근로소득 이외 소득이 없는 경우에도 종합소득세 부과제척기간 기산점은 종합소득세 과세표준 확정신고 기한의 다음날임

사 건 2012구합489 종합소득세부과처분취소 원 고 AA 피 고 울산세무서장 변 론 종 결

2012. 6. 27. 판 결 선 고

2012. 7. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 5. 15. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

가.1) 원고는 2005년 과천시 OOO OO OO빌딩 5층에 있는 BBBB예수교회 (이하 ’이 사건 교회’라 한다)에 헌금 000원을 기부한 후 그 기부금 영수증 발급 받아 피고에게 2005년 귀속 근로소득세 연말정산을 하면서 위 헌금 만큼에 대하여 지정기부금 소득공제를 받았다.

2. 원고는 2005년 귀속을 기준으로 종합소득세 납세 대상자로서 근로소득만 있었다.

• 나. 그런데 동안양세무서장은 2011년 초경 이 사건 교회에 대하여 세무조사를 실시한 결과， 이 사건 교회는 주무관청에 등록되지 않은 종교단체이어서 지정기부금단체 요건에 해당되지 않는다고 보아 이에 따른 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 이에 피고는 2011. 5. 15. 원고에게 2005년 귀속 종합소득세에 대하여 위 헌금만큼의 지정기부금 소득공제를 하지 아니한 끝에 과세표준을 000원으로 산정 하고 여기에 세율 17%를 적용하여 산출세액을 000원으로 산정하고 여기에서 세액공제 000원을 제하여 결정세액을 000원으로 결정하고， 여기에서 기납부 세액 000원을 공제한 끝에 추가고지세액으로 000원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
• 라. 원고는 2011. 6. 29. 피고에게 이 사건 처분에 관하여 이의신청을 하였으나 기각 되었고， 이에 불복하여 2011. 10. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되었다 (그 결정문은 2011. 12. 7. 원고에게 송달되었다). [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위볍하다.

• 가. 국세부과 제척기간 도과 소득세법상 종합소득 과세표준 확정신고기한은 소득 귀속연도의 다음연도 5월 31일까지이지만， 근로소득만 있는 경우에는 과세표준 확정신고를 하지 않을 수 있으므로， 그 경우에는 원천정수의무자에 의한 원천징수 및 연말정산에 따른 원천징수세액의 신고·납부로 소득세의 신고·납부와 관련된 의무는 모두 종료한다. 그런즉 원천징수의무자에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음날이 제척기간의 기산일이고， 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수세액의 납부기한은 2006. 2. 10.이므로， 2005년 귀속 근로소득세를 추가로 부과하는 이 사건 처분은， 위 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수세액의 납부 기한의 다음날인 2006. 2. 11.부터 5년의 제척기간 내에 이루어져야 함에도 그 기간이 만료된 후에 이루어졌으므로， 제척기간이 도과되었다.
• 나. 이 사건 교회의 기부금 소득공제 대상 종교단체 해당성 피고는 이 사건 교회가 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 ’종교의 보급， 그밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체 의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인’에 해당하지 않는다는 이유로 기부금 소득공제를 부인하였다. 그러나 위 규정은 2009. 2. 4. 개정되어 2009년부터 시행된 것으로，그 개정 전인 2008. 12. 31.까지 적용된 것으로서 이 사건 처분에 적용되는 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에서는 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’라고만 규정하여 법인일 것을 요구하지 않고 있었다. 그리고 이 사건 교회와 같은 종교단체에 대한 관리·감독의 주무관청인 문화체육관광 부장관이 별도의 종교단체 등록제도를 운영하고 있지 않고 단지 그 산하 종무국에서 종교단체를 관리·감독하면서 그 관리·감독하는 종교단체명단을 두고 있는바， 그 명단에 이 사건 교회가 포함되어 있었다. 게다가 이 사건 교회는 1984. 3. 14. 설립되어 1993. 10. 15. 안양시 동안구청으로부터 종교단체 등록증을 부여받았을 뿐만 아니라 동안양세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 ’법인으로 보는 단체’로 승인을 받았다. 하여 이 사건 교회는 적어도 2008. 12. 31.까지는 지정기부금단체인 종교단체에 해당하고 이에 기부한 원고의 위 헌금은 지정기부금 소득공제 대상에 해당 한다.
• 다. 신뢰보호의 원칙 위반 앞서 보았듯이 이 사건 교회는 동안양세무서로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 ’법인으로 보는 단체’로 승인받고 안양시 동안구청으로부터 종교단체 등록증을 부여받았으며， 이에 바탕하여 이 사건 교회는 소속 성도들의 헌금에 대하여 소득공제용 기부금영수증을 발행하여 왔고 이에 원고도 그 기부금영수증을 첨부하여 피고에게 지정기부금 소득공제 신청을 하였으며， 피고 또한 이에 대하여 수년에 걸쳐 아무런 이의 없이 이를 인정하여 왔는바， 이를 통하여 이 사건 교회가 지정기부금단체에 해당하고 이에 대한 헌금이 지정기부금 소득공제 대상이 된다는 점에 관하여 피고가 공적인 견해 표명을 하였거나 이에 관한 비과세관행이 형성되었으며， 원고는 이를 정당하게 신뢰하였다 할 것이다. 그런즉 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

• 가. 국세 부과의 제척기간이 도과한 이후의 처분이라는 주장에 관하여

1. 구 국세기본법(2006.12.30.법률 제8139호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호， 제2호， 제3호에서 ”’납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우”나 ”납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제 출하지 아니한 경우”에 해당하지 아니하는 경우， 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 후에는 국세를 부과할 수 없다’라고，같은 법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제12조의3 제l항 제1호에서 과세 표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날을 국세를 부과할 수 있는 날’로 정하고 있다. 또한 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제70조 제1항 에서 ’당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다’라고 규정하고 었다. 한편 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제1호 에서 ’원천징수의무자에 대하여 부과하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액의 납부기한의 다음날을 국세를 부과할 수 있는 날로 한다’라고，구 소득세법 제73조 제1항 제1호 에서 ’근로소득만 있는 자는 당해 소득에 대한 과세표준 확정신고를 하지 아니할 수 있다’라고，같은 법 제128 조 제1항에서 ’원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다’고 규정하고 있다.

2. 먼저 보건대 원고가 ’사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제’받거나(구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호)， ’법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니’한(같은 항 제2호) 사실이 없다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로， 원고에 대한 2005년 귀속 종합소득세는 그 조세를 부과할 수 있는 날부터 5년 간의 제척기간이 도과한 후에는 이를 부과할 수 없다. 다음으로 위 규정들을 종합하여 보면， 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 과세표준 확정신고 기한의 다음날인 당해연도의 다음 연도 6월 l일부터 제척기간이 기산 되고，종합소득세는 원칙적으로 과세표준 확정신고를 하여야 하는 국세에 해당하므로，구 소득세법 제73조 제l항 제1호에 따라 근로소득 외에 다른 소득이 없어 당해 소득의 귀속자가 과세표준 확정신고를 하지 않아도 되는 경우에도 과세표준 확정신고 기한이 경과한 후에야 당해 소득의 귀속자에게 원천징수가 누락된 근로소득세를 부과할 수 있다고 보아야 한다. 왜냐하면 구 소득세법 제73조 제1항 제l호는 ’근로소득만 있는 자는 당해 소득에 대하여 과세표준 확정신고를 하지 아니할 수 있다’라고 규정하고 있을 뿐이어서 근로소득만 있는 거주자라 하더라도 스스로의 선택에 따라 종합소득세 확정신고 기한인 당해연도의 다음 연도 5. 31.까지 소득공제 누락분이나 과다공제분에 대하여 종합 소득세 확정신고를 할 수 있기 때문이다. 즉 위 규정은 근로소득만이 있는 자의 경우 정부는 원천징수의무자로 하여금 해당 근로소득세를 원천징수하여 납부하게 한 후 연말정산을 하는 방법으로 세액을 확정·징수하고 있으므로 종합소득 과세표준 확정신고 절차를 면제하여 납세의무자의 편의를 도모하려는 것일 뿐， 과세표준 확정신고 기한이 경과하기 전부터 원천징수에서 누락된 근로소득세를 부과할 수 있도록 하는 근거규정은 아니다. 그러하다면 원고에 대한 2005년 귀속 종합소득세 부과 제척기간의 기산점은 원고에게 근로소득 이외의 소득이 있었는지 여부와 관계없이 그 과세표준 확정신고 기한 의 다음날인 2006. 6. 1.이므로， 이 사건 처분은 그 기산일부터 5년의 제척기간이 경과 하기 전에 이루어졌다 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 나. 이 사건 교회가 구 법인세법 제36조 제1항 제1호 마.목의 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설렵하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당한다는 주장에 관하여

1. 조세에 관한 법률은 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은: 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007 두9884 판결 참조).

2. 구 소득세법 제52조 제6항 제2호 에서 ’거주자가 당해연도에 지급한 기부금으로서 제34조 제2항에 의한 기부금，제34조 제1항에 의한 기부금을 합한 금액에서 사업소 득 또는 부동산임대소득의 계산시 필요경비에 산입한 기부금을 차감한 금액은 이를 당 해연도의 합산과세되는 종합소득금액에서 공제한다’라고，같은 법 제34조 제1항에서 ’사회복지·문화·예술·교육·종교·자션 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금 (이하 ”지정기부금”이라 한다) 중 당해연도의 소득금액에서 제2항의 규정에 의하여 필 요경비에 산업하는 기부금과 제45조의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액에 100 분의 10을 곱하여 산출한 금액을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 사업자의 소득금액의 계산에 있어서 이를 당해연도의 필요경비에 산입하지 아니한다’라고， 같은 법 시행령 제80조 제1호에서 ’법 제34조 제1항에서 ”대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 법인세법 시행령 제36조 제1항 각호의 것을 말한다’라고， 이에 따라 법인세법 시행령 제36조 제1항 마호에서 ”’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부 금’을 규정하고 있다. 따라서 이 사건 교회에 기부한 헌금이 소득공제의 대상이 되는 지정기부금으로 인정되기 위해서는 이 사건 교회가 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마.목의 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당하여야 한다.

3. 이에 보건대， 앞서 본 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면， 이 사건 교회는 위 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 위 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마.목 이외에 같은 호 각목에서 규정하고 있는 비영리법인(단체를 포함하며， 이하 ”지정기부금단체등”이라 한다)은 사회복지사업법에 의한 사회복지법인(가.목)， 초·중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교， 기능대학법에 의한 기능대학 또는 평생교육법에 의한 원격대학(나.목)， 정부로부터 허 가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체(다.목)， 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(문화예술진흥법에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체(라.목)， 의료법에 의한 의료법인(바. 목)， 가.목 내지 바.목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체 등(사.목)으로서 모두 관련 법령에 따라 주무관청에 의하여 관리·감독을 받고 있는 단체이다.
• 나) 비록 구 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체) 제l항 제1호에서 주무관청에 등록된 단체를 주문관청의 허가·인가를 받아 설립된 단체와 구분하여 법인으로 보는 단체의 하나로 들고 있기는 하나， 법원의 법보충작용으로서의 해석상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마.목에 규정된 ’종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립 하여 주무관청에 등록된 단체’에는 주무관청에 등록을 하는 절차보다 엄격한 통제가 이루어지는 주무관청의 허가·인가를 받아 설립된 단체가 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.
• 다) 나아가 종교단체의 경우 민법 제32조 에 의한 법인설립허가 외에 이를 관리·감독하는 주무관청인 문화체육관광부장관에 등록 또는 신고하는 제도가 따로 존재하지 않는다고 하더라도， 이는 입법자가 사회복지，문화， 예술， 교육， 종교 등의 ’공익성’을 감안하여 ’일정 범위의 기부금’만을 소득공제의 대상으로 삼을 수 있도록 하는 과세정책상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 ’종교의 보급 기타 교회를 목적 으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’의 범위에 민법 제32조 에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체로서 문화체육부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제6조에 따라 주무관청인 문화체육관광부장관이 관리하는 법인설립대장에 등재한(이를 등록에 준하는 것으로 볼 수도 있을 것이다) 단체만이 해당되고， 그렇지 않은 종교단체는 이에 해당되지 않는다고 판단한 것으로 보아야 한다. 결국 이러한 입법자의 과세정책적 판단이 반영되어 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제36조 제l항 제1호 마목은 ’ 민법 제32조 에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체’라고 명확하게 규정하였다.
• 라) 한편 이 사건 교회가 1993. 10. 15. 소재지 관할구청인 안양시 동안구청으로 부터 종교단체등록증(등록번호 00000-00000)을 부여받은 것은 구 부동산등기법(1993.12.10.법률 제4592호로 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항 제3호에 따라 부동산 등기 시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호를 부여받은 것에 불과하다. 또한 구 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 관할세무서인 동안양세무서로부터 ’법인으로 보는 단체’로 승인(고유번호 000000) 받은 것 역시 과세자료의 효율적 처리를 위한 절차에 불과하므로， 이를 앞서 본 요건을 충족한 것과 동일하게 평가할 수 없다.
• 마) 나아가 달리 이 사건 교회가 종교단체로서 주무관청인 문화체육관광부에 등록되었다고 볼만한 아무런 증거가 없다.
• 다. 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분이라는 주장에 관하여

1. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째， 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째， 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자 에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째， 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째， 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며，이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위 법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 참조). 또한 국세기본법 제18조 제3항 에 규정된 비과세관행이 성립하려면， 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라， 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며， 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시 되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관 청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 참조).

2. 먼저 동안양세무서가 국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 ’법인으로 보는 단체’ 로 승인하였다거나 안양시 동안구청이 이 사건 교회에 종교단체 등록증을 교부하였다는 사실만으로는 과세당국이 이 사건 교회에 대하여 제반 세무상의 혜택을 받을 수 있는 종교단체라는 점에 대해 공적인 견해의 표명을 하였다고 보기에 부족하다. 나아가 설령 과세관청인 피고가 상당한 기간에 걸쳐 이 사건 교회가 발행한 기부금 영수증에 기초하여 원고를 비롯한 이 사건 교회 소속 성도들이 이 사건 교회에 기부한 헌금에 대하여 한 지정기부금 소득공제신청에 관하여 별다른 이의를 하지 않았다 하더라도，이는 그 헌금을 지정기부금에 해당하는 것으로 오인한 것에 기인한 것일 뿐 이 사건 교회가 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당 하지 않는다는 사정을 알면서 어떤 특별한 사정에 의하여 해당 기부금에 대하여 과세 하지 않겠다는 공적인 견해나 의사에 기하여 한 것이 아니고 그러한 견해나 의사를 표 명한 것도 아니다.

3. 따라서 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고는 볼 수 없다. 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.