종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 처분은 정당함.

청구법인은 2013.6.1. 현재 종합부동산세 과세대상 부동산 30건(주택 1건, 종합합산과세대상 토지 16건, 별도합산과세대상 토지 13건이며, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)을 보유하고 있었다.

○○세무서장(이하 “ 처분청”이라 한다)은 쟁점 부동산에 대한 종합부동산세를 산 정함에 있어, 종합부동산세법 제8조 및 제13조와 같은 법 시행령 제2조의4에 따라 공정시장가액비율(80%, 이하 “종합부동산세 공정시장가액비율”이라 한다)을 적용하여 과세표준을 산정하고, 종합부동산세법 제9조 및 제14조에 의하여 세액을 산정한 후, 청구법인이 납부한 재산세 중 종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3에 의하여 계산한 ‘공제할 재산세액’을 차감하여, 2013.11.19. 청구법인에게 2013.6.1. 과세기준일 종합부동산세 637,614,740원 및 농어촌특별세 127,522,940원을 결정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.14. 이의신청을 거쳐 2014.5.30. 이 건 심사청구를 하였다.

구 종합부동산세법 제9조제3항, 제14조 제3항과 제6항, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3 제1항과 제2항은 종합부동산세를 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하였으나, 처분청은 공제되는 재산세를 산정함에 있어서 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 부과된 재산세액에 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식의 계산방식에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 이는 종합부동산세법 및 같은 법 시행령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산 세의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되며, 재산세 중 일부를 공제하지 않고 종합부동산세를 부과한 것은 이중과세에 해당하므로 위법하다. 따라서 재산세 중 일부 공제하지 아니한 부분도 추가로 공제하여 정당한 세액을 초과하는 금액은 환급하여야 한다.

종합부동산세법 및 같은 법 시행령에 따라 재산세에 공정시장가액비율을 적용하여 공제한 것인바, 이는 이중과세에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당(서울 고등법원2011.12.15.선고 2011누21593)하다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 처분이 조세법률주의 및 이중과세 금지 원칙에 위배되는지
• 나. 관련법령 1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. (이하 생략) 2) 종합부동산세법 제9조 【세율 및 세액】

① ～ ② (생략)

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 종합부동산세법 제13조 【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. (이하 생략) 4) 종합부동산세법 제14조 【세율 및 세액】

① ～ ② (생략)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ ～ ⑤ (생략)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 종합부동산세법 시행령 제2조의4 【공정시장가액비율】

① 법 제8조제1항 본문 및 제13조제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 6) 종합부동산세법 시행령 제4조의2 【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】 법 제9조제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣ 제112조제1항제1호 에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율(｢지방세법｣ 제111조제1항 에 따른 표준세율을 말한다. 이하 같다)로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 7) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】

① 법 제14조제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣ 제112조제1항제1호 에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣ 제112조제1항제1호 에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산 과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 8) 지방세법 제110조 【과세표준】

① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (이하 생략) 9) 지방세법 제111조 【세율】

① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

• 가. 종합합산과세대상 과세표준 세율 5,000만원 이하 5,000만원 초과 1억원 이하 1억원 초과 1,000분의 2 10만원+5,000만원 초과금액의 1,000분의 3 25만원+1억원 초과금액의 1,000분의 5
• 나. 별도합산과세대상 과세표준 세율 2억원 이하 2억원 초과 10억원 이하 10억원 초과 1,000분의 2 40만원+2억원 초과금액의 1,000분의 3 2백80만원+10억원 초과금액의 1,000분의 4 (중략)

• 가. (생략)
• 나. 그 밖의 주택 과세표준 세율 6천만원 이하 6천만원 초과 1억5천만원 이하 1억5천만원 초과 3억원 이하 3억원 초과 1,000분의 1 60,000원+6천만원 초과금액의 1,000분의 1.5 195,000원+1억5천만원 초과금액의 1,000분의 2.5 570,000원+3억원 초과금액의 1,000분의 4 (이하 생략) 10) 지방세법 시행령 제109조 【공정시장가액비율】 법 제110조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계 1) 종합부동산세 결정결의서에 의하면, 처분청은 쟁점 부동산에 대한 2013.6.1. 과세 기준일 종합부동산세를 아래와 같이 산정하여 청구법인에게 고지하였음이 확인된다. (단위: 원) 구 분 금 액 과세물건 수 주택 1건, 종합합산토지 16건, 별도합산토지 13건 과세표준 86,023,021,952 종합부동산세액 897,469,984 공제할 재산세액 259,855,240 산출세액 637,614,744 농어촌특별세액 127,522,948 고지세액 계 765,137,692 2) 당사자 간에 쟁점 부동산에 대한 종합부동산세 과세표준 등에 대하여는 다툼이 없고, 처분청에서 산출세액 계산시 공제할 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 공정시장가액비율(80%)에 상당하는 재산세만을 공제한 것의 당부를 다투고 있다. 3) 종합부동산세 시행규칙 별지 제3호 서식 부표 ｢종합부동산세 과세표준 계산 명세서｣에 의하여 ‘공제할 재산세액’의 계산방법을 풀어 쓰면 아래와 같다. × 과세표준 표준세율 재산세액 재산세 과세표준 상당액 해당연도 재산세 (실제 부과된 재산세) 종합부동산세 과세표준 (공시 가격 합계

• 공제 금액) × 종부세 공정시장 가액비율 × 지방세 공정시장 가액비율 × 재산세 표 준 세 율 지방세 과세표준 시가 표준액 × 지방세 공정시장 가액비율 × 세율 공시가격 합계 × 지방세 공정시장 가액비율 × 재산세 표 준 세 율 총표준세율 재산세액

4. 국세통합전산망에 의하면, 청구법인에 실제 부과된 재산세액의 합계는 348,154,435원이며, 공제할 재산세액은 아래와 같이 산출되었다.

• 가) 주택분 공제할 재산세액 재산세 과세표준 상당액 종합부동산세 과세표준 (2,296,000,000 - 6억) × 80% × 60% × 0.4% 4,880,400 × = 3,256,320 2,296,000,000 × 60% × 0.4% - 630,000 (실제 부과된 재산세액)
• 나) 종합합산토지분 공제할 재산세액 재산세 과세표준 상당액 종합부동산세 과세표준 (37,950,810,720 - 5억) × 80% × 70% × 0.5% 132,327,828 × = 104,664,525 37,950,810,720 × 70% × 0.5% - 250,000 (실제 부과된 재산세액)
• 다) 별도합산토지분 공제할 재산세액 재산세 과세표준 상당액 종합부동산세 과세표준 (76,381,966,720 - 80억) × 80% × 70% × 0.4% 210,946,207 × = 151,934,395 76,381,966,720 × 70% × 0.4% - 1,200,000 (실제 부과된 재산세액)
• 라. 판단 첫째로, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 처분청이 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식에 따라 산출한 것이 종합부동산세법 및 같은 법 시행령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산 세의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 종합부동산세법 시행규칙 별지 3호 서식의 작성요령은 종합부동산세법 및 같은 법 시행령이 공제 대상 재산세액의 기준을 “과세표준 금액에 대하여”로 규정함에 따라 공제 대상 재산세액을 계산하는 산식도 주택 등 공시가격에서 공제금액을 빼고 공정시장가액비율을 곱한 종합부동산세 과세표준 금액에, 그 금액에 해당하는 재산세액을 산출하기 위해 재산세 공정시장가액비율과 재산 세율을 곱하는 것으로 규정한 것에 불과한바, 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식의 작성 요령이 종합부동산세법 및 같은 법 시행령에 반하여, 공제되는 재산 세의 범위를 축소한 것은 아니라고 할 것이 므로 조세법률주의에 위반된다고 볼 수 없다.(서울고등법원2011누21593, 2011.6.2. 같은 뜻). 둘째로, 청구법인은 처분청이 청구법인에게 부과된 재산세 중 일부를 공제하지 않고 종합부동산세를 부과한 것은 이중과세에 해당하여 위법하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 종전 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전)에서는 공시가격 합계액 중에서 과세기준금액을 초과하는 부분에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 종합부동산세법 시행령 제2조 의4에 의한 공정시장가액비율을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써, 종전 법령에 따를 경우 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시가격 합산 금액 - 공제 금액) × (1 - 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이같은 불합리를 개선하기 위하여 2009.2.4. 개정된 종합부동산세법 시행령(대통령령 제21293호)은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택이나 토지분 재산세로 부과된 세액만을 공제할 재산세액으로 하도록 개정하였다. 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세액은 과세대상 주택이나 토지에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 동일한 과세대상 부동산이라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세 되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니 므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 아니 한다(심사종부2013-0004, 2013.7.16., 조심2012서1636, 2012.5.22., 서울고등법원2011누21593, 2011.6.2. 참조). 따라서, 처분청이 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용하여 산출한 후 이를 종합부동산 세액에서 차감하여 이 사건 종합부동산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.