정에 있어 환산가액의 적용 여부를 납세의무자로 하여금 취사선택할 수 있게끔 하는 부당한 결론에 이르게 된다.

⑦ 그 밖에 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당한다거나 장부 등 증빙 서류의 내용이 매매사례가액, 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 해당한다고 볼 만한 구체적인 정황이나 자료도 찾아볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.