5년 이상 가동한 공장의 이전에대한 양도소득세 감면세액을 공동사업자 각 지분별로 계산하여 면제한 처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구인은 〇〇도 〇〇시 〇〇구 〇〇동 ○○번지 토지 588.7㎡, 건물 201.99㎡(청구인 지분 1979.10.2~1991.9.8 35%, 1991.9.9~양도시까지 75%이며 이하 “쟁점공장”이라 한다)를 1978.3월 취득하고 1979.7.11부터 청구외 이〇〇등과 동업계약을 체결하여 공동으로 〇〇금속이라는 상호로 비철금속 제조업을 운영하던 중 새로운 공장으로 이전하기 위하여 1995.6.9 쟁점공장을 양도한 후 1996.3.11 신공장용지로 〇〇시 〇○구 〇〇동 ○○번지 대지 578㎡(이하 “신공장용지”라 한다)를 취득하고 쟁점공장의 양도에 대하여 조세감면규제법 제71조에 의한 5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 〇〇세무서장은 청구인이 청구외 이〇〇등과 공동으로 쟁점공장을 운영한 것으로 보아 5년이상 가동한 청구인 지분 35%에 해당하는 토지에 대하여만 양도소득세 등의 감면규정을 적용하여 1999.4.6 청구인에게 1995년 과세연도 양도소득세 59,346,037원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.4.24 이의신청을 거쳐 1999.8.23 심사청구하였다.

쟁점공장은 명의상 청구외 이〇〇등과 공동사업자로 되어 있으나 공장을 운영하면서 자금이 부족하여 운영자금을 차입하고 담보의 의미로 건물을 공유로 등기하고 사업자등록을 공동명의로 한 것 뿐이며, 신공장용지도 청구인이 단독으로 취득하였는 바, 공장이란 소유지분별로 가동할 수는 없는 것이므로 쟁점공장 건물의 부속토지는 공유지분이 아닌 공장 건물 전체의 바닥면적을 기준으로 공장입지 기준면적을 계산하여 5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다는 주장이다.

청구인은 쟁점공장의 건물에 대한 소유권 지분이 변경될때마다 동업계약서를 재작성하여 사업자등록증을 변경한 사실로 보아 등기부등본상 소유권 지분이 실질적인 소유권 지분이라고 보여지며, 공동사업을 영위하던 구공장 양도시 5년이상 가동한 공장의 양도소득세 감면 규정은 각 개인별로 면적을 계산하여 면제하는 것(재산 1254-3337, 1988.11.17)인 바, 청구인이 구 공장을 5년이상 소유한 지분(35%)에 해당하는 면적에 대하여만 감면규정을 적용하여 양도소득세를 결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면세액을 공동사업자 각 지분별로 계산하여 면제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세감면규제법 제71조【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 새로운 공장으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 1979.7.11 청구외 이〇〇, 정〇〇, 허〇〇등과 동업계약을 체결하고 〇〇법률사무소에 공증(1979년 동부 제0000호)한 동업계약서에 의하면 제2조에서 “쟁점부동산(토지 및 건물)과 비철금속을 제조하기 위한 시설 별첨목록 및 운영자금등(비철금속 제조판매에 따르는 제반 재산일체를 말함)에 대하여 이를 청구인 35%, 정〇〇 40%, 이〇〇 15%, 허〇〇 10%의 각 권리를 취득한다.”고 약정하고 있으며, 이후 동업자 및 동업자 지분이 아래와 같이 변경될때마다 변경된 내용으로 다시 동업자계약을 체결하고 쟁점공장의 건물 및 사업자등록을 변경한 사실이 각 동업자계약서 및 건물등기부등본에 의하여 확인된다. 변경일자 건물등기부등본 및 사업자등록상 지분 ’79.10. 2 청구인 35% 정〇〇 40% 이〇〇 15% 허〇〇 10% ’80.12.22 청구인 35% 김〇〇 40% 이〇〇 15% 허〇〇 10% ’81. 1.30 청구인 35% 김〇〇 40% 이〇〇 15% 이〇〇 10% ’91. 9. 9 청구인 75% 이〇〇 25% 위의 사실로 미루어 볼 때, 쟁점공장은 실질적으로 청구인외 이〇〇등과 공동으로 운영되었으며, 청구인의 실질적인 지분도 1991.9.9 변경되기 전까지는 위 동업자계약서, 건물등기부등본 및 사업자등록에서 확인된 35%라고 보여지고, 조세감면규제법 제71조에 의한 5년이상 가동한 공장의 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 공동사업을 영위하던 구 공장을 양도한 경우에는 각 개인별로 면적을 계산하여 면제하는 것(재산 1254-3337, 1988.11.17)인 바, 동업자계약서 등에서 확인된 청구인 지분 35%에 해당하는 토지 등에 대한 세액을 면제하여 양도소득세를 결정한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.