소득금액 추계결정 사유

○○세무서장이 1999.12. 6. 청구인에게 결정고지한 97과세연도 종합소득세 161, 682,440원은 표준소득률에 의한 추계조사방법으로 소득금액을 결정하고, 농공단지 입주기업에 대한 조세특례 규정을 적용(감면률 50%, 지방이전중소기업에 대한 세액감면은 배제)하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

처분청은 ○○시 ○○농공단지에서 ○○○○라는 상호로 합성수지 합판 제조업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위하고 있는 청구인이 1997년도 중 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서상 금액 467,121,000원(7개 업체 31매, 이하 “쟁점매입” 이라 한다)을 가공원가로 보아 필요경비 불산입하여 1999.12. 6. 1997년 귀속 종합소득세 161,682,440원을 결정고지[조세감면규제법상 지방이전중소기업에 대한 세액감면 적용 - 감면률 30%] 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.12.29. 심사청구하였다.

1. 쟁점사업에 필요한 폐자재(플라스틱 ‧ 비닐류)등의 원재료를 매입하였으나 세금계산서를 수취할 수 없어 자금난으로 불가피하게 부가가치세 매입세액의 공제를 받을 목적으로 가공매입 세금계산서를 수취하였으므로 쟁점 매입 금액을 필요경비로 인정하여야 하는데도 불구하고 가공원가로 보아 과세한 처분은 부당하다.

2. 쟁점매입 금액은 당해 과세연도 장부상 재료비의 59.4%, 제조원가의 50.4%에 해당되고, 이 건 경정결정소득은 표준소득금액 대비 735%로서 쟁점매입 금액 상당의 매입이 없다면 당해연도에 발생한 매출이 불가능하다 할 것이고 응능부담의 원칙이나 과세의 공평성에 위배되므로 장부의 중요부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 표준소득률에 의하여 추계조사 결정하여야 한다.

3. 청구인은 1989. 6. 1.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○○○이라는 상호로 닛불(관이음세) 제조업(사업자등록: 000-00-00000,000-00-00000)을 영위하다가 1992. 7.22. ○○농공단지로 사업장을 이전(사업자등록번호: 000-00-0000 0)하여 사업자 등록증을 교부받았으나, 사실상 1995. 6.30. 공장을 신축 ‧ 준공하여 사업을 개시(1992. 5.26. 토지사용 승낙, 1993. 9.28. 매매계약체결, 1994.12.15. 공장 신축, 상호를 ○○테크로 변경)하였는 바, 청구인이 농공단지에 입주하여 제조업을 영위하고 있음을 ○○시장이 확인하여 1990.12.31. 개정 조세감면규제법 제40조의 4【농공단지 입주기업에 대한 조세특례】의 규정을 적용함에 의문의 여지가 없으므로 입주 일을 사업개시일인 1995. 6.30.으로 보아 이 건 종합소득세 전액을 감면하여야 한다.

1. 청구인의 쟁점매입 상당 금액의 원자재 매입과 이에 대한 대금지출 사실 및 제조공정에 원가로 투입된 사실을 입증할 수 있는 증빙서류를 제시하지 못하고 있고, 쟁점매입 세금계산서상 품목 란에 합판 제조에 필요한 원부재료와 무관한 파이프 ‧ 엘보우 ‧ 부속품등 시설투자 및 고정자산에 해당하는 자재를 매입한 것으로 기재되어 있으므로 청구주장 신빙성이 없어 인정할 수 없다.

2. 청구인은 당초 비치 기장한 장부와 증빙서류에 의하여 과세표준과 세액을 계산하여 신고하였을 뿐만 아니라 가공매입금액을 필요경비 불산입한 실지조사결정 소득금액이 표준소득률에 의한 추계조사결정 소득금액보다 현저히 많다는 사유만으로 추계조사 결정할 수는 없다.

3. 농공단지 입주기업에 대한 조세특례의 규정은 농어촌소득원개발촉진법 제10조 의 규정에 의거 시장 또는 군수로부터 사업계획승인을 받은 경우에 한하여 적용하는 것이나 청구인은 동 승인을 받은 사실이 없으므로 동 감면을 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점

① 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서상 금액을 가공원가로 보아 필요경비불산입한 처분이 맞는지와 ② 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 추계조사 결정할 수 있는지 및 ③ 농공단지 입주기업에 대한 조세특례 규정을 적용할 수 있는지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】 제3항에서『당해 연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다.』고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제27조 【필요경비의 계산】 제1항 및 시행령 제55조 제1항 제1호에서『사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 하며 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용은 필요 경비로 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제142조 제1항에서『과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.』고 규정하고 있다.

○ 제143조 【추계결정 및 경정】 제1항에서 추계결정 등의 사유로 제1호에서『과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우』를 규정하고 있으며, 제3항 제1호에서『법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 그 소득금액으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법에 의한다.』고 규정하고 있다.

○ 구 조세감면규제법 제40조의4 【농공단지입주기업에 대한 조세특례】 제1항에서『농공단지안에서 농어촌소득원 개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제15조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. 이 경우 창업일은 대통령령이 정하는 입주일로 한다.』고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제33조의3 제1항에서『법 제40조의4 제1항에서 “대통령령이 정하는 입주일”이라 함은 농공단지 안에서 공장을 새로이 설치하여 사업을 영위하는 날로서 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 농공단지 안에서 법인을 설립하는 경우에는 법인 설립등기일

2. 공장을 농공단지 안으로 이전하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제11조 의 규정에 의한 사업자등록증재교부일

3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 부가가치세법 시행령 제7조 에 의한 사업자등록증교부일』로 한다고 규정하고 있다.

○ 1994년 1월 1일 시행부칙(1993.12.31. 법률 제4666호 전면개정) 제13조 【세액감면에 관한 경과조치】 제1항에서『이 법 시행당시 종전의 제15조 ‧ 제15조의 3 ‧ 제40조의 4 ‧ 제40조의 5 제1항 ‧ 제40조의 7 및 제4조의 3의 규정에 의한 세액감면을 적용받던 자에 대하여는 종전의 동 각조의 규정에 의한다.』라고 규정하고 있고, 제3항에서『이 법 시행당시 종전의 제40조의 4의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자로서 1995년 12월 31일까지 농공단지에 입주하는 경우에는 제50조의 개정규정에 불구하고 종전의 제40조의 4의 규정에 의한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제15조 【창업중소기업에 대한 조세특례】 제1항에서『 중소기업창업지원법 제25조 제1항 의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세 전액을, 그 다음 2년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제46조 【지방이전중소기업에 대한 세액감면】 제1항에서는『수도권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 먼저, 쟁점매입 상당 금액의 원자재 등을 실제로 매입하여 쟁점사업의 제조공정에 투입된 것으로 보아 필요경비에 산입할 수 있는지에 대하여 살펴본다. 납세의무자가 신고한 비용 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의하여 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 판명된 경우 그 비용이 실제로 지출된 비용인지의 여부에 대하여는 납세의무자 측에서 이를 입증하여야 하는 것(같은 뜻: 대법원96누8192 1997. 9.26.外 多數)인 바, 청구인은 허위 세금계산서를 수취한 쟁점매입 상당 금액을 실제로 매입하였다고 주장하나 그 품목이나 수량 ‧ 매입처와 대금결제 및 사용내역 등에 관한 증빙서류를 전혀 제시하지 못하고 있으므로 청구주장 인정할 수 없다 할 것이다.

2. 다음으로, 청구인이 이 건 종합소득세 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없을 뿐만 아니라 장부의 중요한 부분이 미비이고 허위인 경우에 해당되어 소득금액을 추계조사 결정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 종합소득세 과세표준 및 세액의 신고시 제출한 대차대조표 ‧ 손익계산서 ‧ 제조원가명세서에 의하면 쟁점사업의 1997년 귀속 매출액은 1,094,489, 211원, 매출원가(제품제조원가)는 926,338,331원, 재료비는 785,861,063원(당기재료매입액 779,611,863원)인데 쟁점매입 금액은 제조원가의 대부분 (94.8%)을 차지하는 재료비의 59.4% 임이 확인된다. 둘째, 쟁점사업 및 유사업종[표준소득률코드: 252909(기타플라스틱일반성형제품제조업, 사업자등록증상 쟁점사업의 업종), 252200(플라스틱 발포성형제품제조업), 252301(강화플라스틱성형제품제조업)]의 당해연도 표준소득률(기본일반률)은 5.7% ~9.3%, 업종별 평균 부가가치율은 27.29%~33.48%이나 쟁점매입 금액을 필요경비 불산입함으로 인하여 다음과 같이 쟁점사업의 결정소득률은 42.66%로서 4~7배 이상, 부가가치율은 67.01%로서 2배 이상 초과됨을 알 수 있다. o 종합소득세 신고 및 결정내역(비율은 총수입금액 대비 소득금액) 총수입금액 신고 결정 매입금액 비율 매입금액 비율 1,094,489,211원 34,620,179 3.16 466,944,049 42.66 o 부가가치세 신고 및 결정내역(비율은 부가가치율) 매출금액 신고 결정 매입금액 비율 매입금액 비율 66매 1,094,489,211원 96매 828,175,217 24.33 65매 361,054,217 67.01 셋째, ○○화학 ○○영업소와 청구인 사이에 이루어진 PP 발포제품 개발 협의 건에 대한 회의록(99. 9.14., 99.10. 4.)과 원가계산서상 제품 Rear Side Gate(340㎜ × 5,000㎜)를 생산하는데 동력비 ‧ 감가상각비 ‧ 加工 勞務費가 동일하다고 가정할 경우 원부재료비의 비율은 다음과 같이 매출액 대비 평균 63.67%, 제조원가 대비 76.40%임을 알 수 있으나, 쟁점매입 금액을 가공원가로 보아 필요경비에서 부인하면 당해 과세연도에 쟁점사업에서 재료비가 차지하는 비율은 매출은 매출액 대비 29.1%, 제조원가 대비 34.4%에 불과한 것으로 보인다. 원재료 사용 구분 재료비 총제조원가 판매가액 (이윤 20%) 원재료비의 비율 판매가액 대비 총제조원가 대 비 신재료만 사용 26,684.32 33,718.81 40,462.57 65.95 79.14 신재료와 폐재료 50%씩 사용 23,071.78 30,106.20 36,127.20 63.86 76.63 폐재료만 사용 19,435.52 26,470.01 31,764.01 61.19 73.42 넷째, 제조업인 당해 업체의 가장 기초적이고 근본적이며 중요한 사업관련 과세자료라고 할 수 있는 원재료 및 제품매출 계정 장부에 의하여 다음과 같이 월별 매출액 대비 재료비를 비교 분석하여 보면, 매출액은 매월 일정금액 이상이 발생되고 있으나 2월과 3월에는 원재료의 매입이나 투입이 전혀 없는 것으로 나타나는 등 매입 ‧ 매출이 상호 부합 하지 않음을 알 수 있는 바, 이는 청구인이 당초 부가가치세 신고시 제출한 96매의 매입세금계산서 중 다수인 31매에 이르는 쟁점매입 세금계산서와 같은 허위의 세금계산서 등에 맞추어 허위로 장부를 작성한 것일 뿐 그때 그때의 매입수량과 금액을 사실에 입각하여 기장한 것이 아닌 것으로 보여지고 원재료수불부 및 이에 대한 거래명세서 등도 미비한 것으로 확인된다. 월 별 매출액 (I) 재 료 비 비율 (II / I) 당초기장① 가공매입②

① -②(II) 전년이월

• 6,249,200

• 6,249,200

• 1 53,198,629 20,520,000

② 16,720,000 3,800,000 18.8 (이월포함) 2 39,629,402 30,550,000

② 30,550,000 0 0 3 11,665,482 22,910,000

② 22,910,000 0 0 4 18,750,000 37,266,400

① 18,700,000 18,566,400 99.0 5 49,800,000 36,414,440

① 23,275,000 13,139,400 26.3 6 18,750,000 5,200,000

① 4,800,000 400,000 2.1 7 37,789,427 87,052,000

⑤ 70,566,000 16,486,000 43.6 8 61,490,450 54,144,000

③ 39,529,000 14,615,000 23.7 9 164,587,800 49,343,000

④ 40,065,000 9,278,000 5.6 10 134,435,021 211,335,077

④ 83,383,000 127,952,077 95.1 11 298,770,800 150,598,946

③ 67,770,000 82,828,946 27.7 12 205,622,200 74,278,000

③ 8,853,000 25,425,000 12.3 계 1,094,489,211 785,861,063 31매 467,121,000 318,740,063 29.1 법령에 의하면 종합소득세 과세표준 및 세액의 경정결정시 소득금액은 제장부 및 증빙서류를 근거로 실지조사에 의하여 결정하는 것이 원칙이나 PP 및 PE 등의 플라스틱 원료 및 폐자원(피티병 등 폐비닐)재생원료를 화공약품과 혼합하여 건설 거푸집 및 철도차량 내장재용 합성수지합판(나무합판대용)을 제조하여 판매하는 쟁점사업의 경우, 당초 청구인이 신고한 제품제조원가의 대부분(84.8%)을 차지하는 재료비의 59.4%에 이르는 쟁점매입 금액을 필요경비불산입함으로 인하여 쟁점사업의 결정소득률이 표준소득률의 4~7배 이상, 부가가치율이 업종별 평균부가가치율의 2배 이상을 초과하고 일반적으로 쟁점사업에 원부재료비가 차지하는 평균비율의 50%에도 미치지 못하는 것으로 나타나는 사실 등에 비추어 볼 때, 이 건 당해 과세연도에 발생된 총제조원가중 상당부분이 기장 누락되었다 할 것이고 쟁점매입 금액 상당의 물품을 제외하면 당해연도에 발생한 매출제품의 제조가 이루어질 수 없다 할 것이며 쟁점사업 필요경비의 대부분을 차지하는 제조원가에 대한 장부 및 증빙서류도 미비하고 사실과 달리 허위로 기장된 것으로 보여지는 바, 청구인이 비치 기장한 매출 ‧ 매입장부는 근거과세방법에 의한 과세서류로서 그 신뢰성이 없다 할 것이며, 청구법인이 비치 ‧ 기장한 장부는 소득금액을 계산함에 있어서 중대한 부분이 미비이고 허위인 경우로서 법령에 의한 추계결정사유에 해당한다 할 것이고, 청구인이 달리 사실대로 기장한 장부나 증빙서류를 구비하고 있지 못하고 장부 기타 증빙서류를 근거로 실지조사방법에 의한 추계조사방법으로 과세할 수밖에 없는 것으로 판단(같은 뜻: 심사 소득 98-732 1999. 3.12., 국심95부1632 1999. 2. 1., 대법원84누584 1986. 6.24.外)된다.

3. 조세감면규제법상 농공단지 입주기법에 대한 조세특례 규정을 적용할 수 있는지에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 농어촌소득원개발촉진법 제10조 의 규정에 의거 시장 또는 군수로부터 사업계획을 승인을 받은 사실이 없다 하여 동 감면을 적용하지 아니하였으나, 청구인은 당초 ○○시 ○○구 ○○동에서 제조업을 영위하다가 ○○도에서 농어촌발전촉진법에 의거 농외소득증대사업의 일환으로 조성하여 1990. 1. 9. 지정한 ○○시 ○○농공단지에 199012.30. 사업계획승인 등의 제반절차를 거쳐 입주한 후 현재까지 제조업을 영위하고 있음이 ○○시의 공문(○○55145-2927 1999.11.25., ○○55145-531 2000. 3.20.)에 의하여 확인되므로 농공단지 입주기업에 대한 조세특례 규정을 적용함이 타당한 것으로 판단된다. 다만, 청구인은 조세감면규제법상 농공단지입주기업에 대한 조세특례 규정을 적용함에 있어서 감면기준일이 되는 일주일을 사실상 사업개시일인 1995. 6.30로 보아 사업개시일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 3년 내에 종료하는 과세연도에 해당하는 이건 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 전액을 감면하여야 한다고 주장하나 법령상 입주일은 사업자등록증 교부일로 보도록 규정(같은 뜻: 국심97구108 1997. 3.26., 대법원97누4647 1997.10.14.外 多數)되어 있는 바, 청구인은 1992. 7.22. ○○농공단지 내를 사업장으로 사업자등록증을 교부받아 사업자등록증 교부일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 전액, 그 다음 2년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면함이 타당하다 할 것이므로 이 건 종합소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 할 것이고, 당초 경정결정 시 적용된 지방이전중소기업에 대한 세액감면은 중복적용이 불가능 하므로 배제하여야 할 것(조세감면 규제법 제117조【중복지원의 배제】제6항)이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.