비상장주식의 물납이 양도에 해당하는지 여부

• 가. A, B(이하 두 명을 총칭하여 “ 청구인들 ”이라 한다)는 형제관계로 청구인들의 아버지 C(이하 “ 피상속인 ”이라 한다)가 2018.00.00. 사망하여 비 상장회사 ㈜D 주식 총 100,000주를 상속받았다(A 55,000주, B 45,000주). 청구인들은 상속받은 해당 주식에 대하여 가업상속공제를 받았다.
• 나. 청구인들은 상속받은 ㈜D 주식 중 9,000주(이하 “ 쟁점주식 ”이라 한다)에 대하여 물납을 신청하였고, 2020.00.00. 물납허가를 받아 쟁점주식을 물납하였다. 청구인들은 쟁점주식 물납에 대하여 2020년 과세연도 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 다. 2025년 감사원은 청구인들의 쟁점주식 물납을 양도로 보고, 청구인들로부터 양도소득세를 징수하지 않은 것을 감사지적하였다. 이에 처분청은 2025.12.1. 청구인들에게 쟁점주식 물납에 대하여 2020년 과세연도 양도소득세 총 200,000,000원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 물납은 소득세법상 양도에 해당하지 않는다. 1) 소득세법제88조제1항은 양도를 ‘자산에 대한 소유권을 유상으로 이전하는 것을 말한다’고 규정하고 있다. 이는 대가를 수반하는 계약적 또는 거래적 행위를 의미한다. 2) 반면 물납은 납세의무자가 법령에 따라 세금을 재산으로 납부하는 일방적 행위로, 대가성이 없는 공법상 납세수단이다. 3) 따라서 주식의 물납은 소득세법상 양도소득세 과세요건인 유상거래에 해당하지 않아, 이를 근거로 한 과세는 위법하다. 4) 처분청은 쟁점주식의 취득가액 산정에 있어 소득세법제97조의2제4항을 적용하여 재산정한바, 해당 조항 또한 양도행위가 있는 경우에 한해 적용되는 것이므로, 이 건과 같이 양도가 아닌 행위에 대해 취득가액 재산정을 한 것은 입법 취지를 벗어난 자의적 해석이다.
• 나. 2020년 이루어진 물납에 대해 5년 뒤인 이제서야 과세하는 것은 신뢰보호의 원칙 위반에 해당한다. 1) 처분청은 청구인의 쟁점주식 물납신청을 심사한 후 승인하였다. 쟁점주식은 상증세법령과 국세청 고시에 따라 물납이 허용되는 재산이었고, 처분청은 물납을 허가하고 실제로 물납받음으로써 납세의무를 이행한 것으로 간주하였다. 2) 당시 처분청은 청구인들에게 어떠한 양도소득세 과세 가능성이나 관련한 고지를 하지 않았으며, 납세자인 청구인들은 해당 물납 행위를 법적으로 문제가 없는 납세의 일환으로 이해하고 종결처리하였다. 이에 청구인들은 수년간 쟁점주식에 대해 어떠한 세무상의 의무도 발생하지 않는 것으로 보고 재산관리 및 세무계획을 수립해왔다. 3) 이처럼 국가기관의 명시적 승인 및 행정처리에 기초하여 납세자가 합리적이고 정당한 신뢰를 형성하고 실질적인 행위를 완료한 경우, 행정청은 그에 상반되는 새로운 입장을 들어 납세자에게 불이익한 처분을 할 수 없다. 이러한 법리는 조세법률주의 및 신뢰보호의 원칙에 따라 형성된 것으로, 납세자와 과세관청 간의 공적 법률관계의 안정성과 예측가능성을 보호하기 위한 중요한 원칙이다. 4) 그럼에도 국세청은 물납행위 이후 5년이 지난 시점에서야 갑작스럽게 물납행위를 양도로 재해석하고 과세처분을 하였다. 이와 같은 처분은 기존의 과세실무와 납세자의 신뢰를 철저히 무시한 것으로, 행정의 자기모순 금지 원칙에도 정면으로 반하며, 과세의 예측가능성과 납세자의 법적 안정성을 중대하게 침해하는 결과를 초래하였다. 5) 청구인들은 국세청의 물납 승인과 그에 기초한 과세 종결을 정당하게 신뢰하고 세무행위를 종결하였으며, 이후의 과세는 신뢰보호 원칙에 명백히 반하는 부당한 처분이다.
• 다. 타 납세자와 비교했을 때 이 건 처분은 과세형평성 및 조세평등 원칙에 위배되는 처분이다. 청구인과 같은 사례에 대하여 과세한 처분은 전국적으로 유사 선례가 존재하지 않으며, 동일시기 동일 방식으로 물납을 진행한 타 납세자들에겐 양도소득세가 과세되지 않았다. 이는 조세평등 원칙의 중대한 침해이다.

• 가. 비상장주식의 물납은 소득세법상 양도에 해당한다. 1) 비상장주식의 물납은 상속세를 금전으로 납부하는 것에 갈음하여 주권을 납부하는 것으로서 주권의 소유권을 국가에 양도하는 것이고 그에 따라 상속세 채무를 면하게 되므로 이는 공법상의 대물변제적 성격을 가진 유상양도에 해당한다. 2) 청구인들의 물납이 양도에 해당하고, 쟁점주식이 가업상속공제가 적용된 이상 소득세법제97조의2제4항 및 소득세법 시행령163조의2제3항에 따라 가업상속공제가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 취득가액을 피상속인의 취득가액에 가업상속 공제율을 곱한 금액과 상속개시일 현재 해당 자산가액에 ‘1-가업상속공제 적용률’을 곱한 금액의 합계액으로 계산한 이 건 처분은 적법하다.
• 나. 청구인은 물납한 비상장주식을 물납 허가일을 양도일로 하여 양도소득세를 신고·납부하여야하나 무신고하여 신뢰보호 원칙과는 무관하다. 또한 국세청은 물납 또한 소득세법상 양도로 보고(재일46014-2445, 1997.10.16., 양도소득세 집행기준 등) 양도소득세를 과세하고 있는바, 유사 선례가 존재하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않다.

1) 비상장주식의 물납은 소득세법상 양도에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 2) 청구인들에 대한 과세처분이 신뢰보호의 원칙 및 조세평등 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

1) 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 1-1) 양도소득세 집행기준 88-0-2【자산이 유상으로 이전되는 경우】 자산의 유상이전은 어떤 행위에 보상이 있는 것을 말하므로, 현금으로 대가를 받는 것은 물론 조합원의 지위를 취득하거나, 채무의 면제 등 자산을 이전하고 보상을 받은 것은 자산이 유상으로 이전되는 경우에 해당된다. 자산의 유상이전 사례 대가 경매·공매, 위자료, 대물변제, 부담부증여, 물납 채무의 감소 2) 소득세법 제97조의2 【양도소득의 필요경비 계산 특례】 (2022.12.31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것)

④ 상속세 및 증여세법제18조제2항제1호에 따른 공제(이하 이 항에서 "가업상속공제"라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 피상속인의 취득가액(제97조제1항제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 "가업상속공제적용률"이라 한다)

2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 – 가업상속공제적용률) 2-1) 소득세법 시행령 제163조의2 【양도소득의 필요경비 계산 특례】 (2023.2.28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것)

④ 법 제97조의2제4항을 적용할 때 가업상속공제적용률은 상속세 및 증여세법제18조제2항제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율로 하고, 가업상속공제가 적용된 자산별 가업상속공제금액은 가업상속공제금액을 상속 개시 당시의 해당 자산별 평가액을 기준으로 안분하여 계산한다. 3) 상속세 및 증여세법 제18조의2 【가업상속공제】

① 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 가업[대통령령으로 정하는 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업(상속이 개시되는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 3개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 매출액 평균금액이 5천억원 이상인 기업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 기업을 말한다. 이하 같다]의 상속(이하 "가업상속"이라 한다)에 해당하는 경우에는 가업상속 재산가액에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 4) 상속세 및 증여세법 제73조 【물납】

① 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자의 신청을 받아 물납을 허가할 수 있다. 다만, 물납을 신청한 재산의 관리ㆍ처분이 적당하지 아니하다고 인정되는 경우에는 물납허가를 하지 아니할 수 있다.

1. 상속재산(제13조에 따라 상속재산에 가산하는 증여재산 중 상속인 및 수유자가 받은 증여재산을 포함한다) 중 부동산과 유가증권(국내에 소재하는 부동산 등 대통령령으로 정하는 물납에 충당할 수 있는 재산으로 한정한다)의 가액이 해당 상속재산가액의 2분의 1을 초과할 것

2. 상속세 납부세액이 2천만원을 초과할 것

3. 상속세 납부세액이 상속재산가액 중 대통령령으로 정하는 금융재산의 가액(제13조에 따라 상속재산에 가산하는 증여재산의 가액은 포함하지 아니한다)을 초과할 것 4-1) 상속세 및 증여세법 제74조 【물납에 충당할 수 있는 재산의 범위등】

① 법 제73조에 따라 물납에 충당할 수 있는 부동산 및 유가증권은 다음 각 호의 것으로 한다.

2. 국채ㆍ공채ㆍ주권 및 내국법인이 발행한 채권 또는 증권과 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 유가증권. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권은 제외한다.

• 나. 거래소에 상장되어 있지 아니한 법인의 주식등. 다만, 상속의 경우로서 그 밖의 다른 상속재산이 없거나 제2항제1호부터 제3호까지의 상속재산으로 상속세 물납에 충당하더라도 부족하면 그러하지 아니하다. 4-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제70조 【물납의 신청 및 허가】

① 법 제73조에 따른 물납의 신청등에 관하여는 제67조제1항 및 같은 조 제3항을 준용한다. 이 경우 제67조제1항 및 같은 조 제3항 중 "연부연납"은 "물납"으로, 제67조제3항 중 "연부연납허가통지일"은 "물납재산의 수납일"로 본다. 4-3) 상속세 및 증여세법 시행령 제67조 【연부연납의 신청 및 허가】

① 법 제71조제1항에 따라 연부연납을 신청하려는 자는 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준신고 및 증여세 과세표준신고를 하는 경우(국세기본법제45조에 따른 수정신고 또는 같은 법 제45조의3에 따른 기한 후 신고를 하는 경우를 포함한다)에는 납부해야 할 세액에 대하여 재정경제부령으로 정하는 연부연납신청서를 상속세과세 표준신고 또는 증여세 과세표준신고와 함께 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 법 제77조에 따른 과세표준과 세액의 결정통지를 받은 자는 해당 납부고지서의 납부기한(법 제4조의2제6항에 따른 연대납세의무자가 같은 조 제7항에 따라 통지를 받은 경우에는 해당 납부고지서상의 납부기한을 말한다)까지 그 신청서를 제출할 수 있다. 5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 6) 행정기본법 제9조 【평등의 원칙】 행정청은 합리적 이유 없이 국민을 차별하여서는 아니 된다. 7) 행정기본법 제12조 【신뢰보호의 원칙】

① 행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다.

② 행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다. 다만, 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우는 예외로 한다.

1) 청구인들의 상속세 및 증여세 신고내용 및 결정내용 가) 청구인들이 피상속인으로부터 상속받은 재산에 대해 처분청은 2020.00.00. 청구인들에게 상속세 결정고지를 하였다. 나) 청구인들은 피상속인으로부터 상속받은 ㈜D 주식 중 쟁점주식 에 대해 물납을 신청하였으며, 처분청은 2020.00.00. 쟁점주식 물납을 허가하였다. 2) 청구인 A의 증권거래세 신고내역 청구인 A은 2021.00.00. 다음과 같이 쟁점주식 물납에 대하여 증권거래세 기한후신고를 하였다. 해당 기한후신고는 처분청이 물납주식 증권거래세 과세자료 해명안내문을 보낸 후에 이루어졌다. 3) 청구인들에 대한 양도소득세 결정내용 감사원은 청구인들의 쟁점주식 물납을 양도로 보고, 청구인들로부터 양도소득세를 징수하지 않은 것을 감사지적하였다. 이에 처분청은 A이 쟁점주식 중 4,950주, B이 쟁점주식 중 4,050주를 양도하였다고 보고, 2025.12.1. 청구인들에게 2020년 과세연도 양도소득세 총 200,000,000원을 고지하였다.

1) 쟁점① 관련 가) 관련 법리 (1) 소득세법제88조제1호는 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다”고 규정하고 있다. (2) 이때 소득세법제88조제1호는 자산의 유상이전의 예시로 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 들고 있는 것으로 해석되고, 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자를 원인으로 하여서 자산이 이전된 경우에 한하여 이를 양도소득에 있어 ‘양도’로 본다는 취지는 아니므로, 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 이외의 사유로 인한 것이라 할지라도 자산이 유상으로 사실상 이전된 때에는 양도소득세의 과세원인인 양도가 이루어진 것으로 보아야 한다(대법원 2010.12.9. 선고 2010두15452 판결 참조). 나) 비상장주식의 물납이 소득세법상 양도에 해당하는지 여부 (1) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때 청구인들이 행한 증여세의 물납은 소득세법상 양도로 보아야 한다. (가) 상속세법 및 증여세법에 따른 비상장주식의 물납은 상속세를 금전으로 납부하는 것에 갈음하여 비상장주식으로 납부하는 것으로서 그에 따라 상속세 채무를 면하게 된다. 따라서 청구인들의 쟁점주식 물납은 공법상의 대물변제적 성격을 가진 유상양도에 해당한다고 보는 것이 타당하다(대법원 2009.9.10. 선고 2007두14695 판결 참조). (나) 청구인들은 비상장주식의 물납이 대가성이 없는 공법상 납세수단이므로 유상양도에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구인들은 비상장주식의 물납을 통해 상속세 채무를 면하였으므로 이는 대가성이 있는 점, 주식에 대한 양도소득세와 같이 과세요건에 ‘주권등의 유상양도’를 요하는 증권거래세에 대하여 청구인 A이 자발적으로 기한후신고를 마쳤으므로 청구인들도 비상장주식의 물납이 주권의 유상양도라고 인식하고 있다고 봄이 합리적인 점을 고려하면 비상장주식이 유상양도에 해당하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않다. (2) 따라서, 처분청이 비상장주식의 물납을 소득세법상 양도에 해당한다고 본 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 쟁점② 관련 가) 관련 법리 (1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판례 참조). (2) 조세평등주의는 헌법상 평등의 원칙의 조세법적 표현으로서 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙일 뿐, 과세관청이 어떠한 사안에 대하여 과세하지 않거나 과세를 취소한 사례가 있다고 하여 그와 유사한 다른 사안에 대하여 사실관계를 달리 판단하고 과세하는 것이 곧바로 조세평등주의에 위배된다는 것을 의미하지는 않는다(헌법재판소 1999. 11. 25. 선고 98헌마55 결정 등 참조). 나) 청구인들에 대한 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 조세평등 원칙에 위배되는지 여부 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구인들에 대한 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 조세평등 원칙에 위배된다고 보기 어렵다. (가) 청 구인들은 과세관청이 쟁점주식에 대한 물납을 승인하면서 양도소득세 과세 가능성을 알리지 않았고, 장기간 양도소득세 고지를 하지 않았으므로 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위배하였다고 주장한다. 그러나 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였어야 하는데, 과세관청이 물납을 승인한 후 양도소득세 과세 가능성을 알리지 않았다거나 양도소득세를 장기간 고지하지 않았다는 사실만으로는 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 할 수 없다. (나) 또한 청 구인들은 물납을 진행한 다른 납세자들에게는 양도소득세가 과세되지 않았으므로, 이 건 처분은 조세평등 원칙에 위배된다고 주장한다. 그러나 청구인들은 이 건과 비슷한 사안에 관하여 과세처분을 하지 아니한 사례를 구체적으로 밝히지 못하고 있으며, 가사 그러한 사례가 있다고 하더라도 청구인들에 대한 과세가 곧바로 조세평등주의에 위배된다고 할 수 없다. 게다가 청구인들이 이와 같은 주장을 하는 것은 불법의 평등을 주장하는 셈이 되므로 허용된다고도 할 수 없다(서울행정법원 2023.6.9. 선고 2022구합3418 판결 참조). 그러므로 이 건 처분이 조세평등 원칙에 위배된다고도 할 수 없다. (2) 따라서, 처분청의 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙 또는 조세평등 원칙에 위배되지 않는다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.