임대주택을 합산하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

○○ 세무서장이 2006.2.10. 청구인에게 한 2005년도 종합부동산세 3,283,010원, 농어촌특별세 656,600원, 합계 3,939,610원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은

○○ 시

○○ 구

○○ 2동

○○ 팰리스 F동 2703호에 거주하는 자로서

○○ 시

○○ 구

○○ 1동 621-32번지상의 다가구 주택 1동 12가구(대지 291㎡, 건물 653.26㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)소유분에 대하여 2005년 정기분 종합부동산세 신고기한(2005.12.15)내에 신고하지 아니하였다가 신고기한 경과 후 2006.1.25. 쟁점주택에 대한 임대주택 합산배제신청서와 함께 기한후 신고서(종합부동산세 0원, 농어촌특별세 0원)를 제출하였다. 처분청은 청구인이 2006.1.25. 기한후 신고시 제출한 쟁점주택의 임대주택 합산배제신청의 적용을 거부하고 2006.2.10. 종합부동산세 3,283,010원, 농어촌특별세 656,600원, 합계 3,939,610원을 청구인에게 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.4.4. 이의신청을 거쳐 2006.8.28. 심사청구를 하였다.

• 가. 종합부동산세법 시행령 제3조 제5항 에서 “합산배제 임대주택의 규정을 적용받고자 하는 자는 같은법 제16조 제1항의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 서식에 의하여 관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다.”라고 규정하고 있는바, 종합부동산세법에서 규정된 “합산배제신청서”의 제출의무는 타세법에서 규정하고 있는 각종 “감면서”의 제출의무와 같이 납세자의 성실신고를 유도하기 위한 서류제출 협력의무로서 감면신청을 하지 아니한 경우 감면대상에서 제외된다거나 감면신청을 한 경우에만 적용한다는 특별한 규정이 없는한 강제규정으로 볼 수 없으므로 기한후 신고서와 함께 제출한 임대주택합산 배제신청은 적법한 것으로 인정하여야 한다.
• 나. 2005년 8월 국세청에서 세무공무원과 납세자 또는 세무대리인에게 발간 배포한 종합부동산세 실무해설 책자에는 “ 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의한 기한후 신고시 합산배제신청을 하여 합산배제 적용을 받을 수 있는 것”이라고 기술하고 있는바, 위 국세청에서 발간한 해설책자는 일종의 행정해석으로 이를 신뢰하여 기한후 신고시 제출한 합산배제신청은 “신의성실의 원칙”에 따라 인정되어야 한다.

• 가. 종합부동산세법 시행령 제16조 제8항 의 “합산배제 임대주택의 규정을 적용받고자 하는 자는 같은법 제16조 제1항의 규정에 의한 신고기한내에 관할세무서장에게 합산배제신청을 하여야 한다”라고 규정하고 있는바, 이는 종합부동산세법을 적용함에 있어 납세자의 협력의무 규정이 아닌 세법상의 강행규정으로서 청구인이 종합부동산세법 시행령에 규정한 대로 합산배제신청을 신고기한내에 하지 아니하여 합산하여 과세한 이 건 당초처분은 정당하며,
• 나. 청구인이 인용하고 있는 “종합부동산세 실무해설”책자는 국세청 직원의 내부해설용 책자로서의 의미만 있을뿐 공표된 법령 자체로서의 효력이 없는 것으로서 기한후 합산배제신청은 받아들일 수 없으며, 기한후 합산배제신청을 인정할 경우 신고기한내에 합산배제신청을 아니하여 합산과세 후 다수 납세자와의 형평성을 크게 훼손하는 것으로 기한후 합산배제신청을 인정하지 않은 이 건 당초처분 또한 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구인이 종합부동산세 신고기한(2005.12.15)이 경과한 후 2006.1.25에 임대주택 합산배제신청서와 함께 종합부동산세를 신고하였다 하여 임대주택을 합산하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부와

2. 예비적 청구로서 처분청이 국세청 해설책자 내용과 다른 처분을 한 것이 신의성실의 원칙에 반하는 것인지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조 의 3【기한후신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조 의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 8. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출한 자는 기한후 과세표준신고액에 상당하는 세액과 세법에서 정하는 가산세를 기한후 과세표준신고서의 제출과 동시에 납부하여야 한다. (1999. 8. 31. 신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출하고 해당 세액을 납부한 경우 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. (1999. 8. 31 신설)

④ 기한후 과세표준신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1999. 8. 31. 신설) 2) 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택에 대한 재산세 과세표준을 합한 금액이 4억 5천만원을 초과하는 자는 당해 주택에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

② 다음 각호의 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

주택법 제6조 의 규정에 의하여 임대사업자가 임대사업용으로 등록한 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령이 정하는 주택 3) 종합부동산세법시행령 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제7조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 임대주택법제6조의 규정에 의하여 등록한 임대사업자(이하 이조에서 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

주택법 제2조 제2호 의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (각목 생략)

주택법 제2조 제3호 의 규정에 의한 매입임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 (각목 생략)

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모이하로서 2005년도 과세기준일의 시가표준액이 3억원 이하일것
• 나. 5년이상 계속하여 임대하는 것일것

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 의한 다가구주택은 지방세법 시행령 제140조 의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용받고자 하는 자는 법 제16조 제1항의 규정에 의한 신고기한내에 재정경제부령이 정하는 서식에 의하여 관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다. 4) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택분 재산세 과세표준을 합한 금액에서 4억 5천만원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 0보다 작은경우에는 영으로 본다. 5) 종합부동산세법 제16조 【신고․납부】

① 종합부동산세의 납세의무자는 매년 납부하여야 할 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 신고하여야 한다. 6) 종합부동산세법 제17조 【결정과 경정】

① 관할세무서장 또는 납세지 관할지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 납세의무자가 제16조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 납세의무자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

7. 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. "건설임대주택"이라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다. (96.12.30. 개정)

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법 제9조 의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택 중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택 (2003.5.29. 개정)

3. "매입임대주택"이라 함은 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.

4. "임대사업자"라 함은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다)ㆍ제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의 2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. (2002.12.26. 개정) (이하생략) 8) 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. (2000. 1. 12. 개정) 9) 임대 주택법 시행령 제6조 (임대사업자의 범위 및 등록기준 등)

① 법 제6조 제1항에서 "대통령령이 정하는 호수"라 함은 단독주택의 경우에는 2호, 공동주택의 경우에는 2세대를 말한다. (99.11.12. 개정)

② 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동명의로 등록하여야 한다. (2000.7.22. 개정)

4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

10. 임대 주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 등록절차】

① 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록을 하고자 하는 자는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 등록신청서를 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다. (2000.7.22. 개정)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점주택에 대하여 2003.9.17. 부동산/주택임대로 하여 면세 사업자등록증(등록번호 *-90-***)을 발급받은 사실이 사업자등록증 사본에 의하여 확인된다.

2. 청구인이 2005. 6.1.(과세기준일) 현재

○○ 시

○○ 구

○○ 2동

○○ 팰리스 F동 2703호(전체 주택면적 229.82㎡ 중 20/100 인 45.93㎡)와 쟁점주택을 보유하고 있다.

3. 쟁점주택은 1동으로 임대 주택법 시행령 제6조 제1항 에서 정한 호수에 미달하여 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록 대상이 아닌 것이나, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호 의 요건(국민주택규모 이하, 1가구 시가표준액 3억 이하 등) 및 제3조 제3항에 의하여 합산배제 대상 임대주택인 사실에 대하여는 처분청 및 청구인 상호간에 다툼이 없다. 【쟁점주택 명세】 소 재 지 대 지 건 물 가구수 취득일 사업자등록일 비 고

○○ 시

○○ 구

○○ 동 621-32 291㎡ 653.26㎡ 12가구 2003.10.7 2003.9.17 다가구주택 1동

4. 청구인은 신고기한내 종합부동산세 신고를 하지 못하고 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의한 기한후 신고시 기한후 신고서와 임대주택 합산배제 신청서를 처분청에 제출하였다.

5. 2005년 8월 국세청에서 발간배포한 종합부동산세 실무해설책자에는 “ 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의한 기한후 신고시 합산배제신청을 하여 합산배제 적용을 받을 수 있는 것”이라고 기술하고 있으나, 본 책자는 국세청 종사직원의 직무교재로 사용하기 위하여 발간한 것으로 기재되어 있으며, 또한 2006년 3월 국세청에서 발간배포한 종합부동산세 실무해설책자에는 기술하지 않고 있음이 확인된다.

• 라. 판단 【쟁점1)에 대하여 살펴본다】

1. 청구인은 종합부동산 신고기한 내에 합산배제를 신청하지 아니하더라도 기한후 신고시 기한후 신고서와 함께 쟁점주택에 대한 임대주택 합산배제신청서를 제출한 경우에는 적법한 것으로 인정하여야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴보면, 이 건 과세표준 합산배제 임대주택에 관하여 규정하고 있는 종합부동산세법 시행령 제3조 제5항 에서 임대주택에 대하여 과세표준 합산배제 규정을 적용받고자하는 자는 종합부동산세 신고기한 내에 “관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다”고 규정한 것으로 보아 종합부동산 신고기한 내에 합산배제를 신청하여야 하는 것이 당연하다 할 것이다. 그러나 일반적으로 세법상 감면규정을 해석․적용함에 있어서 감면신청을 한 경우에 한하여 감면규정을 적용한다고 한 경우처럼, 감면신청이 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과한 것으로 보아 다른 감면요건을 충족하고 있는 한 납세자의 편의를 위하여 불가피하게 감면을 허용하는 것이 타당하다(같은뜻: 국심200서1339, 국심2001.1.18)할 것이다.

2. 이 건의 경우 비록, 국세기본법 제45조 의 3 규정에 의한 기한 후 신고시 기한후 신고서와 함께 합산배제 신청서를 제출하였다 하더라도 이 건 임대주택 합산배제신청이 합산배제의 필수적요건(신청감면)이라고 보기 어렵다 할 것이고, 다른 합산배제요건을 충족하고 있으므로 쟁점주택에 대한 임대주택 합산배제를 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(같은뜻: 국심2006서 2990, 2007.1.9). 【다음으로 쟁점2)에 대하여 살펴본다】 예비적 청구인 쟁점2)에 대하여는 심리 실익이 없으므로 이의 심리를 생략하기로 한다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.