임원은 기업집단 소속 기업에서 퇴직한 후 5년이 지나지 않은 임원으로서 특수관계인에 해당

사 건 2018구합5868 증여세부과처분 취소청구 원 고 (재)○○장학재단 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 01. 24. 판 결 선 고

2019. 02. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 2. 5. 원고에게 한 2012년 귀속 증여세 27,305,778,200원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고(이하 편의상‘원고 재단’이라 한다)는 1983. 12. 22. 신○○가 5억 원 상당의 주식 등을 출연하여 설립된 공익법인의 설립 및 운영에 관한 법률에 따른 공익법인으로서, 설립 이후 장학금 지급 사업, 학술연구 활동지원 등의 사업을 하여 왔다.
• 나. 2012. 12. 31. 현재 원고 재단이 보유하고 있는 내국법인에 대한 주식 중 해당 내국법인의 의결권 있는 발행주식의 5%를 초과하는 주식은 아래 표 기재와 같다.
• 다. 구 상속세법이 1993. 12. 31. 법률 제4662호로 일부개정(1994. 1. 1. 시행)되면서 공익법인이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하나, 공익법인 이 출연받은 주식과 출연 당시 해당 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5(개정 전 100분 의 20)를 초과하는 경우에는 초과부분을 증여세 과세가액에 산입하도록 하였고, 구 상 속세 및 증여세법이 법률 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 일부개정(2008. 1. 1. 시행)되면서, 공익법인 중 성실공익법인의 경우에는 발행주식총수의 100분의 10을 초과하는 경우에 초과부분을 증여세 과세가액에 산입하도록 하였다.
• 라. 원고 재단은 주식회사 ○○제과(이하 ‘○○제과’라 한다)에 대한 주식 96,776주 (6.81%)를 출연받은 상태에서 2009. 12. 29. 신격호로부터 ○○제과에 대한 주식 26,800주(1.88%)를 추가로 출연받았으나(합계 8.69%), 원고 재단이 성실공익법인(출연 자 또는 그의 특수관계인이 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공 익법인)에 해당하여, 추가 출연분이 과세가액에 산입되지 않았다.

• 가. 원고 재단에는 2012. 12. 31. 현재 총 6명[신○○(이사장), 황○○, 홍○○, 남○○, 이○○, 김○○]의 이사가 재임하고 있었는데, 그 중 신○○의 장녀인 신○○는 2012. 2. 8. 원고 재단의 이사장으로, 황○○은 ○○케미칼 주식회사의 사외이사로 재 직하다가 2012. 3.경 퇴직한 후 2012. 7. 4. 원고 재단의 이사로, 홍○○은 주식회사 ○○의 대표이사로 재직하다가 2010. 2.경 퇴직한 후 2012. 7. 4. 원고 재단의 이사로 각 취임하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 2017. 6. 7.부터 같은 해 7. 20.까지 원고 재단에 대한 증여 세 조사를 실시한 결과, ○○케미칼 주식회사와 주식회사 ○○은 신○○가 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단인 ○○그룹의 소속기업에 해당하고, 황○○과 홍○○은 위 각 소속기업에서 임원으로 재직하다가 퇴직 후 5년이 경과 하지 않아 신○○의 특수관계인에 해당하므로, 원고 재단은 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 성실공익법인의 지위를 상실한 것으로 판단하였다.
• 다. 이에 피고는 상속세 및 증여세법 제48조 제11항 제1호 에 따라, ○○제과 발행주식총수의 100분의 5를 초과하여 2009. 12. 29. 추가 출연받은 ○○제과 주식 26,800주 1)에 대하여 그 가액을 42,716,600,400원으로 평가(황○○, 홍○○이 취임한 사업연도 종료일인 2012. 12. 31. 기준)한 후, 2017. 9. 5. 원고 재단에게 2012년 귀속 증여세 20,898,300,200원을 부과ㆍ고지하였다.
• 라. 피고는 위 추가 출연분에 대하여 최대주주 할증평가를 한 다음, 2018. 2. 5. 원고 재단에게 2012년 귀속 증여세 6,407,478,000원을 증액경정하여 추가로 부과ㆍ고지(앞 선 부과ㆍ고지와 합쳐, 이하‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 2017. 10. 20. 조세심판원에 2017. 9. 5.자 부과ㆍ고지의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 심판도중 피고가 2018. 2. 5. 추가 부과ㆍ고지를 하자 2018. 3. 7. 심판대상을 이 사건 처분으로 변경하였으며, 조세심판원은 2018. 6. 22. 위 청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 31호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다음과 같은 이유에서 황○○, 홍○○은 출연자인 신○○의 특수관계인에 해당되지 않으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 황○○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조의2 제1항 제3호 가 2014. 2. 21. 제25195호로 개정되면서, 기업집단의 소속기업에서 사외이사로 재직하다가 퇴직한 자는 특수관계인에서 제외되었고, 개정 시행령 부칙 제3조에서 개정규정은 시행(2014. 2. 21.) 후 증여세를 결정하는 분부터 적용하도록 하였으므로, 2014. 2. 21. 이후 증여세를 결정한 이 사건에서, ○○그룹의 소속기업인 ○○케미칼 주식회사에서 사외이사로 재직하다가 퇴직한 황○○은 신○○의 특수관계인으로 볼 수 없다.
• 나. 홍○○ 1) 상속세 및 증여세법 기준 상속세 및 증여세법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 일부개정되기 전(이하‘개정 전 상증세법 시행령’이라 한다)에는, 출연자가 법인이 아닌 개인인 경우라면, 출연자가 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단의 소속기업에서, 재직하다가 퇴직한 사람이라도 출연자의 특수관계인에 해당되지 않았으나, 상속세 및 증여세법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 일부개정(이하‘개정 상증세법 시행령’이라 한다)되면서부터 비로소 특수관계인에 해당되게 되었고, 개정 시행령 부칙 제2조에서는 개정 규정은 시행(2012. 2. 2.) 후 최초로 상속이 개시되거나 증여받은 것부터 적용되도록 하였다. 그렇다면, 홍○○이 ○○그룹의 소속기업인 주식회사 ○○의 대표이사로 재직하다가 퇴직하였다고 하더라도, 개정 규정 시행 전에 원고 재단이 이미 신격호로부터 증여를 받은 이 사건에는, 개정 상증세법 시행령이 적용될 수 없으므로, 홍○○은 신○○의 특수관계인에 해당되지 않는다. 2) 국세기본법 우선 적용 국세기본법이 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정(2012. 1. 1. 시행)되면서 제2조(정의규정) 제20호에서 특수관계인에 관한 규정(구체적인 범위는 같은 법 시행령 제1조의2에서 정함)을 둔 이래 퇴직 임원을 특수관계인으로 규정한 적이 없다. 한편, 국세기본법 제3조 제1항 본문에 의하면 국세기본법은 개별세법에 우선하여 적용되는 것이고, 이에 대한 예외는 같은 항 단서에 의하여 같은 항 각 호에 열거된 사항에 한하여, 법률 형태의 특례규정으로만 허용되는데, 국세기본법 제3조 제1항 각 호에서는, 특수관계인의 범위를 정하고 있는‘ 국세기본법 제1장(총칙) 제1절(통칙) 제2조’를 개별세법으로 하여금 특례규정을 둘 수 있는 예외적인 경우로 규정하지 않고 있을 뿐만 아니라, 법률이 아닌 상속세 및 증여세법 시행령에서 퇴직 임원을 특수관계 인으로 규정하고 있으므로, 상속세 및 증여세법 시행령상 특수관계인 규정을 국세기본법 우선 적용원칙의 예외가 되는 특례규정으로 볼 수 없다. 따라서 홍○○이 특수관계인인지 여부는 국세기본법 기준으로 판단하여야 하고, 앞서 본 바와 같이 국세기본법에 의하면 퇴직 임원은 특수관계인에 포함되지 않으므로, 홍○○은 ○○호의 특수관계인에 해당되지 않는다.

별지 기재와 같다.

• 가. 황○○이 특수관계인인지 여부 1) 상속세 및 증여세법 시행령이 2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 일부개정되면서 출연자가 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단의 소속기업에서, 사외이사로 재직하다가 퇴직한 사람은 출연자의 특수관계인에서 제외되었고, 개정 시행령 부칙 제3조(특수관계인의 범위에 관한 적용례)에서 개정규정은 이 영 시 행(2014. 2. 21.) 후 증여세를 결정하는 분부터 적용하도록 하였다.

2. 이 사건에서 보건대, 황○○은 출연자인 신○○가 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단(○○그룹)의 소속기업인 ○○케미칼 주식회사에서 사외이사로 재직하다가 퇴직한 후 위 개정 규정이 시행되기 전인 2012. 7. 4. 원고 재단의 이사로 취임하였으나, 피고는 성실공익법인의 지위를 상실한 원고 재단에 대하여 증여세를 결정하지 않고 있다가 개정 규정이 시행된 이후에 증여세를 결정한 이 사건에서, 개정 규정에 따라 특수관계인인지 여부를 판단하여야 하므로, 황○○은 신○○의 특수관계인에 해당되지 않는다고 보아야 한다.

3. 이에 대하여 피고는, 황○○이 ○○케미칼 주식회사의 사외이사이자‘감사위원’으로 재직하다가 퇴직하였으므로 개정 규정과 무관하게 ○○케미칼 주식회사에서‘임원’으로 재직하다가 퇴직한 자로서 신○○의 특수관계인에 해당한다고 주장한다. 그러나 황○○이 원고 재단의 이사로 취임할 무렵 시행되던 상속세 및 증여세법 시행령에서는 특수관계인에 해당하는 임원의 범위는 법인세법 시행령에서 정하는 바에 따르도록 하고 있었고, 당시 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호 에서‘법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인(가.목)’, ‘합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사(나.목)’, ‘감사(다.목)’, ‘그 밖에 가.목부터 다.목까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자(라.목)’를 임원으로 규정하고 있었는데, 회사가 감사에 갈음하여 설치하는 감사위원회의 구성원에 불과한 ‘감사위원’을 ‘감사’ 또는 ‘감사에 준하는 직무에 종사하는 자’라고 보기 어려울 뿐만 아니라 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조), 감사위원을 특수관계인에 해당하는 임원으로 볼 수 없다.

4. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 나. 홍○○이 특수관계인인지 여부

1. 쟁점의 정리

• 가) 우선 개정 상증세법 시행령에 따를 때 홍○○이 신○○의 특수관계인에 해당한다는 점에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다[즉, 홍○○은 본인(신○○)이 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업에서 퇴직한 후 5년이 지나지 아니한 임원으로서 특수관계인에 해당(제12조의2 제1항 제3호 가.목)]. 그러나 원고는 개정 상증세법 시행령 부칙에 대한 해석상 이 사건에는 개정 전 상증세법 시행령이 적용되어야 하는데, 개정 전 상증세법 시행령에 따를 때 홍○○은 신○○의 특수관계인에 해당되지 않는다고 주장하고 있다. 아울러 국세기본법 우선 적용 원칙에 따라 국세기본법을 기준으로 판단하더라도 홍○○은 신○○의 특수관계인에 해당하지 않는다고 주장하고 있다. 이에 대하여 피고는 이 사건에는 개정 상증세법 시행령이 적용되어야 하지만 개정 전 상증세법 시행령에 따르더라도 홍○○은 신○○의 특수관계인에 해당하고(.. 부분), 국세기본법이 아닌 상속세 및 증여세법에 따라 특수관계인인지 여부를 판단하여야 한다(.. 부분)고 주장하고 있다.
• 나) 한편, 원고와 피고는 이 사건에 ‘개정 전 상증세법 시행령’과 ‘개정 상증세법 시행령’ 중 어느 것이 적용되는지와 관련하여, 개정 상증세법 시행령 ‘부칙’의 해석에 대하여 다투고 있으나, 피고가 개정 전 상증세법 시행령이 적용되더라도 홍기형은 신○○의 특수관계에 해당한다고 주장하고 있고, 개정 전후로 그 내용이 상이하여야 개정 상증세법 시행령 부칙의 해석에 의미가 있으므로, 아래에서는 원고의 ①, ② 주장에 맞추어“개정 전 상증세법 시행령이 적용되는 경우”홍○○이 신○○의 특수관계인에 해당하는지 여부와 국세기본법 우선 적용 여부에 대하여 순서대로 보기로 한다.
• 나) 판단 개정 전 상증세법 시행령 제13조 제3항 제2호에 의하면 출연자와 특수관계에 있는 자란 “출연자와 제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자”를 말한다. 그리고 같은 시행령 제13조 제7항 제2호에서 “임원(법인세법 시행령 제20조 제1항 제4 호에 따른 임원과 퇴직 후 5년이 경과하지 아니한 그 임원이었던 자를 말한다. 이하.... 같다....)”라고 규정하고 있으므로, 같은 시행령 제19조 제2항 제3호에서 규정된 “기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)”에서의 “임원”에는 퇴직 후 5년이 경과하지 아니한 임원이었던 자가 포함됨이 명백하다. 이에 기초하여 살피건대, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 홍○○은 개정 전 상증세법 시행령에 의하더라도 신○○의 특수관계인(제19조 제2항 제3호)에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 홍○○은 개정 상증세법 시행령 부칙의 해석과 무관하게, 상속세 및 증여세법상 특수관계인에 해당한다.

① 개정 전 상증세법 시행령 제13조 제3항 제2호 및 제19조 제2항 제3호에 따르면 “출연자와 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다) 관계“가 특수관계라는 것인데, 여기서 출연자와 (기획재정부령이 정하는) 기업집단 관계가 어떤 관계인지 그 문언만으로는 선뜻 이해하기 어려운 측면이 있다. 그러나 ’기획재정부령이 정하는 기업집단‘이란 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 ’기업집단‘을 말하는 것이고[구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2011. 7. 26. 기획재정부령 제223호로 일부개정된 것) 제9조 참조], 개정 전 상증세법 시행령이 적용될 당시 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2011. 12. 2. 법률 제11119호로 일부개정된 것) 제2 조 제2호에서는‘기업집단이라 함은 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업 내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다’고 규정하고 있어,“기업집단”이란 누군가로부터 “지배”를 받고 있음을 전제로 한 개념이었음을 알 수 있고, 같은 호 각 목에서는 ‘동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나 이상의 회사(가.목)’, ’동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2 이상의 회사 집단(나.목)‘를 기업집단이라고 규정하고 있어, 기업집단을 지배하는 자가 “개인”일 수도 있고,“법인”일 수도 있음을 알 수 있으며,“지배”의 개념 역시 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2011. 12. 30. 대통령령 제23475호로 일부개정되어 2012. 1. 1. 시행된 것) 제3조에서 “임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우(제2호)” 등을 규정하고 있다. 그렇다면, “출연자와 기획재정부령이 정하는 기업집단 관계“란 ”출연자와 출연자가 지배하는 기업집단 관계“라는 의미로 해석할 수 있고,“출연자와 출연자가 지배하는 기업집단의 소속기업”, “출연자와 출연자가 지배하는 기업집단의 소속기업 임원”은 특수관계에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이 사건에서도 출연자인 신○○와 신○○가 지배하는 기업집단(○○그룹)의 소속기업(주식회사 ○○)의 임원인 홍○○은 특수관계에 해당한다고 할 것이다.

② 원고는 개정 전 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호에서 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자’에서 “과”는 어떤 기준으로 삼는 대상임을 나타내는 격조사이므로, 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자인“기업집단소속의 다른 기업(가.목)”, “기업집단을 사실상 지배하는 자(나.목)”, “나목의 자와 제1호의 관계에 있는 자(다.목)”는 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하지만, 특수관계의 기준으로 삼는 대상일 뿐인 “기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)”은 출연자의 특수관계인이 될 수 없다고 주장한다. 그러나, ⓐ 개정 전 상증세법 시행령 제13조 제3항 제2호 및 제19조 제2항 제3호의 문언해석상,“출연자와 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)의 관계”도 특수관계에 해당하고,“출연자와, 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자의 관계”도 특수관계에 해당한다고 봄이 옳다. 이는 제19조 제2항 제1호에서도 “친족 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자”를 출연자와 특수관계에 있는 자로 규정하고 있는데, 여기서도‘직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자’의 경우 ‘그 배우자’만이 아니라 배우자를 정하는 기준이 되는‘직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족’ 역시 특수관계인에 해당된다는 점을 보더라도 알 수 있다. 게다가 출연자(기업의 총수 등)의 지배를 받는 기업집단의 소속기업 또는 해당 기업집단을 지배하는 출연자의 영향력 아래 있을 가능성이 높은 소속기업의 임원을 특수관계인에서 제외하는 것은 공익법인을 통한 기업지배력 강화 및 공익법인의 지주회사화 가능성을 방지하고자 하는 동 규정의 취지에도 반한다. 따라서 원고의 위와 같은 주장은 받아들일 수 없다.

③ 또한 원고는, 개정 전 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호는 출연자가 법인인 경우에만 적용되는 규정이라고 주장하고 있다. 앞서 본 해석에 기초하여 보면, 개정 전 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호에 따른 출연자의 특수관계인은 결국 ⓐ 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다), ⓑ 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)과 각 목의 관계에 있는 자(3가지 유형), ⓒ 당해 기업의 임원에 대한 임면권의 행사ㆍ사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자로 구분되고, 그 중 ⓑ, ⓒ에 해당하는 특수관계인의 경우 출연자가 법인인 경우에 그 해석이 자연스러운 것으로 보여진다. 그러나 ⓐ에 해당하는 특수관계인의 경우, 앞서 본 바와 같이 기업집단은 누군가로부터 지배를 받음을 전제로 하고 있고, 당시 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에서는 기업집단을 지배하는 자로서 법인뿐만 아니라 개인도 상정하고 있었던 점(개인의 경우 지배하는 2개 이상의 회사가 기업집단이고, 법인의 경우 법인과 해당 법인이 지배하는 1개 이상의 회사가 기업집단이라는 점에서 다를 뿐이다), ⓐ에 해당하는 특수관계인의 경우에는 출연자가 개인이라도 해석하는데 무리가 없을 뿐만 아니라 출연자가 개인인 경우를 제외할 근거를 찾기 어려운 점, 오히려 출연자가 개인인 경우와 법인인 경우가 모두 포함된다고 보는 것이 동 규정의 취지에 부합하는 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다. 3) 국세기본법 우선 적용 여부

• 가) 국세기본법이 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 일부개정(2012. 1. 1. 시행, 이하 ‘개정 국세기본법’이라 한다)되면서 정의규정인 제2조에 특수관계인에 관한 규정을 신설하였는데, 그 내용을 보면 같은 조 제20조에서‘특수관계인이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법[국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률 등을 말한다(개정 국세기본법 제2조 제2호, 이하 편 의상 ’개별세법‘이라 한다)]을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다’라고 하면서 각 목에서‘혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계(가.목)’,‘임원ㆍ 사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계(나.목)’, ‘주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계(다.목)’를 규정하였고, 위와 같은 위임에 따라 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 일부개정된 것) 제1조의2에서 특수관계인의 구체적인 범위를 신설하였다. 한편, 개정 국세기본법 제3조 제1항 본문에서는 ‘이 법은 개별세법에 우선하여 적용한다’고 하면서, 그 단서에서 열거한 사항에 관하여 개별세법에서 특례규정을 두고 있는 경우 그 개별세법에서 정하는 바에 따르도록 하고 있었는데, 특수관계인에 관한 제2조는 위 단서에서 열거한 사항에 포함되어 있지 않았다.
• 나) 그러나 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 국세기본법이 아닌 상속세 및 증여세법에 따라 홍○○을 신○○의 특수관계인으로 본 것은 정당하다.

① 개정 국세기본법은 정부가 발의한 국세기본법 일부개정법률안과 4건의 의원발의 일부개정법률안이 대안반영폐기된 후 마련된 것으로서, 특수관계인에 관한 내용은 정부가 발의한 국세기본법 일부개정안에 포함되어 있었는데, 국세기본법의 소관 부처이자 개별세법의 소관부처인 기획재정부는 개정 국세기본법의 특수관계인 규정과 관련하여 “개별세법에서는 국세기본법의 특수관계인을 인용하되, 각 제도의 취지상 범위 조정이 필요한 부분만 추가 규정”한다는 의견을 밝혀(을 제21호증), 개정 국세기본법의 입법의도가 개별세법에서 특수관계인의 범위를 달리 정하는 것을 금지하고자 한것은 아니었음을 알 수 있다.

② 개정 국세기본법상 특수관계인에 관한 규정이 같은 법 제3조 단서에 명시 되지 않았음을 이유로 원고의 주장과 같이 해석하는 경우 국세기본법에서 정한 특수관계인의 범위와 달리 정한 다른 개별세법의 특수관계인 규정 부분은 그 효력을 상실하게 되는 것일 텐데, 그러한 의도를 가진 국세기본법의 개정이었다면, 개별세법의 개정이 함께 추진되거나 적어도 그에 상응하는 개별세법의 후속개정이 뒤따르는 것이 자연스럽다. 또한 개정 국세기본법 및 그 시행령에서도 개별세법이 그 개정을 통하여 국세기본법에서 정한 특수관계인의 범위에 맞출 수 있는 시간적 여유를 두거나, 즉시 시행하는 것이라면 국세기본법의 개정으로 인하여 개별세법에 따른 특수관계인의 범위가 달라지는 만큼(특히 국세기본법에서 정한 특수관계인의 범위가 개별세법에서 정한 특수관계인의 범위보다 넓은 경우) 경과조치 등을 두는 것이 맞다. 그러나 기획재정부는 국세기본법 개정안을 마련하면서, 국세기본법에서 정한 특수관계인의 범위에 맞추어 개별세법의 개정을 추진하지 않았고, 개정 국세기본법 및 그 시행령에서도 별도의 유예기간 없이 즉시 시행하면서, 시행일 외에 특수관계인과 관련된 아무런 경과조치도 두지 않았다. 오히려 국세기본법 시행령에서 특수관계인의 범위를 신설한 2012. 2. 2.에 국세기본법 시행령과는 그 범위를 달리 정한 상증세법 시행령이 개정ㆍ시행(개정 상증세법 시행령을 말한다)되었다. 게다가 현재까지도 국세기본법과 법인세법, 상증세법 등 개별세법에서 정한 특수관계인의 범위는 여전히 상당한 차이를 보이고 있고, 개별세법의 목적이나 특수성에 비추어 특수관계인의 범위를 달리 정할 필요성 역시 적지 않아 보인다. 위와 같은 사정에 비추어 보더라도, 비록 국세기본법 제3조 단서에서 특수관계인에 관한 규정이 명시되지 않았다는 이유만으로, 개별세법 규정을 배제한 채 국세기본법만을 기준으로 특수관계인을 판단하여야 한다고 보기는 어렵다.

③ 결국 “세법상 특수관계인의 범위를 통합ㆍ단순화”한다는 개정 국세기본법의 취지는 국세기본법과 개별세법상 공통된 범위에서 특수관계인 규정을 정비하면서 그 의미를 명확히 한 것이라고 보여진다.

• 다. 소결론 황○○은 신○○의 특수관계인에 해당되지 않지만, 홍○○이 신○○의 특수관계인에 해당하여, 결국 원고 재단의 이사 6명 중 2명(신○○, 홍○○)이 특수관계인에 해당하므로, 원고 재단은 성실공익법인의 지위를 상실하였다. 따라서 이를 전제로 한 이 사 건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.