주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례

이 건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2020.1.29. 개업하여 2020.10.15. ｢주택법｣ 제4조 에 따라 주택건설사업자로 등록을 한 주택건설사업자이다.
• 나. 처분청은 지방자치단체로부터 통보받은 과세자료를 근거로 2021년 종합부동산세 과세기준일 현재(2021.6.1.) 청구법인이 소유한 ○○광역시 ○○구 ○○동 일대의 주택 53채(주택분 과세대상 물건)와 같은 곳 일대의 토지 17필지 1,069㎡(종합합산 토지분 과세대상 물건)에 대하여 2021.11.19. 청구법인에게 2021년 과세연도 종합부동산세 000원 및 농어촌특별세 000원 합계 000원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 2021.12.15. 위 종합합산과세대상 토지 17필지에 대하여 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(이하 “쟁점 과세특례”라고도 한다)에 따라 ‘주택신축용토지 합산배제’ 신고를 하였고, 이에 따라 처분청은 위 ○○동 일대의 토지 17필지를 종합합산과세대상 토지에서 제외하여 2021년 과세연도 종합부동산세 000원 및 농어촌특별세 000원 합계 000원을 1차 감액경정하였다.
• 라. 이후 처분청은 2022.3.14. 위 ○○동 일대의 주택 중 ○○동 340-35 외 1필지 소재의 주택은 나대지 및 창고인 것으로 ○○구청에서 감액부과내역을 통보한 내용에 따라 위 2필지 소재의 주택을 주택분 과세대상에서 제외하여 2021년 과세연도 종합부동산세 000원 및 농어촌특별세 000원 합계 000원을 2차 감액경정하였다(당초 결정시 주택분 과세대상 물건 53채 중 2차 감액경정시 주택분 과세대상 물건에서 제외하고 남은 주택 51채를 이하 “쟁점주택”이라고 하고, 2차 감액경정 후 남은 종합부동산세 000원 및 농어촌특별세 000원 합계 000원을 이하 “이 건 부과처분”이라 한다).
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.15. 이의신청을 거쳐 2022.6.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 쟁점주택(부수토지 포함, 이하 같다)을 종합부동산세 과세대상으로 판단하고 청구인에게 이 건 부과처분을 하였는데, 이와 관련하여 ｢종합부동산세법｣(이하 “종부세법”이라 한다)의 입법 목적과 조특법 제104조의19의 적용 여부를 설명하고자 한다.

• 가. 종부세법의 입법 목적 종부세법은 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산 가격을 안정시키려는 데 목적이 있고, 아울러 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 것임을 규정하고 있다(종부세법 제1조). 즉, 종부세법 제1조는 종합부동산세가 고액의 부동산 보유에 대하여 중과세함으로써 국가재정 수요를 충당하는 기능 이외에 부동산의 과도한 보유 및 투기적 수요 등을 억제하여 부동산 가격을 안정시키고자 하는 유도적․형성적 기능을 가진 정책적 조세로서의 성격도 함께 지니고 있음을 밝히고 있다(헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌바112 등 결정).
• 나. 청구법인이 쟁점주택을 소유하게 된 경위 청구법인은 주택건설사업자로 지역주택조합을 설립하여 쟁점주택과 그 주위 토지상에 주택을 건설하는 사업(이하 “지주택사업”이라 한다)을 진행하고 있다. <지역주택조합의 시행절차 개요> 토지물색 → 주택조합추진위원회(가칭) → 주택조합규약 작성 → 주택조합창립 총 회 → 주택조합설립인가 → 추가조합원 모집 → 등록사업자와 협약체결 → 사 업계획승인 → 등록사업자와 공사계약 → 착공신고 → 사용검사 및 입주 → 청산 및 주택조합 해산 지주택사업은 조합원 전원이 공동사업주체가 되어 상대적으로 저렴하게 아파트를 얻을 수 있는 장점이 있는 주택건설사업의 한 형태로 위의 시행절차 개요의 흐름에 따라 사업이 진행된다(국토부 주택조합해설서 참조). 이때 지역주택조합은 ｢주택법｣ 제11조 에 따라 설립을 하게 되는데, 기존의 지역주택사업은 해당 주택건설대지의 80퍼센트 이상에 해당하는 토지사용승인만 받으면 지역주택조합설립인가를 받을 수 있어 토지매입 없이 사업을 원활하게 진행할 수 있었으나, 2020.1.23. ｢주택법｣ 제11조 제2항 제2호 “해당 주택건설대지의 15퍼센트 이상에 해당하는 토지의 소유권을 확보할 것”이라는 규정이 신설되어 지역주택조합인가를 받기 위해서는 필수적으로 해당 주택건설대지를 매입하도록 ｢주택법｣이 개정되었다. 이에 따라 청구법인은 지주택사업을 진행하기 위해서는 지역주택조합설립인가의 요건인 주택건설대지의 15퍼센트 이상에 해당하는 토지를 강제적으로 매입할 수밖에 없었다.
• 다. 조특법 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) 주택건설사업자, 주택조합 등이 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 대하여 종합부동산세를 과세한다면 오히려 일반 국민에게 공급되는 주택의 분양가가 상승하여 위에서 살펴본 바와 같이 종부세법의 부동산 가격안정이라는 입법 목적에 정면으로 반하게 된다. 이러한 불합리함을 시정하기 위하여 조특법은 제104조의19에 주택조합 등에게 주택건설 사업을 위한 토지에 대한 과세특례를 규정하여 종부세법의 입법 목적을 실현하고 있다. 이의신청결정문을 보면 처분청도 “조특법 제104조의19의 입법 취지는, 주택건설사업의 특성상 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보해야 하며 일반적으로 사업계획승인 기간이 3～5년이 소요되며, 과중한 종합부동산세의 부담이 주택가격에 전가되어 분양가격의 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위한 것으로서 쟁점 과세특례는 ｢주택법｣에 따라 주택건설사업자등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합합산과세대상 토지의 과세표준 합산에서 제외하는 것이고”라고 주장한 바 있다. 그렇다면 청구법인이 지주택사업을 위해 매입한 쟁점주택은 조특법 제104조의19 제1항에 해당하여 종부세법에 따른 과세표준 합산의 대상이 되지 않는다.
• 라. 조특법 제104조의19에 주택은 포함되지 않는다고 해석할 경우 대법원 판례(대법원2007두4438, 2008.2.15. 등)에 따르면 “조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 그러나 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있음은 물론이다”라고 판시한 바 있다. 종부세법의 입법 목적과 조특법 제104조의19 취지를 종합적으로 판단한다면 다수의 일반 국민에게 제공되는 지역주택사업의 특성과 쟁점주택 중 주택건물 부분 또한 철거하여 사업토지로 사용하려는 점 등을 고려하면 이를 종부세법상 과세표준에 합산된다고 할 수는 없는 것이다. ｢주택법｣ 제11조 에는 지주택사업을 진행하는 때 사업지의 15% 이상을 매입하게 되어 있는 점, 지주택사업의 특성상 사업지의 토지 위에 철거할 건물들이 존재하는 것이 일반적인 점, 이러한 경우에도 철거할 주택에 종합부동산세를 과세한다면 결국 매년 6%의 종합부동산세를 일반 국민이 부담하게 되어 파괴적인 분양가 상승이 있는 점을 보면 종부세법의 입법 목적인 부동산 가격안정이 아닌 오히려 부동산 가격의 왜곡이 발생하여 입법 목적에 반하는 결론이 된다(건물을 즉시 철거하지 못하는 것은 그 주택을 이용․보유하려는 목적이 아니라 여러 차례 나누어 철거하면 비용이 배가 되어 사업성이 나지 않기 때문이다. 따라서 모든 토지매입 및 사업의 결정이 난 후 한 번에 철거를 해야 안정적인 가격에 주택을 공급할 수 있다). 설령, 조특법 제104조의19의 문언상 토지만 규정하고 있어 조세법률주의상 해당 조문에 주택을 포함할 수 없다는 엄격한 해석을 하더라도 주택가치의 대부분은 토지가치이므로 건물과 토지 가액을 산정하여 토지 부분을 과세표준에서 제외해야 하는 것이 타당하다.

종부세법, 조특법의 부동산 가격안정이라는 입법 목적을 고려하여 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준에서 제외해야 한다. 만약 조세법률주의 원칙상 조특법 제104조의19의 과세표준 합산 제외대상은 토지로 한정한다고 엄격하게 해석하더라도 주택의 대부분 가치는 토지가액이므로 주택가액 중 건물가액만을 과세표준에 산입하고 토지가액은 과세표준에서 제외해야 한다.

• 가. 조특법 제104조의19 입법취지 및 쟁점 과세특례 내용 쟁점 과세특례 조항의 입법 취지는 주택건설사업의 특성상 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보해야 하며 사업계획승인 기간이 3～5년이 소요되는 점을 감안하고, 과중한 종합부동산세의 부담이 주택가격에 전가되어 분양가격의 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위한 것으로서, 쟁점 과세특례는 ｢주택법｣에 따라 주택건설사업자등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합합산과세대상 토지의 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것이다.
• 나. 쟁점주택은 주택분 종합부동산세 과세대상에 포함된다. 1) 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 주택의 공시가격을 합산한 가액이 6억원을 초과하는 자는 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있으며, 주택 중 부속토지만을 소유하는 경우에도 ｢지방세법｣에 의하여 주택분 재산세가 과세되므로 그 공시가격을 합산한 가액이 6억원을 초과하는 자는 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있다(단일세율이 적용되는 법인은 2021년 귀속분부터 기본공제 6억원을 적용하지 않음). 즉, 주택분 재산세 납세의무자로서 종합부동산세 일반세율이 적용되는 법인은 주택(주택분 재산세가 부과된 부속토지 포함)의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 경우 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
• 다. 쟁점주택은 쟁점 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다. 청구법인은 조특법 제104조의19에 따라 쟁점주택(부속토지 포함)을 종합부동산세 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하고, 주택을 쟁점 과세특례에 포함할 수 없다면 건물가액과 토지가액을 산정하여 토지가액을 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조특법 제104조의19는 “주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종부세법｣ 제13조 제1항에 따른 과세표준의 합산의 대상이 되는 토지의 범위에서 포함되지 아니하는 것으로 본다”고 규정하고 있고, 종부세법 제13조 제1항은 ‘종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세 과세표준’에 관한 규정인바, 쟁점 과세특례는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따라 사업계획의 승인을 받을 종합합산과세대상 토지를 종합합산과세대상 토지의 과세표준 합산에서 제외하는 것이다. 따라서 종합합산과세대상 토지 이외의 별도합산과세대상 토지와 주택은 쟁점 과세특례 대상에 해당하지 않으므로 쟁점주택은 쟁점 과세특례 대상에 해당하지 않는다.
• 라. 결론 주택(부속토지 포함)은 조특법 제104조의19에 따른 쟁점 과세특례 적용대상이 아니므로 주택으로 보아 지방자치단체에서 주택분 재산세가 과세된 쟁점주택에 대하여 주택분 종합부동산세를 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 주택건설사업자가 주택신축용으로 보유한 쟁점주택(부속토지 포함)이 조특법 제104조의19 제1항의 과세특례 대상에 해당한다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제104조의19 【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 ｢종합부동산세법｣ 제13조제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. ｢주택법｣에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. ｢주택법｣ 제11조 에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제24조 부터 제28조까지 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31제1항에 따른 법인

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 2) 종합부동산세법 제1조 【목적】 이 법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 3) 종합부동산세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

3. “주택”이라 함은 ｢지방세법｣ 제104조제3호 에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조제5항제1호에 따른 별장은 제외한다.

4. “토지”라 함은 ｢지방세법｣ 제104조제1호 에 따른 토지를 말한다.

5. “주택분 재산세”라 함은 ｢지방세법｣ 제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

6. “토지분 재산세”라 함은 ｢지방세법｣ 제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다. 3-1) 지방세법 제104조 【정의】 재산세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “토지”란 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣에 따라 지적공부의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

3. “주택”이란 ｢주택법｣ 제2조제1호 에 따른 주택을 말한다. 이 경우 토지와 건축물의 범위에서 주택은 제외한다. 3-2) 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다. 3-3) 지방세법 제105조 【과세대상】 재산세는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박(이하 이 장에서 “재산”이라 한다)을 과세대상으로 한다. 3-4) 지방세법 제107조 【납세의무자】

① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

1. 공유재산인 경우: 그 지분에 해당하는 부분(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대해서는 그 지분권자

2. 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우: 그 주택에 대한 산출세액을 제4조제1항 및 제2항에 따른 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산(按分計算)한 부분에 대해서는 그 소유자 4) 종합부동산세법 제5조 【과세구분 및 세액】

① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.

② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 토지분 종합합산세액과 같은 조 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다. 5) 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 6) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[괄호 생략]에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 7) 종합부동산세법 제11조 【과세방법】 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 ｢지방세법｣ 제106조제1항제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 7-1) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 (각 목 생략) 8) 종합부동산세법 제12조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 9) 종합부동산세법 제13조 【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 1) 이 건 부과처분의 주택분 과세대상 물건 내역 가) 이 건 부과처분 관련 종합부동산세 경정결의서 등에 따르면, 청구법인의 2021년 과세연도 종합부동산세 주택분 과세대상 물건은 2020.10.27. 취득한 ○○광역시 ○○구 ○○동 000-00 일대의 쟁점주택 51채이며, 주택분 과세대상 물건내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 이 건 부과처분의 주택분 과세대상 물건 내역 (기재 생략) 나) 쟁점주택의 등기부등본 등에 따르면 이 건 심리일 현재까지 쟁점주택의 건물은 철거 또는 멸실되지 않은 것으로 나타나며, 이 건 과세기준일 현재 쟁점주택의 건물이 철거 또는 멸실되지 않았다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. 2) 청구법인의 ○○동 주택건설사업에 관한 사항 가) 청구법인의 사업자등록 및 주택건설사업자등록증에 따르면, 청구법인은 2020.1.29. ○○광역시 ○○구 ○○로 0000, 0층 000호(○○동)에서 건설업/시행 및 분양업을 개업하였고, 2020.10.15. ｢주택법｣ 제4조 에 따라 대한주택건설협회에 주택건설사업자로 등록한 것으로 확인된다. 나) 청구법인이 제출한 ‘○○구 ○○동 아파트 신축공사 사업계획서(2020.10월 작성)’ 등에 따르면, 청구법인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 000번지 일원 46,390㎡ 부지에 아파트 990세대를 신축하는 공동주택 및 부대시설 건설사업을 시행할 계획이며, 쟁점주택은 청구법인이 주택건설사업을 위하여 2020.10.27. 취득한 것으로 나타난다. 다) 청구법인이 제출한 지역주택조합추진위원회 고유번호증에 따르면, ○○동 지역주택조합 설립인가를 위해 2020... ○○동 지역주택 조합추진위원회가 결성되어 관할세무서장으로부터 고유번호증을 발급받은 것으로 확인된다. 3) 쟁점주택 중 부속토지 가액의 합산배제 주장(예비적 주장) 관련 계산내역 청구법인은 조특법 제104조의19의 문언상 토지만 규정하고 있어 조세법률주의 원칙상 해당 조문에 주택을 포함할 수 없다는 엄격한 해석을 하더라도, 쟁점주택의 공시가격(000원)에서 토지가액은 종합부동산세 합산과세대상에서 제외하고 쟁점주택의 건물가액 000원에 대해서만 주택분 종합부동산세 과세대상으로 하여야 한다고 주장하면서 아래 <표2>와 같은 쟁점주택의 토지가액과 건물가액 계산내역을 제출하였다. <표2> 청구법인이 제출한 쟁점주택의 토지가액과 건물가액 계산 내역 (기재 생략) 4) 2022.2.15. 개정된 종부세법 시행령 제4조 제1항 2022.2.15. 대통령령 제32425호로 개정된 종부세법 시행령 제4조 제1항은 아래와 같이 제21호를 신설하여 주택건설사업자 등의 멸실 예정인 주택을 합산배제 주택의 범위에 포함하였는데, 해당 규정은 위 시행령 시행(2022.2.15.) 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다.
• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제104조의19에서는 ｢주택법｣에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받을 토지는 종부세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산대상이 되는 토지의 범위, 즉 종합합산과세대상 토지의 범위에 포함되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점주택이 주택신축용 토지에 해당하므로 조특법 제104조의19를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주택은 공부상 주택과 그 부속토지로서 관할구청이 쟁점주택(부속토지 포함)을 주택으로 분류하여 재산세를 부과한 것으로 나타나고, 청구법인 또한 인정하고 있는 바와 같이 이 건 과세기준일 현재 쟁점주택의 건물이 철거 또는 멸실되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점주택을 토지로 보아 조특법 제104조의19를 적용하기는 어려운 것으로 판단된다(같은 뜻 조심2022서2801, 2022.7.5. 결정 등 다수). 한편, 2022.2.15. 대통령령 제3245호로 개정된 종부세법 시행령 제4조 제1항 제21호 에서 주택건설사업자가 주택건설사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득하여 3년 이내 멸실 시키는 주택의 경우는 합산배제 주택의 범위에 포함하였는데, 해당 규정은 위 시행령 시행(2022.2.15.) 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되는 것으로 납세의무 성립일이 2021.6.1.인 이 건 부과처분의 경우에는 해당 규정을 적용하기도 어려워 보인다. 따라서 처분청이 청구법인을 주택에 대한 종합부동산세 납세의무자로 보아 이 건 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.