종합부동산세 합산배제 대상 해당 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2001.7.26. 설립되어 서울 A에서 건설업을 주업종으로, 부동산임대업을 부업종으로 영위하는 법인사업자이다.
• 나. 청구법인은 서울 B소재 단독주택(이하 “쟁점 단독주택”이라 한다), 서울 C 소재 다세대주택 8세대(이하 “쟁점 다세대주택”이라 하고 쟁점 단독주택과 합하여 “쟁점주택들”이라 한다) 등 부동산을 보유하고 있다.
• 다. 청구법인은 2012.4.18. 쟁점 다세대주택 중 6세대를 단기임대주택으로 하여 임대사업자로 등록하고 임대하던 중 2021.2.5. 임대의무기간 경과로 등록이 자동말소되었고, 2018.1.8. 쟁점 단독주택과 쟁점 다세대주택 중 나머지 2세대를 단기임대주택으로 추가등록하고 임대하던 중 2022.1.8. 임대의무기간 경과로 등록이 자동말소되었다.
• 라. 서울 B구와 C구는 2017.11.10. 조정대상지역으로 지정되었다가 2023.1.5. 해제되었고, 청구법인은 2022.5.3. 쟁점주택들을 장기일반민간임대주택으로 재등록하였다.
• 마. 처분청은 청구법인이 쟁점 다세대주택 중 6세대에 대해 임대사업자로서의 지위를 상실하여 2021년 과세연도 종합부동산세 합산배제 요건을 미충족하였다고 보는 한편, 쟁점주택들을 조정대상지역 지정공고일이 지난 후 임대사업자등록 신청하여 2022년 과세연도 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다고 보아 청구법인에게 2021년 과세연도 종합부동산세 70,063,632원, 2022년 과세연도 종합부동산세 78,486,373원, 합계 148,550,005원을 경정･고지하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점주택들은 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다. 1) 청구법인은 2012.4.18. 쟁점 다세대주택 중 6세대에 대하여 관할구청에 임대사업자로 등록하고 현재까지 임대에 공하고 있다. 최초 관할구청에 임대사업자로 등록 시 임대기간을 4년으로 하였고, 등록일 이후 2018.1.8.부터 2022.1.8.까지 단기 4년으로 변경하였으며, 특별한 사정변경 없이 임대사업자등록을 유지하고 임대하던 중 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제6조제5항에 따라 단기임대(4년)가 폐지되고 장기임대(10년)가 신설되면서 관할구청이 2021.2.5. 직권으로 등록을 말소하였다. 2) 청구법인은 위와 같이 직권말소 사실을 알지 못하던 차에 우연한 기회로 직권말소 사실을 인지하고 관할구청에 이의를 제기하였으나 법령에 따른 직권말소는 사업자에게 통지의무가 없다고 하여 2022.5.3. 임대기간을 10년으로 한 장기민간임대사업자로 변경등록하였다. 3) 청구법인은 민간임대주택법상 임대의무기간 경과 후 임대사업자로서 청구일 현재도 계속 쟁점 다세대주택을 임대에 공하고 있다. 국세청 해석례(서면-2023-부동산-2171, 2024.6.17.)에 따르면 2018.3.31. 이전에 임대사업자등록과 주택임대사업자등록을 한 주택의 경우 과세기준일 현재 민간임대주택법 제2조제7호 에 따른 임대사업자의 지위에서 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제2호 각목에 따른 요건을 갖추어 계속 임대하고 있는 경우에는 민간임대주택법 제43조 에 따른 임대의무기간이 경과하였는지 여부에 관계없이 합산배제 임대주택에 해당한다. 따라서 처분청이 쟁점 다세대주택 중 6세대에 대해 합산하여 2021년 과세연도 종합부동산세를 과세한 처분은 부당하다. 4) 또한 청구법인은 2018.1.8. 관할구청에 쟁점주택들을 단기임대(4년)으로 변경등록하였고 2022.1.10. 직권말소 및 폐업처리가 되어 2022.5.30. 다시 장기민간임대(10년)로 재등록하였으며, 현재까지 임대업을 영위하고 있다. 2022년 과세연도 종합부동산세 과세기준일 현재 관할구청에 임대사업자로 등록이 되어 있음에도 불구하고 쟁점주택들을 합산대상으로 분류하여 종합부동산세를 과세한 처분은 실질과세 원칙에도 부합하지 아니한다.

• 가. 쟁점주택들은 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 아니한다. 1) 청구법인은 2012.4.18. 쟁점 다세대주택 중 6세대를 ‘매입임대주택(매입)’으로 하여 최초로 주택임대사업자등록을 하였고 2018.1.8. 쟁점 단독주택과 쟁점 다세대주택 중 나머지 2세대를 ‘단기임대주택(매입)’으로 추가등록하였다. 2) 쟁점 다세대주택 중 6세대는 민간임대주택법 제6조제5항 에 따라 임대의무기간 경과로 2021.2.5. 임대사업자등록이 자동말소되었고, 그에 따라 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 의 합산배제 요건인 ‘ 민간임대주택법 제2조제7호 에 따른 임대사업자’로서의 지위를 상실하여 합산배제 임대주택 요건을 미충족하게 되었다. 따라서 쟁점 다세대주택 중 6세대를 합산배제 대상에서 제외하여 과세한 2021년 과세연도 종합부동산세 부과처분은 적법하다. 3) 또한 쟁점 단독주택과 쟁점 다세대주택 중 나머지 2세대는 임대의무기간 경과로 2022.1.8. 임대사업자등록이 자동말소되었고 청구법인은 조정대상지역 지정 공고일(2020.6.17. 현재 이미 공고가 된 지역의 경우 2020.6.17.) 이후인 2022.5.3.에야 쟁점주택들에 대해 ‘장기일반민간임대주택10년(매입)’으로 임대사업자등록을 신규로 재등록하였다. 4) 법인이 조정대상지역 공고일 이후에 임대사업자등록을 한 경우 ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조제1항제8호 단서조항인 제외요건 나목 2)에 해당하여 해당 물건은 합산배제에서 제외하므로 조정대상지역으로 지정된 기간에 쟁점주택들에 대해 합산배제 대상에서 제외하여 과세한 2022년 과세연도 종합부동산세 부과처분은 적법하다.

쟁점주택들은 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】(2022.12.31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 1-1) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】(2023.2.28. 대통령령 제33266호로 개정되기 전의 것)

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지, 제5호부터제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 민간임대주택에 관한 특별법제2조제3호에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 공공주택 특별법제49조제4항에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법제2조제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

• 나. 제외되는 주택

2. 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 민간임대주택에 관한 특별법제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 2) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 (2023.3.28. 법률 제19313호로 개정되기 전의 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(주택법제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. "임대사업자"란 공공주택 특별법제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 2-1) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 3) 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【임대사업자 등록의 말소】

⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

1) 기초사실관계 가) 일자별 사건흐름 요약 나) 청구법인이 보유하고 있는 임대부동산 현황은 아래와 같다. 다) 국세청 대내포털시스템에서 조회한 종합부동산세 경정결의서에 따르면 처분청은 2021년 과세연도 종합부동산세 과세대상에 쟁점 다세대주택 중 6세대를 추가하고, 2022년 과세연도 종합부동산세 과세대상에 쟁점주택들을 추가하여 청구법인에게 2021년 과세연도 종합부동산세 70,063,632원, 2022년 과세연도 종합부동산세 78,486,373원, 합계 148,550,005원(농어촌특별세 포함)을 경정･고지한 것으로 나타난다. 2) 임대사업자등록 관련 사항 가) 청구법인이 제출한 임대사업자 등록증(등록번호 생략)에 따르면 청구법인은 2012.4.18. 쟁점 다세대주택 D호 등 6세대에 대해 ‘매입임대주택(매입)’으로 등록하였고, 2018.1.8. 쟁점 단독주택과 쟁점 다세대주택 E호 등 2세대에 대해 ‘단기임대’로 추가등록한 것으로 나타난다. 나) 또한 2021.2.5. 쟁점 다세대주택 D호 등 6세대는 ‘ 민간임대주택법 제6조제5항 에 의거한 자동말소’를 사유로 임대사업자등록이 말소되었고, 2022.1.10. ‘전체말소를 통한 폐업처리(자동말소)’로 등록사항이 변경된 것으로 나타난다. 다) 한편, 청구법인이 제출한 임대사업자 등록증(등록번호 생략)에 따르면 최초등록일은 2022.5.3.이고 청구법인은 쟁점 단독주택(18개실)과 쟁점 다세대주택(8세대)에 대해 ‘장기일반민간임대주택(10년)’으로 등록한 것으로 나타난다. 3) 조정대상지역 지정 관련 사항 가) 국토교통부공고 제2017-1305호에 따르면 서울특별시 전역 25개구가 조정대상지역 예정지로 지정된 사실이 2017.9.6. 공고되었고, 주택법(2017.8.9. 법률 제14866호로 개정된 것) 시행일인 2017.11.10.에 지정된 것으로 보는 것으로 나타난다. 나) 국토교통부공고 제2023-2호에 따르면 서울특별시 전역 25개구 중 B구와 C구를 포함한 21개구가 2023.1.5. 조정대상지역 지정 해제된 것으로 나타난다. 4) 종합부동산세법 개정 관련 사항 가) 정부가 관계부처합동으로 2020.7.10. 발표한 ‘주택시장 안정 보완대책’에 따르면 등록임대사업제 제도 보완 사항으로 ‘폐지되는 단기 및 아파트 장기 일반 매입임대로 등록한 기존 주택은 임대의무기간 경과 즉시 자동 등록말소되도록 하고, 임대의무기간 종료 전에도 자진말소 희망 시 공적의무를 준수한 적법사업자에 한해 자발적인 등록말소를 허용하되, 기 등록주택은 등록말소 시점까지 세제혜택에 대해 유지’하는 것으로 나타난다. 나) 2021년 개정세법 해설에 따르면 종합부동산세 시행령제3조제1항이 개정되면서 법인이 조정대상지역 공고일(기 공고된 경우 2020.6.17.)이 지난 후 사업자등록등을 신청한 조정대상지역의 장기일반민간임대주택이 합산배제 제외대상에 추가되었고 개정사항은 2020.8.7. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되며 그 개정취지는 법인에 대한 보유세 강화에 있는 것으로 나타난다.

1) 관련 법리 가) ｢종합부동산세법｣ 제8조제2항제1호 는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 은 ‘법 제8조제2항제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 ｢공공주택 특별법｣ 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 또는 ｢법인세법｣ 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지, 제5호부터제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.’라고 규정하고 있으며, 제2호에서 ‘ ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택’으로서 일정한 요건을 갖춘 주택을 들면서 2018.3.31. 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정하여 합산배제하도록 규정하고 있다.

• 나) 또한 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 는 합산배제 임대주택 중 하나로 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목에서 정한 ‘적용요건’을 모두 갖춘 주택을 들면서 나목에서 ‘제외되는 주택’으로 ‘법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택’을 규정하고 있다.
• 다) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조). 2) 쟁점주택들이 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주택들은 종합부동산세 합산배제 대상으로 보이지 않는다. (1) ｢ 종합부동산세법｣ 제8조제2항제1호 및 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 에서는 합산배제 임대주택의 요건으로 민간임대주택법 제2조제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자일 것을 요건으로 하고 있는바, ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 ‘주택임대업 사업자등록을 한 자’라는 요건은 민간임대주택법에 따른 사업자등록을 할 것뿐만 아니라 과세기준일에 사업자등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 포함하는 것으로, 쟁점 다세대주택 중 6세대에 관한 임대사업자등록이 민간임대주택법 제6조제5항 에 따라 2021.2.5. 말소되었고 그 이후 2021년 과세연도 종합부동산세 과세기준일인 2021.6.1. 당시 합산배제 요건을 갖추지 못하였으므로 쟁점 다세대주택 중 6세대는 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다. (2) 또한 쟁점주택들이 소재한 서울시 B구와 C구는 2017.11.10. 조정대상지역으로 지정되어 2023.1.5. 그 지정이 해제되었고, 청구법인은 2020.6.17. 이후인 2022.5.3. 쟁점주택들을 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자등록을 하였으므로 2022년 과세연도 종합부동산세 과세기준일인 2022.6.1. 당시 쟁점주택들은 ‘ 법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택’에 해당하여 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택에 해당한다. (3) 청구법인은 임대의무기간 경과 후에도 쟁점주택들을 계속하여 임대하고 있었으므로 실질과세원칙에 따라 합산배제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 민간임대주택법상 임대사업자로 등록하게 되면 종합부동산세 비과세 등 각종 세제 혜택을 부여받는 대신에, 임대주택의 매각제한, 임대조건의 신고, 임대주택의 관리 등 민간임대주택법상 각종 제한을 받게 되고, 민간임대주택법상의 각종 의무조항을 위반한 경우에는 임대사업자의 등록이 말소될 뿐 아니라 일정한 경우에는 형사처벌까지 받는 것을 예정하고 있는 등 민간임대주택법상 임대사업자로 등록을 하게 되면 관계 법령상의 각종 세제혜택과 규제 를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받는 것이므로(부산지방법원 2014.10.2. 선고 2014구합20248 판결 참조), 설령 청구법인이 임대사업자 등록이 자동말소된 사실을 알지 못하였다고 하더라도 자동말소 시점 이후에는 쟁점주택들에 관하여 유효한 임대사업자 등록이 유지되지 않은 것이라고 볼 수밖에 없어, 단지 청구법인이 임대의무기간 경과 후에도 쟁점주택들을 계속하여 임대하고 있었다는 사정만으로 실질과세원칙이 적용된다고 볼 수 없다. 나) 따라서, 처분청이 쟁점주택들에 대해 종합부동산세 합산배제 대상이 아니라고 보아 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없 는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.