양도소득세 장기보유특별공제 대상여부

○○세무서장이 1999. 3. 2. 청구인에게 결정고지한 양도소득세 72,831,400원은 ○○시 ○○구 ○○동O가 ○○번지 대지 192㎡에 대한 양도소득금액 계산시 전체면적에 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 O가 ○○번지 대지 192㎡, 무허가 건물 20평(66.1 1㎡, 이하 “구공장”이라 한다.)을 1994.12. 2. 160,000,000원에 양도하고 1995. 1. 6. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 2필지 대지 146.14㎡, 2층 건물 136.33㎡를 160,000,000원에 취득하여 1995. 5.26. 멸실한 후 1996. 4. 9. 지하 1층·지상 4층 건물 370.54㎡(이하 “신공장”이라 한다.)를 신축하여 준공한 사실이 있다. 처분청은 청구인이 1995. 3. 2. 구공장에 대한 양도소득세 과세표준 및 세액의 신고시 조세감면규제법상 5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 과세이연신청을 하였으나 이를 적용하지 아니하고 1999. 3. 2. 양도소득세 72,831,400원을 추징하였다가 “구공장의 대지 중 공장입지기준면적인 23.4㎡(구공장이 무허가 건물이므로 기계장치 등의 수평투영면적인 9.36㎡를 기준으로 계산)에 대하여는 과세이연 규정 및 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다.”는 이의신청 결정(1999. 6.30.)에 따라 1999.8.2. 7,857,395원을 가액 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 4.19. 이의신청을 거쳐 1999. 9.30. 심사청구하였다.

청구인은 구공장에서 신공장으로 이전한 후 현재까지 구공장에서 영위한 사업과 동일한 사업을 계속 운영하고 있으며 구공장을 양도한 후 양도소득세 과세표준 및 세액의 신고기한 이내에 과세이연신청을 하였는 바, 신공장을 신축하지 전에 이전하여 바로 사업을 개시하였으므로 신공장 신축적인 이전당시를 기준으로 하거나 신축된 신공장 중 지상 1층의 면적 60.56㎡을 공장으로 사용되는 면적에 포함하여 과세이연 규정을 적용하여야 하고, 구공장의 대지 전체면적에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

구공장의 건물은 무허가 건물로서 공장입지기준면적 계산시 포함되지 아니하므로 기계장치 등의 수평투영면적을 기준으로 공장입지기준면적을 계산한 후 구공장의 대지 중 공장입지기준면적 23.4㎡를 초과하는 면적인 168.6㎡를 과세이연 규정의 적용대상에서 제외하고, 토지초과이득세법의 규정에 의한 유휴토지에 해당되므로 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세감면규제법상 5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면규정의 적용이 정당한지와 토지초과이득세법상 유휴토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 조세감면규제법 제71조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면】 제1항에서『내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 “구공장”이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 “신공장”이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각 호의 방법에 따라 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 당해 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 당해 토지등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법』을 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제68조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면등】 제1항에서『법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 구공장을 양도하는 경우

2. 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시 하는 경우

3. 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우』를 규정하고 있으며, 제2항에서『법 제71조 제1항의 규정에 의한 세액의 감면 또는 과세이연의 적용방법등에 관하여는 제30조 제4항 내지 제6창의 규정을 준용한다. 이 경우 “전환전사업”을 “구공장”으로, “구공장양도가액”으로 본다.』규정하고 있고, 제23항에서『구공장 또는 신공장의 대지가 총리령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제71조의 규정을 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행규칙 제34조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면】 제3항에서는『영 제68조 제3항에서 “총리령이 정하는 공장 입지기준면적”이라 함은 제23조 각호에 규정된 면적을 말한다.』고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제23조 【공장입지기준면적】 『영 제41조 제1항의 단서에서 “총리령이 정하는 공장입지기준면적”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 면적을 말한다.

지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호 에 규정된 공장입지기준면적』을 규정하고 있다.

○ 지방세법 제45조의5 【공장입지기준면적】 『영 제84조의 4 제3항 제6호에서 “내무부령으로 정하는 공장입지 기준면적”이라 함은 별표 4의 공장입지 기준면적을 말한다.』고 규정하고 있고, 같은법 【별표4】에서는 공장이지기준면적을 다음과 같이 계산하도록 하고 있다.

1. 공장입지기준면적 = 공장건축물 연면적 × 100 ÷ 업종별 기준공장면적률

• 가. 공장건축물 연면적: 당해 공장의 경계구역 안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적을 제외한다.)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.(이하생략)

○ 같은법 시행령 제161조 【장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지】 『법 제95조 제2항에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(총리령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제154조 제7항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다.』고 규정하고 있다.

○ 토지초과이득세법 제8조 【개인소유토지 중 유휴토지등의 범위】 제1항에서『개인이 소유하는 토지로서 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지등은 다음 각 호의 1에 해당하는 토지로 한다.

4. 제1호 내지 제3호 외에 건축물이 정착되어 있는 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지(주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)

• 다. 대통령령이 정하는 무허가건축물의 부속토지』로 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제11조 【일반건축물 부속토지의 범위】 제3항에서『법 제8조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령이 정하는 무허가건축물”이라 함은 건축법 기타 관계법령의 규정에 의하여 허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가를 받거나 신고를 하지 아니한 건축물과 사용검사를 받아야 하는 건축물로서 사용검사 또는 임시사용승인을 얻지 아니한 건축물을 말한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 무허가건축물로서 1989년 12월 31일 이전에 건축된 건축물을 제외한다.

1. 지방세법 제196조 의 규정에 의한 재산세과세대장에 등록되어 있는 건축물

2. 법률 제4212호 공업배치 및 공장설립에 과한 법률 부칙 제3조의 규정에 의하여 등록증을 교부받은 공장』을 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 구공장 양도에 대하여 조세감면규제법상 5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면 규정 적용시 구공장 전체 면적에 대하여 과세이연규정을 적용할 수 있는지에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 관련법령에 의하면 구공장 또는 신공장의 대지 중 공장입지기준면적(공장건축물 연면적 × 100 ÷ 업종별 기준공장면적률)을 초과하는 면적에 대하여는 5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면규정이 적용되지 않는 것으로 규정되어 있는 바, 처분청이 구공장의 무허가건물을 제외한 기계장치 등의 수평투영면적을 기준으로 다음과 같이 구공장의 공장입지기준면적을 계산하여 이를 초과하는 면적인 168.6㎡에 대하여 과세이연규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분은 정당한 것(같은 뜻: 재일46014-208 1995. 1.27, -2185 94. 8.11, -4100 93.11.22, 심사양도98-92 98. 3.27.)으로 판단된다. 구공장의 공장이지기준면적 23.4㎡ = 공장건축물연면적 9.36㎡ × 100 ÷ 업종별 기준공장면적율 40 또한, 청구인은 신공장을 취득한 후 바로 이전하여 사업을 개시·영위하다가 멸실하고 신축하였으므로 신공장 신축 전을 기준으로 이건 감면 규정을 적용하여야 한다고 주장하나 건물대장에는 신공장이 1995. 4. 3. 청구인에게 소유권 이전된 직후인 1995. 5.26. 멸실된 것으로 등재되어 있고 사업자등록도 멸실 이후인 1995. 9. 6. 이전된 사실 등에 비추어 볼 때, 이건 청구주장처럼 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시한 경우(구 조세감면규제법 시행령 제68조 제1항 제2호)가 아니라 3년 이내에 신공장을 신축·준공하여 사업을 개시한 경우(동조 동한 제3호)로 보아 관련법령을 적용함이 타당하다 할 것이므로 청구주장 인정할 수 없다 할 것이다. 한편, 신공장 신축적(또는 신축 후 청구인이 주장하는 지상 1층을 추가한 면적)을 기준으로 이건 과세이연금액이나 세액을 계산한다 하더라도 감면규정의 적용대상이 되는 신공장의 취득가액이 이건 과세내용과 더불어 모두 구공장의 양도가액을 초과하여 조세감면규제법상 감면 비율이 모두 100% 이상에 해당되므로 심리의 실익이 없다 할 것이다. 과세이연금액 = 구공장의 양도차익 × [신공장의 취득가액 ÷ 구공장의 양도가액 (100분의 100한도)] 다음으로 구공장의 대지 전체 면적에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 법령에 의하면 무허가 건축물 정착 토지를 포함한 나대지와 건축물 부속토지 기준면적 초과 부분은 장기보유특별공제대상에서 제외되는 것이나 1989. 12.31 이전에 건축된 무허가건축물로서 지방세법 제196조 의 규정에 의한 재산세과세대장에 등록되어 있는 건물이나 법률 제4212호 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 부칙 제3조의 규정에 의하여 등록증을 교부받은 공장 등은 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당되지 않으므로 동 공제를 적용할 수 있도록 규정되어 있는 바, 구공장의 대지에 있는 건물은 1982년 1월 이전에 건립된 무허가 건물로서 재산세과세대장에 등록되어 있는 건물이고 건축물 부속토지 기준면적(건물정착면적의 5배)이내임이 무허가건물확인서(○○가동장 1995. 1.12. 발행) 및 재산세 영수증(19 82년~1984연도분)과 공장등록 공문(○○구)·공장기분조사표 등에 의하여 확인되므로 구공장의 대지 전체 면적에 대하여 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다 할 것(같은 뜻: 재일 46014-2277 1996.10. 9.)이다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.