재산세액 일부를 기납부세액으로 공제하지 아니한 것은 이중과세 해당안됨

• 가. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2011.11.16. 청구법인이 보유한 주택 ○○시 ○○구 ○○동 117-6 703호 외 토지 24건(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 대하여 2011년 종합부동산세 181,108,528원 및 농어촌특별세 36,221,705원을 부과 하였다.
• 나. 청구법인은 처분청이 공정시장가액비율을 반영하여 재산세 중 일부를 공제하지 아니하고 2011년 종합부동산세를 결정 고지한 것은 이중과세에 해당된다며 2012.2.22. 이의신청을 거쳐 2012.6.25. 이건 심사청구를 하였다.

• 가. 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과하면 이중과세로서 위법하다. 그래서 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은, 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있다.
• 나. 그런데 처분청은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다.
• 다. 따라서 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다(참고로 본 건과 동일한 사안인 대법원 2012두2986 종합부동산세부과처분등 취소 사건이 진행 중이다).

재산세액 중 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용하여 일부만 공제하는 것은 현행법령에 의한 것이고 이중과세에 해당되지 않으므로 당초 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 재산세액 중 일부를 공제하지 않은 것이 이중과세에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 및 사례 1) 종합부동산세법 제9조 【세율 및 세액】

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 종합부동산세법 제13조 【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 3) 종합부동산세법 제14조 【세율 및 세액】

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 종합부동산세법 시행령 제4조 의 2 【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율 (지방세법 제111조 제1항 에 따른 표준세율을 말한다. 이하 같다)로 계산한 재산세 상당액 × 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 5) 종합부동산세법 시행령 제5조의 3 【토지분 종합부동산의 재산세 공제 】 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세 대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 × 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 6) 종합부동산세법 시행령 제8조 【부과와 징수 등】

① 관할세무서장은 법 제16조제2항에 따라 납세고지서를 발부하는 경우 기획재정부령으로 정하는 세액산출명세서를 첨부하여야 한다.

② 법 제16조제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과세액을 신고하는 때에는 기획재정부령이 정하는 다음 각 호의 서류를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 다음 각목의 사항이 포함된 종합부동산세 신고서

• 가. 납세의무자의 성명·주민등록번호·사업자등록번호·주소(납세의무자가 법인인 경우에는 법인명·법인등록번호·사업자등록번호·본점소재지) 등 납세의무자를 확인할 수 있는 사항(이하 "납세의무자의 인적사항"이라 한다)
• 나. 종합부동산세 과세표준
• 다. 공제세액 및 가산세액
• 라. 납부세액
• 마. 그 밖에 물납·분납 등에 관한 사항

3. 세부담 상한 초과세액계산명세서(세부담 상한을 신청하는 경우에 한한다) 7) 종합부동산세법 시행규칙 제5조 【종합부동산세 부과․징수관련 서식 】

② 영 제8조 제2항 제1호에 따른 종합부동산세 신고서는 별지 제3호 서식에 의한다. 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령

• 주택: {감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)} × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%

• 종합합산토지: (감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%

• 별도합산토지: (감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%

8. 선 결정사례(본 건과 유사한 사건)의 진행상황

• 가) 서울행정법원 2010구합32891(2011.6.2) 1심 국패: 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법함
• 나) 서울고등법원 2011누21593(2011. 12.15) 2심 국승: 개정된 종합부동산세법과 시행령은 공제대상 재산세액을 부당하게 축소한 것이 아니라, 종전 법에 따른 재산세액 과다공제의 불합리를 개선한 것으로 실질과세의 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정이라 할 것이므로 조세법률주의, 이중과세금지원칙에 위배되지 아니함
• 다) 대법원 2012두2986 3심: 2심에서 패소한 원고 2012.1.31. 대법원 상고
• 다. 사실관계 1) 처분청은 청구법인이 보유한 쟁점부동산에 대한 2011년 종합부동산을 부과하면서 공정시장가액비율을 감안하여 재산세 중 일부만을 공제하자 청구인은 이중과세에 해당되어 위법부당하다며 이건 심사청구를 제기한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 2011년도 과세대상 물건명세서(종합부동산세 사무처리규정 제5호 서식)에서 부과된 재산세는 210,163,868원임이 확인된다. 구 분 주 택 종합합산 토지 별도합산 토지 계 과 세 물 건 수 1 14 10 25 과 세 면 적 토지 124.00㎡ 65,110.00㎡ 16,834.10㎡ 건물 355,35㎡ 감 면 후 공 시 가 격 2,344,000,000 4,940,036,200 68,568,079,820 공 제 금 액 600,000,000 500,000,000 8,000,000,000 1세대 1주택자 추 가 공 제 300,000,000 공 정 시 장 가 액 비 율 80% 80% 80% 종 합 부 동 산 세 과 세 표 준 1,395,200,000 3,552,028,960 48,454,463,856 53,401,692,816 해 당 연 도 재 산 세 액 4,995,600 16,790,119 188,378,149 210,163,868 과세표준 표준세율 재 산 세 액 3,348,480 12,432,101 135,672,498 151,453,079 총 표 준 세 율 재 산 세 액 4,995,600 17,040,126 190,790,623 212,826,349 공 제 할 재 산 세 액 3,348,480 12,249,701 133,956,971 149,555,152

3. 처분청이 작성한 종합부동산세 과세표준계산명세서(종합부동산세 사무처리규정 제4호 서식)를 보면 종합부동산세액 330,663,680원에서 부과된 재산세 210,163,868원 중 149,555,152원을 공제하였음이 확인된다.

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구법인은 재산세가 부과된 동일한 과세물건에 대하여 종합부동산세를 부과하면서 재산세액의 일부를 공제하지 아니한 것은 이중과세이므로 부당하다고 주장하고 있으나 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인바, 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것이다. 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나, 주택의 경우에는 6억 원(종합합산토지의 경우에는 5억원, 별도합산토지의 경우 80억)을 공제하고 여기에 다시 종합부동산세 공정가액비율과 세율을 곱하여 계산하므로 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분〔(공시지가-6억 원 등) × (1-공정시장가액비율)〕에 대한 종합부동산세는 부과되지 않아 이 부분에 대한 이중과세의 문제는 원천적으로 발생되지 아니한다고 보인다. 따라서 종합부동산세가 부과되지 않는 부분 즉, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없으므로 재산세액 중 일부를 공제하지 않은 이건 종합부동산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 또한 본 쟁점과 유사한 사건이 현재 대법원에 진행중인 것으로 보아 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.