체비지 매각에 대응하는 취득시기는 환지계획인가일로 보아야 함

cnlemr 사 건 2023구합836 법인세부과처분취소 원 고 AAAA도시개발사업조합 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 12. 판 결 선 고

2025. 8. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 11. 원고에게 한 2015년 귀속 법인세 373,443,778원(가산세 포함)의 부과처분 및 2018년 귀속 법인세 18,068,067원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 DD EE FF동 000-0번지 일원을 환지 방식으로 개발하는 AAAA도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행할 목적으로 2006. 5. 17. BB광역시장으로부터 조합설립인가를 받은 비영리법인이다.
• 나. BB광역시장은 2004. 12. 23. BB광역시 고시 제2000-00호로 DD EE FF동 000-0번지일원 996,500㎡를 ‘AAAA 도시개발사업 도시개발구역’으로 지정·고시하였다.
• 다. BB광역시 EE청장은 2007. 1. 4. BB광역시 EE 고시 제2000-0호로 이 사건 사업의 실시계획을 인가·고시한 후 2007. 11. 13. 환지계획을 인가하였다.
• 라. 원고는 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 사업구역 내의 일부 토지를 체비지로 지정한 후 아래 표와 같이 체비지를 매각한 대금으로 각종 공사대금, 조합운영비 등에 충당하였다.
• 마. 원고는 2021. 1. 28. 환지처분 공고 및 2021. 4. 15. 환지처분 정정 공고를 하였는데, 위 환지처분에 따른 이 사건 사업 현황은 아래 표와 같다.
• 바. 00지방국세청장은 2022. 3. 10.부터 2022. 5. 23.까지 원고를 상대로 2015년 사업연도 내지 2018년 사업연도에 대한 법인세 통합조사와 2019년 사업연도 내지 2021년 사업연도에 대한 법인세 부분조사를 실시하여 원고가 체비지 매각수입 및 청산금 수입에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 않은 사실을 확인하고, 원고의 사업비 집행실 적 정산검토보고서 및 실시계획인가일 기준 토지 감정평가액을 근거로 2015년부터 2021년까지 원고의 법인세 과세표준과 관련한 익금, 손금, 소득금액을 아래 표와 같이 산정하여 법인세 과세표준 및 예상 법인세 고지세액을 산출한 후 2022. 6. 3. 원고에게 위 세무조사 결과를 통지하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다).
• 사. 피고는 2022. 7. 11. 이 사건 세무조사 결과에 따라 원고에게 아래 표와 같이 2015년 내지 2021년 귀속연도 각 법인세를 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 하고, 그중 원고가 이 사건에서 다투고 있는 2015년 귀속 법인세 373,443,778원의 부과처분 및 2018년 귀속 법인세 18,068,067원의 부과처분을 묶어‘이 사건 쟁점처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이 사건 처분 가운데 무신고가산세 중 일부 금액(52,208,447원)을 제외한 나머지 부분에 불복하여 2022. 9. 30. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 6. 29. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제3호증의 1, 2, 제4, 5, 6호증, 을 제1, 2, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 사업은 환지 방식의 도시개발사업이고, 원고는 조합원 소유의 환지 전 토지를 조합원으로부터 승계취득하는 것이 아니라 도시개발법령에 따른 환지처분에 근거하여 원시취득하는 것이므로 체비지 매각과 관련하여 손금에 산입되어야 하는 취득원가는 환지 전 종전토지에 대한 감정평가액(이하 ‘종전 평가액’이라 한다)이 아니라 환지 후 종후토지에 대한 감정평가액(이하 ‘종후 평가액’이라 한다)을 기준으로 산정하여 야 한다. 그럼에도 종전 평가액을 기준으로 체비지의 취득원가를 산정한 피고의 이 사건 쟁점처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조). 한편 납세의무자가 입증 활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 문제 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결, 대법원 2014.5. 29. 선고 2014두2027 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞에서 본 사실관계와 관계 법령의 규정 내용 및 취지에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고의 체비지 매각수입에 대응하는 취득원가를 종전 평가액 기준으로 산정하여 법인세를 부과한 이 사건 쟁점처분은 적법하므로 원고의 주장은 이유 없다. 가) 도시개발법 제34조 제1항 은 “시행자는 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 보류지로 정할 수 있으며, 그중 일부를 체비지로 정하여 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 수 있다.”라고 규정하고, 같은 법 제36조 제4항은 “시행자는 제34조에 따른 체비지의 용도로 환지 예정지가 지정된 경우에는 도시개발사업에 드는 비용을 충당하기 위하여 이를 사용 또는 수익하게 하거나 처분할 수 있다.”라고 정하고 있다. 또한 같은 법 제70조 제2항은 “시행자는 체비지의 매각대금을 해당 도시개발사업의 목적이 아닌 다른 목적으로 사용할 수 없다.”고 규정하고 있다. 위와 같은 도시개발법의 규정을 종합하면, ‘체비지’란 도시개발사업의 시행자가 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하기 위해 시행자에게 매각처분을 할 수 있도록 정한(환지로 지정하지 아니한) 토지를 일컫는 것으로 볼 수 있다. 한편 원고는 도시개발법에 따라 설립된 조합으로 비영리법인에 해당하나 비영리법인도 그 수익사업에서 발생하는 소득은 과세대상이 된다고 보아야 하고, 도시개발사업조합은 체비지 등을 매각하여 사업비에 충당한 뒤 잔액이 있을 경우 조합원에게 분배할 수 있으므로 체비지 매각수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 의 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입 또는 같은 항 제6호에서 정하는 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입으로서 법인세 과세소득이 되므로 원고는 각 사 업연도 법인세 과세표준 신고를 할 의무가 있음에도 2015년도부터 2021년도까지 이에 관한 신고를 하지 아니하였다.

• 나) 토지구획정리사업법에 따라 토지구획정리사업의 시행자가 환지처분 전에 토지를 체비지로 지정하면 그 시행자가 취득하는 권리는 장래 환지처분 시에 취득하게 되는 소유권의 전신과 같은 것으로서 물권 유사의 사용수익권이라고 할 것이고(대법원 1995. 3. 10. 선고 93다57964 판결 참조), 토지구획정리사업의 시행자가 환지처분 전에 체비지 지정을 하여 이를 제3자에게 처분하는 경우 매수인이 토지의 인도 또는 체비지 대장에의 등재 중 어느 하나의 공시방법을 갖추었다면 그 매수인은 당해 토지에 관하여 물권 유사의 사용수익권을 취득하여 당해 체비지를 배타적으로 사용·수익할 수 있음은 물론이고 다시 이를 제3자에게 처분할 수도 있는 권능을 가지며, 그 후 환지처분 공고가 있으면 그 익일에 최종적으로 체비지를 점유하거나 체비지대장에 등재된 자가 소유권을 원시적으로 취득한다(대법원 2007. 9. 21. 선고 2005다44886 판결 등 참조). 또한 구 법인세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항 제3호는 ‘상품 등 외의 자산’의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속 사업연도를 ‘그 대금을 청산한 날’이 속하는 사업연도로 정하고 있고, 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제7호 에 따라 매매나 합병, 상속 등이 아닌 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 ‘그 취득 당시의 시가’가 된다. BB광역시 EE청장이 2007. 1. 4. 이 사건 사업의 실시계획을 인가한 후 2007. 11. 13. 환지계획을 인가하였음은 앞에서 본 바이고, 실시계획인가로 도시개발사업이 환지 방식으로 결정되면서 체비지의 존재가 결정되었으며, 이로써 원고는 환지처분에 앞서 체비지 자체에 대한 소유권이 아니라 장래 환지처분 시에 취득하게 되는 소유권의 전신과 같은 물권 유사의 권리를 취득하게 되므로 그와 같은 권리의 매각을 둘러싼 익금 및 손금의 귀속연도 역시 해당 체비지 매각이 이루어진 사업연도로 보아야 하고, 이때 익금인 매각수입에 대응하는 손금을 실시계획인가 시점을 기준으로 한 종전 평가액으로 산정하는 것이 부당하다고는 볼 수 없다.
• 다) 피고는 이 사건 세무조사 당시 이 사건 사업구역 중 공공시설 조성을 위한 손금이 체비지와 일반토지 조성에 공통적으로 사용된 것으로 보아 각 구역의 면적 비율로 비용을 안분하기 위해 ‘공통손금 안분비율’을 정한 다음, 원고의 사업비 집행내역을 검토하여 회계법인이 작성한 각 연도별 사업비 집행실적 정산보고서(을 제13호증)를 토대로 하여 공사원가 등을 계산하였고, 원고가 환지계획인가 신청을 할 당시에 두 군데의 감정평가법인을 통하여 실시한 이 사건 사업구역의 환지 전 종전토지에 대한 감정 결과에 따른 종전 평가액(실시계획인가일 기준)을 토지원가(취득원가)로 계산하여 이 사건 쟁점처분을 하였다. 원고가 시행한 이 사건 사업은 이 사건 세무조사 기간 이전부터 진행되어 왔으므로 사업시행을 위한 비용, 체비지 매각에 따른 수익 또한 조사대상 기간 이전부터 발생하였으나 피고는 부득이 조사대상 기간에 한정하여 법인세 결정을 할 수밖에 없었고, 법인세는 기간 과세를 하여야 하므로 체비지 매각 수익이 발생한 과세기간에 한정하여 익금과 손금을 산정한 것으로 보인다. 앞에서 본 바와 같이 필요경비나 손금에 관한 사항은 납세의무자인 원고에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 원고의 지배영역 안에 있어 과세관청인 피고로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있고, 원고가 별다른 입증 활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 원고에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 볼 것인데, 원고는 환지처분이 있기 전에 체비지를 매각할 경우 손금에 산입되는 취득원가의 기준이 종후 평가액이 되어야 한다는 주장만 하고 있을 뿐, 실제로 체비지 매각과 관련하여 손금에 산입될 종후 평가액의 산정기준이나 방식, 구체적인 액수에 관하여는 별다른 입증 활동을 하지 않았고, 원고가 제출한 증거들만으로는 피고가 산정한 토지원가, 공사원가 외에 원고에게 별도의 필요경비나 손금이 발생하였음을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 구체적인 정황이나 자료도 찾아볼 수 없다.
• 라) 다른 한편, 원고가 시행한 이 사건 사업은 조합원 소유의 토지를 매매나 현물출자 없이 조합원의 동의를 얻어 정비한 후 정비된 토지를 조합원에게 돌려주는 방식인바, 이와 같은 토지 정비 과정을 고려할 때 수익사업인 체비지 매각에 대한 원가를 구성하는 것은 조합원 소유 토지의 가액이 아니라 이 사건 사업과 관련한 토지 정비 비용이나 기타 관리비용으로 볼 여지도 있다. 위와 같이 토지원가가 체비지 매각에 대한 취득원가를 구성할 수 없다고 보아 이를 법인세 과세표준과 관련한 손금에서 제외하고 원고의 각 사업연도 소득금액을 계산할 경우 적어도 이 사건 쟁점처분의 근거가 된 원고의 소득금액을 상회할 것으로 보이므로, 결국 원고가 이 사건 쟁점처분을 통하여 납부하여야 하는 금액은 어느 모로 보나 정당한 세액의 범위 내에 있다고 평가할 수 있다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.