법인통합조사 이후 해명자료 제출안내에 따른 과세가 중복조사에 해당되는지 여부

사 건 2023구합8076 법인세부과처분취소 원 고 AA종합건설 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 4. 18. 판 결 선 고

2024. 5. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 4. 13. 원고에 대하여 한 2020 사업연도 법인세 40,243,600원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ZZ X구 중앙로 230, 6층(FF동)에서 토목공사업, 건축공사업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 원고는 2021. 3.경 피고에게 2020 사업연도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 법인세 중 1억 원을 감면받았다.
• 다. 원고는 2021. 7.경 피고에게 2019 사업연도 근로소득자의 인원과 지급액을 추가하는 취지의 원천징수이행상황신고서를 수정하여 제출하였는데, 이에 의하면 원고의 2019 사업연도의 상시근로자수는 96.33명이었다.
• 라. GG지방국세청은 2022. 4. 14.부터 같은 해 7. 14.까지 사이에 원고의 2017 사업연도부터 2020 사업연도까지를 조사대상 기간으로 한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 하였다.
• 마. 피고는 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 받는 법인에 대한 사후 관리 검토를 하였는데, 그 과정에서 원고의 2019 사업연도의 상시근로자 수(93.66명)보다 2020 사업연도의 상시근로자 수(90명)보다 감소하였음에도 원고의 2020 사업연도 법인세와 관련하여 감면한도가 적용되지 아니하였음을 확인하였고, 이에 2023. 1. 4. 원고에게 아래와 같은 내용으로 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출안내’(이하 ‘이 사건 안내’라고 하였다)를 하였다.
• 바. 피고는 원고가 이 사건 안내에도 불구하고 관련된 해명자료를 제출하지 않자 2023. 4. 13. 원고에게 2020 사업연도 법인세 40,243,600원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 5. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 같은 해 9. 12. 원고의 심판청구를 기각하였다.

• 가. 원고 주장의 요지 원고가 이 사건 조사 당시 2020 사업연도 법인세의 세액 감면과 관련한 자료를 제출하였고 세액 감면의 적정성 등에 대해 조사를 받았음에도 불구하고 피고는 이 사건 안내를 통해 원고에게 이 사건 조사에서 이미 제출되었던 자료를 재차 요구하였다. 또한 이 사건 안내는 원고의 법인세액 경정을 위하여 질문하거나 서류 등의 제출을 요구하는 일체의 행위인바, 이 사건 처분은 국세기본법 제81조의4 제2항 을 위반한 것으로 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련법리 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없는데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인,특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자 등의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참 조).

2. 구체적 판단 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 피고는 원고가 이미 제출한 2020 사업연도에 대한 법인세 세액감면신청서, 2019 사업연도 근로소득 지급명세서 등을 토대로 원고에게 2020 사업연도 법인세와 관련하여 감면한도가 적용되지 아니한 잘못을 바로잡을 기회를 제공하거나 단순히 사실관계를 확인하기 위하여 이 사건 안내를 한 것으로 보이고, 원고가 이 사건 안내로 인해 추가로 자료제출 의무를 부담하거나 답변할 의무가 발생하였다고 볼 수 없는 점, 설령 원고가 이 사건 안내에 따라 해명자료를 제출하고자 하였더라도 그 자료는 원고가 이미 제출한 자료이거나 보유하고 있는 것으로 손쉽게 제출이 가능하였을 것으로 보이는 점, 피고는 이 사건 안내 이후 이 사건 처분과 관련하여 자료수집 등을 위해 추가로 어떠한 행위로 나아간 바 없고, 원고의 사무실을 방문하여 조사를 하거나 세무서 방문을 요구하는 등 원고의 영업의 자유에 영향을 미쳤다고 볼만한 사정도 엿보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 안내는 세무조사에 해당된다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.