기준시가로 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 청구인에게 1999. 6.10. 결정고지한 1994과세연도 양도소득세 152,347,230원은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산○○번지 임야 등 공장용지 4필지 33,33,872㎡ 및 건물 4,147.35㎡의 양도와 관련하여 1,876,828,518원을 실지거래 양도가액으로, 1,987,355,438원을 실지거래 취득가액으로 보아 양도차익을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산○○번지 임야 등 공장용지 4필지 33,33,872㎡ 및 건물 4,147.35㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다.)를 1994.12. 5. 청구 외 안○○에게 양도한 후 양도가액을 1,876,828,518원으로, 취득가액을 1,987, 328,518원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 보아 1995. 5.31. 양도소득세 과세표준 확정신고를 하였다. 양도부동산 내역은 다음과 같다. (단위: ㎡) 부동산표시 용도 취득 양도 물건지 지목 면적 원인일 등기일 원인일 등기일

○○면 ○○리 산○○번지 임야 28,027 공장 용지 ‘91.11.26. ‘92. 2.13. ‘94.11.30. 매매 ‘94.12. 5.

○○면 ○○리 산 ○○번지 임야 1,091

○○면 ○○리 ○○번지 답 4,202

○○면 ○○리 ○○번지 답 552 위 지상 건물 3,388.4 공장 ‘94. 4. 9. 준공 ‘94. 4.25. 보존등기 위 지상 (2층 건물) 711.6 사무동 위 지상 47.35 수위실

○○세무서장은 청구인이 신고한 실지거래가액이 증빙 등에 의하여 확인되지 않은 경우로 보아 공정과세위원회의 심의를 거쳐 기준시가로 양도차익을 산정하여 1994과세연도 양도소득세 152,347,230원을 1999. 6.10. 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 7.16. 이의신청을 거쳐 1999.11.22. 심사청구하였다.

청구인은 자동차부품생산과 관련하여 창업승인을 득한 후 공장신설 및 시설투자를 하였지만 사업경영 미숙으로 인한 생산 차질, 종업원과의 마찰, 계속되는 산재사고 등으로 인하여 부득이 쟁점부동산을 장부가격으로 매각할 수밖에 없었던 실정으로서, 쟁점부동산을 포괄양도한 후 취득 및 양도가액을 장부가액으로 산정하여 1995. 5.31. 양도소득세 과세표준 확정신고를 한 것인 바, 이를 인정하지 아니하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

청구인이 쟁점부동산 취득당시 토지위에 신축한 건축물의 실제금액에 대한 증빙서류가 없을 뿐만 아니라 포괄양도 시 쟁점부동산과 사업내용에 대하여 별도의 구분과 평가 없이 사업양수 차입금으로 지급하였음이 양수도계약서에 표시되어 있으나 금융거래 등 객관적으로 확인이 안 되고, 토지의 평가액이 38억원이며 대출금이 2,913백만원임에도 이에 훨씬 못 미친 장부가액인 1,876,828,515원으로 양도한 점으로 보아 이 역시 실지거래 양도가액을 확인할 수 있는 서류가 부족하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관계법령

○ 쟁점부동산 양도당시 시행되던 소득세법 제23조 【양도소득】 『① 양도소득을 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득 2.~5.호 (생략)

② ~③항 (생략)

④ 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제1항 제1호, 제2호, 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(이하생략)』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제45조 【양도소득의 필요경비계산】 『① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호 게기하는 것으로 한다.

(가) 제23조 제1항 제1호, 제2호, 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (나) 가 목외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적지출액

② 양도자산보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산소득금액․사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제94조 【양도자산의 필요경비】 『 ① 법 제45조 제1항 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액” 이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제86조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액에 상당하는 가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다.)

2. (생략)

② 법 제45조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 설비비와 개량비”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 양도자산의 용도변경을 위하여 지출한 비용

2. 양도자산의 개량을 위하여 지출한 비용

3. 양도자산의 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재무부령이 정하는 것

③ 법 제45조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 자본적지출액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제89조의 규정을 준용하여 계산한 자본적지출액

2. (생 략)

④ 법 제45조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 양도비”라 함은 법 제23조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세를 말한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행규칙 제47조 【양도자산의 필요경비계산】 『① 영 제94조 제2항 제4호에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 비용을 말한다.

1. 하천법․ 특정다목적댐법 기타 법률에 의하여 시행하는 사업으로 인하여 당해 사업구역내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금․환지청산금 등의 사업비용과 개발이익환수에 관한 법률에 의한 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분된 개발부담금상당액을 말한다.) 다만, 개발이익환수에 관한 법률 제12조 의 규정에 의하여 양도소득세가 개발비용에 계상된 경우의 개발부담금상당액을 제외한다.

2. 토지이용 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지비용 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설한 경우의 그 설비

4. 토지이용 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우 그 도로로 된 토지의 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용』을 열거하고 있다.

○ 같은법 제25조 【기타소득】 제1항 본문에서 『기타소득은 이자소득․배당소득․부동산소득․사업소득․근로소득․퇴직소득․양도소득 및 산림소득 이외의 소득으로서 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』라고 규정하고, 같은 항 제7호에서『광업권․어업권․공업소유권․산업정보, 산업상비밀․영업권․채석의 채취허가에 따른 권리․기타 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품. 다만, 영업권으로서 제23조 제1항 제5호의 규정에 의하여 양도소득으로 과세되는 경우에는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 이건 쟁점부동산의 양도는 부가가치세법 제6조 제6항 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에 규정에 의한 사업의 포괄적인 양도로 이루어진 거래로서, 쟁점부동산의 실지거래 취득 및 양도가액이 토지 등 취득계약서․비치장부 및 증빙서류, 사업양수도계약서, 1994과세연도 재무제표 등에 의하여 확인됨에도 청구인이 신고내용을 인정하지 아니하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

① 중소기업창업사업계획 승인서 및 사업자등록증 사본에 의하면, 청구인은 1991. 9.18. ○○군수로부터 중소기업창업사업계획승인(지경 28280-7011)을 득하여 ○○세무서장으로부터 ○○정공이라는 상호로 사업자등록증(사업자등록번호: 000-00- 00000)을 1991.10.24. 교부받아 자동차부품 제조업을 영위하다 1994.10.31. 폐업하였음이 확인되는데, 노동부 ○○지사가 발급한 1992. 1. 1.~1994.12.31. 기간 동안에 대한 사업장별 재해자 현황조회(성립번호: 000-00-00000)에 의할 때 청구인의 사업장에서 위 기간 중 4건의 산재사고가 발생하여 노동부는 산재보험급여로 84,410,810원을 지급한 사실이 확인되는 한편, 청구인의 종업원이었던 청구 외 김○○․청구 외 장○○․청구 외 이○○은 청구인의 사업장에서는 산재사고와 노사분규가 빈번히 발생되었으며 당시 노동조합의 설립 준비를 추진하던 중 청구 외 ○○정공(대표 안○○에게 양도되었다며 자필확인서를 제출하고 있다.

② 청구인과 청구 외 안○○는 1994. 9.10. 인수의향서를 작성한 후 1994.10월 사업양수도에 관한 계약을 한 사실이 확인되는데, 청구인을 “갑”으로 청구 외 안○○를 “을”로 기재되어 있는 인수의향서에 의하면, 동 의향서 제1항에서 “갑”이 극심한 노사분규로 인하여 더 이상의 사업을 추진하기가 어렵고 “을”이 “갑”의 사업장을 인수할 경우 ○○자동차(주)에 계속적으로 자동차부품 납품을 하는 조건이라면 “을”은 “갑”을 인수할 의사가 있다.라고, 제4항에는 양수도기준일 현재 “갑”의 자산과 부채는 “을”이 전부 양수한다. 다만, “갑”의 종업원에 대한 양수도 시점일 현재의 퇴직금예상액 6,638,510원은 “을”이 부담한다.라고, 제6항에는 ”을“은 인수의향서 작성일로부터 20일 이내에 가 계약대금 형식으로 ”갑“에게 250백만원을 지급하며 본 계약 시 동 금원을 본 계약대금으로 대체한다. 다만 ”갑“의 순재산(자산에서 부채를 공제한 금액)이 상기금액의 10%를 초과할 때는 그 초과금액은 정산하기로 한다.라고, 제10항에는 갑, 을 간 특별한 사정이 없는 한 1994.10.31.을 기준일로 한 사업양수도에 관한 계약서 제3조(사업양수도 기준일 및 가액)제1항에서 「사업양수도 기준일은 1994년 10월 31일 현재로서 위 현재 ”갑“의 대차대조표에 계상되어 있는 모든 사업용 자산과 부채를 포함한다.라고, 같은 조 제2항에서 제1항의 양수도가액 대금은 250,000,000원으로 하고 계약과 동시에 일시불로 지급하기로 한다.라고, 제6조(경업피지의무 등) 제2항에서 ”갑“은 제4조의 효력발생일 이전에 양도하는 ”갑“의 사업장과 관련하여 발생하였거나 향후 발생한 제세공과금, 벌과금 등은 제3조 제1항의 사업양수도가액과 관계없이 책임을 부담한다.라고 기재되어 있는데, 양수자인 청구 외 안○○는 위 계약 내용대로 즉 1994.10.31. 현재 장부가액으로 쟁점부동산을 취득하였다며 인감증명서와 함께 거래사실확인서를 제출하고 있다.

③ 등기기부등본․건축물대장에 의하면, 청구인은 쟁점부동산 중 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 답 552㎡ 및 같은 곳 답 4,202㎡는 1991.11.26. 매매를 원인으로, 같은 곳 산 ○○번지 소재 임야 28,027㎡과 같은 곳 산 ○○번지 소재 임야 1,091㎡는 1992. 1. 9. 매매를 원인으로 하여 1992. 2.13. 청구인에게로 소유권이전등기 경료되었으며, 위 토지 전부가 1995.10. 9. 공장용지로 지목변경 되었음을 알 수 있다. 그리고 청구인은 위 토지위에 공장 1동 3,388.4㎡ 및 부속건물 2동을 신축하여 1994. 4. 9. 준공검사를 필하고 1994. 4.25. 소유권보존등기 경료된 후에 쟁점부동산은 1994.11.30. 매매를 원인으로 1994.12. 5. 청구 외 안○○에게로 소유권이전등기 경료되었는데, 쟁점부동산 중 토지에는 1992. 7.29. 근저당권자를 ○○은행으로 채무자를 청구인으로 하는 근저당설정계약(채권최고액 3,800,000,000원)을 하였다가 기계설비가 포함된 공장에 대해 1994. 4.25. 공장저당법 제7조 목록 제29호 추가를 원인으로 하여 근저당권공동담보로 추가되었으며(1994. 9.26. 근저당권자를 청구 외 안○○로, 채권최고액을 300,000,000원으로 하는 근저당설정계약을 하였다가 원인일을 1994.11.10.으로 하여 1994.12. 5. 해지되었음), 채권최고액 3,800,000,000원은 1994.12.26. 면책적채무인수를 원인으로 하여 청구 외 안○○로 채무자가 변경되었음이 확인된다.

④ 청구인이 취득한 토지인 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산○○번지 임야 28,027㎡은 140,387,000원, 같은 곳 산○○번지 임야 1,091㎡은 5,103,000원, 같은 곳 ○○번지 답 552㎡ 및 같은 곳 ○○번지 답 4,202㎡은 23,000,000원 등 합계 4필지 33,872㎡ 168,490,000원을 1991. 9. 1. 토지계정에 계상한 후에 1994년까지 취득세 등 공과금 2,839,600원을 포함한 농지조성비 387,277,883원을 자본적지출로 보아 토지계정에 계상한 사실이 청구인의 비치장부 사본․세금계산서․간이세금계산서․제세공과금 납부 영수증․재무제표․토지취득 계약서에 의하여 확인되고, 공장건물의 취득금액은 아래 표에서 나타나 있듯이 청구인은 쟁점부동산 중 공장건물을 신축한 후 등록세 납부 시 장부 및 증빙서류에 의해 과세 표준액을 산출하여 자진신고를 하고 등록세 10,332,490원과 교육세 2,066,490원을 1994. 4.25. ○○등기소에 납부한 것으로 확인되는데, 위 영수증상 등록세 과세표준액이 1,291,562,314원으로 기재되어 있음을 알 수 있다. 그런데 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후인 1995. 7.24.에 쟁점부동산에 부과된 토지개발부담금 110,526,420원(건설교통부 55,263,210원 + ○○군 55,263,210원)을 ○○은행 출장소에서 납부한 것으로 확인된다. (단위: 원) Ⅰ. 1994.10.31. 현재 장부가액 1,337,501,214 Ⅱ. 소계 (①+②+③) 45,988,900

① 제세공과 ․ 취득세 20,106,190 ․ 등록세 10,332,490 ․ 교육세 2,066,490

② 등록세 등 신고일 이후 자본적지출 9,483,730 ․ 지하수 개발비 5,550,000 ․ 페인트 비용 1,909,000 ․ 측량비 1,774,730 ․ 인지대 등 250,000

③ 기타 4,000,000 ․ 설계비 4,000,000 Ⅲ. 차감(Ⅰ-Ⅱ) 1,291,512,314 Ⅳ. 청구인이 신고한 등록세 과세표준 1,291,562,314 차 이 50,000

⑤ 그리고 청구인이 1994과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고 시 제출한 대차대조표와 양수자인 청구 외 안○○가 사업자등록 시 제출한 개시대차대조표에 의하면 붙임〔표1〕에서 보는 바와 같이 청구인 소유 ○○정공의 1994.10.31. 현재 자산총액은 5,486,889,442원 (감가상각충당금 제외), 부채총액은 5,254,286,594원으로서 쟁점부동산 중 토지는 555,767,883원, 건물은 1,321,060,635원으로서 순자산액은 232,602,848원이며, ○○합동회계사무소에서 작성한 ○○정공 사업양수도가액 산정을 위한 회계검토보고서에도 1994.10.31. 현재 토지는 555,767,883원으로, 건물은 1,337,501,214원(감가상각충당금 16,440,579원을 포함한 금액임)으로 계상되어 있음을 알 수 있다. 이건 면책채무인수와 관련된 근저당설정채무 2,913, 380,218원(채권최고액 38억원)이 고정부채 계정으로 계상되어 있어 위 부채총액에 포함되어 자산과 부채가 청구 외 안○○에게 포괄양도되었음을 알 수 있다.

⑥ 한편, 양수자 안○○가 1994과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 시 1995. 5.31. ○○세무서장에게 제출한 재무제표와 부속명세에 의하면 쟁점부동산인 토지와 건물의 기초가액이 위 1994.10.31. 현재 청구인의 대차대조표상 기초가액과 일치하는 것으로 확인된다. 1994.12.31. 현재 ○○기공의 고정자산명세서 및 감가상각비 시부인 명세서 내역은 다음과 같다. (단위:원) 과목

① 장부가액

② ‘94.10.31.현재 감가상각충당금누계액

③ ‘94.11. 1. 현재기초잔액 (①~②)

④ 당기증가

⑤ 감가상각비

⑥ ‘94.12.31. 현재상각누계액(②+⑤) 당 기 말 미상각잔액 (①~⑥) 토지 555,767,883 555,767,883 6,922,000 562,689,883 건물 1,337,501,214 16,440,579 1,321,060,635 26,436,200 12,453,266 28,893,845 1,335,043,569 구축물 5,924,658 27,647 27,647 5,897,011 전기시설 241,694,031 4,286,585 237,407,446 8,220,000 2,928,025 7,214,610 234,479,421 기계장치 2,721,082,175 98,611,723 2,622,470,452 372,867,130 31,393,659 130,005,382 2,963,943,923 차량운반구 99,505,910 4,814,427 94,691,483 22,345,590 7,867,975 12,682,402 109,169,098 비품 30,005,841 256,736 29,749,105 9,554,145 1,978,128 2,234,864 37,325,122 공구와 기구 17,147,520 51,731 17,095,789 725,299 777,030 16,370,490 합계 5,002,704,574 124,461,781 4,878,242,793 452,269,723 57,373,999 181,835,780 5,264,918,517

⑦ 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후 양도가액을 1,876,828,518원으로, 취득가액을 1,987,328,518원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 1995. 5.31. 양도소득세 과세표준 확정신고(○○세무서 접수 제3055호)를 한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에는 다툼이 없으며, 양도소득세 결정결의서에 의하면 ○○세무서장은 양도 및 취득가액이 확인할 수 없는 경우라 하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 이건 과세하였음을 알 수 있다.

⑧ 실지거래가액이란 양도자산이 실제로 거래된 가격으로서 명칭여하에 불구하고 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전 기타 물건 등의 가액이 모두 포함되고, 양도차익계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비에는 취득가액, 설비비와 개량비, 자본적지출액 및 양도비가 포함되는 것이며, 여기서 취득가액이라 함은 양도한 자산을 취득하기 위하여 지출하였거나 지출할 대가와 그 부대비용을 말하고, 그 매입가액에는 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액인데 양도자산보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 사업소득급액의 계산에 있어서 필요경비로 산입한 금액은 취득가액에서 공제하는 것이다. 그리고 개발이익환수에관한 법률에 의한 개발부담금도 설비비와 개량비에 포함되어 양도가액에서 공제되는 것인 바, 위 법령과 사실 내용에 비추어 볼 때 쟁점부동산의 실지거래 취득가액은 1,987,355,438원〔장부상 토지금액 555,767,883원 + (장부상 건물금액 1,337, 501,214원-감가상각비 16,440,579원) + 토지개발부담금 110,526,420원〕이 되고, 실지거래 양도가액은 토지잔액 555,767,883원에 감가상각비 16,440,579원을 차감한 금액인 건물 1,321,060,635원을 합한 1,876,828,518원이라고 판단된다.

⑨ 그렇다면, 위에서 살펴본 바와 같이 사업경험이 없는 청구인으로서는 장부가액 대로 양도할 수밖에 없었던 사정이 있었다고 보이는 이건은 청구인이 신고한 실지거래 취득 및 양도가액이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 해당된다 할 것인 바, 이는 사실조사를 소홀히 한 채 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분청의 당초처분에는 잘못이 있다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.