청구법인이 공익법인의 주식보유한도를 초과하여 취득한 쟁점주식을 증여세 과세대상임

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 甲기업(주)가 전액을 출연하여, 1987.3.3. 설립한 연구기관으로민법제32조 및공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 “공익법인법”이라 한다) 제4조 등의 규정에 따른 공익법인이다.
• 나. 청구법인은 보유하고 있는 기술의 사업화를 위하여 2017.12.8. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제11조의2 제1항에 따라 100% 출자(500백만원)하여 ㈜乙벤처(이하 “乙벤처”라 한다)를 설립하였고, 동 법인을 2017.12.27. 같은 조 제2항에 따라 중소벤처기업부에 ‘신기술창업전문회사’로 등록하였으며, 2017.12.28. 같은 법 제11조의5 제3항에 따라 주무관청(과학기술정보통신부)에 신고하였다.
• 다. 한편, 청구법인이 2017.12.8. 乙벤처 주식 100,000주(1주당 액면가액 5천원, 자본금 500백만원)를 출자·취득한 뒤 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제2항 제2호에 따라 乙벤처 발행주식의 총수의 100분의 5(공익법인의 주식보유 한도)를 초과하는 95,000주(475백만원, 지분율 95%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대하여 2018.3.8. 증여세 79,050,000원을 신고·납부하였다.
• 라. 이후 청구법인은 2021.7.13. 당초 신고한 쟁점주식이 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 조항에 따라 증여세 과세대상에 해당하지 아니한다며 다음 <표1>과 같이 처분청에 납부한 증여세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. <표1> 증여세 신고 및 경정청구 내역 그러나 처분청은 2021.9.13. 청구법인이 취득한 쟁점주식은 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 및 같은 법 제16조 제3항 제3호 등에서 규정하고 있는 증여세 과세제외 대상이 되는 주식에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부하였다.
• 마. 이에 청구법인은 2021.12.13. 이의신청을 거쳐 2022.3.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 공익법인인 청구법인이 쟁점주식을 취득한 경우는 상증세법 제48조 제2항 제2호 등의 규정에 따른 증여세 과세대상이 아니므로 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 상증세법 제16조 제3항 제3호와 같이 포괄적으로 규정된 법문으로서 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하여야 할 것이다(대법원 2007두13852, 2008.1.31. 참조).

• 가) 주식보유한도 적용배제(증여세 과세제외)에 관한 상증세법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 규정된 같은 법 제16조 제3항 제3호는 “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식을 취득하는 경우”로 규정되어 있다. 이를 문언 그대로 해석하면 공익법인인 청구법인이 “그 밖의 법령”에 해당하는벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 내국법인인 신기술창업전문회사를 설립하면서 쟁점주식을 취득하는 경우에도 증여세 과세제외(주식보유한도 적용배제) 대상에 포함한다고 해석하는 것이 타당하다.
• 나) 열거된 사항을 모두 가리킴을 나타내는 접속 부사인 "및"과 불확정적인 의미를 가진 “그 밖의"를 함께 사용하는 경우, "그 밖의"는 앞서 열거된 사항과 규범적 가치가 동일하거나 그에 준하는 성질을 가지는 사항으로 해석해야 할 것이다. 벤처기업육성에 관한 특별조치법은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데에 기여하는 것을 목적으로 하고 있어 공익적인 목적을 가지고 있다. 그래서 벤처기업 육성을 지원하고자 공익법인이벤처기업육성에 관한 특별조치법제11조의2 제1항에 따라 신기술창업전문회사를 설립하여 제2항에 따라 등록하고 제11조의5 제3항에 따라 주무관청에 신고하면 공익법인법 제4조 제3항 에 따른 수익사업 승인을 받은 것으로 간주하고 있는 것이다. 따라서 벤처기업육성에 관한 특별조치법을 상증세법 제16조 제3항 제3호에서 규정하고 있는 “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식을 취득하는 경우” 중 “그 밖의 법령”에 해당한다고 해석함이 타당하다.

2. 또한, 상증세법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서 중 “산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우” 증여세 과세대상에서 제외하고 있다. 같은 법 시행령 제37조 제6항에서는 산학협력단이 ‘기술지주회사’ 또는 ‘신기술창업전문회사’를 설립한 경우를 들고 있는데, ‘기술지주회사’ 또는 ‘신기술창업전문회사’의 설립주체가 대학과 연구기관 등이다. 청구법인은 설립주체가 대학과 연구기관 등으로 상이할 뿐 보유 기술의 사업화를 촉진하기 위하여 설립되는 특수법인 형태의 회사라는 점에서 그 실질은 동일하다. 따라서 법규범의 의미뿐만 아니라 조세 감면의 목적취지 등을 종합적으로 고려하면 “제16조 제3항 제3호에 해당하는 경우”에 청구법인과 같은 연구기관이 신기술창업전문회사를 설립한 경우를 배제할 이유가 없다고 할 것이다.

• 나. 국민 일반에 공개된 법령이 아닌 입법예고, 행정해석 등에 기재된 입법 의도가 법문의 의미와 상이한 경우에는 조세법규의 해석은 철저하게 법문에 의하여야 한다.

1. 처분청이 제시하고 있는 기획재정부의 상증세법 일부 개정법률안 입법예고와 2017년 개정세법 해설을 통하여 쟁점주식이 증여세 과세제외 대상이 아니라고 유추해 볼 수 있다.

2. 그러나 법률안 제출권자의 제안 이유 등을 들어 법문에 명시되어 있지도 아니함에도 공익법인 설립허가 법령 등에 따라 “부득이하게” 출연하는 경우 주식보유한도 적용을 배제하는 것이라고 축소 해석하는 것은 조세법규의 엄격해석 원칙에도 반하는 것이어서 부당하다.

• 가. 청구법인이 공익법인의 주식보유 한도 5%를 초과하여 취득한 쟁점주식에 대하여 상증세법 제48조 제2항 제2호 및 같은 법 제16조 제2항에 따라 증여세를 과세한 이 건 처분은 적법하다.

1. 공익법인이 출연받은 재산을 의결권 있는 내국법인의 주식을 취득하는데 사용하는 경우 그 취득하는 주식 등이 그 내국법인의 발행주식수의 5%(성실공익법인 등은 10%, 20%)를 초과하게 되는 경우에는 그 초과하는 가액에 대하여 증여세가 과세되며 다만, 상증세법 제16조 제3항에서 과세 제외하는 예외규정을 두고 있다.

2. 청구법인은 신기술창업전문회사인 乙벤처를 100% 출자하여 설립하면서 주식을 취득한 것을 두고, 상증세법 제16조 제3항 제3호의 “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우”로서 “그 밖의 법령”에 신기술창업전문회사 설립의 근거가 되는벤처기업육성에 관한 특별조치법이 포함되는 것으로 해석하여 쟁점주식(乙벤처 발행주식의 95%)이 과세 제외 대상임을 주장하고 있다. 그러나 해당 조항이 신설된 입법 배경을 확인할 수 있는『기획재정부 공고 제2016-122호 상속세 및 증여세법 일부개정법률안 입법예고』 파목 및 2017년 개정세법 해설에서 알 수 있듯이 공익법인의 주식보유한도 예외사유 확대 조항(상증세법 제16조 제3항 제3호 신설)은 공익법인 설립허가 법령 등에 따라 부득이하게 출연하는 경우 주식보유한도 적용을 배제한다는 취지로 개정된 것이다. 이는 청구법인이 주장하는 바와 같이 일반 법률에 의하여 법인을 설립하여 취득하는 주식까지 주식보유한도 적용을 배제할 수 있다는 의미의 포괄적 위임규정이 아니다.

3. 한편, 상증세법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분단서 중산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단이 주식을 취득하는 경우로서 상증세법 시행령 제37조 제6항에 따라 일정 요건을 갖춘 경우 증여세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정되어 있다. 그러나 이 조항의 적용대상인 산학협력단은 공익법인법에 의하여 설립된 청구법인과는 그 설립목적과 설립근거가 엄연히 다르므로 청구주장과 같이 그 실질이 동일한 것으로 추정하여 상증세법을 적용할 수는 없는 것이다.

• 나. 조세법률주의에 의하여 법률의 집행은 엄격하게 해석․적용하여야 하며 확장해석이나 유추적용을 허용되지 않는다. 청구법인은 공익법인의 주식보유 한도 5%를 초과하여도 증여세를 과세제외하는 규정을 포괄적으로 적용하여 해석하면서 쟁점주식은 증여세 과세에서 제외된다고 주장하며 경정청구를 하였다. 그러나 동 주식은 증여세 과세대상임이 명백하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하고 정당하다.

• 가. 쟁점 공익법인인 청구법인이 신기술창업전문회사에 출자하면서 취득한 쟁점주식을 상증세법상 증여세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 (2016.12.20. 법률 제14388호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.(단서 및 각 호 생략)

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조 제3항 제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

• 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
• 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등
• 다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 1-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제37조 【내국법인 주식등의 초과보유 계산방법등】 (2017.2.7. 대통령령 제27835호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 법 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 제2호 본문에 따른 주식등의 초과부분은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다.

1. 공익법인등이 매매 또는 출연에 의하여 주식등을 취득하는 경우에는 그 취득일

2. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 상법 제354조 의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

⑥ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단(이하 "산학협력단"이라 한다)이 보유한 기술을 출자하여 같은 법에 따른 기술지주회사(이하 이 조에서 "기술지주회사"라 한다) 또는 벤처기업 육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사(이하 이 조에서 "신기술창업전문회사"라 한다)를 설립할 것

2. 산학협력단이 출자하여 취득한 주식등이 기술지주회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 50 이상, 신기술창업전문회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 30 이상일 것

3. 기술지주회사 또는 신기술창업전문회사는 자회사 외의 주식등을 보유하지 아니할 것 2) 상속세 및 증여세법 제16조 【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

1. 주식등: 다음 각 목의 주식등

• 가. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
• 나. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등
• 다. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

• 가. 다음의 요건을 모두 갖춘 성실공익법인등에 출연하는 경우: 100분의 20

1. 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

2. 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

• 나. 가목 외의 경우: 100분의 10

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 내국법인의 발행주식총수등의 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에도 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

3. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 출연하는 경우

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제11조의2【신기술창업전문회사의 설립 등】 (2016.12.2. 법률 제14363호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학이나 연구기관은 신기술창업전문회사(이하 "전문회사"라 한다)를 설립할 수 있다.

1. 대학(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조 에 따른 산학협력단을 포함한다)

4. 그 밖에 과학이나 산업기술 분야의 연구기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

② 제1항에 따라 전문회사를 설립하는 경우 대학이나 연구기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업청장에게 등록하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다.

③ 중소기업청장은 제2항에 따른 등록 신청이 있을 때에는 그 신청 내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 등록을 해 주어야 한다.

1. 상법에 따른 주식회사가 아닌 경우

2. 임원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 보유인력과 보유시설이 대통령령으로 정하는 기준에 미치지 못하는 경우

④ 전문회사는 다음 각 호의 업무를 영위한다.

1. 대학·연구기관 또는 전문회사가 보유한 기술의 사업화

2. 제1호에 따른 기술의 사업화를 위한 자회사의 설립. 다만, 제1항 제1호의 대학은 자회사를 설립할 수 없다.

8. 제1호부터 제7호까지의 규정에 부수되는 사업으로 중소기업청장이 정하는 사업 3-1) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제4조의2【신기술창업전문회사의 설립 등】 (2016.12.5. 대통령령 제27663호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 법 제11조의2 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호의 기관을 말한다.

1. 산업기술혁신 촉진법 제42조 에 따른 전문생산기술연구소(이하 "전문생산기술연구소"라 한다) 2.민법제32조에 따라 설립된 비영리법인으로서 과학 또는 산업기술 분야 연구기관

4. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제11조의5【전문회사 등에 대한 특례】

③ 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따른 공익법인인 연구기관이 제11조의2 제2항에 따라 전문회사를 등록한 경우에는 30일 이내에 주무관청에 신고하여야 한다. 신고를 한 경우에는 같은 법 제4조 제3항에 따른 주무관청의 승인을 받은 것으로 본다. 5) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 제4조 【설립허가 기준】 (2016.5.29. 법률 제14171호로 일부개정된 것, 이하 같다)

③ 공익법인은 목적 달성을 위하여 수익사업을 하려면 정관으로 정하는 바에 따라 사업마다 주무 관청의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 또한 같다. 6) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 제13조 【잔여재산의 귀속】

① 해산한 공익법인의 남은 재산은 정관으로 정하는 바에 따라 국가나 지방자치단체에 귀속된다.

② 제1항에 따라 국가나 지방자치단체에 귀속된 재산은 공익사업에 사용하거나 이를 유사한 목적을 가진 공익법인에 증여하거나 무상대부(無償貸付)한다. 7) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제1조 【목적】 (2016.3.22. 법률 제140789호로 일부개정된 것, 이하 같다) 이 법은 산업교육을 진흥하고 산학연협력(産學硏協力)을 촉진하여 교육과 연구의 연계를 기반으로 산업사회의 요구에 따르는 창의적인 산업인력을 양성하며, 효율적인 연구개발체제를 구축하고, 나아가 산업발전에 필요한 새로운 지식ㆍ기술을 개발ㆍ보급ㆍ확산ㆍ사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 8) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조 【산학협력단의 설립ㆍ운영】

① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다.

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.

⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립ㆍ경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 사립학교법 제29조 제2항 에 따른 교비회계에 편입한다.

⑥ 산학협력단의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 민법 제34조 부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다.

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 청구법인 관련 사항

(1) (설립 목적) 청구법인은 1987.2.24. 甲기업(주)가 공익법인법에 따라 과학기술정보통신부장관의 허가를 받아 설립된 재단법인(출연금 236억원)으로, 설립 목적은 다음과 같이 국가산업발전의 토대가 되는 과학기술의 연구개발 업무를 수행하고 그 성과를 보급함으로써 산업과학기술의 진흥에 기여하는 것이다.

(2) (사업자등록사항) 청구법인은 1987.3.21. ○○ ○○시 ○○구 ○○동 444에 주사무소를 두고 수익사업을 개시하였으며, 현재 과학기술연구개발업, 연구시작품제작판매업, 부동산임대업을 영위하고 있다.

• 나) 乙벤처 관련 사항

(1) 법인 정관, 등기부등본에 따르면, 乙벤처는 2017.12.8. ○○ ○○시 ○○구 ○○로 67(○○동)을 본점 소재지로 하고, 청구법인 또는 乙벤처가 보유한 기술의 사업화를 목적으로 하며, 납입자본금 500백만원으로 설립되었으며, 현재 ○○ ○○시 ○○구 ○○로 87, 513호(◇◇동, ****)를 본점 소재지로 하고 있다.

(2) 다음과 같이 乙벤처의 ‘발기인회 의사록’을 보면, 청구법인이 발기인으로 참여하여 乙벤처 주식 전량(100,000주)을 출자한 것으로 나타난다.

(3) 국세청 대내포털시스템에 따르면, 乙벤처는 2017.12.11.을 개업일로 하고, 비철금속 제조업을 주종목으로 하여 사업자등록을 하였고 현재까지 계속사업자로 등록되어 있다.

(4) 다음과 같이 중소벤처기업부장관은 2017.12.27. 乙벤처를 벤처기업육성에 관한 특별조치법제11조의2 제2항에 따라 신기술창업전문회사로 등록처리하였다. 그리고 청구법인은 2017.12.28. 청구법인의 주무관청인 과학기술정보통신부에 乙벤처를 신기술창업전문회사로 등록·신고하였다. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제11조 제3항 및 제5항에 따라 신기술창업전문회사 등록사실을 신고하면, 공익법인법 제4조 제3항 에 따른 공익법인이 수익사업하는 것을 승인받은 것으로 간주됨

2. 이 사건 쟁점과 관련한 조항에 대한 세법개정 내용

• 가) 기획재정부의 2016년 상증세법 일부개정(안) 입법예고한 내용 다음과 같이 기획재정부의 2016년 상증세법 입법예고한 내용을 보면, 공익법인의 주식보유한도(5%, 성실공익법인 10%)의 예외사유를 확대하면서 ‘공익법인 설립허가 법령 등에 따라 출연하는 경우를 추가한 것(상증세법 제16조 제3항 제3호 신설)으로 나타난다.
• 나) 기획재정부가 발간한 2017년 ‘개정세법해설’ 책자를 보면, 다음과 같이 공익법인의 주식보유한도(5%, 성실공익법인 10%)의 예외사유를 확대하면서 ‘공익법인 설립허가 법령 등에 따라 출연하는 경우를 추가한 이유를 “공익법인 설립허가 법령 등에 따라 부득이하게 출연하는 경우”를 추가하였다고 개정취지를 설명하고 있다.
• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1. 관련 법리 상증세법 제48조 제1항 본문은 ‘공익법인이 출연받은 재산’에 대하여는 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 이는 공익법인의 활동을 조세정책적 차원에서 지원하기 위한 규정으로서 공익법인이 영위하는 공익사업은 원래 국가 또는 지방자치단체가 수행하여야 할 업무라는 점을 고려한 것이다(대법원 2017.4.20. 선고 2011두21447 판결 참조). 그런데 상증세법 제48조 제2항은 공익법인이 출연받은 재산을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5(성실공익법인은 100분의 10 또는 100분의 20)를 초과하는 경우에는 초과하는 가액을 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 이는 공익법인에 출연한 재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는 점을 틈타서 공익법인이 주식을 취득하는 방법으로 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하면서도 증여세를 회피하는 것을 막기 위한 것이라 하겠다. 한편, 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서는 공익법인의 주식 보유한도 규정의 예외로 “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식을 취득하는 경우” 또는 “산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우” 등은 증여세 과세대상에서 제외하고 있다.

2. 청구법인이 신기술창업전문회사 乙벤처에 출자하면서 취득한 쟁점주식을 상증세법상 증여세 과세대상에서 제외할 수 있는지에 대한 판단

• 가) 먼저, 청구법인은 쟁점주식의 취득이 상증세법 제16조 제3항 제3호 “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우”로서 “그 밖의 법령”에 신기술창업전문회사의 설립 근거인 벤처기업육성에 관한 특별조치법이 포함되는 것으로 해석하여 쟁점주식은 증여세 과세대상에서 제외된다고 주장한다. 그러나 상증세법 제16조 제3항 제3호는 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식을 일정 비율(주식보유 한도) 이상 취득하는 경우 증여세를 과세한다는 상증세법 제48조 제2항 제2호의 예외규정으로서, 공익법인이 공익법인의 설립허가에 관한 법령 등에 따라 출연함으로써 부득이하게 주식을 보유하게 된 경우 주식보유한도 적용 배제 사유 중 하나로 추가 신설(2016.12.20. 법률 제14388호)된 것이다. 따라서 이러한 상증세법 제16조 제3항 제3호의 규정의 신설 취지, 조세법률주의의 원칙 및 법률의 엄격해석 원칙 등을 감안할 때, “ 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우”로서 “그 밖의 법령”에 벤처기업육성에 관한 특별조치법이 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 청구법인 스스로 전액을 출자하여 乙벤처를 설립하면서 쟁점주식을 취득한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
• 나) 또한, 청구법인은 상증세법 제48조 제2항 제2호에서 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 일정한 요건을 갖춘 경우에 대해서도 주식보유한도 적용을 배제하고 있는바, 과학기술연구기관인 청구법인이 쟁점주식을 보유한 것도 산학협력단이 주식을 보유하는 것과 그 실질이 동일하므로 주식보유한도 적용이 배제되는 것으로 해석하는 것이 조세법규의 합목적적 해석이라고 주장한다. 그러나 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단은 대학이 가지고 있는 기술의 사업화 촉진과 이에 따른 재정 확충을 통하여 대학 경쟁력을 제고하고자 기술지주회사 또는 신기술창업전문회사를 설립하는 것을 지원할 필요가 있어 일정한 요건을 갖춘 경우 증여세 과세를 제외하고 있는 것이고, 청구법인은 산학협력단에 해당되지 않는 것이 명백하므로 청구법인이 신기술창업전문회사인 乙벤처를 설립하면서 쟁점주식을 취득하였다고 하여 청구법인이 공익법인의 주식보유한도를 초과하여 취득한 쟁점주식을 증여세 과세대상에서 제외하기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.