유상취득한 특허권 등 기술비법을 양도함으로써 발생하는 소득의 감면대상 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 12. 16. 법인세 49,246,120원, 농어촌특별세 8,980,776원, 2005. 12. 22. 법인세 1,117,134,722원 농어촌특별세 2,598,064원, 2006. 1. 11. 법인세 40,446,258원 합계 1,218,405,940원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 9. 29. 석유화학제품의 제조, 가공 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2002 내지 2004년도 법인세 신고 당시 PTMEG 제조공정기술(폴리테트라메틸렌에테르글리콜디에스테르 제조용 촉매 및 이를 이용한 폴리테트라메틸렌에테르글리콜디에스테르의 제조방법, 이하 ‘이 사건 쟁점기술’이라 한다)을 위 사업연도에 중국 산서성 소재 기업인 ○○○○(이하 ‘○○ 주식회사’라 한다)와 중국 길림성 소재 기업인 ○○○○(이하 ‘○○’라 한다)에 제공하여 얻은 소득에 대하여 위 쟁점기술은 ○○○ 주식회사가 연구, 개발하였고 ○○○주식회사의 사업일체를 원고가 포괄 양수 하였는바 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법이라 한다) 제12조 제1항 및 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항 소정의 내국법인인 원고가 스스로 연구, 개발한 기술비법에 해당한다고 주장하며 위 기술이전소득에 세액감면 100분의 50을 아래와 같이 적용하여 신고하였다. 사업연도 산출세액 감면대상세액 감면세액

2002. 1. 1. ～ 12. 31. 1,242,887,969 621,443,984 317,774,729

2003. 1. 1. ～ 12. 31. 665,658,825 332,829,412 166,476,908

2004. 1. 1. ～ 12. 31. 2,447,118,763 1,010,048,269 1,010,048,269 계 4,335,665,557 1,964,321,665 1,494,299,906 나, 피고는, 원고가 이 사건 쟁점기술을 스스로 연구, 개발한 것이 아니라 다른 내국법인인 ○○○주식회사가 연구, 개발한 것을 영업양수에 의하여 유상으로 취득한 것이므로 내국인이 스스로 연구, 개발한 기술비법에 해당되지 않는다고 보아 2005. 12. 16. 2002 사업연도분 법인세 49,246,120원 및 농어촌특별세 6,148,120원, 2003 사업연도분 법인세 46,549,980원, 농어촌특별세 2,832,650원, 2005. 12. 22. 2004 사업연도분 법인세 1,117,134,720원 및 농어촌특별세 2,598,060원, 2006. 1. 11. 2002 사업연도분 법인세 9,296,580원, 2003 사업연도분 법인세 13,906,610원, 2004 사업연도분 법인세 17,243,050원, 합계 1,218,405,910원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

• 다. 원고는 이에 불복하여 2006. 3. 15. 이의신청 및 2006. 6. 9.국세청장에 대한 심사청구를 하였으나 같은 이유로 모두 기각되었다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1내지 9, 을 제2호증의 1내지 8, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1내지 8, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

가, 원고의 주장 1999.경 ○○건설 주식회사(이하 ‘○○건설’이라 한다)은 재무상태가 악화되어 구조조정의 일환으로 당시 94.17%의 지분을 소유하고 있던 ○○주식회사(이하 ‘○○’라 한다)를 처분하게 되었고, 1999. 12. 14. ○○의 구조조정을 용이하게 하기 위해 ○○건설은 ○○를 흡수합병하고, 흡수합병된 ○○의 사업일체를 원고가 같은 날 포괄 양수 하였는바 형식은 영업양수이지만 그 실질은 원고가 ○○를 흡수합병한 것과 같으므로, ○○와 원고는 실질상 동일한 회사이다. 따라서, 원고가 ○○가 연구, 개발한 이 사건 쟁점기술을 ○○주식회사와 ○○에 이전한 것은 원고가 스스로 연구, 개발한 기술비법을 이전한 것과 동일하게 보아야 함에도 이와 다른 전제에서 한 피고는 이 사건 처분은 국세기본법상 실질과세원칙에 반하므로 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 판단 (1)인정사실 (가) 1999.경 ○○건설은 재무상태가 악화되어 채권단과 합의한 구조조정의 일환으로 94.17%의 지분을 소유하고 있던 ○○를 매각하기로 하였다. (나) 그러나 양사가 상호 연대채무보증을 하고 있어 매각이 곤란하자 원고를 새로이 설립하고, ○○건설이 ○○를 흡수합병하여 ○○의 채무보증을 해소한 후 원고가 ○○를 인수할 것을 계획하였다. (다) 원고는 1999. 9. 29. ○○건설 및 개인주주들의 출자로 자본금 5천만원에 설립되었고, 1999. 12. 11. 채권금융기관인 ○○은행 등이 채권금융기관협의회를 구성하여 위 구조조정계획을 승인하였다. (라) 1999. 12. 13. 원고와 ○○는 ○○의 사업을 양수도하는 계약을 체결하였고, 1999. 12. 14. ○○건설이 ○○를 흡수합병 하였으며, 같은 날 ○○은행을 비롯한 투자자들은 원고에 450억원의 출자를 하여 원고가 ○○건설로부터 ○○의 사업과 관계되는 자산, 부채 및 종업원을 포함하여 사업일체를 매수대금 1,066억원에 양수하였다. (마) 이 사건 쟁점기술은 ○○가 연구, 개발한 것으로 1995. 6. 2. 특허출원, 1999. 6. 16. 특허등록 되었고, 2000. 1. 11. 합병을 사유로 ○○건설에 권리이전등록 되었으며, 같은 날 양도를 사유로 원고에게 권리이전등록 되었다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7호증, 을 제2호증의 1내지 7, 을 제6, 7호증의 각 1 내지 5, 을 제8호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 판단 (가) 법 제12조 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 기술이전소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고, 같은 항 제1호에는 특허권 또는 실용신안권의 설정등록을 한 내국인이 당해 특허권 또는 실용신안권을 2005. 12. 31.까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득을, 같은 항 제2호에는 대통령령이 정하는 기술비법을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2005. 12. 31.까지 제공함으로써 발생하는 소득을, 법 시행령 제11조 제2항은 법 제12조 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 기술비법이라 함은 내국인이 스스로 연구, 개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 해외건설촉진법에 의한 해외건설용역 및 엔지니어링기술진흥법에 의한 엔지니어링활동을 제외한다)을 말한다고 각 규정하였다. 위 조항은 내국인이 스스로 연구, 개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술의 거래를 활성화하여 기술의 사장을 방지하고 신기술의 사업화를 촉진하기 위한 의도로 제정된 것으로, 특히 위와 같이 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라도 볼 수 있는 것은 조세법률주의의 원칙상 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 한편, 회사의 합병이란 법정된 절차에 따라서 하는 회사간의 행위로서 당사자인 회사의 일부 또는 전부가 해산하고, 별도의 개별적인 이전행위 없이 합병등기에 의하여 그 재산이 포괄적으로 존속회사 또는 신설회사에게 이전하는 것으로서, 두 개 이상의 회사가 법정된 절차에 의하여 단일회사가 되는 것이라고 할 수 있으며, 회사의 계속성을 위하여 해산회사는 청산절차를 필요로 하지 않고 당연히 소멸되는 것인 반면, 영업양도는 계약에 의하여 그 법률상의 효력이 발생하는 것으로서 개별적인 이전행위에 의하여 재산의 이전효과가 발생하는 특정 승계이고 재산의 일부를 대상에서 제외할 수도 있으며 영업양도 후에도 양도한 법인 또는 개인기업이 당연히 소멸하지는 않는 등의 차이가 있으므로, 합병과 영업양도는 근본적으로 구별되는 개념이다. (나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실을 종합하면, ○○의 ○○건설에 대한 채무보증을 해소하기 위하여 ○○건설이 ○○를 흡수합병한 후 원고가 ○○건설의 건설사업부분과 유화사업부분 중에서 유화사업부분을 양수한 것으로 판단되고, 앞서 본 조세감면특혜규정에 대한 엄격해석의 취지 및 합병과 영업양도의 법적 성질을 고려하여 볼 때, 합병은 두 개 이상의 회사가 법정된 절차에 의하여 단일회사가 되는 것이므로, 피합병법인이 설정 등록한 특허권 등을 포괄 승계한 합병법인이 당해 특허권 등 기술비법을 양도하는 경우에도 합병법인 스스로 연구, 개발한 기술비법을 양도하는 것으로 볼 수 있지만, 영업양도는 채권계약으로 특정 승계에 의하여 재산이 이전되는 것이므로, 영업양도법인이 설정 등록한 특허권 등을 특정 승계한 영업양수법인이 당해 특허권 등 기술비법을 양도하는 경우에는 영업양수법인이 스스로 연구, 개발한 기술비법을 양도하는 것으로 볼 수 없다. 따라서, 이 사건 쟁점기술을 연구, 개발한 ○○로부터 영업양도에 의해 위 쟁점기술을 유상취득한 원고는 위 쟁점기술을 스스로 연구, 개발한 내국인에 해당한다 할 수 없다고 할 것이어서, 이를 전제로 원고의 ○○주식회사와 ○○에 대한 기술이전소득에 대하여 법 제12조 제1항 소정의 감면특례규정의 적용을 배제하여 법인세 등을 경정고지한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 관계법령 조세특례제한법 제12조(기술이전소득 등에 대한 과세특례)

① 다음 각호의 1에 해당하는 기술이전소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략)

1. 특허권 또는 실용신안권의 설정등록을 한 내국인이 당해 특허권 또는 실용신안권을 2005년 12월 31일까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 기술비법(이하 이 조에서 “기술비법”이라 한다)을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2005년 12월 31일까지 제공함으로써 발생하는 소득 조세특례제한법 시행령 제11조 (기술비법의 범위 등)

② 법 제12조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기술비법”이라 함은 내국인이 스스로 연구ㆍ개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 해외건설촉진법에 의한 해외건설용역 및 엔지니어링기술 진흥법에 의한 엔지니어링활동을 제외한다)을 말한다. 끝. [부산고등법원2007누4964 (2008.04.25)]

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 12. 16. 법인세 49,246,120원, 농어촌특별세 8,980,776원, 2005. 12. 22. 법인세 1,117,134,722원 농어촌특별세 2,598,064원, 2006. 1. 11. 법인세 40,446,258원 합계 1,218,405,940원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 이 법원이 이 사건에 관하여 설시한 이유는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.