양도차익의 계산방법의 당부

○○세무서장이 1999.7.2. 청구인에게 결정고지한 1997년 과세연도 양도소득세 142,138,670원은,

1. 산출세액에서 1억원을 감면하여 이를 경정하고

2. 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지, 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지 등 3필지의 일부인 대지 등 380.21㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 신○○과 1/2씩 공유로 1979.12.24. 취득하여 1997.3.15. 청구외 ○○조합에 양도하고, 청구인 지분에 대하여 취득가액 77,923,279원, 양도가액 79,931,950원을 거래가액으로 하여 과세미달로 자산양도차익 예정신고 하였으나, 처분청에서는 청구인이 신고한 거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 후, 1999.7.2. 청구인에게 1997년 과세년도 양도소득세 142,138,670원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.8.31. 심사청구하였다.

• 가. 쟁점토지를 포함한 2,650.5㎡를 공유자 청구외 신○○과 함께 취득하여 사용하던 중 쟁점토지 일대가 ○○시 도시계획사업의 일환인 ○○단지조성사업지구 지정과 관련하여 학교용지로 지적고시 되었는데, 1986. 6. 4. 위 매수인과 평당 1,390,000원에 매매하기로 약정서를 작성하였고, 매매금액의 정산은 유통단지가 준공되는 때 하기로 약정하였던 바, 당초 1986. 6. 4. 약정하여 공증한 내용에 의거 평당 1,390,000원에 쟁점토지를 매매한다는 내용의 약정서를 1997.3월 다시 작성한 후, 공유자인 청구외 문○○ 지분을 포함한 매매대금 159,863,900원을 1997.3.15. 영수하였는바, 증빙에 의하여 확인되는 매매가액이 있음에도 기준시가로 과세함은 부당하고,
• 나. 기준시가에 의하여 과세한다 하더라도, 쟁점토지의 양도는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등 감면대상으로서, 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득하였으므로, 산출세액의 50%를 감면하여 과세하여야 한다.

• 가. 청구인과 청구외 신○○은 쟁점토지와 같은 면적인 쟁점토지 연접 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 380.21㎡와 쟁점토지를 교환하는 조건으로 1997.3월 약정서를 작성한 것으로서, 교환거래의 경우 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산이 있을 경우에만 실거래가에 해당하는 것이므로, 청구인이 신고한 실거래가를 부인하고 기준시가로 과세한 당초 처분은 정당하고,
• 나. 쟁점토지는 매매를 원인으로 소유권이 이전되었기에 조세감면규제법 제63조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 공공사업용 토지 등의 양도에 해당되지 않으므로, 동 감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 중 청구인 지분의 양도에 대하여 청구인이 신고한 실거래가액을 인정하지 아니하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분이 맞는지와, 동 양도가 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제96조 【양도가액】제1호 및 제97조【양도소득의 필요경비계산】제1항 제1호 가목은『제94조 제1호의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 및 취득가액은 기준시가로 한다. 다만, 당해자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.』라고 규정하고, 같은법 시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항 제3호에서는『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 말한다.』라고 규정하고 있으며, 제5항에서『제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.』라고 규정하고, 그 제2호에서『제4항 제3호의 경우 신고한 실거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우』라고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제63조【공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등 감면】제1항에서『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.』라고 규정하고, 제1호는『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득』을, 제3호는『토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고, 같은법 제119조【양도소득세감면의 종합한도】제1항에서『개인이 제43조ㆍ제63조 내지 제66조ㆍ제70조, 제71조 및 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다.』라고 규정하고 있으며, 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정된 같은 법 부칙 제16조【양도소득세등에 관한 경과조치】제3항에는『1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구주장 “가”에 대하여 청구주장은, 1986. 6.4. 매수인인 청구외 ○○조합과 평당 1,390,000원에 쟁점토지를 매매하기로 약정서를 작성한 다음, 동 약정 내용대로 쟁점토지를 매매한다는 약정서를 1997.3월 다시 작성한 후, 공유자인 청구외 신○○ 지분을 포함한 매매대금 159,863,900원을 1997.3.15. 영수하였기에, 쟁점토지의 청구인 지분 매매금액은 청구인이 당초 실거래가액이라고 신고한 79,931,950원이라고 주장하나, 청구인이 주장하는 실거래가액은 기준시가 대비 17.89%에 불과하고, 1986. 6. 4. 작성한 약정서는 단지 매매가액을 1,390,000원으로 한다는 계약일 뿐이고, 1997. 3월 작성한 약정서는 협의에 의하여 쟁점토지를 같은 동 ○○번지 같은 면적과 교환하고 매도인에게 부과되는 양도소득세를 매수인이 부담한다는 내용이며, 동 약정에 따라 매도인과 매수인은 각 소유권 이전등기하였음이 확인되는 바, 1997.3월 작성한 약정서는 양도소득세 등 부담을 회피하기 위하여 매매금액만 1,390,000원으로 하였을 뿐 1986. 6. 4. 작성한 약정서와는 그 내용이 전혀 다른 별개의 약정서로 보아야 할 것이고, 교환거래의 경우 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산이 있을 경우에만 실거래가에 해당하는 것(같은 취지: 대법원 96누860, 1997.2.11., 대법원 98두17982, 1999. 2. 9.. 심사 양도99-4292, 1999. 8.13., 심사 양도99-205, 1999. 8.13. 등 다수)이므로, 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

(2) 청구주장 “나”에 대하여 1988.12.12. ○○시는 도시계획법 제25조 의 규정에 의하여 ○○(단지)조성사업의 사업인가(고시번호 000)를 건설교통부장관으로부터 받아 쟁점토지의 매수자인 청구외 ○○조합을 사업시행자로 지정하였음이 사업시행자인 청구외 ○○조합이 작성한 “협의매수 확인서”에서 확인되는바, 협의가 성립되면 수용의 결과가 발생하는 것(조세감면규제법 기본통칙 2-16-9…57)으로서 청구인과 청구외 신○○은 쟁점토지를 사업시행자에게 매매를 원인으로 양도한 것은 수용에 해당하므로, 쟁점토지의 양도는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등 감면대상에 해당된다고 할 것인데, 청구인은 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세로서 산출세액의 50%를 감면하여 달라고 청구하였으나, 쟁점토지는 1988.12.12. 사업인정고시된 토지로서, 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하면 1992.12.31. 이전에 사업인정고시된 지역안의 토지 등 양도시에는 100% 감면을 적용하여야 하는 것이나, 이 건 부과처분시의 산출세액은 118,448,893원으로서 1억원을 초과하는 바, 조세감면규제법 제119조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과할 수 없으므로, 쟁점토지 중 청구인 지분외에는 1997연도에 다른 부동산을 양도한 사실이 없는 청구인의 경우, 쟁점토지 중 청구인 지분의 양도에 대하여 산출세액에서 1억원을 감면하여 과세함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.