이 사건 쟁점주택의 양도에서 발생한 소득은 1세대 1주택의 양도가 아니므로, 비과세적용대상이 아님.

사 건 2023구단5780 양도소득세경정거부처분취소 원 고 A 피 고 B 변 론 종 결

2024. 6. 11. 판 결 선 고

2024. 8. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 8. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 185,009,508원의 경정거부처분을 취소한다(양도소득세 액수는 오기로 보이므로 위와 같이 정정한다).

• 가. 원고는 2021. 1. 28. 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)과, 원고가 C에 ① 부산 ○○구 ○○동 ○○ 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 그 위의 ② 지하 1층 지상 3층 겸용주택(이하 ‘이 사건 제1건물’이라 한다), ③ 지하 1층 지상 2층 단독주택(이하 ‘이 사건 제2건물’이라 한다)을 양도하는 매매계약을 체결하였다.
• 나. C은 2021. 4. 9. 이 사건 토지와 이 사건 제1, 2건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여 2021. 1. 28.자 매매계약을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤고, 원고는 2021. 6. 28. 이 사건 각 부동산의 양도에 관하여 1세대 2주택임을 전제로 양도소득세 247,392,510원을 신고·납부하였다.
• 다. 이 사건 토지에 건축을 신축하고자 하였던 C은 2021. 8.경 D구청장에게 이 사건 제1, 2건물에 관한 건축물해체허가신청서를 제출하였고, 그 무렵 D구청장으로부터 허가서를 발급받았으며, 2021. 9.경 위 각 건물이 모두 철거되었다.
• 라. 원고는 2022. 5. 13. 피고에게 “이 사건 제2건물은 철거예정 상태에서 양도된 것으로 매매목적물이 아니고 이 사건 제1건물은 상가보다 주택의 면적이 더 크다. 이 사건 제2건물의 부속토지는 사업용토지로 과세되어야 하고, 제1건물과 그 부속토지는 1세대 1주택으로 비과세대상이므로 양도소득세를 환급해 달라.”는 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2022. 7. 8. “양도일 현재 이 사건 제1, 2건물이 모두 철거되지 않아 이 사건 각 부동산의 양도는 조정대상지역 내 2주택의 양도로 중과세 대상이고, 이 사건 제1건물의 주택 부분은 1세대 1주택 비과세 요건(보유기간)을 충족하지 못하였다.”는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 그 청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재와 영상, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 2021. 1. 28.자 매매계약 체결 이후 C과 수정․추가협의를 통하여 매매목적물을 이 사건 토지와 이 사건 제1건물로 특정을 하였고, 이 사건 제2건물의 철거비용은 원고가 부담하였다. 원고는 실질적으로 이 사건 제2건물을 철거하고 이 사건 토지와 제1건물만을 양도한 것임에도 피고는 위 제2건물의 철거가 늦게 이루어졌다는 사정을 들어 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 실질과세의 원칙을 위반하여 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관련 규정 및 법리 1) 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득을 비과세소득으로 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문은 법 제89조 제1항 제3호 가목의 “대통령령으로 정하는 요건”을 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 또는 3년 이상인 경우(조정대상지역에 있는 주택의 경우 보유기간 중 거주기간 요건 추가)로 규정하고 있다. 그리고 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기를 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 규정하고 있다.

2. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 또한 과세처분취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

• 다. 판단 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 C에 이 사건 각 부동산을 양도하였다고 봄이 타당하여 이 사건 제1건물과 그 부속토지의 양도로 발생한 소득은 비과세적용대상이 아니다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

① 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약서상의 잔금지급일은 2021. 4. 9.이고, 앞서 살펴본 바와 같이 C은 2021. 4. 9. 위 각 부동산에 관하여 2021. 1. 28.자 매매계약을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제2건물의 철거는 위 제2건물의 양도가 이루어지고 나서인 2021. 8. 내지 9.경에야 이루어졌다.

② 원고와 C이 2021. 1. 28.자 매매계약 이후 이 사건 제2건물을 위 매매계약의 목적물에서 제외하기로 하는 합의를 하였다하더라도, 2021. 4. 9. 이전까지 원고가 위 제2건물을 철거하지 않고 그대로 C에 양도한 경우에까지 양도일 이전에 주택을 멸실한 경우와 같이 취급하는 것은 비과세요건을 합리적 이유 없이 확장해석하는 것이 된다.

③ C이 제출한 사실확인서에 따르면, C은 소유권 이전 이후 건물 철거의 원칙 등이 있었고 이에 원고와 다시 상의하여 일단 이 사건 제1, 2건물에 대한 소유권을 모두 C에 이전하기로 합의하였다. 이러한 내용에 비추어 보면 원고의 주장과 같이 원고와 C 사이에 이 사건 제2건물을 종국적으로 매매목적물에서 제외하기로 하는 합의가 성립하였다고 보기도 어렵다.

④ 원고와 C 사이에 이 사건 제2건물을 매매목적물에서 제외하기로 하는 합의가 진정으로 성립하였다면, 원고로서는 이 사건 각 부동산 또는 이 사건 제2건물과 그 부속토지의 잔금지급일 내지 소유권이전등기일을 철거일 이후로 연기할 수 있었을 것이나 이에 관하여 별다른 조치를 취하지 않았고 원고는 1세대 2주택임을 전제로 양도소득세 신고․납부를 하였다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.