이 사건 특허권 양도는 부가가치세 과세대상인 ‘재화의 공급’에 해당한다고 봄이 타당함

사 건 2024구합5364 부가가치세부과처분취소 원 고 임AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 17. 판 결 선 고

2025. 9. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 1. 원고에게 한 2017년 제2기분 부가가치세 152,524,050원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 6. 7.경부터 ‘BB’(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)라는 상호로 유압기기 제조업을 영위하고 있고, 주식회사 CC(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 2016. 1. 11. 이 사건 사업장과 같은 소재지에서 유압기기 제조업 등을 목적으로 설립된 회사인데, 원고가 위 법인의 최대주주(당초 총 발생주식 100,000주 중 70,000주를 보유하였다가 2017년 12월경 총 발행주식 1,057,000주 중 1,027,000주를 보유함으로써 지분율은 97.15%이고, 원고 자녀들 3명의 지분까지 합하면 그 지분율은 100%이다)로서 그 대표이사로 재직중이다.
• 나. 원고는 2017. 12. 18. 아래 표와 같이 특허등록한 4개의 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)을 이 사건 법인에 현물출자 방식으로 양도하고 위 법인으로부터 보통주 957,000주(1주당 1,000원)를 취득한 후, 위 특허권 양도대금 957,000,000원에 대하여 소득세법 제21조 의 기타소득으로 소득세 신고를 하였다.
• 다. ○○ 세무서장은 2022년경 원고가 이 사건 사업장의 사업과 관련하여 이 사건 특허권을 취득하였으므로 위 특허권의 양도를 사업자 지위에서 재화를 공급한 것으로 보아 부가가치세를 과세하여야 한다는 과세사실판단 자문 절차를 거쳐 피고에게 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 피고는 2022. 12. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2017년 귀속 제2기분 부가가치세 152,524,050원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 7. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 21. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 5 내지 9, 13, 14호증의 각기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 특허권을 이 사건 사업장의 사업과 무관하게 취득한 것으로 위 특허권을 이 사건 법인에 현물출자 방식으로 양도한 것은 부가가치세 과세대상인 ‘사업자가 행하는 재화의 공급’이 아니라 원고 개인 소유의 특허권을 양도한 것이다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 원고에게 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 부가가치세법 제4조 는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세 과세대상으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조에서 광업권, 특허권, 저작권 등 재산적 가치가 있는 권리를 재화의 범위에 포함하고 있다. 한편 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이처럼 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결, 대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 사실관계 및 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정하거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 사업장을 운영하는 사업자 지위에서 이 사건 특허권을 출원·등록하여 이 사건 법인에 양도한 것으로 인정할 수 있으므로, 이 사건 특허권 양도는 부가가치세 과세대상인 ‘재화의 공급’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다. ① 원고는 이 사건 사업장에서 유압기기 제조업을 영위한 지 10년가량 경과한 시점에 이 사건 특허권을 출원하였고, 원고 자신도 과세사실판단 자문 절차에서 이 사건 사업장의 개인사업자로서 고객사인 주식회사 DD건설기계와 협력하여 유압 밸브의 성능 확인 및 고객 반응 등을 관찰하기 위하여 건설현장 및 판매 대리점 등을 방문하는 과정에서 굴착기 사용 고객의 애로사항을 파악하고 그 개선점에 관해 고민하다 이 사건 특허권 관련 아이디어를 얻었다는 취지로 주장한 바 있다. ② 원고는 이 사건 사업장을 사업화 주체로 하여 중소기업청에서 주관하는 국가연구개발사업 수행 과제로 연구보고서를 작성 하였고, 위 연구개발사업의 성과로는 특허 2건, 연구보고서 1건이 등록되어 있는데, 그 중 특허 2건은 이 사건 특허권과 관련된 것으로 보이며, 과제책임자인 EE과 연구원 FF, GG은 모두 이 사건 사업장에 소속된 직원들이다. ③ 이 사건 사업장의 주력사업 대상인 유압기기는 유체의 압력을 이용해 힘을 전달하는 기기로서 공작기계 및 건설기계용으로 여러 분야에 걸쳐 활용할 수 있는 것이므로, 원고가 굴착기용 장치를 개발하였더라도 이 사건 사업장과 무관하게 발명하였다고 평가하기는 어렵다. ④ 원고는 이 사건 특허권 출원 등록 시기인 2014년부터 2015년경까지 이 사건 사업장에 기업부설연구소를 설립·운영하였고, 연구개발비로 2014년에는 201,632,400원, 2015년에는 282,761,867원이 발생한 것으로 하여 각기 연구인력개발비 명목으로 세액공제(2014년 50,408,100원, 2015년 70,690,466원)를 받기도 하였다. ⑤ 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 사람’은 발명행위를 한 사람을 가리키므로 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 하는바(대법원 2012. 12. 27.선고 2011다67705 판결 등 참조), 원고가 위와 같이 이 사건 사업장과 관련하여 연구소를 설립하고 거액의 경상 연구개발비를 지출한 점에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 특허권에 대한 기본적인 아이디어를 제공하였다손 치더라도 이 사건 사업장의 인력, 자금, 설비 등의 지원을 통하여 구체적인 발명에 이르렀다고 보는 것이 경험칙에 더 부합한다. ⑥ 원고는 이 사건 특허권 출원 등록과 관련하여 HH특허법률사무소의 도움을 받았는데, 위 특허법률사무소는 이 사건 특허권과 관련한 특허출원비용, 특허우선심사비용, 특허등록비용 등에 대하여 ‘공급받는 자’를 이 사건 사업장의 사업자등록번호로 기재하여 세금계산서를 발급하였고, 이 사건 사업장은 부가가치세 신고 시 위와 같이 발급받은 세금계산서를 제출하여 매입세액 공제를 받기도 하였다. ⑦ 그 밖에 원고가 이 사건 특허권을 이 사건 사업장의 사업과는 무관하게 독자적으로 취득하였다거나 원고 개인이 이 사건 사업장의 운영자로서의 지위와는 별개로 이 사건 특허권의 지분을 나누어 취득하였다고 볼 만한 구체적인 정황이나 자료도 찾아볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.