장기보유특별공제 적용 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것으로 양도일 현재 나대지인 경우 장기보유특별공제를 배제하는 것임
장기보유특별공제 적용 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것으로 양도일 현재 나대지인 경우 장기보유특별공제를 배제하는 것임
○○세무서장이 1999.5.6 청구인에게 결정고지한 1994년 귀속 양도소득세 32,002,820원의 부과처분은,
1. 청구인이 양도한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 12필지 대지 및 도로 2,261㎡의 양도일(1994.4.4)현재 위 토지의 지상에 착공한 건축물의 완성도를 확인하여 토지초과이득세법 제8조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제22조의 규정에 따라 공사예정기간에 따른 공사완성도 이상 건축된 경우에는 그 완성예정인 건축물이 준공되어 있는 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 청구인이 1994년 5월에 처분청에 제출한 양도소득세 신고서를 예정신고로 보아 위 신고와 함께 자진납부한 세액의 100분의 10 상당액을 예정신고납부세액공제하여 세액을 경정하며,
3. 나머지 청구는 기각한다.
청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 전 2,588㎡를 1963.9.30 취득하여 관상수를 재배하는 등 농지로 사용하다가 1994.3.5 대지로 지목변경 및 필지분할한 후 ○○동 ○○번지 대 215㎡ㆍ○○번지 대 180㎡ㆍ○○번지 도로 81㎡ㆍ○○번지 대171㎡ㆍ○○번지 대 174㎡ㆍ○○번지 대179㎡ㆍ○○번지 대 180㎡ㆍ○○번지 대 194㎡ㆍ○○번지 대 200㎡ㆍ○○번지 대 158㎡ㆍ○○번지 대 152㎡ㆍ○○번지 대 194㎡ㆍ○○번지 도로 183㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1994.4.4 청구외 (주)○○건설(이하 “(주)○○건설”이라 한다) 명의로 소유권이전등기하였다. 청구인은 쟁점토지의 양도시기를 1993년으로 보아 1994년 5월에 1993년 귀속 양도소득세 확정신고를 하면서 장기보유특별공제 185,708,957원을 차감하고 국민주택건설용지의 양도에 따른 감면세액을 110,314,866원으로 감면신청하였으며, 110,314,866원을 자진 납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 1/6상당이 나대지에 해당한다하여 장기보유특별공제 신청액의 1/6상당인 31,570,579원을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고, 국민주택건설용지의 양도에 따른 감면신청세액 중 감면한도액을 초과하는 10,314,866원을 감면배제하여 1999.5.6 청구인에게 1994년 귀속 양도소득세 32,002,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.7.22 심사청구하였다.
청구인은 쟁점토지에 관상수를 재배하는 등 농지로 사용하다가 양도하였음에도 처분청이 항공사진에 의하여 쟁점토지의 1/6에 상당하는 면적을 나대지라고 판단하여 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하고, 청구인과 (주)○○건설의 주주인 김○○외 2인간에 작성한 부동산매매계약서에 잔금약정일이 1993.12.20로 기재된 점, 위 김○○가 1993.12.22 ○○시 ○○구청장으로부터 토지형질변경허가를 받은 점 등에 비추어 청구인이 1993년도에 쟁점토지를 양도하였음을 알 수 있고, 이 경우(1993년 양도의 경우) 국민주택건설용지 양도에 따른 감면한도가 3억원임에도, 단지 등기접수일인 1994.4.4을 양도일로 보아 감면한도액을 1억원으로 하여 그 초과액을 감면배제한 처분은 부당하다. 한편, 처분청의 결정과 같이 1994.4.4을 양도일로 볼 경우, 청구인이 1994년 5월에 처분청에 제출한 양도소득세 신고서는 예정신고기한내에 이루어진 것이므로 자진 납부세액의 10/100에 해당하는 11,031,486원을 예정신고납부세액공제 하여야한다.
토지이용상황을 가장 객관적으로 확인할 수 있는 항공사진에 의거 나대지로 판단되는 쟁점토지의 1/6에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하고, 청구인이 1993년에 쟁점토지를 양도하였다고 주장하고 있으나 이를 객관적으로 확인할 수 있는 금융자료 등을 제시하지 못하고 있는 반면에, 매수자인 (주)○○건설의 1993년도 결산서에 이 건 쟁점토지가 자산으로 등재되지 않아 1993년에 잔금청산이 이루어진 것으로 보기 어려우므로, 등기접수일인 1994.4.4을 양도일로 하여 감면한도액(1억원)을 적용한 처분은 정당하다.
(1) 구 소득세법(94.12.22 개정되기 전의 것) 제27조 및 같은법시행령 제53조(양도 또는 취득의 시기) 제1항의 규정에 의하면, 자산의 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정되어 있다.
(2) 위 같은 법 제23조 제2항 제2호에서 『토지 또는 건물(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 그 자산의 보유기간이 5년이상 10년 미만인 것은 양도차익의 100분의 10을, 10년이상인 것은 100분의 30을 장기보유특별공제로 양도차익에서 공제한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제46조의 3에서는『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가 건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있다. (3) 토지초과이득세법 제8조 제1항 제4호 에는 건축물이 정착되어 있는 토지로서 건축물의 면적 등을 참작하여 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지ㆍ건축물 부속토지의 가액에 대한 건축물의 가액의 비율이 대통령령이 정하는 율에 미달하는 토지ㆍ대통령령이 정하는 무허가건축물의 부속토지는 유휴토지로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 위 제4호의 규정은 과세기간종료일 현재 대통령령이 정하는 바에 의하여 건축물이 정착되어 있는 경우에 한하여 적용하도록 규정하면서, 같은 법 시행령 제22조 제1항에는『법 제8조 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 건축물이 건축되어 있는 경우”라 함은 건축물이 완성된 경우를 말한다. 다만, 과세기간종료일 현재 건축예정기간(착공예정일부터 준공일까지를 말한다)을 기준으로 한 공사완성도 이상 건축된 경우에는 그 완성예정인 건축물이 건축되어 있는 것으로 본다』라고 규정하고 있다.
(4) 93.12.31 개정되어 94.1.1부터 시행되는 구 조세감면규제법 제66조 제1항에는 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지. 2~3호 생략』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제119조에는『개인이 제43조ㆍ제55조ㆍ제63조 내지 제66조ㆍ제70조, 제71조 및 이 법 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다』라고 규정하고 있다.
(5) 구 소득세법 제95조 제1항 에는『제23조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 동조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 대통령령이 정하는 자에 의하여 정부에 신고하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은 법 제98조 제1항에는『자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다』라고 규정하고 있다.
○ 쟁점토지의 전체면적이 장기보유특별공제 대상이라는 청구주장에 대하여 장기보유특별공제의 적용대상인지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것(같은 뜻, 대법원 90누1854, 91.5.28, 재무부 재산 22601-469, 92.12.24, 국세청 재일01254-1493, 92.6.15)이므로, 먼저 이 건 쟁점토지의 양도시기를 보면, 청구인은 쟁점토지에 대한 매매계약서상 잔금약정일이 1993.12.20로 기재되어 있음을 근거로 1993년에 양도가 이루어졌다고 주장하고 있으나, 잔금청산여부를 객관적으로 확인할 수 있는 금융자료 등 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 반면에, 쟁점토지의 매수자인 청구외 (주)○○건설의 1993년도 결산서에 쟁점토지가 자산으로 등재되지 아니한 사실이 확인되고 있는 이 건의 경우는 1993년에 잔금이 청산된 것으로 보기 어려우므로 등기접수일인 1994.4.4을 양도일로 봄이 타당하다 할 것이다. 그렇다면, 위 양도일에 앞서 1994.3.5 “대지” 또는 “도로”로 지목이 변경된 쟁점토지는 양도일 현재 경작에 사용되고 있는 농지가 아니므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다만, 쟁점토지 지상에 1994년 3월 주택건축을 착공하여 1995년 4월에 준공한 사실이 확인되므로, 앞에서 본 토지초과이득세법 제8조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제22조의 규정에 따라 양도일 현재 공사완성도를 확인하여 공사예정기간에 따른 공사완성도 이상 건축된 경우에는 그 완성예정인 건축물이 준공되어 있는 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 할 것이다.
○ 국민주택건설용지의 양도에 따른 감면한도액에 대하여 청구인이 양도한 쟁점토지는 국민주택건설용지로서 양도소득세 감면대상인 점에 대하여는 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없고, 다만, 청구인은 1993년에 사실상 쟁점토지를 양도하였고, 당시 시행중인 조세감면규제법 규정에 따라 양도소득세 감면한도액이 3억원이므로 감면신청한 110,314,866원 전액이 감면대상이라고 주장하고 있으나, 앞에서 살펴본바와 같이 쟁점토지의 양도시기는 1993년이 아닌 1994.4.4로 보아야 하므로 처분청이 1993.12.31 개정되어 1994.1.1부터 시행중인 조세감면규제법 제119조의 규정에 따라 감면한도액인 1억원을 초과한 금액에 대하여 감면을 베제한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
○ 예정신고납부세액공제에 대하여 청구인은 쟁점토지의 양도시기를 1993년으로 보아 1994년 5월에 양도소득세 확정신고서를 처분청에 제출한 사실, 위 신고와 함께 납부할 세액 110,314,860원을 납부기한내에 자진납부한 사실 등이 제시된 심리자료에 의하여 확인되고 있으며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. 청구인은 처분청이 양도시기를 1994.4.4로 보아 이 건 양도소득세를 결정하였으므로, 위 신고를 예정신고로 보아 예정신고납부세액 공제를 하여 달라고 주장하고 있 는 바, 청구인이 처분청에 제출한 양도소득세 신고서는 쟁점토지의 양도일(1994.4.4)이 속하는 달의 다음달 말일(1994.5.31)까지 양도차익을 정부에 신고한 것이므로, 자산양도차익 예정신고로 보아야 할 것이고, 당해 신고와 함께 자진납부한 세액에 대하여는 구 소득세법 제98조 의 규정에 따라 예정신고납부세액공제를 하여야 할 것이다. 위와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.