종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액 산정에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용해야함

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구법인은 2012.6.1.(종합부동산세 과세기준일) 현재 과세대상 부동산 28건[주택1건(토지 124㎡, 건물 355.35㎡), 종합합산토지16건 710,558.40㎡, 별도합산토지12건 21,524.60㎡이며, 이하 “쟁점 부동산”라 한다)을 보유하고 있었다. 처분청은 위 쟁점 부동산에 대한 종합부동산세를 산정함에 있어 종합부동산세법 제13조, 같은 법 시행령 제2조의4 소정의 공정시장가액비율(80%)을 적용하여 과세표준 및 세액을 산정한 다음, 종합부동산세법 제14조 제3항, 제4항 및 같은 법 시행령 제5조의3에 의하여 청구법인이 납부한 재산세액 중 종합부동산세 과세표준에 상응하는 금액을 공제하여, 2012.11.22. 청구법인에게 2012년도 주택분, 종합합산토지분, 별도합산토지분 종합부동산세 1,304,247,061원 및 농어촌특별세 260,849,412원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.19. 이의신청을 거쳐, 2013.6.13. 심사청구를 제기하였다.

처분청은 재산세가 부과된 동일한 과세대상에 종합부동산세를 부과하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙(별지 제3호 서식 부표(2))상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 부분은 공제하지 아니하였는바, 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법․부당하므로 정당세액을 초과하는 부분은 부과․취소되어야 한다.

2009.2.4. 개정전 종부세법 시행령 제5조의3은 종합부동산세 과세표준에 해당하지 아니하는 재산세까지도 공제하는 문제점이 있었고, 2009.2.4. 개정된 종부세법 시행령 제5조의3은 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 상당액을 공제하도록 방식을 변경하였으며, 이는 실제 과세되는 종합부동산세에 상응하는 재산세 상당액을 공제하는 것으로 제도의 취지에 부합되는 방식이므로, 동 규정에 따라 계산한 종합부동산세액은 정당하다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 종합부동산세법 제13조 【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억 원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 2) 종합부동산세법 제14조 【세율 및 세액】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 종합합산세액”이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세율> 15억원 이하 1천분의 7.5 15억원 초과 45억원 이하 1천125만원+(15억원을 초과하는 금액의 1천분의 15) 45억원 초과 5천625만원+(45억원을 초과하는 금액의 1천분의 20)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세율> 200억원 이하 1천분의 5 200억원 초과 400억원 이하 1억원 + (200억원을 초과하는 금액의 1천분의 6) 400억원 초과 2억2천만원 +(400억원을 초과하는 금액의 1천분의 7)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 종합부동산세법 시행령 제2조의4 【공정시장가액비율】

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 4) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 5) 지방세법 제110조 【과세표준】

① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 6) 지방세법 제111조 【세율】

① 재산세의 표준세율은 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

• 가. 종합합산과세대상 <과세표준> <세율> 5,000만원 이하 1,000분의 2 5,000만원 초과 1억원 이하 10만원 + 5,000만원 초과금액의 1,000분의 3 1억원 초과 25만원 + 1억원 초과금액의 1,000분의 5
• 나. 별도합산과세대상 <과세표준> <세율> 2억원 이하 1,000분의 2 2억원 초과 10억원 이하 40만원 + 2억원 초과금액의 1,000분의 3 10억원 초과 2백80만원 + 10억원 초과금액의 1,000분의 4 7) 지방세법 시행령 제109조 【공정시장가액비율】 법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

• 다. 사실관계 이 건 전심인 이의신청 결정서에 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

1. 처분청은 2012. 11. 22. 신청인이 보유한 쟁점 부동산에 대하여 2012년도 주택분, 종합합산토지분, 별도합산토지분 종합부동산세 1,304,247,061원 및 농어촌특별세 260,849,412원을 부과한 사실이 국세청전산망에 의해 확인된다.

2. 신청인은 처분청이 부과한 2012년도 주택분, 종합합산토지분, 별도합산토지분 종합부동산세 652,123,530원 및 농어촌특별세 130,424,710원을 2012. 12. 17.에 납부하고 종합부동산세 652,123,530원 및 농어촌특별세 130,424,700원 분납분을 2013.02.15.에 납부한 사실이 국세청전산망에 의해 확인된다.

3. 2012년도 주택분, 종합합산토지분, 별도합산토지분 과세대상 물건명세서(종합부동산세 사무처리규정 제5호 서식)에서 쟁점 토지 재산세에 부과된 재산세는 514,011,939원임이 확인된다.

4. 처분청이 작성한 종합부동산세 과세표준계산명세서(종합부동산세 사무처리규정 제4호 서식)를 보면 종합부동산세액 1,696,857,205원에서 재산세액 392,610,144원을 공제하였음이 확인된다.

□ 주택분 공제할 재산세액 계산 재산세 과세표준 종합부동산세 과세표준 (2,344,000,000 - 6억) × 80% × 60% ×0.4% 4,995,600 × = 3,348,480 2,344,000,000 × 60% ×0.4% - 630,000 (실제 부과된 재산세액)

□ 종합합산토지분 공제할 재산세액 계산 재산세 과세표준 종합부동산세 과세표준 (89,742,023,200 - 5억) × 80% × 70% ×0.5% 313,597,071 × = 249,678,611 89,742,023,200 × 70% ×0.5% - 250,000 (실제 부과된 재산세액)

□ 별도합산토지분 공제할 재산세액 계산 재산세 과세표준 종합부동산세 과세표준 (71,086,220,380 - 80억) × 80% × 70% ×0.4% 195,419,268 × = 139,583,053 71,086,220,380 × 70% ×0.4% - 1,200,000 (실제 부과된 재산세액) 라. 판단 종전 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 개정 전)에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세 기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써, 종전법에 따를 경우 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시지가 - 80억원) x (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 개정분)은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 부동산 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다. 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 아니한다(심사종부2012-0005, 2012.7.20., 조심2012서1636, 2012.5.22., 서울고등법원2011누21593, 2011.6.2. 참조). 따라서, 처분청이 개정세법에 따라 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 이 사건 종합부동산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.