합병법인과 피합병법인 간의 구분경리를 통하여 각각의 이월결손금 역시 해당 합병법인 및 피합병법인의 소득에서 공제하도록 하고 있는바, 공제한도 역시 합병법인과 피합병법인의 각각의 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당함

사 건 2021구합10037 법인세경정거부처분취소 원 고 AAAAA 주식회사 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2022. 8. 11. 판 결 선 고

2022. 9. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 7. 27. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 399,151,464원, 2018 사업연도 법인세 3,212,863,792원, 2019 사업연도 법인세 3,953,966,894원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2014. 6. 1. CCCCCC 주식회사(이하 ‘이 사건 피합병법인’이라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2017 ~ 2018 사업연도의 법인세에 관하여 각 사업연도의 소득에서 아래【표1】과 같이 이 사건 피합병법인에서 승계한 이월결손금 공제를 신고하였다. 【표 1】원고의 당초 이월결손금 공제신고 내역 구분 2017사업연도 2018사업연도 2019사업연도 승계된 사업에서 발생된 소득 8,723,700,283원 48,679,754,427원 44,931,441,979원 공제한도비율 80% 70% 60% 이월결손금 공제액 6,978,960,226원 34,075,828,098원 26,958,865,187원
• 다. 원고는 2020. 5. 26. ‘ 법인세법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서(이하 ’이 사건 제1조항‘이라 한다)가 내국법인의 경우 각 사업연도 소득의 일정범위를 공제할 이월결손금 한도로 규정하고 있고, 법인세법 제45조 제2항 (이하 ’이 사건 제2조항‘이라 한다)은 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(이하 ’승계사업 소득금액‘이라 한다)의 범위에서 공제할 수 있도록 규정하고 있으므로, 이 사건 제1조항에 따라 원고의 전체 소득금액(승계사업 소득금액 포함)에 공제한도비율을 적용한 금액에서 이 사건 제2조항에 따른 승계사업 소득금액을 한도로 이월결손금을 공제하여야 한다고 주장하며 다음과 같이 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2020. 7. 27. 원고에게 ’기존 해석사례에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 이 사건 제1조항에 따라 피합병법인 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018: 100분의 70, 2017: 100분의 80)을 초과하지 않는 범위 내에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준 계산시 공제하는 것”이라는 이유로, 경정청구 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2020. 8. 31. 심판청구를 하였으나, 2021. 8. 23. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5호증, 제9호증의 1, 2, 제10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 당초 착오로 피합병법인의 소득금액에 공제한도 비율을 곱하여 공제한도를 계산하고 그에 따라 이월결손금 공제를 신고하였으나, ① 이 사건 제1조항은 합병법인 사업소득과 피합병법인 사업소득을 구분하지 않고 ‘각 사업연도의 소득’의 60% 등을 ‘전체 이월결손금의 공제한도’로 규정하고 있는데 이를 승계사업 소득금액의 60% 등으로 제한할 근거가 없고, 또한 이 사건 제2조항도 승계사업 소득금액의 범위에서 공제한다고 되어 있을 뿐 일정 비율을 공제한도로 제한하고 있지 않은 점, ② 이 사건 제1조항과 제2조항이 입법취지가 다른 별개의 조항이므로 두 조항을 연관지어 합병시 이월결손금 공제한도를 축소해서 해석하는 것은 부당한 점, ③ 신설된 법인세법 제45조 제5항 (이하 ‘이 사건 제3조항’이라 한다)은 이 사건 제1조항의 예외조항으로서 창설적 규정인 점 등을 고려하면, 이 사건 제1조항 적용시 합병법인과 피합병법인의 사업소득을 구분하지 않고 원고의 전체 소득금액에 공제한도 비율을 곱하여 공제한도를 계산하여 이월결손금을 공제하여야 하는 바, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 든 증거와 변론 전체 취지를 통해 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해보면, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 이 사건 제2조항이 규정한대로 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 대하여 이 사건 제1조항이 정한 공제한도 내에서 공제할 수 있다고 봄이 타당하므로 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하다.

• 가) 피합병법인의 이월결손금은 합병법인에게 승계되지 않는 것이 원칙인바, 이 사건 제2조항은 일정한 요건을 갖춘 적격합병 시에만 승계사업 소득금액의 범위 내에서 승계한 이월결손금의 공제를 허용하고 있다. 이러한 이월결손금 승계 규정은, 기업구조조정을 지원하기 위하여 합병에 따른 법인세 부담을 완화할 필요성 등을 고려하여, 조세회피를 목적으로 하지 않는 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우에 예외적으로 이월결손금의 승계를 인정하여 과세의 공평을 기하려는 취지로 보인다.
• 나) 이 사건 제2조항은 1998. 12. 28. 법률 제5581호 개정시 도입되었다가, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 현재와 같은 형태로 개정되었는데, 당시 개정 이유는 ‘1) 흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병 형태에 관계없이 결손금 공제범위가 같도록 개선할 필요가 있음. 2) 결손금이 많은 법인이 합병법인이 되는 합병의 경우 합병법인의 결손금 공제를 제한하는 규정을 폐지하고, 합병시 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 함. 3) 합병방식 간 과세형평이 제고되고 합병을 이용한 조세회피가 방지될 것으로 기대됨’이었다. 따라서 이 사건 제2조항의 해석에 있어 합병을 이용한 조세회피를 방지하기 위하여 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 한다는 입법취지를 고려할 필요가 있다.
• 다) 한편 법인세법 제113조 제3항 제1호 는, 다른 내국법인을 합병하는 법인이 이 사건 제2조항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 그 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하여, 합병법인과 피합병법인 간의 구분경리를 통하여 각각의 이월결손금 역시 해당 합병법인 및 피합병법인의 소득에서 공제하도록 하고 있는바, 공제한도 역시 합병법인과 피합병법인의 각각의 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당하다.
• 라) 이 사건 제1조항은 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정될 당시 도입되었는데, 그 취지가 기존 조항인 이 사건 제2조항 및 위 법인세법 제113조 제3항 의 존재와 무관한 것으로 보기 어렵다. 즉 당시 이 사건 제2조항에 의해 이미 도입된 합병시의 이월결손금 계산방식(합병 전 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하여 각 소득에 대하여 공제한도비율을 적용하는 방식)을 원고가 주장하는 바와 같은 계산방식(합병 전 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 합병 후 합병법인의 전체 소득에 대하여 공제한도비율을 적용하는 방식)으로 변경하려는 의도나 취지를 찾을 수 없다. 또한 합병법인의 전체 소득금액에 관하여 공제한도를 적용하게 되면 이 사건과 같이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 100%가 공제되는 경우가 발생하게 되고, 이는 합병 방식간 과세형평 및 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 하는 이 사건 제2조항의 입법취지를 잠탈하게 되는바, 이 사건 제1조항의 해석에 있어 이 사건 제2조항과 충돌되지 않도록 조화롭게 해석하는 것이 타당하다.
• 마) 2019. 12. 31. 법률 제16833호 개정시 도입된 이 사건 제3조항은 이 사건 제2조항에 따른 이월결손금 공제시 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우, 이 사건 제1조항에도 불구하고 승계사업 소득금액의 100분의 60를 공제한도로 한다는 내용이다. 이는 이 사건 제3조항의 신설로써, ① 이 사건 제2조항이 결손금 공제만을 규정하고 한도 규정을 명시하지 않고 있어 합병 이후 승계사업 소득금액 범위에서 공제한도 없이 이월결손금 공제되는 것으로 오해될 소지 있었으므로 합병시의 이월결손금 공제에 관한 해석·적용의 혼란을 방지하고, ② 이 사건 제3조항 도입 이전에도 이 사건 제1, 2조항 및 같은 법 제113조 제3항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금 공제시 승계사업 소득금액에 대하여 이 사건 제1조항이 정한 공제한도를 적용하여 왔으므로, 결과적으로 이 사건 제1조항이 정한 공제한도가 적용됨을 확인하기 위한 것으로 보인다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.