공익법인 출연재산 과세가액 불산입 적용시 특수관계 소멸 및 적용 시점

○○세무서장이 2005. 4.15. 청구법인에게 한 1997. 1. 1. 증여분에 대한 증여세 3,937,385,140원의 부과처분은 쟁점토지가 청구법인 및 청구외법인 또는 그 법인의 대주주 등이 출연자인 오○○에게 명의 신탁한 재산이었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 대한민국 교육의 근본이념에 의하여 고등보통교육과 실업에 관한 전문교육을 실시할 목적으로 1979. 5. 2. 설립된 비영리 공익법인으로 청구법인의 설립 직후인 1979. 7.23. 청구 외 오○○(이하 “출연자”라 한다)으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 625.8㎡, 같은 동 ○○번지 소재 토지 964.9㎡ 합계 1,590.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 출연 받았으며, 쟁점토지를 청구법인에 출연한 오○○은 1978.12.26.부터 1979. 7. 9.까지 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○물산(이하 “청구외법인”이라 한다)의 임원으로 재직하였고, 1979. 4.16.부터 1999. 2.24. 사망 시까지 청구법인의 임원으로 재직하였다. 청구법인은 쟁점토지를 1984. 5. 1. 같은 기업집단에 속하는 계열회사인 청구외법인에 정상적인 대가보다 낮은 가액에 임대하였고, 청구외법인은 1985. 7.25. 쟁점토지 위에 청구외법인 명의로 상가건물을 신축하여 부동산 임대업을 영위하고 있다. 처분청은 청구법인이 출연 받은 쟁점토지를 출연자와 특수관계에 있는 청구외법인에 정상적인 대가보다 낮은 가액으로 임대한데 대하여 상속세 및 증여세법 제48조 및 동법 시행령 제39조의 규정에 의한 공익법인의 자기내부거래 금지위반행위에 해당하는 것으로 보아 2005. 4.15. 청구법인에게 증여세 3,937,385,140원을 결정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여

2005. 4.26. 이의신청을 거쳐 2005.12. 9. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 출연자의 사망으로 특수관계가 소멸되지 아니한다는 주장이나, 출연자의 사망 이전에 형성된 특수관계에 의하여 과세요인이 발생한 것은 출연자의 사망으로 과세에 영향을 미치는 것이지만, 과세기준일 이전에 출연자가 이미 사망하여 사망일부터 기존의 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 사망 이전에 형성된 특수관계를 이유로 사망일 이후에 과세요인이 발생된 사항에 대하여 증여세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청은 공익법인에 대한 증여세 부과는 당초 공익사업 출연행위와는 별도로 그 과세요인이 발생한 때에 증여세를 과세하여야 한다는 주장이나, 상속세 및 증여세법 제48조 및 동법 시행령 제39조 등에서 증여세 과세요건, 출연자 및 특수관계자의 범위 등을 구체적으로 열거하고 있으므로 법령에 정한 요건이 충족될 경우에만 증여세를 추징할 수 있으며, 출연자, 출연재산의 사용자, 출연자와 사용자와의 관계 등이 과세요건의 성립에 있어 중요한 요소가 되는 것인 바, 개정된 상속세 및 증여세법 제48조 제3항 제3호 의 규정은 1997. 1. 1.부터 시행되고 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 출연 받은 재산에 대하여 그 과세요인이 발생하는 것부터 적용되므로 청구법인에 쟁점토지 출연자는 1992. 2.24. 사망으로 인하여 청구외법인과 특수관계가 소멸되었음에도 불구하고 종전의 특수관계가 계속 유지되는 것으로 보아 1997. 1. 1. 시행된 개정 세법을 적용하여 증여세를 과세한 처분은 세법의 소급적용에 해당한다. 즉, 납세의무는 각 세법이 정하는 과세요건이 충족되는 특정의 시기에 특정사실 또는 상태가 존재함으로써 과세대상이 납세의무자에게 귀속됨으로써 세법이 정하는 바에 따라 과세표준의 산정 및 세율의 적용이 가능하게 되는 때에 성립한다고 국세기본법 기본통칙 3-1-1-2(납세의무의 설립)에서 규정하고 있는 바, 출연자는 과세요건 성립일 이전에 사망함으로써 청구법인 및 청구외법인과 특수관계가 소멸되어 특정시기에 특정사실 또는 상태가 존재하지 아니하므로 사망 이전에 형성된 특수관계를 이유로 사망일 이후에 과세요인이 발생된 사항에 대하여 과세할 수 없다.
• 다. 처분청은 공익법인에 출연한 재산의 사후관리는 국세부과의 제척기간이나 소멸시효에 영향을 받지 않고 법에서 정하는 사후관리 요건을 위반한 경우 언제든지 증여세를 과세할 수 있다는 주장이나, 국가가 부과하는 모든 국세는 국세부과의 제척기간이나 소멸시효에 영향을 받는 것이며, 1996.12.30. 개정된 상속세 및 증여세법 부칙 제1조 및 제4조 제1항에서 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 출연 받은 재산에 대하여 그 과세요인이 발생하는 것부터 적용하도록 되어 있고 동 개정 규정은 1997. 1. 1.부터 시행 하므로 이 건의 경우 쟁점토지의 출연자가 1992. 2. 24. 사망함으로써 쟁점토지를 사용․수익하는 청구외법인과 특수관계가 소멸되어 개정된 법이 시행되는 1997. 1. 1. 시점에서 법에서 정하는 사후관리 요건을 위반한 적이 없으므로 증여세를 부과하는 것은 부당하다.

• 가. 상속세 및 증여세법 제48조 의 규정에 의한 공익법인 등이 출연 받은 재산에 대한 증여세 면제요건은 공익사업의 요건과 함께 당해 공익사업에 출연된 재산의 운용 등에 대하여도 제한이 따르는데, 공익법인이 출연 받은 재산을 출연목적 이외에 사용하거나 출연목적에 사용하지 아니하거나 자기내부 거래를 한 경우에는 공익사업의 의미가 없어지게 되므로 공익사업을 원활하게 할 수 있도록 하기 위하여 출연재산의 사용의무 등을 준수하도록 규정하고 있고 이에 대한 사후관리를 하고 있다. 따라서 공익법인에 대한 증여세 과세는 당초 공익사업 출연행위와는 별도로 그 과세요인이 발생한 때에 증여세를 부과하는 것이므로 일반적인 조세의 납세의무는 국세부과의 제척기간이나 소멸시효에 영향을 받게 되나, 공익법인 출연재산의 사후관리는 이에 영향을 받지 않으므로 법에서 정하는 사후관리 요건을 위반한 경우 언제든지 위반시점에 증여세를 과세할 수 있다. 즉, 당초 출연행위에 대한 과세가 아니라 공익법인의 의무위반에 따라 출연자와는 상관없이 별도의 과세요인이 발생되고 이에 따라 그 의무를 위반한 공익법인에게 징벌적 증여세를 부과하는 것이며 출연자의 사망으로 모든 특수관계가 소멸하는 것으로 판단한다면 공익법인 출연재산의 사후관리 등 관련 법령 적용에 커다란 혼란을 가져오게 된다.
• 나. 청구법인이 청구외법인과 같은 기업집단 소속이며, 출연자가 청구법인의 이사이므로 청구법인, 청구외법인 및 출연자는 “특수관계에 있는 자”에 해당되며, 상속세 및 증여세법상 공익법인과 출연자는 뗄 수 없는 관계가 형성되며, 특수관계 해당여부는 출연자의 사망이나 출연한 공익법인에서 퇴임․해임여부에 관계없이 개별법령의 규정에 의하여 판단하는 것이며, 청구법인은 출연자와 특수관계에 있는 청구외법인에 출연재산을 적정시가 보다 낮은 가액으로 임대하여 사용․수익하게 하였으므로 증여세 과세대상이다.
• 다. 또한, 상속세 및 증여세법 제48조 의 규정은 1997. 1. 1. 이 법 시행 이후 같은 법 제48조 제3항에서 정한 특수관계에 대하여 같은 조에서 규정한 사용․수익행위가 최초로 발생한 경우에 적용하는 것이 아니라, 상속세 및 증여세법 부칙 제1조 및 제4조 제1항에서 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 출연 받은 재산에 대하여 그 과세요인이 발생하는 것부터 적용하도록 규정하고 있고 동 개정규정은 1997. 1. 1.부터 시행하는 것이므로 출연자가 1997. 1. 1. 이전에 사망하였어도 출연자와 상속세 및 증여세법 제48조 및 동법 시행령 제39조의 규정에 의한 “특수관계에 있는 자”에게 1997. 1. 1. 이전부터 당해 출연재산을 사용․수익하게 한 경우 1997. 1. 1.에 증여세 과세요인이 발생한 것으로 보아 자기내부거래에 대한 증여세를 과세하여야 하며, 상속세 및 증여세법을 적용함에 있어 혈연으로 맺어진 자연인은 출연자가 사망해도 특수관계가 소멸하지 않아 증여세를 과세하고, 법인은 출연자의 사망으로 그 특수관계가 소멸한다는 것은 법령의 올바른 해석이 아니다.
• 라. 또한, 청구법인의 이사로 재직 중 쟁점토지를 출연한 오○○은 청구법인과 같은 한국제분 계열회사인 청구외법인과 특수관계에 있으며, 청구법인은 출연 받은 재산을 1984. 5. 1.부터 현재까지 청구외법인이 정상시가 보다 낮은 가액으로 사용․수익 하게 하고 있으며, 관련 경제상황이 바뀐 것이 없고 공익법인 및 출연자와 출연재산을 사용 ․ 수익 하는 자의 관계가 변동이 없는 상황에서 단지 출연자가 사망했다는 이유로 당해 재산을 사용․수익하는 자와 특수관계가 소멸하였다고 볼 수 없으므로 이 건 공익법인의 자기내부거래에 대하여 증여세를 부과하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 공익법인이 출연 받은 재산을 출연자와 특수관계에 있는 자가 사용․수익하게 하는 경우 공익법인에 증여세를 과세함에 있어 과세사유 발생일(법령시행일 ‘97. 1. 1.) 전에 출연자가 사망한 경우에도 특수관계가 있는 것으로 보아 증여세를 부과할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 다음 각호의 1에 해당하는 자에게 당해 재산의 임대차ㆍ소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용ㆍ수익하게 하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 출연자가 출연한 다른 공익법인 등

3. 제1호 및 제2호와 특수관계에 있는 자

④ 제2항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 특수관계에 있는 출연자와 특수관계에 있는 자의 범위 및 직접 공익목적사업에의 사용여부의 판정기준 등은 대통령령으로 정한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제39조 【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세】

① 법 제48조 제3항 제3호에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.(96.12.31. 개정)

민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인인 경우에는 그 법인에 대한 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 제1호 외의 법인인 경우에는 당해 법인을 출자에 의하여 지배하고 있는 자 및 그 친족

3. 출연자의 사용인(출연자가 출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 임원을 포함한다)

4. 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등의 임원

5. 출연자가 출자에 의하여 지배하고 있는 법인

6. 제28조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 해당하는 관계에 있는 자

② 법 제48조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3월 이내에 한하여 제1항 각호의 1에 해당하는 자가 사용하는 경우

2. 제12조 제2호의 규정에 의한 교육사업을 영위하는 교육기관이 총리령이 정하는 연구시험용 시설 등을 출연받아 이를 당해 공익법인 등과 출연자가 공동으로 사용하는 경우

3. 당해 공익법인 등이 의뢰한 연구용역 등의 대가 또는 직접 공익목적사업의 수행과 관련한 경비 등을 지급하는 경우

③ 법 제48조 제3항 본문에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 동항 각호의 1에 해당하는 자에게 사용 및 수익하게 한 경제적 이익에 상당하는 가액을 말한다. (96.12.31. 개정)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제28조 【합병시 증여의제되는 특수관계에 있는 법인 및 이익의 계산방법 등】

① 법 제38조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 법인”이라 함은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 기간중 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.(1996.12.31. 개정)

2. 제26조 제4항 제2호 가목에 규정된 법인

3. 동일인이 임원의 임면권의 행사 또는 사업방침의 결정 등을 통하여 합병당사법인(합병으로 인하여 소멸ㆍ흡수되는 법인 또는 신설ㆍ존속하는 법인을 말한다. 이하 같다)의 경영에 대하여 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 관계에 있는 법인

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제26조 【저가ㆍ고가양도 및 특수관계자의 범위】

④ 법 제35조 제1항 각호의 1 및 법 제42조 제1항에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 양도자 또는 양수자(이하 이 항에서 “양도자 등”이라 한다)와 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

2. 양도자등이 총리령이 정하는 기업집단 소속기업이거나 그 기업의 임원인 경우로서 다음 각목의 1의 관계에 있는 자

• 가. 기업집단소속의 다른 기업

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.(1996.12.31. 개정)

2. 교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 사업

○ 상속세 및 증여세법 부칙(1996.12.30. 법률 제5193호) 제1조 【시행일】 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 것부터 적용한다. 제4조 【공익법인 등의 사후관리에 관한 적용례】

① 제16조, 제48조 제1항·제2항 제1호 내지 제3호·제5호 및 동조 제3항의 개정규정은 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 출연받은 재산에 대하여 그 과세요인이 발생하는 것부터 적용한다.

○ 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-39-6 【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세】

① 공익법인등이 출연받은 재산 등을 출연자 등에게 사용·수익하게 하는 경우 영 제39조 제3항의 규정에 의한 증여세 과세가액은 다음 각호에 의한다. (2000.10. 12. 개정)

1. 대가없이 사용·수익하게 하는 경우(2000.10.12. 개정): 당해 출연재산가액 (2000.10.12. 개정)

2. 낮은 대가로 사용·수익하게 하는 경우 (2000.10.12. 개정): 당해 출연재산가액 × (정상적인 대가 - 실제 지급한 대가)/정상적인 대가

③ 영 제39조 제3항, 영 제40조 제1호 및 동조 제4호 내지 제5호의 규정에 의하여 공익법인 등에 부과되는 증여세과세가액은 각 규정에 의한 가액을 과세요인 발생일 현재 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액으로 한다.(2000.10. 12. 개정)

○ 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】

① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다. (1984. 8. 7. 개정)

3. 증여세에 있어서는 증여에 의하여 재산을 취득하는 때

② 다음 각호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다.

4. 수시부과에 의하여 징수하는 국세에 있어서는 수시부과할 사유가 발생하는 때 (1978.12. 5. 개정)

○ 국세기본법 기본통칙 21-0-1 【납세의무의 성립】 납세의무는 각 세법이 정하는 과세요건의 충족 즉 특정의 시기에 특정사실 또는 상태가 존재함으로써 과세대상(물건 또는 행위)이 납세의무자에게 귀속됨으로써 세법이 정하는 바에 따라 과세표준의 산정 및 세율의 적용이 가능하게 되는 때에 성립하며, 그 구체적인 성립시기는 법 제21조에 규정하는 바와 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 청구법인은 1971. 4.16. 설립된 학교법인으로 비영리 공익법인에 속하며, 1979. 7.23. 청구법인에 쟁점토지 출연자는 1978.12.26.～1979. 7. 9.까지 청구외법인의 이사로 재직하였으며, 1979. 5. 2.～1992. 2.24.까지 청구법인의 이사로 재직하다가 1992. 2.24. 사망한 것으로 처분청 조사담당공무원의 조사종결보고서 및 의견서와법인의 등기부등본 등에 의하여 확인되고 있다.
• 나) 청구법인은 1979. 7.23. 출연자로부터 쟁점토지를 출연 받아 1984. 5. 1. 청구법인과 같은 기업집단에 속하는 청구외법인에 임대하였으며, 청구외법인은 쟁점토지 위에 1985. 7.25. 상가건물을 신축하여 임대하고 있는 것으로 등기부등본 등에 의하여 확인된다.
• 다) 처분청은 2004.11.15.～2004.12.31.까지 청구법인의 2001. 3. 1.～2002. 2. 28. 사업연도에 대한 법인세 정기세무조사에서 청구법인이 출연자로부터 출연 받은 쟁점토지를 출연자와 특수관계에 있는 청구외법인에 적정시가 보다 낮은 가액으로 임대한데 대하여 상속세 및 증여세법 제48조 및 동법 시행령 제39조의 규정에 의한 공익법인 등의 자기내부거래로 보아 동법 부칙 제4조의 규정에 의하여 증여세 과세사유 발생일을 1997. 1. 1.로 하고 쟁점토지의 증여세 과세가액을 7,641,684, 000원으로 하여 2005. 4.15. 청구법인에게 증여세 3,937,385,140원을 결정․고지한 사실이 증여세결정결의서와 납세자별 조사이력 및 고지내역 전산조회 결과 확인된다.
• 라) 청구법인의 이사로 재직하면서 쟁점토지를 청구법인에 출연한 오○○은 청구법인에 이사로 재직하는 동안 청구법인과 같은 기업집단에 속하는 청구외법인과 특수관계에 해당되었지만, 출연자 오○○이 1992. 2.24. 사망한 이후에도 청구법인과 오○○의 친족은 특수관계가 계속되지만 청구법인 및 청구외법인과 오○○의 특수관계는 소멸되는 것으로 보여진다.
• 마) 청구법인은 청구외법인과 같은 기업집단(한국제분 계열) 소속이며, 청구법인의 이사장 이○○은 청구외법인의 최대주주로 지분 48%를 소유하고 있는 것으로 처분청 조사담당공무원의 조사서에 의하여 확인되고 있다.

○ 판단

• 가. 공익법인 등이 출연 받은 재산을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 당해 재산을 무상 또는 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용 ․ 수익하게 하는 경우에는 상속세 및 증여세법 제48조 제3항 및 같은 법 시행령 제39조의 규정에 의하여 당해 공익법인 등에게 증여세가 과세되는 것이며, 이 경우 출연자는 공익법인 등이 사용․수익하게 한 당해 재산의 출연자를 말하는 것이며(법무과-3001, 205.08.01. 같은 뜻), 이 법 시행 전에 공익법인이 출연 받은 재산을 출연자 및 출연자와 특수관계에 있는 자에게 사용․수익하게 한 경우 상속세 및 증여세법 부칙(1996.12.30. 법률 제5193호) 제4조의 규정에 의하여 증여세 과세사유 발생일은 1997. 1. 1.이 된다.
• 나. 또한, 공익법인이 출연 받은 재산을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 무상 또는 저가로 사용․수익하게 하는 경우 증여세를 과세함에 있어서 출연자와 출연 받은 재산의 사용 ․ 수익자간의 특수관계는 출연자가 사망함으로써 소멸되었다고 보는 것이 타당하고, 쟁점토지의 출연자 오○○이 1992. 2.24. 사망하여 이 건 증여세 과세기준일(1997. 1. 1.) 현재 쟁점토지를 사용 ․ 수익하고 있는 청구외법인과 오○○의 특수관계가 소멸되었으므로 상속세 및 증여세법 제48조 제3항 및 동법 시행령 제39조의 규정을 적용하여 청구법인에게 증여세를 부과한 것은 부당하다고 보여진다.
• 다. 다만, 처분청의 청구법인에 대한 법인세 조사 종결보고서를 살펴보면, 쟁점토지의 출연자와 쟁점토지의 사용․수익자간에 특수관계 해당여부와 쟁점토지를 정상적인 대가보다 낮은 가액으로 사용․수익하게 하였는지 여부만 판단하여 증여세 과세여부를 판단하였을 뿐 쟁점토지가 명의 신탁한 재산이었는지 여부에 대한 조사가 충분히 이루어지지 아니한 것으로 보여지므로 쟁점토지가 청구법인 및 청구외법인 또는 그 법인의 대주주 등이 출연자인 오○○에게 명의 신탁한 재산이었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.