2. 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장의 요지 구 조특법 제127조 제10항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 세액감면 대상소득과 세액공제 대상소득이 일부 중복되더라도 같은 법 제143조에 따른 구분경리 요건을 갖추었다면 중복지원을 허용하는 것으로 해석·적용하여야 하며, 소득이 중복되지 않는 경우에만 중복지원이 가능하다고 해석하는 것은 조세법률주의에 반한다. 원고는 같은 법 제143조에 따라 세액감면 대상사업(본사의 사업)과 세액공제 대상사업(나머지 사업)을 구분경리하였으므로 이 사건 조항에 따라 이 사건 세액공제와 이 사건 세액감면을 동시에 적용받을 수 있다. 또한 이 사건 세액감면의 산정방식은 입법목적에 따라 여러 차례 개정되어 왔으며 입법목적을 달성하기 위하여 정책적으로 이 사건 세액감면의 산정방식을 별도로 정한 것에 불과하므로 일부 감면대상 소득이 중복된다고 하더라도 구분경리 요건을 갖추지 못하였다고 볼 수 없고, 이 사건 조항에서 특별히 이 사건 세액감면을 배제하고 있지 않은 점, 원고는 공익의 실현을 목적으로 하는 공공기관으로서 법령에 따라 본사를 이전하게 된 것으로 이 사건 세액공제와 이 사건 세액감면을 동시에 적용받지 못하게 되는 것은 이 사건 세액감면의 취지에 어긋나는 점 등을 고려하면, 이 사건 조항의 요건을 충족하지 않았다는 이유로 이 사건 세액감면을 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같고, 이 사건 배제조항과 이 사건 조항은 다음과 같다. ■ 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제127조(중복지원의 배제) [이 사건 배제조항]
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항·제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항 및 제121조의22제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의 15, 제104조의18제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. [이 사건 조항]
⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.
1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
2. 이 사건 조항의 해석 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해보면, 이 사건 조항에서 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받기 위한 요건으로서 구분경리를 요구하는 취지는 ‘동일한 소득’에 대해서 세액감면과 세액공제를 중복하여 지원하지 않기 위한 것이라고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
- 가) 구 조특법 제127조는 ‘중복지원의 배제’라는 제목 하에 이 사건 배제조항에 서 내국인이 동일한 과세연도에 특정 조항에 따른 세액감면과 세액공제 요건을 동시에 충족하는 경우 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다는 원칙을 규정하고 있으며, 이 사건 조항에서 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 세액공제는 위 배제조항에서 정한 중복지원에 해당하지 않는다고 규정하고 있다.
- 나) 이 사건 조항은 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정시 신설되었는데, 동 규정은 사업장 별로 구분경리하여 세액감면 적용 사업장과 그 밖의 사업장이 구분되는 경우 각 사업장별로 세액감면과 세액공제를 받는 것은 이 사건 배제조항에서 의미하는 중복지원에 해당하지 않음을 확인하고, 중복지원이 배제되는 범위를 명확히 하기 위하여 도입된 것으로, 문언 자체로도 이 사건 배제조항에 대한 적극적인 예외를 창설한 것으로 해석하기 어렵다.
- 다) 구 조특법 제143조 제1항은 내국인이 같은 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제136조 제1항은 위 구분경리에 관하여는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조의 규정을 준용한다고 규정하며, 같은 법 제113조 제1항 내지 제5항은 비영리법인등의 구분경리에 대해 규정하고 같은 조 제6항은 위 규정에 따른 구분경리의 방법 등의 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 위 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다. 위와 같이 ‘구분경리’에 관하여 정한 관계 법령의 규정 및 체계를 종합하여 보면, 구 조특법 제143조의 구분경리는 ‘세액감면을 받는 사업’과 그 밖의 사업’의 소득을 구분함으로써 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 파악하기 위한 것으로 보이는바, 이 사건 조항의 취지는 이미 세액감면이 적용되고 있는 소득이 아니라면, 그 소득에 대해 세액공제 등 다른 조세지원이 가능하다고 해석된다. 즉, 구분경리에 의하여 소득이 중첩되지 않고 구분되어야 이 사건 조항에 따른 세액감면과 세액공제의 동시 적용이 가능하다.
- 라) 이 사건 조항은 이 사건 배제규정을 적용함에 있어 ‘구 조특법 제63조의2 제2항’에 대하여 별다른 예외를 규정하고 있지 않다. 따라서 이 사건 세액감면을 이 사건 배제규정상의 다른 세액감면과 다르게 판단할 이유 없으므로 이 사건 배제규정의 원칙이 그대로 관철되는 것이 관련 법 조항의 체계에 부합한다.
- 마) 구 조특법 제63조의2의 입법취지와 관련한 원고의 주장은 기록에 비추어 알수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 배제조항은 세제의 중복지원을 원칙적으로 금지하면서도 납세자에게 조특법이 규정한 세액감면제도와 세액공제제도 중 자신에게 유리한 것을 선택할 수 있는 권리를 부여한 규정인 점, ② 원고는 당초 2015 ~ 2017사업연도 법인세를 신고하면서 세액공제를 적용받는 것이 유리하다고 판단하여 구 조특법에 따른 이 사건 세액공제를 받았는바, 본사의 지방이전에 따른 세액감면과 일부 세액공제의 중복지원이 금지된다고 하여 그것이 곧바로 구 조특법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것이 된다고 단정할 수 없는 점, ③ 세액공제를 선택함으로써 본사의 지방이전에 따른 세액감면을 받지 못하는 경우가 있다고 하더라도, 그것은 이 사건 배제조항 및 구 조특법 제63조의2가 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 세액감면을 규정하면서도 그 세액감면을 예외 없이 관철시키는 태도를 취하지 아니하고 일부 세액공제와의 관계에서는 그중 하나만을 선택하도록 정하고 있기 때문으로서, 이는 세액공제의 성격, 조세형평 및 그 밖의 여러 이해관계 등을 종합적으로 고려한 입법자의 정책적 결단인 점 등에 비추어 이유 없다.
3. 원고가 이 사건 조항이 요구하는 구분경리의 요건을 갖추었는지 여부
- 가) 구분경리라 함은 자산․부채 및 손익을 사업별로 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하는 것을 말하고, 그와 같이 사업별로 별개의 회계로 구분하여 경리하고 있다고 보기 위해서는 자산․부채 및 손익을 그 용도나 발생원천 등에 따라 귀속되는 해당 사업을 명백히 하고, 그에 따라 독립된 계정과목으로 구분하여 기장하는 등의 방법에 의해 특정 사업에 관련된 자산․부채 및 손익이 그 밖의 다른 사업과 명확히 구별되어 인식할 수 있을 정도에 이르러야 한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2000두5968 판결 참조).
- 나) 판단
(1) 구 조특법 제63조의2 제2항은 본사를 지방으로 이전한 경우 ‘법인 전체’의 과세표준에 이전한 본사의 총 급여액 비율 내지 인원수 비율 중 작은 비율에 따라 계산된 소득에 대한 법인세액 감면을 규정하고 있다. 따라서 위 규정에 따른 세액감면대상 사업의 소득과 세액공제대상 사업의 소득이 구분되지 않고 일부 중첩된다.
(2) 구 조특법 제63조의2 제2항에 따른 방식에 의하여 이전본사의 감면대상소득을 산정하였다고 하더라도, 법인 전체의 과세표준에서 그와 같이 산정된 금액을 공제한 잔액이 ‘각 발전사업소를 포함한 그 밖의 사업’의 소득으로 의제되는 것도 아닌 이상, 본사의 소득과 그 밖의 사업의 소득이 구분경리 의하여 구분된 것이라고 보기 어렵다.
(3) ERP 시스템(전사적 자원관리 시스템)에 의해 생성되는 매출·매입 전표상으로 본사와 각 발전사업소의 자산·부채 및 손익을 구분할 수 있다하더라도(갑 제20호증), 그와 같은 전표의 분리만으로 구 조특법 제143조 및 법인세법 제113조 에서 규정한 구분경리가 이루어진 것으로 보기 어렵다.
(4) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
4. 소결론 따라서 세액공제 적용 소득과 세액감면 적용 소득이 중복되고, 구분경리의 요건도 갖추지 못하였다는 이유로 한 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.