특정주식의 양도시기를 언제로 볼 것인지 여부

○○(구 ○○)세무서장이 1999. 7.16. 청구인에게 결정고지한 1994년 귀속분 양도소득세 480,960,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인과 청구 외 이○○은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 (주)○○광업의 대표이사 및 주주로서 동 법인의 재산 및 주식일체를 매도하면서 비상장주식 20,000주(청구인 10,000주, 청구 외 이○○ 10,000주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구 외 이○○에게 양도하는 매매계약을 1993.12.27. 체결하였는데, 매매대금은 2,500,000,000원이고 그 중 계약이전까지의 동 법인의 부채 945,000,000원(○○개발리스 ○○지점 242,000,000원 및 ○○지점 582,000,000원, ○○광업 진흥공사 자금 91,000,000원, ○○은행 ○○지점 30,000,000원)은 양수인인 이○○이 승계 받는 조건으로 하여 동 금액을 매매대금에서 공제한 잔액 1,555,000,000원을 정산하기로 하고, 잔액 중 600,000,000원은 계약 당일 지급 받고 중도금 및 잔여금으로 500,000,000원은 1994. 3.27. 만기어음으로, 455,000,000은 1994. 6.27. 만기어음으로 각각 지급 받았으며 위 어음은 만기일에 각각 결제되었다. 청구인과 청구 외 이○○은 위 계약 다음날인 1993.12.28. ○○개발리스 ○○지점에서 (주)○○광업의 리스이용현황에 대한 전산자료를 교부받아 검토한 결과 미회수 리스료는 825,192,900원, 미회수 원금은 614,748,258원인 사실을 확인하자 리수채무에 대한 미회수 원금을 기준으로 매매대금에서 공제하기로 합의하고 추가로 지급받아야 할 정산금 차액을 210,400,000원으로 정하여 1994. 1. 5. 양수인인 이○○로부터 지불확인서를 받았으나 이○○이 정산금 차액의 지급을 이행하지 아니하자 정산금 지급청구 소송을 제기하였고, ○○지방법원○○지원 판결(○○○○, 1997.10.30.)과 ○○고등법원 조정결정(○○○○, 1999.10.18.)을 거쳐 111,900, 000원을 추가로 지급 받는 것으로 하고 1999.10.29. 양수인 이○○이 ○○고등법원 조정조항을 이행하자 (주)○○광업 주권을 양도하였고, 이에 따라 쟁점주식의 매매대금이 1999.10.29.에 청산되었다고 보고 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였다. 처분청은 쟁점주식의 양도를 기타자산(특정주식)의 양도에 해당한다 하여 잔금으로 지급한 어음의 결제일인 1994. 6.27.을 대금청산일로 보아 실지거래가액에 의하여 쟁점주식의 매매대금 2,500,000,000원 중 (주)○○광업의 채무승계공제액 945, 000,000원을 제외한 1,555,000,000원에 대하여 청구인 지분 50%에 상당하는 777,500,000원을 양도가액으로 하여 양도소득세 480,960,000원을 1999. 7.16. 청구인에게 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.10.14. 이의신청을 거쳐 1999.12. 3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

당초 매매계약서에서 양수인 이○○이 승계하기로 한 (주)○○광업의 채무액 945, 000,000원 중 ○○개발리스의 채무가 824,000,000원이 아닌 614,748,258원임을 확인되었고, 이○○은 채무 차액 210,400,000원에 대하여 대표이사로 취임하면 어음으로 지급하겠다고 지불확인서를 작성하였는데도 대표이사로 취임한 이후에도 위 금원을 지급하지 아니하므로 1996. 6월 ○○지방법원 ○○지원에 정산금 청구 소를 제기(○○○○)하였는데, 처분청은 정산금 청구 소의 건은 단순한 정산금으로서 당초 매매계약은 유효하게 성립한 것이라고 하나, 동 금액은 명칭만 정산금으로 하였을 뿐 명백히 매매대금 중 채무의 착오로 대금의 일부가 청산되지 아니하여 추가로 지급 받고자 하는 소송이며, ○○고등법원 조정결정(1999.10.19.)에 의한 조정조항을 양수인 이○○이 이행하자 쟁점주식의 주권을 양도하면서 111,900,000원(현금분 30,000,000원)을 받은 1999.10.29.에 사실상 매매대금이 청산된 것임에도, 단지 계약서상의 잔여금에 해당하는 금액이 지급되었다는 이유만으로 전체 매매대금이 청산되었는지 여부 및 주권이 실제로 양도되었는지 여부 등에 대한 고려 없이 당초 잔금명목으로 지급한 어음의 결제일인 1994. 6.27.을 양도일로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다.

매매계약서 및 ○○지방법원 ○○지원 민사소송(○○○○)사건은 청구 취지상의 잔금이 아니고 정산금 등의 청구의 소로서 매매대금의 잔금으로 볼 수 없고, 당초 매매계약서의 공증증서 및 매매계약서에 대한 확인공증만 있고 추가로 정산금에 대한 쌍방날인의 수정계약서 작성 및 이에 대한 공증이 없어 추가 정산 요구분은 계약사항 이외의 별로의 청구로서 잔금과 관련 없고, 또한, ○○고법 조정결정은 쟁점주식 양도와 관련 없는 별개의 것이므로 매매계약서에 의해 계약당시에 받은 잔금 455,000,000원의 어음결제일인 1994. 6.27.에 매매대금이 청산된 것이므로 양도일을 1994. 6.27.로 보아 결정 고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도시기에 대하여, 당초 매매계약서의 잔금명목으로 지급받은 어음의 결제일인 1994. 6.27.과 정산금 차액 청구소송에 따라 ○○고등법원의 조정조항에 따라 차액을 지급 받은 날인 1999.10.29. 중 어느 시점을 양도시기로 보아야 하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제53조 【양도 또는 취득의 시기】 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3.~5.(생략)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 먼저, 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구인과 청구 외 이○○은 1993.12.27. ○○도 ○○읍 ○○리 ○○번지 (주)○○광업사의 별지목록 재산 및 주식일체를 매매대금 2,500,000,000원에 청구 외 이○○에게 매도하는 매매계약서를 체결하면서 청구 외 송○○을 이○○의 연대보증 계약인으로 하였고, 대금지불방법은 계약 전까지의 (주)○○광업사의 근저당 설정금 ○○개발리스 ○○지점 242,000,000원 ○○지점 582,000,000원, ○○광업 진흥공사 자금 91,000,000원 ○○은행 ○○지점 30,000,000원 근저당 부채 합계 945,000,000원은 계약일까지 이자 등을 계산한 연후 이○○에게 승계 되도록 하고, 이○○은 동 부채를 승계 받으며 매매대금에서 이를 공제한 후 잔여금을 정산하기로 함에 따라, 이○○은 계약 당일 현금 600,000,000원을 청구인과 청구 외 이○○에게 지불하고 중도금 및 잔여금으로 955,000,000원의 금액을 계약일로부터 3개월의 어음 500,000,000원과 6개월의 어음 455,000,000원을 발행하였고, 위 어음은 만기일인 1994. 3.27. 및 1994. 6.27.에 각각 결제되었음이 심리자료에 의하여 확인되고, 이 점에 대하여는 청구인과 처분청간의 다툼은 없다.

(2) 위 매매계약은 청구인 및 이○○이 양수인 이○○에게 (주)○○광업의 부동산, 허가권, 주식 등에서부터 전화 등 사무실 비품 일체까지를 양도하여 양수인 이○○로 하여금 (주)○○광업을 경영하게 하려는 데 그 목적이 있는 것으로 사실상 법인 일체를 양도하는 것임이 ○○지방법원 ○○지원의 판결문(○○○○, 1997.10.30.)에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점주식의 양도에 따른 매매대금 중 매매대금에서 공제하기로 한 (주)○○광업의 부채 중 ○○개발리스의 부채가 과대 계상 공제되어 청구인은 과대 공제된 채무액에 상당하는 금액을 지급 받지 못하자 이의 지급을 요구한 소송(원고: 이○○, 피고: (주)○○광업·이○○·송○○)을 제기한 사실이 있는데, 이 소송에 대하여 ○○지방법원 ○○지원이 인정한 기초사실은, 『가. 피고 회사는 규사 생산 등을 목적으로 1989. 5.31. 설립된 회사로서, 원고 및 소외 조○○(청구인)가 그 발행 주식 20,000주를 각 10,000주의 비율로 소유하고 있었는데 1993.12.27. 원고 및 위 조○○는 피고 회사의 부동산, 주식, 허가권, 각종 기계시설 등 그 자산 일체를 피고 이○○에게 금 2,500,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였다.

• 나. 원고와 피고 이○○은 계약 당시 위 매매대금을 계산함에 있어, 피고 회사의 ○○개발리스(주)(이하 “○○개발리스”라고 한다) ○○지점에 대한 리스대금 242, 000,000, ○○지점에 대한 리스대금 582,000,000원 합계 824,000,000원 및 ○○광업진흥공사에 대한 채무금 91,000,000원, ○○은행 ○○지점에 대한 대출금 30, 000,000원 등 총 금 945,000,000원을 계약일까지 이자 등을 계산하여 피고 이○○이 승계하는 것으로 하고 이를 위 매매대금에서 공제한 잔여금을 정산하기로 하였고, 또 계약 전의 채권, 채무, 수익금, 보증금, 미지급금, 제세공과금, 직원의 급료·퇴직금 등은 원고가 부담하고, 계약일 이후의 분은 피고 이○○이 부담하며, 원고와 위 조○○가 보증한 ○○개발리스 자금의 보증서는 피고 이○○ 명의로 변경·개서하기로 약정하였으며, 피고 송○○은 위 매매계약의 이행에 있어서 피고 이○○과 연대하여 동일한 책임을 지기로 약정하였고, 위 약정에 따라 원고는 계약금으로 금 600,000,000원을 지급 받았고, 잔금 955,000,000원은 액면금 500,000,000원, 지급기일 1994. 3.27. 및 액면금 455,000,000원, 지급기일 1994. 6.27.인 약속어음 2매로 지급 받았고, 위 어음들은 지급기일에 각 결제되었다.
• 다. 원고가 피고 송○○과 함께 위 계약 다음 날인 1997.12.28. 공증인가 ○○합동법률사무소에서 위 계약서에 인증을 받고 ○○개발리스 ○○지점에서 피고 회사의 리스 이용현황에 대한 전산자료를 교부받아 검토한 결과 미회수 리스료는 금 825, 192,900원, 미회수 원금은 금 614,748,258원, 월할 규손금은 금 720,694,000원인 사실을 확인하여 위 매매계약 당시에 리스채무로 산정한 금 824,000,000원은 리스기간 동안의 이자 등이 포함된 것임을 알게 되자, 피고 송○○과 사이에 다시 1993.12.28.자 기준 위 리스채무에 대한 원금을 기준으로 매매대금에서 공제하기로 합의하고 원고가 지급 받아야 할 정산금 차액을 금 210,400,000원으로 정하였고, 1994. 1. 5. 피고 회사 사무실에서 피고 이○○과 만나 위 금원을 피고 이○○이 원고에게 추가로 지급할 금원으로 확정하였으며, 이에 피고 이○○은 원고에게 같은 금액에 대한 지불확인서를 작성하여 주면서 원고가 주주총회를 열어 자신을 대표이사로 선임하여 주면 은행에 당좌거래를 개설하여 위 금원을 그 중 절반은 1994. 7.27.자 어음로, 나머지 절반은 1994. 8.27.자 어음으로 결제하겠다고 하였고, 그러자 원고는 당일 임시주주총회를 소집하여 피고 이○○을 피고 회사의 새로운 대표이사로 선출하고 원고 자신은 대표이사직을 사임하였다.
• 라. 한편, 원고는 그가 부담하여야 할 위 매매계약일 이전인 1991년부터 1993년까지의 법인세 등 국세추징금 64,415,270원을 피고 이○○이 납부한 사실은 자인하고 있다』라고 되어있고, 원고는 피고 이○○은 위 매매계약의 당사자로서, 피고 송○○은 그 연대보증인으로서 연대하여 원고에게 위 정산차액금 210,400,000원에서 위 금 64,415,270원을 공제한 금 145,984,730원을 지급할 의무가 있다고 주장하고, 이에 대하여 ○○지방법원 ○○지원은 ○○개발리스(주) ○○지점 및 ○○지점에 대한 사실조회 결과의 내용은 위 매매계약의 당사자가 아닌 리스회사가 채권자의 지위에서 그 리스료 채권확보를 위한 리스계약의 내용을 밝힌 것일 뿐, 원고와 피고 이○○ 사이의 이 사건 매매계약에 따른 채무부담의 기준을 밝힌 것은 아니라 할 것이고, 위 매매대금에서 공제되는 리스채무는 오직 위 매매계약 당사자인 원고와 피고 이○○ 사이의 매매계약 내용에 의하여 판단하여야 할 것인 바, 앞서 본 매매계약의 내용에 의하면, 매매대금에서 공제하기로 하는 원고의 금융기관 등에 대한 채무는 위 매매계약일인 1993.12.27. 현재의 원금 및 이자를 기준으로 하다는 것이므로 위 리스채무 역시 이에 따라 판단하여야 할 것이고, 리스기간 만료 시까지 계속 지급하여야 할 미회수 리스료를 원고의 부담으로 한다는 것은 피고 이○○이 위 매매계약에 따라 그 계약일 이후 당연히 승계하도록 예정되어 있는 미회수 리스료나 다른 금융기관에 대한 기존 채무의 이자 등을 부담하지 않게 되는 결과가 되어 위 매매계약의 내용에도 반하게 되는 것이라고 판단하였고, 또, 피고 이○○은 원고가 자인하는 위 금 64,415,270원 외에, 앞서 본 바와 같이 위 매매계약일까지의 미지급채무 및 이자를 매매대금에서 공제·정산하기로 한 것인 이상, 원고 주장의 정산금에서 피고 이○○이 원고 부담분을 대신 지급한 것으로 인정되는 ○○광역시시 ○○구 ○○동 ○○금고의 채무 22,111,170원과 원고 부담분을 피고 이○○이 대위 변제한 미지급금 20,132,680원을 원고 주장의 정산금에서 뺀 나머지 금액을 지급할 의무가 있다 할 것인 바, 그 금액은 금 103,740,880원(청산금차액 210,400,000원 - 법인세 등 국세추징금 64,415,270원 - ○○금고 채무 공제분 22,111,170원 - 미지급채무대위 변제금 20,132,680원)이 되므로 피고들은 연대하여 원고에게 금 103,740,880원 및 이에 대하여 피고들에 대한 소장부본이 최후로 송달된 다음날 1996. 7. 3.부터 이 사건 판결 선고일인 1997. 10.30.까지는 연 5푼, 그 다음날부터 완제일까지는 연 2할 5푼의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급하라고 판결하였음이 판결문(○○○○, 1997.10.30.)에 나타나 있다.

(4) 양수인 이○○은 위 ○○지방법원 ○○지원의 판결에 대하여 ○○고등법원에 항소하였는데, ○○고등법원은 위 ○○지방법원 ○○지원 ○○○○의 원심사건에 대하여 1999.10.18. 당사자들 사이에 조정(원고: 이○○, 피고: 이○○·송○○)을 결정하였는데 그 조정조서상의 조정조항에는 『1. 피고 이○○은 원고에게 금111,900,000(현금 30,000,000원 + 채권압류 및 전부명령 금액 81,900,000원)을 지급한다.

2. 채권압류 및 전무명령(○○지방법원 ○○지원 ○○○○)금액에 대하여 피고들이 지급한 것으로 하고, 피고들 및 (주)○○광업은 위 사건에 관하여 아무런 이의를 제기하지 아니하기로 하며, 전부금채권 수령여부는 법원의 결정에 따른다.

3. 나머지 돈 30,000,000원은 피고 이○○이 원고에게 1999.10.30.까지 지급하되, 피고 이○○이 위 기일까지 위 돈을 지급하지 못할 때에는 그 다음날부터 다 갚는 날까지 위 돈에 대한 연 2할 5푼의 비율에 의한 지연손해금을 가산하여 지급한다.

4. 피고 이○○이 원고에게 위 돈 30,000,000원을 지급함과 동시에 원고는 위 피고에게 (주)○○광업의 주권 5,000원권 20,000주(이○○ 10,000주, 조○○ 10,000주)를 양도한다. 다만 피고들 사이의 권리관계는 별개로 한다.

5. 원고는 피고 송○○이 (주)○○광업을 상대로 한 ○○고등법원 ○○○○ 주주총회결의 부존재확인(원심 ○○지방법원 ○○지원 ○○○○)사건의 항소를 취하한다.

6. 원고는 나머지 청구를 포기한다.

7. 소송비용 및 조정비용은 각자의 부담으로 한다.』라고 되어있고,

(5) 청구인은 위 ○○고등법원의 조정조항에 따라 (주)○○광업 주식 10,000주(1주 금액 5,000원)을 양수인 이○○에게 1999.10.29. 양도하고, 양수인 이○○은 동 대금 전액을 지급완료 하였음을 주식 양도·양수 계약서에 의하여 쌍방이 확인하였으며,

(6) (주)○○광업의 법인등기부등본을 살펴보면, 청구인 및 이○○은 1993.12.30. 대표이사직만 사임하였고, 1995. 6. 1. 이사직을 퇴임하였다가 1997.10.31. 다시 이사직에 취임하였으나 1998. 5. 1. ○○지원의 이사직 취임 무효 판결로 1998. 9.28. 다시 이사직에 취임하였고 같은 날 이○○은 대표이사직에 취임한 후 1999.10.30 이사직 및 대표이사직을 사임한 사실이 등기되어 있고, 양수인 이○○은 1993.12.30. 대표이사에 취임하였다가 1996. 2. 5. 대표이사직을 사임하고 1996.12.30. 이사직을 퇴임하였으며, 그 이후 1999.10.30. 대표이사로 다시 취임한 사실이 등기되어 있다.

(7) 양수인 이○○의 제 이○○가 당심에 제시한 (주)○○광업의 주권에는 1999. 10.29. 청구인 및 이○○이 양수인 이○○에게 당해 주권을 양도하였음이 나타나 있고, 이○○은 당초 매매계약에 따라 매매잔금 결제일에 주권을 인도 받기로 하였으나 청구인 및 이○○이 전체 매매대금 중 잔액 210,400,000원의 미지급을 이유로 주권인도를 거절하였다가 1999.10.18. ○○고등법원의 조정합의에 따라 현금 30,000,000원을 1999.10.29. 지급하고 당해 주권을 인도 받았음을 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있다. 위 사실관계와 같이, 청구인 및 이○○은 당초 매매계약 시 매매대금에서 공제하기로 한 (주)○○광업의 채무액 중 ○○개발리스(주)의 채무가 210,444,642원이 과대계상 공제되어 사실상 동 금액만큼 적게 받게 되는 것을 당초 계약 다음 날인 1993.12.28. 알게 되자 추가로 받는 금액을 210,400,000원으로 정하고 이를 양수인 이○○로부터 확인을 받은 사실이 있고, 이에 대하여 ○○지방법원 ○○지원도 이를 기초사실로 인정한 점, ○○고등법원 조정결정은 그 청구의 원인이 매매대금이 청산되지 않은 사실에 기초한 것으로서 그 조정조항에 따라 청구인 및 이○○은 1999.10.29. 금111,900,000원(현금 30,000,000원 + 지급한 것으로 한 채권압류 및 전부명령금액 81,900,000원)을 받고 (주)○○광업의 주권을 양도하고 그 외 청구는 모두 포기한 점, 양수인 이○○이 1999.10.30. (주)○○광업의 대표이사로 다시 취임한 점 등을 볼 때, 취득시기 및 양도시기는 전시한 소득세법 제53조 의 규정에 의하여 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 예외적으로 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일 등으로 하도록 규정되어 있는 바, ‘대금을 청산한 날’이라 함은 실제로 잔대금을 지급하여 사실상의 소유권을 취득한 시점을 말하는 것이므로, 당해 자산의 양도시기는 양수인이 실제로 양도인에게 잔대금을 지급한 날이라 할 것이고, 그 잔대금의 실제 지급일이 분명히 밝혀진 이상 당초의 잔대금지급약정일은 양도시기를 정하는 기준이 될 수 없다 할 것이며, 장기간에 걸친 소송으로 매매대금의 현실적 지급이 늦어진 경우라 하여 달리 볼 것도 아니라(같은 뜻: 대법98두2669, 1999.10.26.) 할 것이므로, 이 건의 경우 쟁점주식의 양도시기는 사실상 잔대금을 수령하고 (주)○○광업의 주권을 양도한 날인 1999.10.29.로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서 양도일을 1994. 6.27.로 보아 1994년도 귀속분으로 과세한 당초 처분은 사실관계를 그르친 잘못된 과세라 할 것이다. (귀속년도를 1999년도로 하여 과세함에 있어서는 이 건 쟁점주식의 매매는 사실상(주)○○광업의 부동산, 주식, 허가권, 각종 기계시설 등 그 자산 일체를 양수인 이○○에게 양도하는 것으로서 그 매매대금은 동 법인의 순자산 가치에 해당하는 것이라고 할 것인 바, 그 매매대금은 (주)○○광업사의 채무액을 감한 실제로 받을 금액으로 봄이 타당하므로, 청구인 및 이○○이 ○○고등법원 조정조항에 따라 양수인 이○○로부터 추가로 받은 금액 111,900,000원 중 청구인 지분 50%에 상당하는 금액 55,950,000원은 이 건 처분청의 당초 결정시의 양도가액에 이를 가산하여야 타당할 것으로 보임)

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.