교회를 법인으로 보아 이자소득 원천납부세액을 환급할 수 있는지의 여부

○○세무서장이 99. 5. 4. 환급거부통지한 대한예수교 장로회 ○○교회의 98사업년도 법인세 과세표준 및 세액 신고서상 환급세액 22.857.090원은 대한예수교 장로회 ○○교회를 비영리 내국법인으로 보아 이를 경정합니다.

대한예수교 장로회 ○○교회(이하 “청구교회”라 한다.)는 99. 3. 30. 98.1~12사업년도의 법인세 과세표준 및 세액을 외부조정에 의하여 신고하면서 이자소득 수입금액 112,111,402원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 이자소득에 대한 원천납부세액 22,857,090원의 환급을 신청한 사실이 있다. 처분청은 이자소득에 대한 원천징수 당시인 98. 6. 29. 및 98. 12. 28. 소득자인 청구교회에 법인 아닌 단체의 납세번호(000-00-00000)가 부여되어 있었으며 이후 99. 3. 25. 법인으로 보는 단체의 고유번호(000-00-00000)로 정정 교부되었으므로 99. 5. 4. 법인세 과세표준 및 세액의 신고에 의한 환급을 거부하는 통지를 하였다. 청구교회는 이에 불복하여 99. 5. 19. 심사청구하였다.

청구교회는 당초 95. 10. 21. 법인으로 보는 단체로 신청하였으나 처분청이 이를 인정할 수 없다 하여 법인 아닌 단체의 납세번호를 부여하였다가 99.3.25. 법인으로 보는 단체의 고유번호로 정정하여 교부하였는 바, 동일한 실체에 대한 것인데도 착오로 교부된 납세번호로 원천징수되었다 하여 환급을 거부한 처분은 실질과세 원칙에 위배되므로 부당하다.

청구교회는 당초 법인 아닌 단체의 납세번호 신청서에 의하여 신청하였음이 확인되고, 청구교회는 승인을 얻어야 법인으로 인정받을 수 있는 단체에 해당되므로 동일한 실체라 하더라도 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 원천징수된 세액은 환급할 수 없다.

• 가. 쟁점 법인 아닌 단체의 납세번호가 부여된 법인격 없는 단체인 교회를 법인으로 보아 이자소득 원천납부세액을 환급할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 제1항에서는 『법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것』으로 규정하고, 제2항에서는 『제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지아니할 것』이라고 규정하고 있으며 구 법인세법 제1조 【납세의무】 제2항에서는 『 국세기본법 제13조 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체는 비영리내국법인으로 보고 이 법을 적용한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 청구교회는 82. 6. 29. 허가ㆍ설립된 재단법인 대한예수교 장로회 총회(합동측) 유지재단 산하 ○○노회 소속임을 법인등기부등본ㆍ법인설립허가증(문화관광부장관)ㆍ정관(81.11.)ㆍ소속증명서(95.10.11. 98.11.19.)에 의하여 알 수 있고 청구교회는 부동산등기법 등에 의하여 ○○시에 00000-00000호로 등록되어 있으며 98.12.31.현재 예금 737,052,654원 및 25,142,90원의 기타 자산을 보유하고 있고 청구교회가 있는 대지 119.9평도 80년 3월 청구 교회 명의로 등재되었음이 등록번호등록증명서ㆍ대차대조표ㆍ통장 사본 및 등기부등본에 의하여 확인된다. 교회조직표ㆍ당회록(95.10.1.ㆍ96.12.15.ㆍ96.9.22.ㆍ99.6.20.)ㆍ수입지출결산서(95ㆍ97ㆍ98ㆍ99년)ㆍ대한예수교 장로회 헌법에 의하면 청구교회는 의사결정기구인 당회ㆍ공동의회ㆍ교역자외ㆍ제직회등이 구성되어 독립적으로 청구교회가 소유하고 있는 기본재산등을 관리ㆍ사용하고 있으며 회계처리등 모든 운영을 하고 있는 독립된 교회임을 알 수 있다. 사업자등록증명원(97.6.18.) 및 고유번호증(99.3.25.)에 의하면 청구교회에 95. 10. 21. 법인 아닌 단체의 납세번호(000-00-00000)가 부여되었다가 99. 3. 3. 청구교회가 고유번호 정정을 요청하여 99. 3. 25. 법인으로 보는 단체의 고유번호(000-00-00000)로 정정하여 교부되었음이 확인되고

○○은행 ○○지점 발행 원천징수영수증에 의하면 97. 12. 31. 청구교회 명의로 개설된 신종적립신탁(계좌번호: 000-00-0000-000)의 이자 112,111,402원에 대하여 98. 6. 29. 및 98. 12. 28. 22,857,090원의 세액이 원천징수되었음을 알 수 있다.

(2) 판단 당초 95. 10. 21. 청구교회가 부여받은 법인 아닌 단체의 납세번호로 98. 6. 29. 및 98. 12. 28. 이건 원천징수가 이루어진 것은 사실이나 실질내용을 살펴보면, 청구교회는 주무관청의 허가 등을 받아 설립된 단체는 아니나 주무관청의 허가를 받아 설립된 재단법인 대한예수교 장로회 총회(합동측) 유지재단 소속 개별교회로서 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있고 그 재산의 관리ㆍ사용 및 회계처리등 모든 운영이 독립적으로 이루어지므로 국세기본법 제13조 제1항 제1ㆍ2호의 규정에 의하여 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 법인으로 보는 단체에 해당된다 할 것이며 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 반드시 승인을 얻어야 법인으로 인정받을 수 있는 단체는 아니라 할 것이므로 청구교회를 비영리 내국법인으로 보아 세법을 적용함이 타당하다 할 것(심사 법인98-173 98.8.14. 징세46101-703 98.3.25. 법인46012-1510 99.4.22外)이다. 그러므로, 처분청은 청구교회가 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 이내에 제출한 법인세 과세표준 및 세액 신곳의 내용이 정당한지의 여부를 검토하여 국세기본법 제51조 제5항 및 제52조 제6호의 규정에 의하여 국세환급금을 결정하여야 할 것인데도 법인 아닌 단체의 납세번호로 원천징수되었다하여 환급을 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1하 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.