종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세 산정

처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2011.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(○○ ○○구 ○○동 422-5번지 1호 외 19건, 44,845.5㎡)에 대하여 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2011.11.21. 청구법인에게 2011년 귀속 종합부동산세 22,680,070원 및 농어촌특별세 4,536,010원을 결정고 지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.3. 이의신청을 거쳐 2012.5.3. 이 건 심사청 구를 제기하였다.

• 가. 종합부동산세 계산 시 기납부한 재산세액을 공제하게 되어 있는 바, 공제되는 재산세액의 한도계산에 있어서 감면분을 제외한 공시지가에서 공제금액을 차감한 금액을 기준으로 계산하여야 하는데, 감면분을 제외한 공시지가에서 공제금액을 차감한 금액에 추가로 종합부동산세 공정시장가액비율(80%)을 곱한 금액을 기준으로 공제한도를 계산함으로써 공제되는 재산세액의 20%를 과소 공제하는 이중과세가 발생하였으므로 부과된 종합부동산세 중 이중과세된 6,775,229원 및 관련 농어촌특별세은 취소되어야 한다.
• 나. 종합부동산세 계산시 공제할 재산세액 내역 (단위: 천원) 구분 종합부동산세과세표준 재산세공정시장가액비율 재산세율 공제액 다= 가-나 종합부동산세 공정시장가액비율 고지 10,365,881 80% 70% 0.4% 23,219 청구법인 주장 10,365,881 100% 70% 0.4% 29,024 ※ 가: 공시지가 18,365,881천원, 나: 공제액 80억원

종합부동산세법 제9조 제4항 및 제14조 제6항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의 2 및 제5조의 3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다. < 종합부동산세법 시행령 제4조 의 2 및 제5조의 3의 개정내용> 개정전(2008년까지 적용) 개정후(2009년부터 적용) 재산세 부과세액 × 과세기준금액 초과분 에 대한 재산세 상당액 재산세 부과세액 × 과세표준 에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 동 규정의 개정 이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산시에 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하며, 종합부동산세 과세표준은 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 문제가 발생하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는 바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 공시가격으로, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 개정규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액 비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제한 것이라는 점에서 이중과세로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법․부당한 처분인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 2) 종합부동산세법 제9조 【세율 및 세액】

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 종합부동산세법 제13조 【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 4) 종합부동산세법 제14조 【세율 및 세액】

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의 2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. 5) 종합부동산세법 시행령 제2조의4 【공정시장가액비율 】

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 6) 종합부동산세법 시행령 제4조의2 【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 7) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】 (2011.03.31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준 에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 8) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】 (2009.02.04. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분 에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 9) 종합부동산세법 시행규칙 별표 제3호 서식 부표(2)중 과세표준 표준세율 재산세액 산식 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적습니다.

10. 제187조【과세표준】

① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 11) 지방세법 시행령 제138조 【공정시장가액비율】 법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2011.6.1.) 현재 보유하 고 있는 과세물건에 대하여 2011.11.21. 청구법인에게 2011년 귀속 종합부동산세 22,680,070원 및 농어촌특별세 4,536,010원 을 결정고지하였다.
• 나) 종합부동산세 계산시 공제할 재산세액 내역 (단위: 천원) 구분 종합부동산세과세표준 재산세공정시장가액비율 재산세율 공제액 다= 가-나 종합부동산세 공정시장가액비율 고지 10,365,881 80% 70% 0.4% 23,219 청구법인 주장 10,365,881 100% 70% 0.4% 29,024 ※ 가: 공시지가 18,365,881천원, 나: 공제액 80억원
• 라. 판 단 종합부동산세 세액을 산정함에 있어 이미 납부한 재산세를 공제하도록 하여 재산세와의 이중과세 문제를 조정하고 있음에도 종합부동산세법령 및 시행규칙이 재산세액 중 일부만 공제하도록 규정하고 있어 이중과세금지의 원칙을 위반한 것이라고 청구법인은 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인바, 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것이다. 그런데 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나, 별도합산토지에 대하여 공시가격에서 80억 원의 과세기준금액을 초과하는 부분 전부가 아니라 공시가격 합계액에서 80억 원을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱하여 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 80억 원) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세는 부과되지 않으므로 이 부분에 대하여는 이중과세의 문제는 생기지 않는다. 따라서, 종합부동산세가 부과되지 않는 부분 즉, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 80억 원) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없다. 그런데 종전 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 개정전)에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세 기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써, 종전법에 따를 경우 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시지가 - 80억 원) x (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정 종합부동산세법법 시행령(2009.2.4. 개정)은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 주택 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다. 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다(서울고등법원2011누21593, 2011.6.2. 같은 뜻임). 따라서, 개정법에 따라 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.