공익법인등의 주식등의 출연, 취득에 관한 적용례에서 주식취득 기준은 최초 증여세 납세의무 가 성립할 때를 기준으로 정하는 것임

사 건 2020구합5595 증여세부과처분취소 원 고 재단법인 ○○재단 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2021. 3. 18. 판 결 선 고 2021. 4. 15.

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 8. 원고에게 한 2012. 12. 귀속 증여세(가산세) 0원, 2013.12. 귀속 증여세(가산세) 원, 2014. 12. 귀속 증여세(가산세) 원의 부과처분을 모두 취소한다

• 가. 원고는 1983. 12. 22. ○○◯로부터 5억 원 상당의 주식 등을 출연 받아 1983.12. 22. 설립허가를 받고 같은 해 12. 26. 설립등기를 마친 재단법인으로, 공익법인의 설립 및 운영에 관한 법률에 따른 공익법인이다.
• 나. 2012. 12. 31. 현재 원고가 보유하고 있는 내국법인에 대한 주식 중 해당 내국법인의 의결권 있는 발행주식의 5%를 초과하는 주식은 아래 표 기재와 같고, 총 6명의 이사가 재임하고 있었는데, 그 중 ○○◯의 장녀인 ▲▲▲는 2012. 2. 8. 원고의 이사장으로, 황◎◎은 ●●케미칼 주식회사의 사외이사로 재직하다가 2012. 3.경 퇴직한 후 2012. 7. 4. 원고의 이사로, 홍▽▽은 주식회사 ◍◍의 대표이사로 재직하다가 2010. 2.경 퇴직한 후 2012. 7. 4. 원고의 이사로 각 취임하였다.
• 다. 지방국세청장은 2017. 6. 7.부터 같은 해 7. 20.까지 원고에 대한 증여세 조사를 실시한 결과, ●●케미칼 주식회사와 주식회사 ◍◍은 ○○◯가 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단인 그룹의 소속기업에 해당하고, 황◎◎과 홍▽▽은 위 각 소속기업에서 임원으로 재직하다가 퇴직 후 5년이 경과하지 않아 ○○◯의 특수관계인에 해당하므로, 원고는 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 성실공익법인의 지위를 상실하였고, 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률제13557호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라고 한다) 제49조 제1항 단서에서 정한 공익법인의 초과보유 주식의 처분의무를 위반하였으므로, 동법 제78조 제4항에 따라 1996. 12. 31. 이전에 취득한 주식 중 지분율 5% 초과하여 보유하고 있는 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)을 가산세 부과대상으로 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2018. 8. 6. 원고에게 2012. 12. 귀속 증여세(가산세) 0원, 2013. 12. 귀속 증여세(가산세) 0원, 2014. 12. 귀속 증여세(가산세) 0원 합계 0원을 부과․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 마. 원고는 2018. 10. 31. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 11. 13. 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 공익법인의 이사 현원 중 출연자의 특수관계인이 5분의 1을 초과하지 않을 것이라는 성실공익법인의 요건은 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정된 상속세 및 증여세법 시행령(이하 ‘2008년 상증세법 시행령’이라고 한다)에서 신설되었다. 위 시행령의 부칙 제3조는 위 시행령 시행 이후 최초로 출연하는 주식 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 그런데, 이 사건 주식은 모두 1990. 12. 이전에 출연 받은 것이므로, 2008년 상증세법 시행령 규정의 성실공익법인 요건 불충족을 이유로 과세한 이 사건 처분은 2008년 상증세법 시행령 부칙 제3조와 소급과세금지 원칙, 신뢰보호원칙, 조세법률주의(엄격해석원칙)을 위반한 위법이 있다.

2. 설령, 2008년 상증세법 시행령 규정이 적용된다고 하더라도, 상증세법 제49조 제1항에서 정한 3년의 유예기간이 경과하여야만 상증세법 제78조 제4항에 따른 가산세 부과가 가능하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 공익법인 등에 대한 출연재산의 과세가액 불산입, 사후관리

• 가) 공익법인 등에 대한 출연재산의 과세가액 불산입 비영리법인이 증여받는 재산에 대하여는 증여세가 과세되나 공익법인에 대하여는 증여세를 과세하지 아니한다. 다만 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 5%(성실공익법인등1)의 경우 10%)를 초과하여 받은 주식에 대하여는 증여세가 과세된다(상증세법 제48조 제1항).
• 나) 과세가액 불산입에 대한 사후관리 공익법인이 출연 받는 재산에 대하여는 출연시점에 증여세를 과세하지 않는 대신 그 재산 및 그 재산으로부터 얻어지는 수익을 공익사업에 사용토록 사후관리를 하며 사후관리요건을 위반하는 경우에는 증여세를 과세한다. 즉, 상증세법 제48조 제2항 본문에 의하면, 세무서장 등은 재산을 출연받은 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 등의 사유가 있으면 공익법인 등이 일정한 가액을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한다. 상증세법 제48조 제11항 제1호에 의하면 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인등에 해당하지 않게 된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 상증세법 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 또한, 상증세법 제49조 제1항에 의하면, 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한2)까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 하는데, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등(=성실공익법인등)에 대해서는 그러하지 아니하다.
• 다) 공익법인 주식등의 보유기준 초과가산세 상증세법 제78조 제4항에 의하면, 공익법인등이 제49조 제1항 각호의 1에 규정된 기한 경과 후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

2. 구체적 판단 살피건대 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 성실공익법인에 해당하지 않게 되었는지 여부는 원고가 당초 주식을 증여받은 시점을 기준으로 판단하는 것이 아니라, 상증세법 제49조 제1항 단서 요건을 충족하지 못하게 되는 때 주식처분의무가 발생하고, 이에 따라 동법 제78조 제4항에 따른 가산세납부의무가 발생하는 것이므로, 당시 시행되던 상증세법 시행령에 따라 판단하여야 한다. 따라서 원고의 1) 주장은 받 아들이지 아니한다.

• 가) 성실공익법인의 경우 공익법인 제도를 악용할 위험성이 일반 공익법인에 비해 낮다는 이유로 주식 출연․취득 및 보유 한도를 일반 공익법인에 비해 높게 허용하였는데, 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 상속세 및 증여세법과 2008년 상증세법 시행령에 의하여 성실공익법인 요건을 강화하였다. 위와 같은 규정은 공익법인에 출연한 재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는 점을 틈타서 주식 출연의 방법으로 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하면서도 상속세 또는 증여세를 회피하는 것을 막기 위한 것이다(대법원 2017. 4. 20. 선고 2011두21447 전원합의체 판결 참조).
• 나) 상증세법 제16조 제2항, 상증세법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조에서 정한 해당 요건의 구체적 내용에서 알 수 있듯이 성실공익법인은 지속적인 관리가 요구되는 계속적 개념으로, 출연일 또는 취득일 당시의 상태만으로 성실공익법인인지 여부가 최종적으로 확정된다고 볼 수는 없다.
• 다) 원고의 주장과 같이 성실공익법인 해당 여부를 판단함에 있어 적용 법규를 최초 출연시 시행되던 규정으로 한정할 경우, 성실공익법인의 지위를 상실하였음에도 불구하고 상증세법 제48조 제11항 제1호의 성실공익법인 요건을 구비하지 못한 경우 에 해당하지 않게 되는바, 이는 상증세법 제48조 제11항 제1호의 명시적 규정에 반하게 되고, 사후관리규정을 둔 취지를 잠탈하게 된다.
• 라) 부칙(대통령령 제20621호, 2008. 2. 22) 제3조(공익법인등의 주식등의 출연, 취득에 관한 적용례)에서, 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식등을 출연하거나 공익법인 등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는데, 위 규정은 다음과 같은 이유로 최초 증여세 납세의무가 성립할 때 과세여부를 결정하기 위한 기준시점을 정한 것이라고 해석하는 것이 타당하다.

(1) 위 가)항에서 본바와 같이 2007. 12. 31. 개정된 상속세 및 증여세법 제16조 제2항, 제48조에서 성실공익법인 요건을 강화하였는데, 위와 같이 법이 개정됨으로써 성실공익법인 요건을 갖추지 못하는 경우 주식등의 보유기준을 초과하여 취득한 주식 등에 대하여 증여세가 과세되기 때문에, 부칙(법률 제8828호, 2007. 12. 31) 제3조(공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례)에서 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용된다고 규정한 것이고, 이에 따라 개정된 2018년 상증세법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조에 대하여도 위 시행령 부칙 제3조 규정을 두게된 것으로 보아야 하기 때문이다.

(2) 따라서, 위와 같은 법령의 문언, 체계, 개정취지 등을 고려했을 때, 위 시행령 부칙 제3조 규정을 최초 증여세 납세의무가 성립할 때 과세여부를 결정하기 위한 기준시점을 정한 것이라고 해석하는 것이 조세법률주의에 위배된다고 볼 수도 없다.

• 마) 특수관계인에 대한 이사 제한은 2008년 상증세법 시행령에 이미 규정되어 있던 요건이므로, 원고 역시 판단시점에 적용되는 기준을 통해 성실공익법인 자격여부나 유지방법을 쉽게 예상할 수 있었다. 따라서, 원고가 이를 위반한데에 대하여 피고가 성실공익법인에 해당하지 않게 되었다고 판단하고 2012 내지 2014 사업연도에 가산세를 부과한 것이 신뢰보호원칙에 위배된다거나, 소급과세에 해당한다고 볼 수도 없다.

3. 상증세법 제49조 제1항은 1996. 12. 31. 현재 주식등의 보유기준을 초과하는 주식등을 1999. 12. 31.(5% 초과하고 20% 이하인 경우), 2001. 12. 31.(20% 초과하는 경우)까지 처분하여야 한다는 규정으로, 1996년 상속세 및 증여세법을 전면적으로 개정함으로써 비과세되는 공익법인의 주식 보유비율을 일률적으로 5%로 줄이고 유예기간을 둔 것이며, 위 유예기한이 경과한 후에도 위 보유기준을 초과한 주식 등의 매년 말현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다고 규정하고 있는 것이다. 따라서, 위 유예기간이 경과한 후 성실공익법인등에 해당하지 않게 된 공익법인은 내국법인의 발행주식총수등의 5%를 초과하여 보유하는 주식등을 즉시 처분할 의무가 발생하는 것으로 보아야 하는 것이므로, 이와 전제를 달리하는 원고의 2)주장도 받아들이지 아니한다.

4. 따라서, 원고가 성실공익법인의 지위를 상실하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.