장기임대주택에 대한 양도소득세 감면적용 여부

○○세무서장이 99.4.12 청구인에게 결정고지한 97년 귀속 양도소득세 15,799,690원은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 다세대주택 양도에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면율 50%를 적용하여 이를 경정합니다.

청구인은 청구외 현○○과 공동으로 86.5.22 토지를 취득하여 86.12.18 다세대주택을 신축한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(○○동 ○○번지에서 지번변경)소재 토지 210.0㎡, 주택 248.75㎡(이하 “쟁점다세대주택”이라 한다)를 97.12.15 양도하고 98.5.30 장기임대주택 양도에 따른 감면비율 100%를 적용하여 과세표준확정신고를 하였는데, 처분청은 동 감면을 배제하여 99.4.12 97년 귀속 양도소득세 15,799,690원을 청구인에게 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.6.29 심사청구를 하였다.

쟁점다세대주택은 양도시까지 10년이상 임대한 주택임에도 감면을 배제하여 과세함은 부당하다.

86.12.18 쟁점다세대주택 신축후 임대주택신고서를 제출한 사실이 없고, 98.6.3 제출한 감면신청서상 임대차계약서를 제출한 바 없음은 물론, 동 감면신청서에 첨부한 주민등록표상 쟁점다세대주택에 전입일이 가장 빠른 오○○이 90.4.11로써 10년이상 임대주택에도 해당하지 아니하는 등 감면요건을 충족하지 아니하므로 당초 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 위 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분이 맞는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제67조 제1항에서 “대통령령이 정하는 내국인이 국민주택을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택과 동 법에 의한 매입임대주택중 1995.1.1 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년이상 임대한 임대주택 및 10년이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 규정하고 있고, 같은 시행령 제64조 제1항에 대통령령이 정하는 내국인은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 라고 하면서 그 1호에 “임대주택을 5호이상 임대하는 소득세법 제1조 의 규정에 의한 거주자(95.12.30 임대주택을 5호이상 임대하는 개인으로 개정됨)”를 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 “법 제67조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하는 내국인은 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 총리령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지를 관할하는 세무서장 에게 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 “법 제67조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세표준의 신고기한내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 라고 하면서 1호에 “임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자 등록증”을, 2호에 “임대계약서 사본”을, 3호에 “임차인의 주민등록등본 또는 주민등록초본”을, 4호에 “임대주택에 대한 등기부등본 또는 토지 및 건축물대장”을, 5호에 “기타 총리령이 정하는 서류”를 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점다세대주택의 건축물대장에 의하면 86.6.26 건축허가를 거쳐 86.12.18 준공되었고, 각 층별 2세대씩 6개호로 구분된 주택임이 확인되나, 임대를 개시후 주택임대신고서를 제출하지 아니한 사실에 다툼이 없다.

2. 청구인이 제출한 장기임대주택세액면제신청시에 임대차계약서 등을 첨부하지 아니하였는 바, 쟁점다세대주택 신축후 임대개시일이 언제인지, 위 6세대중 몇세대를 임대한것인지가 불분명하나, 동 세액감면신청서에 첨부한 세입자의 주민등록등본 및 쟁점다세대주택 소재지의 통장 명의의 노트(작성일이 94.3월)라고 하며 제시한 기록에 의하면 ○호 거주자는 이○○으로, ○호 거주자는 김○○으로, ○호 거주자는 강○○으로, ○호 거주자는 주○○으로, ○호 거주자는 정○○으로, ○호 거주자는 신○○으로 기록되는 등 5세대이상을 임대에 사용한 것으로 인정할 수 있다 할 것이고,

3. 반면, 처분청의 청구인 명의 종합소득세 신고서 부본에 의하면 청구인은 쟁점다세대주택의 임대소득으로 93년 2,191천원, 94년 3,148천원, 95년 5,724천원, 97년 4,185천원을 신고하였음이 확인되고 있다.

4. 그렇다면, 쟁점다세대주택중 5호이상을 양도시까지 10년이상 임대한 것으로 볼 수 없다 하여도, 적어도 5년이상을 임대하다 양도한 것으로 인정할 수 있고, 청구인이 제출한 위 종합소득세 신고서에 의하여 주택임대신고사항을 확인할 수 있는 경우라 할 것인 바, 주택임대후 3월내에 주택임대신고를 하지 아니하였다는 사유만으로 양도소득세 면제가 배제되는 것이 아니므로(재일 46014-743, 97.3.28, 재일46014-1401, 95.6.10같은 뜻), 양도소득세 감면율 50%를 적용하여 경정함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.