부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세함에 있어서 적정임대료를 개별공시지가의 5%로 산정한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.01.04. 결정고지한 1993~1997년 귀속 종합소득세 645,832,500원과 ○○세무서장이 1999.01.07. 결정고지한 1993년 2기~1998년 1기 부가가치세 23,889,470원의 부과처분은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 2,022.8㎡에 대한 1993년~1998년도의 적정임대료를 재조사하여 산정하고, 종합소득세 소득금액 경정결정시 과세특례 적용 사업장의 부가가치세 고지세액 중 가산세를 제외한 금액은 필요경비로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

처분청은 청구인에 대한 1996년 귀속 종합소득세 실지조사 결과 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 2,022.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)를 특수관계법인인 청구외 ○○운수(주)에 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 개별공시지가로 계산한 쟁점토지 가액의 5%를 적정임대료로 산정하여 [붙임1]의 임대료 내역 및 고지세액 명세와 같이 청구인이 당초 신고한 금액과의 차액에 대하여 1999.01.04. 1993년~1997년 귀속 종합소득세 645,832,500원을 결정고지하고 1999.01.07. 1993년 2기~1998년 1기 부가가치세 23,889,470원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.04.03. 심사청구하였다.

청구인은 1967.07.26. 취득한 쟁점토지를 1990년부터 청구외 ○○운수(주)에게 임대함에 있어서 이전에 제3자에게 임대하던 가격으로 임대차계약을 체결한 후 현재까지 인접 지역의 정상적인 거래에 의하여 이루어지는 임대료로 임대하여 인근 유사 토지의 임대료와 비교하여 볼 때 부당하게 낮지 않은데도 쟁점토지 인근 유사토지의 임대실례를 전혀 조사하지 하고 단지 특수관계자라는 사유만으로 저가 임대한 것으로 보아 개별공시지가로 계산한 쟁점토지 가액의 5%를 적정임대료로 산정하여 과세한 처분은 쟁점토지의 개별적 특수성등을 고려하지 않은 합리성ㆍ타당성이 결여된 처분이므로 부당하고, 청구인에 대한 종합소득세 실지조사 결과 종합소득세 과세표준 및 세액의 경정결정시 과세특례가 적용되는 사업장에 대한 부가가치세 고지세액 중 가산세를 제외한 금액을 필요경비로 공제하여야 한다.

청구인이 제시한 임대사례는 입증서류가 첨부되지 않은 불확실한 탐문사항으로서 그 임대료도 사회통념이나 상관행에 비추어볼 때 현저히 낮으므로 개별공시지가로 계산한 쟁점토지 가액의 5%를 적정임대료로 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계 있는 자에게 토지틀 저가 임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세함에 있어서 적정임대료를 개별공시지가의 5%로 산정한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제41조 【부당행위계산】 제1항에서 『납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 부동산 임대소득ㆍ사업소득ㆍ일시재산소득ㆍ기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제98조 제2항 제2호에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”로 “특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율등으로 대부하거나 제공한 때”를 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법령에 의하면 특수관계자에게 토지를 낮은 요율로 제공하는 경우에는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당되므로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 적정임대료와의 차액을 소득금액에 합산하여 과세하는 것인바, 청구인은 청구외 ○○운수(주)의 출자자인 과점주주들중 1인으로서 특수관계자에 해당되고 이에 대하여는 서로 다툼이 없으므로 적정임대료를 개별공시지가의 5%로 산정하여 과세한 처분이 정당한지에 대하여 살펴본다. 토지대장ㆍ건축물대장ㆍ○○구의 자동차운송사업계획변경(차고지 인증)인가처리통지 공문(교행91121-7, 1996.01.04.)에 의하면 ○○운수(주)는 청구인 소유인 쟁점토지를 임차하여 1990.09.20. 그 일부(쟁점토지 총면적 중 20여%)에 건물을 신축[지하1층~지하4층 연면적 1,908.48㎡(1층 면적 388.08㎡), 세차장 12.0㎡)한 후 일부(555.8㎡)는 직접 사용하고 나머지는 임대하고 있으며 쟁점토지 중 나머지 면적을 차고지로 사용하고 있음을 알 수 있다. 특수관계자에게 토지를 임대하는 경우 적정임대료는 원칙적으로 특수관계 없는 자간에 유사조건의 토지를 임대차할 때 건전한 사회통념 내지 상관행에 의하여 형성되는 임대료로 산정하는 것으로서, 임대실례가 없는 경우에는 토지의 지목ㆍ위치ㆍ주위환경ㆍ이용상황ㆍ사용범위등 당해 토지의 개별적인 제반요인을 감안한 적정거래가능가격을 조사하여 합리적으로 산정하는 것(같은뜻: 소득46011-4043 1998.12.23. 심사종소98-146 1998.06.12. 국심97서2260 1997.12.13.외)이며, 인근의 유사한 부동산의 임대실례가액등 비교가능한 방법이 없는 경우 제한적으로 국유재산법에 의한 국유재산 사용료율 및 시중은행의 금리수준을 고려하여 개별공시지가로 계산한 부동산 가액에 연간 기대수익률 5%를 적용하여 산정할 수 있는 것(같은뜻: 심사종소98-164 1998.06.12. 국심97서1918 1998.02.13. 대법원 91누7637 1992.01.21.외)인바, 처분청은 쟁점토지와 비교가능한 주변 시세등이 없으므로 국유재산법에서 규정하고 있는 임대요율을 적용하여 적정임대료를 산정하였다고 하나, 청구인이 쟁점토지와 유사한 임대실례라며 제시한 쟁점토지 인근 나대지 임대사례 현황(5건)과 택시운송사업자의 차고지등 임대차 현황분석표(4건)에 의하면 쟁점토지와 같은 지역에 임대물건의 종류ㆍ이용상황등이 유사한 다수의 사례가 있는 것으로 확인되는데도 청구인이 제시한 쟁점토지 인근 나대지 임대사례 및 차고지 임대현황에 대하여도 전혀 확인이 없었을 뿐만 아니라 처분청이 당초 비교가능한 인근지역 유사토지의 임대사례에 대하여 전혀 사실조사를 하지 않고 유사 임대사례가 없는 것으로 보아 국유재산법의 규정을 준용하여 개별공시지가의 5%를 적정임대료로 과세한 처분은 잘못이라 할 것이다. 또한, 처분청은 쟁점토지의 일부에 신축된 건물의 임대료를 시가표준액 및 장부가액에 따라 안분계산한 토지 부분의 임대료가 국유재산가액의 5%를 초과하므로 이보다 낮은 가액으로 적정임대료를 산정한 처분은 타당하다고 하나 건물의 임대료를 토지 및 건물의 과세시가표준액이나 장부가액으로 안분계산하여 토지의 적정임대료를 계산하는 것은 토지의 임대료와 그 지상건물에 대한 임대료가 반드시 정비례하는 것이 아니어서 그 토지위에 건축된 건물의 임대료 총액이 그 토지 임대료의 기준이 된다고 볼 합리적인 근거가 없고, 건물의 시가표준액은 그 위치 뿐만 아니라 그 건물의 총면적이나 구조등에 의하여도 상당한 영향을 받는 것임에도 토지 자체와는 관계가 없는 건물 자체의 요인에 의하여 영향을 받는 건물시가표준액까지 토지 임대료 산정의 기초로 삼게되어 부당하다 할 것이며, 건물과 토지를 포함한 임대료와 토지만의 임대료는 차이가 있어 비교대상으로 볼 수 없으므로 이에 따라 적정임대료를 산정할 수는 없다 할 것(같은뜻: 국심97서1918 1998.02.13.외)이다. 한편, 청구인이 제시한 택시운송사업자의 차고지등 임대차현황 분석표 및 쟁점토지 인근 나대지 임대사례에 대하여 당심에서 관할 세무서 및 관련 임차인등에게 확인해 본바에 의하면 일부(2건)는 특수관계에 있는 자간의 임대차사례로서 쟁점토지와 비교가능한 유사 임대실례로 볼 수 없다 할 것이나 쟁점토지와 같은 지역내에 있는 나대지의 임대사례를 보면 그 위치ㆍ주위환경ㆍ사용범위등은 불분명하나 이용상황ㆍ용도가 주차장ㆍ세차장ㆍ하치장ㆍ정비소로서 나대지로 임대한 것은 쟁점토지와 유사하다 할 것이며, 차고지의 임대사례를 보면 위치만 쟁점토지와 다른 지역(○○구 ○○구ㆍ○○구ㆍ○○구)에 있을뿐 사용용도나 현황은 쟁점토지와 거의 동일하다 할 것인바, [붙임2], [붙임3]의 나대지 및 차고지의 임대사례 확인내역표와 같이 다른 토지들은 쟁점토지보다 개별공시지가가 현저히 낮은데도 지상 건물을 포함한 ㎡당 임대료가 전부 개별공시지가 대비 4% 이하이고, 부가가치세 신고수입금액도 청구인이 신고한 수입금액이 다른 토지들의 임대수입금액보다 오히려 더 많아 개별공시지가의 5%로 산정한 적정임대료가 과다하여 부당하다는 청구주장 신빙성이 있으므로 이건 청구인이 제시한 임대사례를 포함한 쟁점토지 인근지역 소재 토지와 유사 토지의 임대료 상당액 및 부가가치세 신고 수입금액 등을 재조사하여 이를 기준으로 쟁점토지의 연도별적정임대료를 산정함이 타당한 것으로 판단된다. (2) 소득세법 기본통칙 33-25 【부가가치세에 대한 필요경비의 취급】(구3-10-4...48)에 의하면 과세특례자인 사업자가 물품을 판매하거나 또는 용역을 제공함으로 인하여 부가가치세법의 규정에 따라 납부한 부가가치세는 필요경비로 공제하도록 규정(같은뜻: 소득46011-687 1997.03.07, 1264-1505 1994.05.02.)되어 있으므로 과세특례 적용 사업장 중 종합소득세 소득금액이 추계조사결정된 과세연도를 제외한 과세연도[① 쟁점토지 임대(사업자등록번호: 000-00-00000): 1995년~1997년, ② ○○주차장(000-00-00000): 1996년(2기)~1997년]는 종합소득세 소득금액 결정시 이건 부가가치세 고지세액 중 가산세를 제외한 금액을 필요경비로 공제함이 타당하다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.