신 공장 준공시 과세이연방법의 적정 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

1.처분내용 청구인은 ○○시 ○○구 ○○ 동 ○가 ○○번지 ○○호에 거주하는 사람으로서, 산업용열식건조기 등 제조에 5년 이상 계속하여 사용하던 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 13필지 대 14,727㎡ 및 지상 건물 10,031.88㎡(이하 “구공장”이라 한다)을 이전하고자 이를 1995.10.26. 청구 외 ○○종합건설(주)에 양도한 후, 1995. 8.31. 같은 시 같은 읍 ○○리 ○○번지 ○○호 외 7필지 토지 11,506㎡와 지상 건물 4,542.14㎡(이하 “신공장” 이라 한다)을 취득하였다. 청구인은 구공장에 대한 양도소득세를 신고함에 있어, 양도 당시 시행되던 조세감면규제법 제71조 제1항 제2호의 규정에 의한 “과세이연”방법으로 신고하면서 구공장의 양도가액은 기준시가로, 신공장의 취득가액은 실지거래가액으로 하여 감면세액을 1,085,672,044원으로 신고하였다. 처분청은 청구인의 과세이연방법에 의한 감면세액의 계산에 다음의 잘못이 있다 하여, 즉 첫째, 콘테이너 창고(같은 시 같은 읍 ○○리 산○○번지 ○○호와 ○○번지 토지·건물로서, 이하 “쟁점부동산” 이라 한다)에 대하여 취득예정가액(1,124백만원)을 신공장의 취득가액에 포함하였으나, 이전계획서를 제출하지 아니하였고 또한 구공장 양도일로부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였으므로 쟁점부동산의 취득가액을 신공장의 취득가액에서 제외하고, 둘째, 구공장의 양도가액은 기준시가로, 신공장의 취득가액은 실지거래가액으로 감면세액을 계산함은 잘못이므로, 구공장의 양도가액과 신공장의 취득가액 모두 실지거래가액으로 감면세액을 계산하는 등으로 하여 감면세액을 412,828,030원 등으로 다시 계산한 후, 1999. 9.17. 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 805,928,590원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.10.28. 심사 청구하였다.

(1) 쟁점부동산을 구공장 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공·사업개시하지 못함은 불법건축물이 먼저 준공되어 있기 때문으로서 부득이한 사유에 해당하는데도 과세이연에서 제외시킴은 부당하고,

(2) 구 조세감면규제법시행령 제30조 제4항의 규정에 따른 과세이연 계산 시, 그 비교가액에 대하여 신공장취득가액은 실지거래가액으로 한다고 규정되어 있으나 구공장양도가액은 실지거래가액 또는 기준시가금액에 대하여 명시되지 아니하였으므로, 기준시가금액으로 계산함도 정당하다.

(1) 청구인은 쟁점부동산을 구공장의 양도일로부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 것은 불가피한 사유, 즉 청구인의 공의 없이 청구인의 토지 위에 청구 외 박○○이 불법으로 건축물을 신축하고 있었고, ○○시장이 건축허가 및 준공검사 시 현장확인을 하지 아니한 채 준공검사를 하여 줌으로써 청구인의 토지 소유권이 물리적으로 제한 받았기 때문이라고 주장하나, 이는 당시의 조세감면 규제법 제71조 제2항이 정하는 불가피한 사유에 해당하지 아니하므로, 쟁점부동산을 신공장 취득가액에서 제외하여 감면 비율을 계산함은 정당하고,

(2) 같은 령 제30조 제4항에 의해, 구공장의 양도차익에 대한 과세이연 금액을 계산함에 있어서, 신공장의 취득가액은 실지거래가액으로 하고, 구공장의 양도가액은 기준시가로 하는 것은 합리성이 없으므로, 질의회신 재일 00000-0000호(96. 9.23.)에 따라 구공장 양도가액 및 신공장 취득가액을 모두 실지거래가액으로 계산하여 과세이연세액을 산출·과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 사유가 공동소유자의 건축물이 존재함일 때 감면추징 제외사유에 해당하는지 여부와

(2) 5년 이상 가동공장을 이전함에 따른 감면(과세이연)세액 계산 시, 구공장의 양도가액과 신공장의 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여 감면비율을 계산함이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면에 대하여, 조세감면규제법 (94.12.22. 법률 제4806호로 개정 분, 이하 같다) 제66조 제1항과 같은법시행령 (94.12.31. 대통령령 제14475호로 개정 분, 이하 같다) 제68조 제1항 제3호의 규정을 종합하면 『내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 “구공장” 이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 “신공장” 이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하고 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. (생략)

2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법』 이라고 규정하고 있고, 양도소득세 과세이연의 적용방법을 산택하는 경우의 과세이연에 의한 감면세액상당액(이하 “과세이연세액”이라 한다)에 대하여, 같은령 제68조 제2항과 같은령 제30조 제4항 제3호에서『과세이연에 의한 감면세액 상당액(과세이연세액)은 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

• 가. 구공장의 공장건물 및 그 부속토지를 양도함에 따라 발생한 소득에 대한 양도 소득세 또는 특별부가세 산출세액 상당액. 이 경우 산출세액 상당액은 과세이연을 적용하지 아니한 양도가액을 기준으로 하여 계산한다.
• 나. 사업용 고정자산의 취득가액이 구공장양도가액 중에서 차지하는 비율』 로 규정하고 있다. 또한, 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하더라도 과세이연 방법에 의하여 감면받은 세액을 추징하지 아니하는 부득이한 사유에 대하여, 같은령 제68조 제6항에서 『대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 신공장이 토지수용법에 의하여 수용된 경우

2. 법령의 규정에 의하여 사업을 폐지 또는 신공장을 처분하는 경우

4. 양도소득세가 감면되는 중소기업간 통합, 법인전환, 중소기업 사업전환 또는 공장의 지방이전의 경우』를 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 이미 결정한 과세이연세액의 계산내역 등에 대하여는 청구인과 다툼이 없다.

○ 쟁점1에 대하여 살펴본다. 청구인은 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 쟁점부동산에서 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 사유가 불법건축물이 있었기 때문이고, 이는 청구인에게 귀책이 없는 부득이한 사유에 해당하므로 이를 신공장의 취득가액에 포함하여 감면비율을 계산하여야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 그 토지에 불법건축물을 먼저 신축하였다는 청구 외 박○○은 전소유자 이○○ 등으로부터 1996. 2.12. 공동소유지분으로 취득하여 착공한 후 1997. 5. 6. 준공하였고, 청구인은 전소유자 이○○ 등으로부터 1996.12.28. 공동소유지분으로 취득하였음을 알 수 있음에 따라, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에는 이를 먼저 취득(지분)한 청구 외 박○○이 건물을 신축하고 있던 중으로 보이고, 청구인은 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 쟁점부동산에서 신공장을 준공하여 사업을 개시하기가 어렵다는 사실을 알고서 취득하였다고 판단되므로, 쟁점부동산에 제3자 소유의 불법 건축물이 있어 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 데에는 청구인으로서 어찌할 수 없는 불가항력적인 사유가 있다고 보여지지 아니하고, 설령, 쟁점부동산을 먼저 취득(지분)한 청구 외 박○○이 건물을 신축 중에 있었다는 사실을 청구인이 모르고 취득하였다 하더라도, 앞서 관련법령에서 살펴 본 “감면(과세이연)되는 부득이한 사유”에 해당하지도 아니하므로, 처분청에서 사업용 고정자산의 취득가액이 구공장양도가액 중에서 차지하는 비율을 계산하면서 신공장의 취득가액에서 쟁점부동산을 제외하고 과세이연세액을 계산함에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

○ 쟁점2에 대하여 살펴본다. 청구인은 구공장 양도당시에 시행되던 조세감면규제법시행령 제30조 제4항에서, 사업용 고정자산의 취득가액이 구공장 양도가액에서 차지하는 비율을 계산하는데 취득가액은 실지거래가액으로 하도록 규정하고 있을 뿐 양도가액에 대하여는 특별히 규정하고 있지 아니하므로 기준시가에 의하여도 무방하다는 주장이다. 그러나 이는 관련 법규정을 잘못 이해한데서 비롯된 것으로서, 5년 이상 가동한 공장을 이전하기 위하여 구공장의 토지와 건물을 양도하는 경우, 이에 대한 양도소득세를 감면하는 입법취지는 구공장 양도에 대하여 양도소득세를 부과한다면 과세부담액 만큼 공장규모를 축소하여 이전하여야 하는 등 공장이전에 지장을 초래하므로 구공장 양도금액을 신공장 취득에 사용하는 만큼 이를 양도로 보지 아니하여 사업자의 공장이전을 지원하기 위한 것이므로, 신공장 취득가액이 구공장 양도가액에서 차지하는 비율을 계산함에 있어 구공장 양도가액 및 신공장 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하는 것은 조리상 당연하고 입법취지에도 부합한다(대법원 ‘95. 9.29. 95누 7222호, 국심 ’98. 5.11. 97구 2941호, 질의회신 ‘96. 9.23. 재일 46014-2176호외 다수 같은 뜻임)고 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.