최초로 전용계좌를 등록하기 이전 사업연도에 부과된 가산세 부과처분은 부당하다는 청구법인의 주장은 이유 있음

a세무서장이 2022.10.6. 청구인에게 한 증여세 가산세 992,769,858원(2013년 증여세 가산세 114,233,771원, 2014년 증여세 가산세 124,044,790원, 2015년 증여세 가산세 108,771,427원, 2016년 증여세 가산세 116,449,441원, 2017년 증여세 가산세 110,943,802원, 2018년 증여세 가산세 118,029,338원, 2019년 증여세 가산세 116,172,937원, 2020년 증여세 가산세 84,972,028원, 2021년 증여세 가산세 99,152,324원)의 부과처분 중

1. 2013년 증여세 가산세 114,233,771원, 2014년 증여세 가산세 124,044,790원, 2015년 증여세 가산세 108,771,427원, 2016년 증여세 가산세 116,449,441원의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 196x년에 설립되었고 197x년에 수익사업을 개시한 등기된 공익법인이다.
• 나. 청구법인은 2016.10

4. 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제50조의2에서 정한 공익목적 사업용 전용계좌로 1개의 계좌만 신고하고 다른 계좌들은 신고하지 않았다.

• 다. b지방국세청장은 2022.5.4.부터 2022.7.11.까지 청구법인에 대한 2017사업연도 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 공익목적사업 전용계좌를 개설･신고하지 않은 것을 확인하고, 2022.6

30. 전용계좌 미개설･신고 부분과 관련하여 다른 사업연도(2013∼2016사업연도, 2018∼2021사업연도)에 대해 조사범위를 확대하였다.

• 라. 위 조사에 따라 처분청은 2022.

10.

6. 청구법인이 2013∼2021 사업연도에 공익목적사업 전용계좌를 개설･신고하지 않은 것으로 보아, 같은 기간에 대해 상증세법 제50조의2 및 같은 법 제78조 제10항 제2호에 따른 공익목적사업용 전용계좌 의무 미이행 가산세 총합계 992,769,858원을 고지하였다.

• 마. 청구법인은 2022.

12.

15. 위 고지세액 중 청구법인의 수익사업에서 발생한 운용소득이 고유목적사업으로 전입된 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)의 거래금액 96,381,644,715원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 부과된 증여세 가산세 481,908,224원(이하 “쟁점가산세”라 함)에 대해 불복하여 이 건 심사청구를 제기하였다.

<쟁점①>

• 가. 상증세법 제50조의2 제1항 제1호는 “직접 공익목적사업과 관련된 수입을 금융회사를 통하여 결제 받는 경우”로 되어 있으므로, 청구법인이 쟁점거래가 직접 공익목적사업과 관련된 수입금액을 “금융회사를 통하여 결제 받는 경우"에 해당해야 쟁점가산세가 부과될 수 있다.
• 나. 처분청은 위의 "직접 공익목적사업과 관련된 수입”의 범위에 대해서는 제50조의2에서 구체적으로 정한 바 없고, 해당 조항은 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 총 망라 한 것이므로, 쟁점거래가 상증세법 제50조의2 제1항의 거래에 당연히 해당하여 같은 법 제78조 제10항 제2호에 따른 가산세 부과 대상인 것으로 판단하였다.
• 다. 그러나, 상증세법 제50조의2가 공익법인 전용계좌의 사용 대상이 되는 거래를 총 망라하는 취지라 하더라도, 대상 거래는 각 호의 규정에 의하여 '열거'되어 있으므로, 쟁점거래가 각 호에 해당하는지 여부는 별도로 판단하여 과세 여부를 결정해야 한다.
• 라. 상증세법 제50조의2 제1항 제1호에서는 직접 공익목적사업과 관련된 수입을 "금융회사등을 통하여 결제 받는 경우”로 정하고 있는데, 표준국어대사전에서 “결제(決濟) 라 함은 “대금을 주고 받아 매매 당사자 사이의 거래 관계를 끝맺는 일"로 정의되므로, 제1호는 법인 외부로부터 발생한 자금을 공익법인이 수령하는 거래를 의미하는 것으로 해석함이 타당하며, 법인 내부의 자금거래를 대상으로 한다고 보기 어렵다.
• 마. 또한 처분청의 의견대로 제1호가 법인 내부거래를 포함하는 것이라면, 제5호에서 “운용소득을 고유목적사업회계에 전입하는 경우”와 중복되는데, 법을 규정할 때 동일한 내용을 두 번 열거하지는 않으므로, 제1호에서는 법인 외부와의 거래를, 제5호에서는 법인 내부의 거래를 대상으로 한다고 보는 것이 합리적인 해석으로 판단된다.
• 바. 한편, 상증세법 제78조 제10항 제2호는 “제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설・신고를 하지 아니한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 목의 금액 중 큰 금액을 가산세로 한다”고 규정하는 바, 이어진 가목에서는 “개설・신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5”라고 규정되어 있다.

1. 그런데 같은 법 시행령 제80조 제14항은 “법 제78조 제10항 제2호 가목에서 ‘직접 공익목적사업과 관련한 수입금액’이란 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서 법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한다”고 규정하고 있다.

2. 즉 공익목적사업과 관련한 수입금액(a)과 수익사업의 수입금액을 합한 금액(b)은 법인 전체의 수입금액 총액(c)과 일치하여야 하나, 청구법인이 목적사업으로 전입시킨 운용소득은 구분경리를 위한 내부거래 금액에 불과하여 법인 전체의 수입금액 총액에서 수익사업의 수입금액을 차감한 잔여액으로 볼 수 없다.

3. 이와 같이 가산세 부과 대상이 되는 수입금액의 범위를 보더라도 "직접 공익목적사업과 관련된 수입"이란 외부거래에서 발생한 수입금액을 대상으로 삼고 있는 것이며, 내부거래에서 발생한 수입금액은 제외되고 있으므로, 상증세법 제50조의2 제1항 제1호의 거래가 공익법인의 모든 거래를 포괄적으로 포함한다고 해석하는 것은 유추·확장해석에 해당한다.

• 사. 따라서 쟁점거래는 상증세법 제50조의2 제1항 제1호의 거래에 해당하지 않으므로, 이에 해당하는 것을 전제로 한 쟁점가산세 부과처분은 취소되어야 한다. <쟁점②>
• 가. 상증세법 제50조의2 제1항 제5호의 “그 밖의 운용소득”의 범위에 대해서는 해당 규정에서 별도로 정하지 않았으므로, 같은 법에서 운용소득을 정의하고 있는 규정에 따라 판단할 수 밖에 없다.
• 나. 상증세법 시행령 제38조(공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리) 제5항은 운용소득의 계산 방법을 규정하고 있는데, 제1호에서 제2호를 차감한 금액을 “이하 이 항에서 ‘운용소득’이라 한다” 고 적시하고 있다[운용소득 = 수익사업에서 발생한 소득금액 등(1호) - 법인세 등(2호)].

1. 제1호는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 경우는 수익사업에서 발생한 소득금액에서 제외한다고 규정하는데, 이어진 가목은 “출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액”을 규정하고 있다(2021.2.17. 신설).

2. 즉, 운용소득이란 수익사업에서 발생한 소득금액에서 법인세 등을 차감한 금액이며, 수익사업의 소득금액은 법인세법에 따라 손금에 산입된 고유목적 사업준비금을 포함(제1호 괄호안의 단서)하고, 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액은 제외(제1호 괄호안의 단서 후단 및 가목)된 금액인 것이다.

3. 이 경우 "출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액”을 재원으로 공익법인이 “법인세법상 고유목적사업준비금을 손금에 산입”한 경우 어느 규정을 먼저 적용하느냐에 따라 운용소득의 범위가 달라지는 문제가 발생한다.

4. 법인세법상 손금에 산입된 고유목적사업준비금이 수익사업의 소득금액에 포함되는 것으로 먼저 적용한다면, 출연재산과 관련이 없이 발생한 소득금액도 운용소득의 범위에 포함되기 때문이다.

5. 그러나, 현재의 상증세법 시행령 제38조 제5항 제1호는 “고유목적사업준비금을 포함한다"와 “출연재산과 무관하게 발생한 소득금액은 제외한다”가 병렬구조로 되어 있으므로, 그 적용에 우선순위가 정해져 있는 것으로 해석하기는 어렵다.

6. 다만 국세청 해석례(서면-2021-법령해석법인-1307, 2021.10.26.)에 따르면 “출연받은 재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액(해당 소득금액과 관련된 고유목적사업준비금이 포함된 금액)을 수익사업에서 발생한 소득금액에서 제외한다고 해석하였으므로, 이에 따라 “출연받은 재산과 관련 없이 발생한 소득금액을 재원으로 손금에 산입한 고유목적사업준비금”은 운용소득의 범위에서 제외되는 것으로 해석해야 한다.

• 다. 위와 같은 상증세법의 규정 및 국세청 해석례에 대하여, 처분청은 해당 규정은 공익법인이 출연받은 재산의 운용소득을 기준금액이상 사용하지 않은 경우 이를 산정하기 위한 조항이므로 쟁점가산세의 부과 여부를 판단하기 위한 조항에 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 정작 쟁점가산세의 부과 여부를 판단하기 위한 운용소득의 범위를 해석한 근거는 제시하고 있지 않다.
• 라. 처분청은 단지 상증세법 제50조의2 제1항이 공익법인의 회계 투명성을 확보하기 위해 신설되었으므로 공익법인의 모든 거래를 포함하고 있다고 주장하고 있으나, 해당 규정은 전용계좌를 사용해야 하는 거래의 범위를 열거하고 있으므로, 쟁점거래가 각 호에 해당하는지 여부는 별개로 각각 판단되어야 한다.
• 마. 아울러 열거된 조항에 운용소득의 범위가 정해져 있지 않다면, 동일한 법에서 규정하고 있는 운용소득의 범위를 따르거나 유권해석에 따라야 하는 것이며, 법의 신설 취지만으로 모든 운용소득이 당연히 포함되는 것으로 해석하여 쟁점가산세를 부과 처분하는 것은 조세법률주의를 위반하는 것이다.
• 바. 한편 청구법인은 해당 사업연도에 출연받은 재산(기부금, 후원금)은 대부분 출연받은 사업연도의 목적사업에 직접 지출하고 있으므로, 쟁점거래는 출연받은 재산과 관련 없이 수익사업에서 발생한 운용소득을 목적사업으로 전입한 상황에 해당하며, 출연받은 재산을 수익사업으로 전용하여 발생한 운용소득과는 무관하다.
• 사. 2017∼2021 사업연도 청구법인의 목적사업 회계의 수입금액 총액에서 출연받은 재산의 금액 비중을 살펴보면 불과 10% 수준임을 미루어 봐도, 쟁점거래는 출연받은 재산과 관련 없이 수익사업에서 발생한 운용소득을 목적사업에 전입한 상황에 해당하는 것임을 알 수 있다.
• 아. 또한 상증세법 제50조의2의 개정취지에서는“수익사업회계는 법인세 과세대상인 점을 감안 전용계좌 개설'사용 대상에서 제외”한다고 적시하고 있다. 따라서 수익사업회계에서 전출된 청구법인의 쟁점거래도 전용계좌 사용 대상에서 제외된다고 보는 것이 개정취지에 부합하는 것이며, 동일한 하나의 거래에 대해서 입금측면에서만 가산세가 부과된다는 것은 법의 취지에 부합 하지 않는다고 판단된다.
• 자. 이와 같이 쟁점거래는 상증세법 제50조의2 제1항 제5호에 규정된 거래에 해당하지 않으므로, 이에 해당하는 거래임을 전제로 한 쟁점가산세는 취소되어야 한다. <쟁점③>
• 가. 상증법 제50조의2는 2007.12.31. 신설되어 2008.1.1. 이후 적용되는 규정이며, 관련하여 상증법 제78조 제10항이 신설되어 공익법인의 전용계좌 미사용 거래에 대한 가산세 부과 규정이 마련되었다.
• 나. 그러나, 2007년 규정 신설에도 불구하고, 홍보 부족 등의 사유로 국내 많은 공익법인들이 전용계좌를 등록하지 못한 상태로 있다가, 2016년에 이르러서야 국세청의 전산 검증이 시행되어 비로소 가산세 부과 사례가 알려지게 되었다.
• 다. 이에 따라 2017년 당시 수년간의 가산세를 한 번에 부담하게 된 공익법인의 사례와 신설된 규정의 안내 부족 문제가 제기된 바 있으며, 그 결과 2018.12.21. 상증세법 제50조의2 제3항이 개정되어 수입금액 5억 미만의 공익법인에만 2019.6.30.까지 계좌 개설 신고를 할 수 있도록 유예 조치가 시행되었다.
• 라. 한편 청구법인 역시 무지로 인하여 전용계좌 등록을 하지 못하다가, 2016년 경 전용계좌가 등록되어 있지 않다는 관할세무서의 안내를 받은 후 2016.10.04. c은행 계좌를 전용계좌로 최초 등록하였다.
• 마. 최초 등록 당시에도 등록 전 사업연도는 이미 법령에 따른 가산세 부과 대상에 해당했으나, 처분청은 계좌등록 안내에 대한 이행 여부만 확인했으므로, 청구법인은 뒤늦게라도 계좌를 등록하면 이전 사업연도에 대해서는 가산세가 부과되지 않는다는 취지인 것으로 인지하였으며, 한 개의 계좌만 등록하면 규정을 충족하는 것으로 잘못 판단하여 다른 계좌는 신고하지 않았다.
• 바. 더욱이 2016.5.2.부터 2016.6.30.까지 기간 동안 실시된 d지방국세청의 정기 세무조사에서도 가산세가 부과되지 않았으므로, 청구법인은 2016.10.4. 최초 계좌등록으로 인해 등록 전 사업연도에 대해서는 가산세가 부과되지 않는 것으로 인지하게 되었다.
• 사. 위와 같이 처분청 및 대구지방국세청에서 가산세를 부과할 수 있음을 인지하였음에도 불구하고 현재까지 과세하지 않은 점을 고려하면, 처분청이 청구법인에게 수년간의 가산세를 한꺼번에 부과하는 것은 납세자의 신뢰보호 측면에서 부당한 처분에 해당한다.
• 아. 따라서 최초로 전용계좌가 등록되기 이전인 2013사업연도부터 2016사업연도까지 대한 가산세 463,499,429원(2013년 114,233,771원, 2014년 124,044,790원, 2015년 108,771,427원, 2016년 116,449,441원)은 납세자의 신뢰보호에 반하므로 취소되어야 한다.

<쟁점①>

• 가. 쟁점금액은 공익목적사업의 수입금액 범위에 포함된다.

1. “직접 공익목적사업과 관련된 수입금액”의 범위에 대해서는 상증법 제78조 제10항 제2호와 같은 법 시행령 제80조 제15항에서 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서 법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액“이라고 명시하고 있다. 2) 쟁점금액인 고유목적사업준비금이 공익목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보아 손비로 계상한 경우에는 해당 고유목적사업준비금은 공익목적사업과 관련된 수입금액으로 보아야 한다.

• 가) 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조제2항 에 따라 당해 준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 및 지정기부금의 지출에 사용하여야 하는 바, 이때 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 경우는 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액을 말한다. 청구법인 또한 매년 적립한 고유목적사업준비금으로 고유목적사업에 사용하였다고 감사보고서 및 결산서류 등을 통해 공시하고 있다.
• 나) 이와 같이 쟁점금액인 고유목적사업준비금이 고유목적사업의 수행을 위해 필요한 경비로 사용되었다면, 비용에 대응하는 금액을 수입금액으로 보는 것은 너무나 당연하다.

3. 청구법인 또한 쟁점금액을 공익목적사업의 수익으로 인식하고 있다. 조사기간 중 청구법인이 제출한 엑셀파일을 보면 청구법인 또한 고유목적사업준비금을 기부금, 후원금과 함께 공익목적사업의 수익 및 지출로 인식하고 있음을 확인할 수 있다.

4. 청구법인은 목적사업으로 전입시킨 운용소득에 대하여 청구법인의 회계를 수익사업과 목적사업으로 구분하면서 발생한 내부거래이며, 목적사업의 수입금액에 포함되지 않는다고 판단하였으나, 이는 공익법인의 구분경리 규정을 무시한 주장이라 할 수 있다. 가) 법인세법 제113조 에 의하여 “비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다”고 규정한다.

• 나) 즉 수익사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 통합회계로 관리할 수 없으며, 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 하나, 청구법인은 이 규정을 무시하고 쟁점금액은 통합된 회계단위에서 수입금액에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.
• 다) 법령에서 내부거래 또는 통합된 회계단위에서 수입금액에 해당하지 않는 수입금액을 차감한다 라는 규정이 없고, 쟁점금액이 실제 공익목적사업의 수입금액으로 구성되어 있기 때문에 쟁점금액은 상증세법 제50조의 2 제1항 제1호에서 규정한 직접 공익사업과 관련된 수입금액으로 보아야 한다.

5. 상증세법 제50조의 2 제1항 각호는 전용계좌 사용의무 대상이 되는 거래를 열거하고 있는데 이는 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 총망라하고 있는 것이므로, 쟁점금액은 청구법인의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입한 것으로서 청구법인의 목적사업의 수입금액이 되는 것이다.

• 나. 쟁점금액의 전입은 금융회사를 통하여 결제 받는 경우에 해당한다.

1. 청구법인은 “금융회사 등을 통하여 결제 받는 경우”란 법인 외부로부터 발생한 자금을 공익법인이 수령하는 거래를 의미하는 것으로 해석함이 타당하며, 법인 내부의 자금거래를 대상으로 한다고 보기 어렵다고 주장한다.

2. 그러나, 공익법인 전용계좌 관련 상증세법 제50조의2, 같은 법 시행령 제43조의2는 “공익법인 등은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 한다”고 규정 되어 있을 뿐,“타인으로부터 수입하거나 지출하는 부분에 한정하여 전용계좌 사용의무를 부여한다”라는 조항은 없다.

3. 해당 조항에 대하여 청구법인처럼 법인 외부로부터 발생한 자금을 공익법인이 수령하는 거래에 한정하여 해석하는 것이야말로 유추해석에 해당하며, 엄격해석 및 문리해석에 위반한다고 볼 수 있다. <쟁점②>

• 가. 상증세법 제50조의2 제1항 제5호는“그 밖의 운용소득을 고유목적사업 회계에 전입시키는 경우”를 전용계좌 사용 의무 대상으로 정하고 있는 바, 쟁점금액은 동 규정의 “그 밖의 운용소득”에 해당한다.
• 나. 청구법인이 주장하는 상증세법 시행령 제38조 제5항의 운용소득은 공익법인이 출연받은 재산의 운용소득을 기준금액이상 사용하지 않은 경우 이를 산정하기 위한 조항이므로, 이를 상증법 제50조의2 제1항 제5호의 그 밖의 운용소득에까지 유추하여 적용할 수는 없다.

1. 청구법인은 상증세법 제50조의2 제1항 제5호의“그 밖의 운용소득”의 범위에 대해서는 해당 규정에서 별도로 정하지 않았으므로, 운용소득의 범위에 대해서는 같은 법에서 운용소득을 정의하고 있는 규정에 따라 판단할 수 밖에 없으며, 상증세법 시행령 제38조(공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리) 제5항의 운용소득 계산방법을 준용하여야 한다고 주장한다.

2. 그러나, 상증세법 시행령 제38조는 공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리를 규정하고 있는 조항으로 이 중 제5항은 상증세법 제48조 제2항 제5호의 운용소득과 관련된 대통령령으로 정하는 기준금액의 계산 산식을 정의하고 있으며, 이중 대통령령으로 정하는 기준금액을 ‘이 항에서 운용소득이라 한다’ 라고 규정한다.

3. 이와 같이 상증세법 시행령 제38조 제5항 내에서만“운용소득”이라고 정한 대통령령 기준금액 및 계산 산식을 다른 법 조항에서 유추하여 적용할 수는 없으며, 상증세법 시행령 제38조 제5항의 운용소득은 해당 법령에서도 확인할 수 있듯이 상증세법 제48조 제2항 제5호에 한정하여 검토되어야 한다.

4. 상증세법 제48조는 공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입을 규정하고 있는 조항으로 이중 제2항 제5호는 출연받은 재산의 운용소득을 기준금액에 미달하게 사용한 경우 상증세법 제78조의 가산세 대상이 됨을 규정하고 있다.

5. 상기와 같이 청구법인이 운용소득의 범위로 검토한 상증세법 시행령 제38조 제5항의 운용소득은 상증세법 시행령 제38조 제5항 내에서만 정의된 운용소득이라 할 수 있고, 이는 결국 제48조 제2항 제5호의 출연 받은 재산의 운용소득을 기준금액에 미달하여 사용한 경우의 기준금액을 계산하기 위한 산식이므로 이를 이 건 상증세법 제50조의 2 제1항 제5호의 운용소득에까지 유추하여 적용할 수는 없다.

• 다. 출연 받은 재산과 관련이 없는 운용소득인 쟁점금액은 전용계좌 개설 사용의무의 대상금액인“그 밖의 운용소득”에 해당하지 않는다는 취지의 청구주장은 타당하지 않다.

1. 청구법인은 국세청 해석례(서면-2021-법령해석법인-137, 2021.10.26.)에서 “출연받은 재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액(해당 소득금액과 관련된 고유목적사업준비금이 포함된 금액)을 차감한다”고 해석하고 있으므로, 출연 받은 재산과 관련 없이 발생한 소득금액과 그에 대한 고유목적사업준비금은 공익법인 등의 전용계좌 사용의무 위반에 따라 부과되는 가산세 산정 시 적용되는 운용소득 계산 시에도 제외하여야 한다고 주장한다.

2. 그러나, 해당 해석례는 앞서 본 바와 같이 상증세법 제48조 제2항 제5호의 대통령령으로 정하는 기준금액 미달사용 여부를 판단할 소득은 제3호의 운용소득이며 이는 출연 받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우의 운용소득으로 한정하였으므로, 상증세법 제78조 제9항에 따른 가산세 산정 시 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 그와 관련된 고유목적사업준비금도 포함하여 차감한다고 질의회신한 것이다. 즉 해당 해석례는 상증세법 제48조 제2항 제5호에 따라 같은 법 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과할 경우의 같은 법 시행령 제38조 제5항 제1호 가목에 대한 해석이라 할 것이므로, 이를 이 건 쟁점인 상증세법 제50조의2(공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ사용의무) 제1항 제5호에 적용하여 달라는 청구주장은 잘못된 것이다

• 라. 청구법인의 수익사업 총수입금액 중 출연재산을 수익의 원천으로 사용하여 생긴 소득금액이 포함되어 있지 않다고 단정할 수 없다.

1. 청구법인은 해당 사업연도에 출연받은 재산(기부금, 후원금)은 대부분 출연받은 사업연도의 목적사업에 지출하고 있으므로, 쟁점금액은 출연받은 재산과 관련 없이 수익사업에서 발생한 운용소득을 목적사업으로 전입한 금액이므로 출연받은 재산을 수익사업으로 전용하여 발생한 운용소득과 무관하다고 주장한다.

2. 그러나, 청구법인은 법인세법제113조(구분경리) 제1호에 의하여 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록해야 할 의무가 있는 공익법인임에도 불구하고, 2013부터 2017사업연도 동안 구분경리 하지 않았으며, 공익법인으로서 공익법인출연재산 등 보고 및 결산서류 공시 또한 2018년부터 신고하였다.

3. 따라서 청구법인이 2013년부터 2017년까지 출연받은 재산을 수익사업으로 전용하여 발생한 운용소득에 대해서 정확한 금액을 산출하기는 어려우나, 청구법인의 법인세 신고 내역 및 부가가치세 임대공급가액 명세에 따르면 이자배당 소득 및 부동산 임대수입이 꾸준히 발생되고 있으며, 부지와 건립기금을 국가로부터 출연받은 부동산 e로부터 임대수입이 발생한 점에 비추어 쟁점거래가 출연받은 재산을 수익사업으로 전용하여 발생한 운용소득과 무관하다는 주장은 받아들이기 어렵다.

• 마. 상증세법 시행령 제38조 제5항의 운용소득을 전용계좌 사용의무 거래대상이 되는 운용소득까지로 확대해석하면, 출연재산과 관련 없는 수익사업에서 발생한 고유목적사업준비금 등은 공익목적사업의 주요 수입원임에도 불구하고 전용계좌를 사용하지 않아도 되는 결과가 초래되어 전용계좌 사용 의무규정의 취지에 맞지 않게 된다.

1. 청구법인의 주장은 기존 국세청 해석례(재산세과-309, 2011.

6. 27.)의 “공익법인 등은 과세가액 불산입 재산의 출연여부와 관계없이 전용계좌 사용의무 및 결산서류 등 공시의무 규정이 적용되는 것임”과 배치되며, 공익법인의 회계투명성을 확보하면서 과세당국이 공익법인의 고유목적사업과 관련한 금융거래 내용을 보다 용이하고 정확하게 파악 할 수 있도록 전용계좌 개설․사용의무를 규정한 당초 입법 취지와도 부합하지 않는다.

2. 세법은 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대해 각종 혜택을 부여하는 한편, 이러한 조세지원 제도를 탈세나 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위하여 공익법인이 지켜야 할 의무를 구체적으로 규정하고 있다.

3. 청구법인 역시법인세법제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 규정에 의하여 그 법인의 고유목적 사업 등에 지출하기 위하여 손비로 계상한 경우 손금에 산입하여 고유목적 사업에 사용하도록 하고 있으므로, 해당 고유목적사업준비금은 공익목적사업용 전용계좌 사용을 통하여 목적사업에 맞게 투명하게 지출되고 있는지 확인되어야 한다.

4. 공익법인에 대한 이러한 혜택과 제재 및 사후관리는 공익법인이 받은 출연재산에 대하여 상증세법 제48조(공익법인 등이 출연 받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)에서도 확인할 수 있고, 당초 증여세 등을 면제받은 출연재산에 대하여 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적 사업 등에 사용하지 않는 경우에 즉시 증여세를 부과하는 등의 제재와 유사한 취지라 할 수 있다. <쟁점③>

• 가. 공익법인이 지켜야할 의무 불이행에 따른 가산세 부과는 정당하고 납세자의 신뢰보호원칙에 반하지도 않는다.
• 나. 청구법인은 무지로 인하여 전용계좌 등록을 하지 못하였고, 2016. 10월 전용계좌 1개 등록과 2016.

2. ∼

6.

10. 기간 중 d지방국세청의 정기 세무조사를 거쳤음에도 관할세무서 또는 d지방국세청에서 쟁점가산세를 부과하지 않아 청구법인은 가산세가 부과되지 않을 것으로 인지할 수밖에 없었는데, 처분청의 세무조사를 계기로 한꺼번에 이 건 가산세를 부과하는 것은 납세자의 신뢰보호 측면에서 부당하다고 주장한다.

• 다. 그러나, 과세관청은 매년 전용계좌 개설 및 신고의무 뿐 아니라 공익법인의 의무에 대한 안내문을 발송해왔고, 이러한 과세관청의 안내 또는 미이행에 따른 과세와 상관없이 해당 공익법인이 이행하여야 할 법적 의무는 명백하다 할 것이다.
• 라. 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로, 청구법인이 주장하는 법령의 부지 및 착오는 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유로 볼 수도 없다(대법원 2011.

4. 28 선고 2010두16622, 2004.

6.

24. 선고, 2002두10780 참조).

• 가. 쟁점

1. (쟁점①) 쟁점금액은 상증세법 제50조의2 제1항 제1호 소정 “직접 공익 목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융회사를 통해 결제 받은 경우”가 아니라는 청구주장의 당부 2) (쟁점②) 쟁점금액은 상증세법 제50조의2 제1항 제5호 소정 “그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입시키는 경우”가 아니라는 청구주장의 당부

3. (쟁점③) 최초로 전용계좌를 등록하기 이전 사업연도에 부과된 가산세는 신뢰보호 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

1. 상속세 및 증여법 제50조의2 【공익법인 등의 전용계좌 개설・사용의무】(2013.1.1. 법률 제11609호로 일부개정된 것)

① 공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우

2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다

3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우

4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.

5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유 목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우

② 공익법인 등은 직접 공익목적사업과 관련하여 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우에는 명세서를 별도로 작성・보관하여야 한다. 다만, 소득세법 제160조의2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증명서류를 갖춘 경우 등 대통령령으로 정하는 수입과 지출의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 공익법인 등은 최초로 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인 등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 공익법인 등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.

⑤ 공익법인 등의 전용계좌 개설・신고・변경・추가 및 그 신고방법, 전용계좌를 사용하여야 하는 범위 및 명세서 작성 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 상속세 및 증여세법 제50조의2 【공익법인 등의 전용계좌 개설・사용의무】(2018.12.24. 법률 제16057호로 일부개정된 것)

③ 공익법인 등은 최초로 공익법인등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 2016년 1월 1일, 2017년 1월 1일 또는 2018년 1월 1일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 소득세법에 따른 수입금액 또는 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등으로서 본문에 따라 개설 신고를 하지 아니한 경우에는 2019년 6월 30일까지 전용계좌의 개설 신고를 할 수 있다. 1-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의2 【공익법인 등의 전용계좌의 개설・사용의무】(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 일부개정된 것)

① 법 제50조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공익법인 등"이란 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말한다.

② 법 제50조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1. 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호 에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)에 개설한 계좌일 것

2. 공익법인 등의 공익목적사업 외의 용도로 사용되지 아니할 것

③ 법 제50조의2 제1항 각 호 외의 부분에 따른 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)는 공익법인 등별로 둘 이상 개설할 수 있다.

④ 법 제50조의2 제1항 제1호에 따라 전용계좌를 사용하여야 하는 거래의 범위에는 금융기관의 중개 또는 금융기관에 대한 위탁 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 대금을 결제하는 경우를 포함한다.

2. 수표법 제1조 에 따른 수표로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

3. 어음법 제1조 및 제75조에 따른 어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

4. 여신전문금융업법 또는 전자금융거래법에 따른 신용카드・선불카드(선불전자지급수단 및 전자화폐를 포함한다)・직불카드(직불전자지급수단을 포함한다)를 통하여 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

⑤ 법 제50조의2 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 현금으로 직접 지급받은 기부금・출연금 또는 회비를 지급받는 날부터 5일(5일이 되는 날이 공휴일・토요일 또는 근로자의 날 제정에 관한 법률에 따른 근로자의 날에 해당하면 그 다음 날)까지 전용계좌에 입금하는 경우를 말한다. 이 경우 기부금・출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성하여 보관하여야 한다.

⑥ 법 제50조의2 제1항 제4호 본문에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우"란 공익목적 사업과 관련된 기부금・장학금・연구비・생활비 등을 지출하는 경우를 말한다.

⑦ 공익법인 등은 법 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 거래의 경우 같은 조 제2항에 따라 그 거래일자, 거래상대방(확인이 가능한 경우에 한한다) 및 거래금액 등을 기재한 기획재정부령으로 정하는 전용계좌 외 거래명세서(이하 "전용계좌외거래명세서"라 한다)를 작성하여 보관하여야 한다. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수록・보관하여 즉시 출력할 수 있는 상태에 둔 때에는 전용계좌외거래명세서를 작성하여 보관한 것으로 본다.

⑧ 법 제50조의2 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입과 지출"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입과 지출을 말한다.

1. 소득세법 제160조의2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증거서류를 받은 지출

2. 거래 건당 금액(부가가치세를 포함한다)이 1만원(2008년 12월 31일까지는 3만원) 이하인 수입과 지출

3. 그 밖에 증거서류를 받기 곤란한 거래 등으로서 기획재정부령으로 정하는 수입과 지출

⑨ 공익법인 등은 해당 과세기간 또는 사업연도별로 전용계좌를 사용하여야 할 수입과 지출, 실제 사용한 금액 및 미사용 금액을 구분하여 기록・관리하여야 한다.

⑩ 공익법인 등은 법 제50조의2 제3항에 따라 해당 기간에 기획재정부령으로 정하는 전용계좌개설(변경・추가)신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 전용계좌를 변경・추가하는 때에는 사유 발생일부터 1개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑪ 국세청장은 납세관리상 필요한 범위에서 전용계좌의 개설, 신고, 명세서 작성 등에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다. 3) 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】(2013.1.1. 법률 제11609호로 일부개정된 것)

⑩ 세무서장 등은 공익법인 등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호의 구분에 따른 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

1. 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우: 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5

2. 제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설・신고를 하지 아니한 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 가. 개설・신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5
• 나. 제50조의2 제1항 각 호에 따른 거래금액을 합친 금액의 1천분의 5 3-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제80조 【가산세 등】(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 일부개정된 것)

⑭ 법 제78조 제10항 제2호 가목에서 "직접 공익목적사업과 관련한 수입금액"이란 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서 법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한다. 4) 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】(2013.1.1. 법률 제11609호로 일부개정된 것)

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 4-1) 상속세법 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 일부개정된 것)

⑤ 법 제48조 제2항 제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 법 제48조 제2항 제4호에 따른 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세・농어촌특별세・주민세 및 이월결손금 4-2) 상속세법 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】 (2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부개정된 것)

⑤ 법 제48조 제2항 제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 80에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법인세법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함하며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

• 가. 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액
• 나. 법 제48조제2항제4호에 따른 출연재산 매각금액
• 다. 법인세법 제16조 제1항 제5호 또는 소득세법 제17조 제2항 제4호 에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액
• 라. 법인세법 제16조제1항제6호 또는 소득세법 제17조 제2항 제6호 에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액

2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

5. 상속세법 및 증여세법 제78조 【가산세 등】(2013.1.1. 법률 제11609호로 일부개정된 것)

⑨ 세무서장 등은 공익법인등이 제48조 제2항 제5호에 해당하는 경우에는 운용소득이나 매각대금 중 사용하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 5-1) 상속세법 및 증여세법 시행령 제80조 【가산세 등】(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 일부개정된 것)

⑬ 법 제78조 제9항에 따른 가산세는 다음 각 호의 구분에 따라 부과한다.

1. 법 제48조 제2항 제5호에 해당하게 되는 경우로서 운용소득중 사용하지 아니한 금액에 대한 가산세: 운용소득 중 제38조제5항에 따른 사용기준금액에 미달하게 사용한 금액의 100분의 10

2. 법 제48조 제2항 제5호에 해당하게 되는 경우로서 매각대금중 사용하지 아니한 금액에 대한 가산세: 매각대금 중 제38조 제7항에 따른 사용기준에 미달하게 사용한 금액의 100분의 10 6) 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

• 가. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
• 나. 소득세법 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
• 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

국세기본법 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항 제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 7) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 8) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 8) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 196x년에 설립되었고 197x년에 수익사업을 개시한 등기된 공익법인인 바, 주업종을 부동산 임대업으로 부업종을 제조(금속재생재료), 도소매(고철류)로 사업자등록하였다.

2. d지방국세청장은 2016.5.2.부터 2016.6.30.까지 청구법인에 대한 2012사업연도 정기 법인통합조사를 실시하고, 조사범위를 2007사업연도부터 2011사업연도 및 2013사업연도까지 부분확대한 바, 확대범위는 검침사업소 가지급금인 것으로 확인된다. 한편 b지방국세청장은 2022.5.4.부터 2022.7.11.까지 청구법인에 대한 2017사업연도 정기 법인통합조사 중 청구법인이 공익목적사업 전용계좌를 개설･신고하지 않은 것을 확인하고, 2022.6

30. 전용계좌 미개설･신고 부분과 관련하여 다른 사업연도(2013∼2016사업연도, 2018∼2021사업연도)에 대해 조사범위를 확대하였다.

3. 청구법인은 2016.

4. 상증세법 제50조의2에서 정한 공익목적 사업용 전용계좌로 1개의 계좌만 신고하고 다른 계좌들은 신고하지 않은 바, 위 b지방국세청장의 조사 이후인 2022.7.1. 764개의 계좌를 전용계좌로 신고한 것으로 확인된다.

4. 처분청은 2022.

10.

6. 청구법인의 2013부터 2021사업연도 까지의 전용계좌 사용의무 거래에 해당하는 수입금액과 지출금액에 1천분의 5를 적용하여 공익목적사업용 전용계좌 의무 미이행 가산세 총 992,769,858원을 고지하였는 바,

• 가) 청구법인은 2022.12.15. 위 고지세액 중 청구법인의 수익사업에서 발생한 운용소득이 고유목적사업으로 전입된 거래(쟁점거래)의 가액 96,381,644,715원(쟁점금액)에 부과된 481,908,224원(쟁점가산세)에 대해 불복하여 이 건 심사청구를 제기하였다. <처분청이 부과한 가산세 및 불복대상인 쟁점가산세 산정내역> (단위: 백만원) 구 분 수 입 지 출 (③) 가산세 대상 거래금액 (④=①+②+③) 가산세 부과금액 (⑤=④×0.5%) 쟁점가산세 (⑥=⑤×①/④) 고유목적 사업준비금 (쟁점금액) (①) 출연받은 재산 (②) 2013 11,145 1,672 10,028 22,845 114 55 2014 12,840 1,823 10,145 24,808 124 64 2015 10,830 2,078 8,844 21,752 109 54 2016 11,976 2,088 9,224 23,288 116 59 2017 10,306 2,197 9,684 22,187 111 51 2018 10,796 2,686 10,123 23,605 118 53 2019 11,383 2,654 9,196 23,233 116 56 2020 6,769 2,075 8,149 16,993 85 33 2021 10,332 1,085 8,412 19,829 99 51 합 계 96,377 18,358 83,805 198,540 992 481 ※ 위 수입과 지출은 청구법인이 처분청에 제출한 자료를 바탕으로 하였다.
• 나) 처분청 제출자료 및 담당자와의 유선확인 등에 따르면 처분청은 위 쟁점금액(①)은 상증세법 제50조의2 제1항 제1호, 출연받은 재산(②)은 제2호, 지출(③)은 제1호에 해당하는 것으로 보고, 상증세법 제78조 제10항 제2호 나목에 따라 이를 합한 198,553,973,464원을 가산세 대상 거래금액으로 하여 당초 가산세 합계 992,769,858원을 고지한 것으로 확인되며, 설령 쟁점금액(①)이 제1호에 해당하지 않다고 판단되더라도, 이 경우 제5호(예비적 처분사유)에는 해당하므로 쟁점가산세 부과처분은 정당하다는 의견인 것으로 확인된다.

5. 청구법인은 쟁점금액은 출연받은 재산과 관련없는 수익사업에서 발생한 소득이라며 청구법인의 고유목적사업회계 수입금액 총액을 제출하였는 바, 이를 요약하면 아래와 같다. <청구법인의 고유목적사업회계 수입금액 총액> (단위: 백만원, %) 사업연도 고유목적사업준비금 금액(비율) 기부금 및 후원금 (금액/비율) 보조금(국고 등) 금액(비율) 합계 2017 10,306(43.49) 2,197(9.27) 11,193(47.23) 23,697(100) 2018 10,796(43.7) 2,686(10.87) 11,226(45.23) 24,709(100) 2019 11,383(44.88) 2,654(10.46) 11,327(44.66) 25,365(100) 2020 6,769(36.56) 2,076(11.21) 9,672(52.23) 18,517(100) 2021 10,332(47.94) 1,082(5.04) 10,133(47.02) 21,551(100)

6. 청구법인은 공익법인으로서 공익법인출연재산 등 보고 및 결산서류를 공시하며 2019 ∼ 2021사업연도에 대해서는 운용소득사용신고명세서(상증세법 시행규칙 별지25호의4 서식)를 신고하였는 바, 해당 서식의 작성방법에 따르면 ⑬ 수익사업 등의 소득금액이란 “출연재산을 수익사업이나 예금 등의 수익의 원천으로 사용함으로 생긴 소득금액”이라고 되어 있는데, 청구법인은 수익사업의 각사업연도 소득금액을 기재한 것으로 확인된다.

7. 청구법인의 수익사업에 대한 법인세 신고내역은 아래와 같다. <청구법인의 수익사업에 대한 법인세 신고내역> (단위: 백만원) 사업연도 총수입금액 총수입금액 중 임대･이자소득 각사업연도 소득금액 총부담세액 고유목적 사업준비금 2013 282,742 2,239 3,999 780 11,145 2014 192,884 2,521 9,761 1,934 12,840 2015 178,348 2,848 8,195 1,621 10,830 2016 177,112 2,739 9,699 1,920 11,976 2017 182,679 3,335 6,002 1,182 13,288 2018 170,398 2,542 7,695 1,519 10,796 2019 139,468 1,563 7,619 1,504 11,383 2020 123,852 1,494 4,576 896 6,769 2021 121,753 1,418 5,589 1,098 10,332

8. 청구법인이 결산서류로 공시한 재무상태 및 운영성과에 따르면, 청구법인은 2013∼ 2017 사업연도는 수익사업부분만 제출하고 2018 ∼ 2021 사업연도는 공익사업과 수익사업을 구분하여 제출한 것으로 확인된다.

• 가) 2013∼ 2017 사업연도: 수익사업부분만 제출 (단위: 백만원) 연 도 구 분 2013 2014 2015 2016 2017 자 산 105,396 89,718 81,523 63,084 57,084 부 채 101,691 83,885 71,882 62,755 55,585 순 자 산 3,705 5,833 9,640 328 1,499 매출액 282,603 192,871 177,500 176,992 182,632 매출원가 140,182 121,927 124,169 125,041 128,386 판관비 145,118 71,202 49,751 39,750 38,514 영업외수익 2,482 5,590 2,932 2,501 4,937 영업외비용 1,954 2,907 2,746 18,649 17,536
• 나) 2018 ∼2021 사업연도: 공익사업과 수익사업 구분제출 (단위: 백만원) 연 도 구 분 2018 2019 2020 2021 공익 사업 수익 사업 공익 사업 수익 사업 공익 사업 수익 사업 공익 사업 수익 사업 자 산 54,378 46,626 62,443 37,861 59,178 35,470 60,536 32,040 부 채 1,548 38,634 8,856 32,345 9,522 23,240 11,395 20,875 순 자 산 52,830 7,992 53,586 5,515 54,105 7,779 53,527 6,778 사업수입 14,636 170,417 14,905 138,952 12,000 123,590 11,431 121,491 사업비용 20,153 155,736 22,376 125,079 18,792 115,279 20,930 111,483 사업이익 △5,517 14,681 △7,470 13,873 △6,791 8,311 △9,499 10,007 사업외수익 961 1,457 1,932 2,895 2,249 1,607 1,235 1,056 사업외비용 81 1,166 148 2,805 933 921 167 577

9. 처분청은, 청구법인 스스로도 쟁점금액(고유목적사업준비금)을 기부금, 후원금과 함께 공익목적사업의 수익으로 인식하고 있었다는 취지로 주장하며 청구법인이 세무조사 당시 제출한 엑셀파일 발췌본을 제시하였다.

10. 청구법인은 과세관청이 전용계좌관련 의무에 대해 제대로 안내하지 않다가 한꺼번에 과세하여 이슈가 되었고 이와 관련하여 소규모 공익법인에 대한에 대한 시정기회가 법제화 되었다며 관련 신문기사를 제출하였다.

11. 처분청은 청구법인에게 공익법인 등의 의무 이행 관련 안내문을 2016.3.2.부터 2022.3.29.까지 8차례에 걸쳐 송달한 송달내역을 제시하였다. <안내문 종류별 송달이력> 안내문 종류 안내문 송달일자 공익법인 등 의무이행 여부 보고서 제출 안내 2022-03-29 공익법인 등 출연재산보고서 제출.결산서류 공시 안내 2022-03-17 2021-03-04 2020-03-09 2019-03-12 2017-03-07 2016-03-02 공익법인 관련 주요 개정세법 안내 2021-03-04

12. 개정세법 해설(기획재정부 발간 2007 간추린 개정세법)에 따르면, 2007.12.31. 상증세법 제50조의2 개정으로 공익법인의 회계투명성 확보를 위한 공익법인의 고유목적사업용 전용계정 사용이 의무화된 것으로 확인되는 바, 공익법인의 수익사업회계는 법인세 과세대상인 점을 감안 전용계좌 개설·사용대상에서 제외한다고 기재되어 있다.

• 가) 개정세법 해설에는 참고자료가 첨부되어 “공익법인이 고유목적사업으로 인해 수입과 비용이 발생하는 경우 전용계좌를 개설하여 사용하도록 하는 제도”라고 개념을 정의하며 개인의 사업용계좌와 유사한 방식으로 운용한다고 기재되어 있는 바,
• 나) 수익사업 부문은 “운용수익 등 전입(단순 계정대체시가 아닌 실제 현금흐름 발생시만)”시 전용계좌를 사용해야 하고, 수익사업 부문의 자금운용수단(예금·단기금융상품 등 금융상품)은 “운용소득 등 전입(원본․이자․배당 등의 출연금 등으로 전입)”시 전용계좌를 사용해야 한다는 취지로 기재되어 있는 것이 확인된다.

13. 개정세법 해설(기획재정부 발간 2018 간추린 개정세법)에 따르면, 소규모 공익법인의 전용계좌 신고를 유도하기 위해 2016∼2018년 연간 수입금액 5억원 미만인 공익법인에게 2019.6.30.까지 신고기간을 부여하는 상증세법 제50조의2 개정이 이루어진 바, 청구법인은 여기서 말하는 소규모 공익법인에 해당하지 않는 것이 확인된다.

• 라. 판단

1. 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제1호 소정“직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융회사를 통해 결제 받은 경우”에 해당하는지에 대한 판단

• 가) 관련법리 상증세법 제50조의2 제1항은“공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.”고 규정하며, 제1호에서 “직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우”를 규정한다.
• 나) 위 관련법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, ① 쟁점금액은 청구인의 수익사업에서 발생한 운용소득이 고유목적사업으로 전입된 거래로서 이를“직접 금융회사를 통해 결제 받은 경우”로 보기 어려운 점, ② 상증세법 제50조의2 제1항 제1호는 외부거래로 발생한 자금을 공익법인이 수령할 경우에 적용되는 규정으로 보이므로, 쟁점거래의 경우 같은 법 같은 항 제5호의 요건에 부합하는지에 따라 가산세 부과여부를 판단하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제1호에 해당하지 아니하여 가산세 부과대상이 아니라는 청구법인의 주장은 이유 있다고 할 것이다.
• 다) 따라서 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제1호에 해당함을 전제로 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

2. 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제5호 소정“그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입시키는 경우”에 해당하는지에 대한 판단

• 가) 관련법리 상증세법 제50조의2 제1항은“공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.”고 규정하며, 제5호에서“수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유 목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우”를 규정한다.
• 나) 위 관련법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, 아래와 같은 이유로 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제5호에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(1) 상증세법 제50조의2 제1항 5호 소정 “수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유 목적사업회계에 전입하는 경우”의 문언상 ‘그 밖의 운용소득’은 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분 대금 이외의 모든 운용소득을 의미하다고 해석함이 타당하고 ‘그 밖의 운용소득’을 출연재산에서 발생한 운용소득으로 제한해석할 근거가 없어 보인다.

(2) 청구법인이 주장하는 상증세법 시행령 제38조 제5항은 공익법인이 출연받은 재산의 운용소득을 기준금액이상 사용하지 않은 경우 이를 산정하기 위한 규정으로, 같은 항에서 이하 이 항에서“운용소득”이라 한다고 규정한 제한적 정의를 상증세법 제50조의2 제1항 제5호의 “그 밖의 운용소득”과 동일한 의미라고 유추해석하는 것은 타당하지 않아 보인다.

(3) 공익법인의 회계투명성 확보를 위해 고유목적사업회계용 전용계좌 개설을 의무화한 취지에 비추어 볼 때, 출연재산의 관련 여부와 상관없이 수익사업의 운용소득금액에서 전입된 쟁점금액은 청구법인의 목적사업의 수입금액으로서 전용계좌 사용의무 대상 거래금액으로 보아야 할 것이다,

(4) 설령 청구법인의 주장처럼 “그 밖의 운용소득”을 출연재산에서 발생한 소득으로 한정한다고 가정해도, 쟁점금액이 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득이라고 단정하기도 어렵다.

• 다) 따라서 쟁점금액이 상증세법 제50조의2 제1항 제5호에 해당함을 전제로 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 최초로 전용계좌를 등록하기 이전 사업연도에 부과된 가산세는 신뢰보호 원칙에 위배되는지에 대한 판단

• 가) 관련법리 (1)국세기본법제18조제3항이 규정하고 있는 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403, 대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조). (2)국세기본법제18조제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 대법원 2003.5.30. 선고 2001두4795 판결 참조).
• 나) 위 관련법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, ① 청구법인은 처분청의 안내를 받아 2016.10.4. 1개의 계좌를 최초로 등록할 당시에도 이전 사업연도에 대한 가산세가 부과되지 않았으므로, 청구법인의 입장에서는 지나간 사업연도에 대해서는 가산세가 부과되지 않는다고 인식하였을 것으로 봄이 상당한 점, ② 과세관청이 가산세를 부과하지 않아 오다가 2013∼2021년 증여분 가산세를 일시에 부과하는 것은 과도해 보이는 점 등에 비추어 최초로 전용계좌를 등록하기 이전 사업연도에 부과된 가산세 부과처분은 부당하다는 청구법인의 주장은 이유 있다고 할 것이다.
• 다) 따라서 이 건 가산세 부과처분 중 2013사업연도부터 2016사업연도 까지에 대한 증여세 가산세 463,499,429원(2013년 114,233,771원, 2014년 124,044,790원, 2015년 108,771,427원, 2016년 116,449,441원)의 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조제1항제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.